目的:基于分子网络分析广西壮族自治区（广西）HIV传播热点和跨地区传播特征，为优化艾滋病精准防控策略提供证据。方法:整合1997-2020年采集的5 996条广西HIV pol区序列和165 534条公开发表的非广西HIV pol区序列，使用HIV-TRACE工具以0.5%成对基因距离阈值构建分子网络。 结果:进入广西HIV传播热点分子网络的序列比例为31.5%（1 886/5 996）。在HIV跨地区传播分子网络中，省内连接占51.6%（2 613/5 062），国内连接占48.0%（2 430/5 062），国际连接占0.4%（19/5 062）。与广西跨地区连接的主要地区为广东省（49.5%，1 212/2 449）、北京市（17.5%，430/2 449）、上海市（6.9%，168/2 449）、四川省（5.7%，140/2 449）、云南省（4.2%，102/2 449）、陕西省（3.8%，93/2 449）、浙江省（2.8%，69/2 449）、海南省（2.0%，49/2 449）、安徽省（1.5%，37/2 449）和江苏省（1.3%，33/2 449），其余地区与广西跨地区连接比例均<1.0%。进入广西HIV传播热点分子网络风险较高的影响因素包括≥50岁（相比于25~49岁，a OR=1.68，95% CI：1.46~1.95）、男性（相比于女性，a OR=1.21，95% CI：1.05~1.40）、未婚（相比于已婚，a OR=1.18，95% CI：1.00~1.39）、高中及以上文化程度（相比于初中及以下，a OR=1.21，95% CI：1.04~1.42）和男男性传播（相比于异性性传播，a OR=1.77，95% CI：1.48~2.12）。跨地区连接风险较高的影响因素包括男性（相比于女性：a OR=1.74，95% CI：1.13~2.75），高中及以上文化程度（相比于初中及以下，a OR=1.96，95% CI：1.43~2.69）、自由职业/待业/退休（相比于农民，a OR=1.50，95% CI：1.07~2.11）、男男性传播（相比于异性性传播，a OR=3.28，95% CI：2.30~4.72）。 结论:广西存在HIV传播热点，广西与国内地区组成复杂的跨地区传播网络。后续研究应针对分子网络分析推断的高风险人群开展社会网络调查，及时识别隐匿传播链，减少HIV二代传播。

沙门菌病为常见的食源性疾病，经常发生局部和跨地区的暴发流行，随着全球经贸往来的日益频繁，沙门菌跨境传播的风险也在不断增加。近期多国出现巧克力相关单相鼠伤寒沙门菌感染暴发疫情，对我国食源性疾病特别是沙门菌病的监测和预警提出了更高的要求。加强临床机构与疾控和食品安全监测机构的合作、提升沙门菌基因组测序分析以及应用于流行病学监测和暴发溯源的能力、加强食品安全相关各部门间信息沟通及协作，是及时发现暴发及传播、预防和控制传播的主要手段，也是食源性疾病监测亟待加强的地方。

目的 分析浙江省绍兴市男男性行为人群(MSM)艾滋病病毒1型(HIV-1)分子传播网络特征,为MSM人群艾滋病防治提供依据.方法 选择2021年1月—2023年9月绍兴市新报告MSM人群艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)为研究对象,收集抗病毒治疗前血浆样本,采用反转录PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因,构建系统进化树分析基因亚型;采用HIV-TRACE法构建1.5%基因距离的分子传播网络,分析成簇情况和分子簇内病例特征.结果 纳入2021年1月—2023年9月绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例216例,获得合格序列179例.HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别为95和66例.在1.5%基因距离下共形成20个分子簇,61个节点和58条边.61条序列入网,入网率为34.08%.绍兴市各县(市、区)均有MSM人群HIV/AIDS病例入网.节点数≥10个的大分子簇1个,涉及5个县(市、区)12例病例;节点数4～5个的中分子簇3个;节点数2～3个的小分子簇16个.边数≥4条的高传播风险病例有7例,均为CRF07_BC亚型;其中2例来自大分子簇,5例来自嵊州市、新昌县病例组成的同一分子簇.结论 绍兴市MSM人群HIV/AIDS病例HIV-1基因亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,存在跨地区HIV传播,嵊州市和新昌县可能存在潜在传播风险点.

