为进一步推进现代蓝藻分类系统单系化发展,研究对从宁夏沙坡头的土壤结皮样本中分离纯化得到CHAB7530和CHAB7535两株丝状蓝藻进行了研究.该藻株在形态学上与束鞘丝藻类(Coleofasciculus-like)和微鞘藻类(Microcoleus-like)的物种相似,基于16S rRNA 基因的序列分析表明,CHAB7530和CHAB7535与帕斯结席藻(Crustifilum hispaliculae Moreira-Fernandes,Giraldo-Silva,D.Roush&Garcia-Pichel 2021)的序列相似性达99.7%—99.9%,系统发育分析表明它们与结席藻属(Crustifilum)聚集并形成支持度良好的进化分支.此外还补充了该物种的ITS二级结构数据.结合分子、形态学和生态学数据的多相方法分析表明CHAB7530和CHAB7535为帕斯结席藻(C.hispaliculae),该属种是中国新记录属种.文章还结合系统发育分析结果,对先前从Microcoleus steenstrupii 复合体中独立出来的部分属(例Parifilum)进行了分类学的修改建议讨论.

目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本，使用数字PCR方法对病毒载量进行测定，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份，均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇，内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成，疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。

目的:了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法:对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序，从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列，通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对，MEGA7.0软件邻接法构建进化树，并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果:测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019（H3N2）株（LS340），LS340为典型的季节性人流感病毒，血凝素基因属于3C.2a1进化分支，具备人际传播能力，部分位点呈现高传播性和高致病性特征，对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比，抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论:LS340未出现重组、缺失等较大变异，但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变，应及时更新疫苗，同时加强此类病毒变异监测，防止流感大流行发生。

目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况，为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株，通过全基因组核酸提取、文库构建，应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定，利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树，解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%～100.0%，相似性差异最大的是HA基因(97.1%～99.9%)，差异最小的是MP基因(98.6%～99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%)，不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2＝14.293， P＝0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致，3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇，1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变，与当年疫苗株匹配性较低，建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测，为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:分析猴痘患者的流行病学、临床症状和实验室检查特征。方法:对义乌市中心医院2023年7月确诊的4例猴痘患者进行流行病学、临床症状和体征、实验室血液及生化分析，并取疱疹液及病变皮肤组织使用非洲绿猴肾细胞(Vero)进行病毒分离培养和全基因测序鉴定。结果:4例患者均为男性，年龄24~35岁，发病前21 d内均有男男性行为。其中，1例患者患有艾滋病，1例患者患有梅毒。4例患者均出现会阴部皮损伴瘙痒，3例入院时查体发现有淋巴结肿大。实验室检测中，病例4血常规显示淋巴细胞异常，为4.57×10 9/L，病例1降钙素原升高，为0.25 ng/mL。3例患者细胞因子异常，其中病例2和3白细胞介素10(IL-10)升高，分别为7.11和9.42 ng/L，病例3 IL-6为66 ng/L，病例2 IL-4为3.24 ng/L。病例2心肌酶谱异常，乳酸脱氢酶为313 U/L，其他指标未见明显异常。在病变皮损组织及疱疹液中成功分离到猴痘病毒，全基因测序鉴定均为Ⅱb进化分支B.1.3亚型，对Vero细胞具有典型的病变效应。 结论:4例猴痘患者的临床症状较轻，男男性行为中密切接触可能在猴痘传播中起关键作用。病毒株均为Ⅱb进化分支B.1.3谱系。

目的:分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法:采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本，进行核酸检测、病毒分离，选取20株乙型流感病毒代表毒株进行 HA和 NA基因测序，利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。 结果:2017—2020年度共监测病例标本4 575例，流感病毒阳性842例，其中乙型流感病毒阳性398例，阳性率8.70%(398/4 575)，占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比， HA基因同源性分别为98.7%～98.8%、98.5%～99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支，2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析，发现多处抗原表位发生了变异，但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。 结论:2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异，出现了抗原转变，可能是引起乙型流感暴发的原因。

目的:本研究对2019年陕西省三带喙库蚊标本中分离的病毒(SX1943)进行病毒学和分子生物学鉴定。方法:蚊虫研磨液接种组织培养细胞，对分离物进行病毒学和病毒分子遗传学分析。结果:在2019年于陕西省采集的三带喙库蚊标本中获得1株病毒分离物(SX1943)，将该病毒接种至C6/36细胞后第3天发生明显细胞病变，表现为细胞圆缩、聚集和脱落等，分离物可稳定传代。然而，该批标本在BHK-21细胞连续传代3次均未发现显著细胞病变。SX1943病毒接种至C6/36细胞后经电子显微镜(负染)观察，可见大量圆形病毒颗粒，直径约25 nm。SX1943病毒基因组扩增与测序结果显示，该病毒基因组序列全长为3 594 nt，共编码3种蛋白，分别为非结构蛋白(NS1和NS2)和衣壳蛋白(VP)，3种蛋白的基因长度分别为2 376 nt、1 098 nt和1 136 nt。经病毒分子遗传进化分析发现，SX1943病毒与浓核病毒亚科 Brevidensovirus病毒属中的淡色库蚊浓核病毒(Culex pipiens pallens Densovirus, CppDNV)处于同一进化分支，上述结果提示SX1943病毒为CppDNV。 结论:陕西省三带喙库蚊中分离到CppDNV。

目的:了解河北省2017—2020年流行期甲型H1N1流感的流行病学特征及血凝素(haemagglutinin, HA)基因变异进化情况，为流感防控提供科学依据。方法:从中国流感监测信息系统下载河北省2017年4月至2020年3月流感监测数据进行统计分析，选择期间分离的37株甲型H1N1流感毒株，对HA基因进行测序和进化分析。结果:河北省2017—2020年共检测流感样病例(influenza like illness, ILI)咽拭子标本57 670份，流感病毒核酸阳性8 569份，阳性率为14.86%，其中甲型H1N1占总阳性的比例为40.52%(3 472/8 569)。全省11个地市均有该病例检出，各年龄组均可发病，检出率最高的是25～岁组，冬春季为流行高峰。37株甲型H1N1流感病毒的HA基因均属于6B.1大分支，氨基酸同源性在97.31%～100.00%之间，2017—2018年流行期涉及的主要氨基酸变异位点有S74R、S164T、S183P和I295V；2018—2019年流感毒株主要氨基酸变异位点为S183P、H126Y、N129D、T185I、L233I、N260D；2019—2020年流行株出现D187A和Q189E变异。结论:河北省甲型N1N1流感流行具有明显的季节性，HA基因与其编码的氨基酸逐年变异，2019—2020年流行期甲型H1N1流感流行株与2020—2021年北半球疫苗株A/Guangdong-Maonan/SWL1536/2019高度同源。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。