目的 了解2017-2022年山东省输入性疟疾流行病学特征,为进一步做好防止输入再传播工作提供科学依据.方法 从中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统和寄生虫病防治信息管理系统中收集2017-2022年山东省输入性疟疾疫情、病例流行病学个案调查等资料,建立数据库,采用SPSS 26.0软件对疟疾病例分类、感染来源、流行病学特征、病例诊治情况等进行统计分析,率的比较采用X2检验,时间间隔分布的比较用非参数检验,利用SaTScan v10.1软件对疟疾病例的空间聚集性进行扫描分析,利用GraphPad Prism 8.3.0软件进行绘图.结果 2017-2022年,山东省共报告输入性疟疾820例,均为境外输入性病例.新冠疫情前(2017-2019年)、新冠疫情期间(2020-2022年)分别报告670例、150例.820例均为实验室确诊病例,恶性疟、卵形疟、间日疟、三日疟病例分别占69.5％(570/820)、19.0％(156/820)、7.3％(60/820)和4.1％(34/820),无混合感染和未分型病例.感染来源地以非洲为主(95.9％,786/820).全省16个市均有病例报告,济宁、烟台、威海、青岛和济南5个市共报告511例,占62.3％(511/820).空间扫描分析发现7个病例聚集区,其中威海环翠、烟台牟平等13个县(市、区)为一类聚集区(相对危险度=3.98,P＜0.01).按报告地统计,全省共191例跨地区就诊病例,占23.3％(191/820).全省18所疟疾救治定点医疗机构共报告本市就诊病例421例(55.3％,421/762).患者发病到初诊、初诊到确诊时间间隔中位数分别为1、0 d.患者初诊单位为省级、市级、县级、县级以下医疗机构的分别占 9.9％(81/820)、36.1％(296/820)、31.5％(258/820)和 16.6％(136/820),疟疾诊断正确率分别为88.9％(72/81)、84.1％(249/296)、76.4％(197/258)和5.2％(7/136);初诊单位为其他机构(疾控机构、检验检疫机构等)的占6.0％(49/820),诊断正确率为87.8％(43/49).不同机构疟疾诊断正确率差异有统计学意义(x2=321.959,P＜0.01).共报告重症疟疾74例,占9.0％(74/820),死亡病例5例.结论 2017-2022年,山东省输入性疟疾病例多、分布广,存在输入再传播的风险.

目的 对2019-2022年宁夏回族自治区(宁夏)人间布鲁氏菌分离株进行种型和分子分型研究,掌握其分子遗传特征,为宁夏人间布鲁氏菌病(布病)的精准防控提供科学依据.方法 采用AMOS聚合酶链式反应(AMOS-PCR)对布鲁氏菌分离株进行种的鉴定,运用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对分离菌株进行分子分型,利用BioNumerics 7.6软件对MLVA结果进行聚类分析.结果 72株布鲁氏菌分离株经AMOS-PCR鉴定显示均为羊种布鲁氏菌.经MLVA分型,Panel 1显示具有42、45、63共3个MLVA-8型.Pane12A显示均为41型(4-20-8),Panel2B显示具有高度多变性;72株菌被分为51个MLVA-16基因型,12个为共享基因型,其余39个为单一基因型.宁夏原州区的布鲁氏菌型别较为丰富,包含3种MLVA-8型别.本研究中的72株布鲁氏菌与多个省份的菌株存在18种完全相同的MLVA-16基因型,表明菌株不仅在宁夏广泛传播,在全国范围内也呈跨地区传播的特点.结论 宁夏人间布病疫情极为严重,通过MLVA-16确定了宁夏布鲁氏菌分离株存在多种基因型,可为后续人间布病精准防控及流行病学溯源提供科学依据.

目的 对淄博市2017年确诊的2例人感染H7N9禽流感疫情进行现场调查,探讨感染来源和传播方式,为H7N9禽流感疫情防控提供参考.方法 应用现场流行病学方法对2例病例的发病就诊经过、密切接触者进行调查分析,采集病例、密切接触者及相关活禽市场标本,开展流感病毒核酸检测,同期在全市开展活禽市场摸底调查和外环境监测工作.结果 2例病例均发生在沂源县,首发病例5月28日发病,第2例病例6月7日发病,病例之间无流行病学关联,2例病例均有活禽市场暴露或宰杀活禽史.在沂源县采集外环境标本125份,未检出H7N9病毒核酸阳性标本.在其余7个区县采集活禽市场标本140份,在3个区县检出H7N9病毒核酸阳性标本7份.对病例采取隔离治疗、密切接触者医学观察、疫点终末消毒、强化监测、停止活禽交易等措施后,疫情得到有效控制.结论 2例人感染H7N9禽流感病例发病与禽类间接触史有关,活禽市场休市不能完全控制疫情发展,要加强对跨地区活禽调运监管,控制疫情传播.

[背景]铜绿假单胞菌感染所致的化脓性疾病是困扰林麝驯养的重要因素,是一类较难防治的细菌性疾病,目前尚无疫苗可用来预防该病.[目的]研究林麝源铜绿假单胞菌的感染现状和分子流行病学规律.[方法]对2014年10月至2015年10月四川宝兴和陕西镇坪两个林麝养殖中心发病林麝中铜绿假单胞菌进行分离鉴定,并对其耐药情况进行分析,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术研究分离菌的PFGE指纹图谱,探究其流行病学趋势,并对部分菌株的致病性进行分析.[结果]分离得到60株铜绿假单胞菌,其中34株来自镇坪,26株来自宝兴.耐药结果表明:60株林麝源铜绿假单胞菌对17种抗菌药物呈现不同程度耐药性,不同地区和不同样本源间分离的铜绿假单胞菌对17种抗菌药物的耐药性总体趋于一致,多重耐药情况严重,以5耐、6耐为主.分型结果显示:60株铜绿假单胞菌PFGE图谱的相似性为49.1％-100％.经聚类分析得到A-O共15种基因簇,其中优势基因簇为C、E、G、J.致病性结果表明,流行菌株的致病力强弱依次为:动物源菌株＞环境源菌株,且主要流行菌株(基因簇E、F、J)的致病力大于其余菌群.[结论]铜绿假单胞菌在两地区具有水平传播的途径,本研究可为跨地区林麝化脓性炎症的防控提供理论依据.

目的 了解浙江省HIV-1新重组型毒株的分子亚型特征和重组结构.方法 于2015年4—6月,按照感染途径,采用分层随机抽样的方法抽取浙江省新报告的现住址为本省,且经实验室确诊、未接受抗病毒治疗的302例HIV感染者(不包括艾滋病患者)为调查对象.采用调查问卷收集调查对象的性别、户籍地、婚姻状况、传播途径和报告地区等信息.采集HIV感染者至少8 ml静脉血,运用RT-PCR和巢式PCR扩增感染者HIV-1毒株pol区基因序列,通过系统进化树筛选新流行重组型(CRF)毒株和独特重组型(URF)毒株,并对其进行分子亚型分析和重组分析.结果302例感染者中,发现18例感染了新CRF毒株或URF毒株,其中男男性行为传播为15例(83.3%),异性性传播途径为3例(17.7%);感染新CRF毒株为8例(44.4%),分别是CRF55_01B亚型为5例(27.8%)、CRF67_01B亚型为2例(11.1%)和CRF69_01B亚型为1例(5.6%);感染URF毒株为10例(55.6%),其中6例在pol区序列为CRF01_AE亚型和CRF07_BC亚型组成的两段重组毒株,3例在pol区序列为该两种亚型组成的三段重组毒株,另外1例尚不能准确判断其重组结构.重组来源分析的结果显示,浙江省2015年新发现的重组毒株与广东、安徽、河北、云南、辽宁等省份检测发现的毒株有较高同源性,序列相似度为94.4%~98.0%.结论 浙江省新型重组毒株主要为CRF毒株和以CRF01_AE和CRF07_BC为重组结构模式的URF毒株,且均为外地流行传播引进,跨地区形成传播链.

世界植物园500多年来的科研行进轨迹既是整个生物学发展史的一个缩影,也表现出人类对植物资源发掘与利用,使之服务于经济与社会发展的不懈追求.从16-17世纪的植物园主要研究药用植物并发掘药物,到18-20世纪以来从植物分类学逐步拓展至众多植物学分支学科,进一步发展到当今的植物分子生物学及基因组、代谢组学等等.植物园在长达几个世纪的发展进程中,其科学研究内涵始终贯穿其中,既奠定了18世纪植物分类学的根基,也对18世纪以来许多生物学发现及其理论体系的建立作出了不可磨灭的贡献.同时,16世纪以来跨大陆、跨地区、跨国家之间的植物引种驯化及其发掘利用与传播深刻改变了世界经济社会格局,影响了一些国家的兴衰.在近代500多年的植物引种驯化与传播过程中,植物园发挥了引领作用.本文试图对植物园500年来的科学研究轨迹进行梳理,展望当今植物园在植物宏观与微观生物学及其大数据时代相关研究领域的发展趋势,为我国植物园的科研方向提供可借鉴的参考.

目的 调查分析青海省门源县2018年4月发生的一起布鲁氏菌病(布病)疫情的流行过程及分子流行病学特征,为处理相关事件提供参考.方法 对该疫情进行现场流行病学调查,采用试管凝集试验、补体结合试验等血清学检验方法,并进行血培养,采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)菌株的分子特征,结合患者的病例资料和实验室检验结果进行分析.结果 2名患者因接触流产病羊而感染布病,根据流行病学接触史,临床症状和体征以及实验室结果按照《布鲁氏菌病诊断标准》(WS269-2007)诊断该患者处于布病急性期.MLVA提示2株菌MLVA-8基因型为42型,MLVA-16基因分型100％的同源.结论 MLVA可用于分析布病疫情暴(散)发地区间关联,追溯传染来源,为布病跨地区传播溯源和布病防控提供可靠技术支撑.