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ABCA4相关Stargardt病基因治疗的研究进展
编辑人员丨3天前
Stargardt病(STGD1,OMIM#248200)是最常见的遗传性黄斑营养不良,是由ABCA4基因突变引起的常染色体隐性遗传病.该病通常在儿童晚期或成年早期发病,导致视力进行性、不可逆地损害.近年研究者在STGD1临床和分子特征以及潜在的病理生理学方面取得的重大进展,促成了许多已完成的、正在进行的和计划中的新疗法的人体临床试验.文章聚焦于STGD1的基因治疗研究进展.STGD1基因治疗的主要障碍是ABCA4基因序列过长以及ABCA4基因在光感受器细胞中的特异性转导效率不高.解决这一问题的关键是研究出具有大运载量和能高效将ABCA4基因转导进光感受器细胞的载体.目前STGD1的基因治疗策略主要包括腺相关病毒(adeno-associated viral,AAV)载体、慢病毒载体、纳米颗粒、光遗传学和反义寡核苷酸等.随着研究的深入,未来有望开发出针对STGD1的有效基因治疗方法,为患者带来新的治疗希望.该综述为临床应用和科学研究提供了宝贵的参考和思路.
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编辑人员丨3天前
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circ_0003998对肺腺癌细胞上皮间质转化的作用和机制
编辑人员丨3天前
目的:研究circ_0003998对肺腺癌细胞上皮间质转化的作用和机制。方法:本研究为实验研究。培养肺上皮细胞株BEAS-2B和肺腺癌细胞株A549、H1299、H1395、H1975,检测各细胞株中circ_0003998、miR-218的表达水平。通过转染阴性对照(NC) 干扰小RNA、circ_0003998干扰小RNA、NC微小RNA抑制物核苷酸序列或miR-218抑制物核苷酸序列,将A549细胞分为si-NC组、si-circ_0003998组、si-circ_0003998+miR-NC抑制物组、si-circ_0003998+miR-218抑制物组;通过转染NC微小RNA核苷酸序列或miR-218核苷酸序列,将A549细胞分为miR-NC组和miR-218组。通过Transwell迁移实验检测细胞迁移能力,荧光定量聚合酶链反应实验检测circ_0003998、Bmi-1 mRNA、E-cadherin mRNA、N-cadherin mRNA、miR-218的表达水平,蛋白质印迹法检测Bmi-1、E-cadherin、N-cadherin的蛋白表达水平,双荧光素酶报告基因实验检测miR-218与circ_0003998、Bmi-1的靶向关系,逆转实验验证miR-218抑制物逆转si-circ_0003998的作用。结果:肺腺癌细胞株中circ_0003998的表达水平均高于肺上皮细胞株,miR-218的表达水平均低于肺上皮细胞株(均 P<0.05),其中A549细胞中上述表达的变化最显著。si-circ_0003998组circ_0003998、穿膜细胞数目、N-cadherin mRNA、N-cadherin蛋白、Bmi-1 mRNA、Bmi-1蛋白表达水平均低于si-NC组,miR-218、E-cadherin mRNA、E-cadherin蛋白表达水平均高于si-NC组( t值分别为15.21、15.53、9.76、7.82、12.02、9.93、11.51、10.00、7.28,均 P<0.001)。miR-218组野生型circ_0003998质粒、野生型Bmi-1质粒的荧光素酶活性均低于miR-NC组( t值分别为13.61、14.68,均 P<0.001)。si-circ_0003998+miR-218抑制物组穿膜细胞数目、N-cadherin mRNA、Bmi-1 mRNA、N-cadherin蛋白、Bmi-1蛋白表达水平均高于si-circ_0003998+miR-NC抑制物组,miR-218、E-cadherin mRNA、E-cadherin蛋白表达水平均低于si-circ_0003998+miR-NC抑制物组(均 P<0.05)。 结论:circ_0003998通过miR-218/Bmi-1轴促进肺腺癌细胞上皮间质转化。
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编辑人员丨3天前
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2017—2022年河南省漯河市急性呼吸道感染病例中鼻病毒感染状况及其分子分型研究
编辑人员丨3天前
目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染(ARIs)病例中鼻病毒(RV)的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月,收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料,并采集病例咽拭子标本,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)筛选RV阳性标本,随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应(nested RT-PCR)扩增VP1区全长,并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中,男性病例1 283例(56.52%);年龄 M( Q 1, Q 3)为3(1,6)岁,5岁以下人群占68.59%(1 557/2 270);137例病例(6.04%)检出RV,其中68例病例(49.64%)与其他病毒合并检出,与肠道病毒的合并检出最常见,占14.60%(20/137)。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%(100/1 557)、4.69%(21/448)、3.80%(6/158)和9.35%(10/107),差异无统计学意义( χ2=5.310, P=0.150)。新型冠状病毒感染疫情前(2017—2019年)和期间(2020—2022年),RV总体检出率差异无统计学意义( χ2=1.823, P=0.177)。共获得109条VP1序列,包含62个型别,其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一,存在多个RV型别共流行,无明显优势型别。
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编辑人员丨3天前
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一个丙酸血症家系的 PCCB基因两个新变异鉴定
编辑人员丨3天前
目的:分析1个丙酸血症(propionic acidemia,PA)家系的致病变异。方法:通过多重探针杂交富集患儿 PCCA和 PCCB基因的全部编码外显子及其侧翼区序列进行高通量测序,检测可疑变异,运用Sanger测序在家系中进行变异验证。提取患儿父亲外周血淋巴细胞RNA,应用逆转录-聚合酶链反应联合Sanger测序对新剪切变异进行验证;采用多种在线软件对错义变异进行致病性分析。 结果:在患儿 PCCB基因第1内含子和第7外显子检出复合杂合变异,分别是c.184-2A>G剪切变异和c.733G>A(p.G245S)错义变异,Sanger测序验证表明二者分别来自父母。mRNA水平验证表明,c.184-2A>G变异可导致 PCCB基因转录产物第2外显子的缺失;多个软件预测c.733G>A错义变异具有致病性,245位置的氨基酸在不同物种均具有高度保守性。 结论:PCCB基因变异可能是该家系患儿的致病原因,新变异的检出丰富了 PCCB基因的变异谱。
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编辑人员丨3天前
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北京市一例HIV-1独特型重组毒株近全长基因组特征分析
编辑人员丨3天前
目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database (www.hiv.lanl.gov/content/index)中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。
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编辑人员丨3天前
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柱状细胞型甲状腺乳头状癌的临床病理学及分子遗传学特征
编辑人员丨3天前
目的:分析柱状细胞型甲状腺乳头状癌(columnar cell variant of papillary thyroid carcinoma,CCV-PTC)的临床病理特征及预后,并着重探讨甲状腺癌常见驱动基因突变状态。方法:回顾性分析7例CCV-PTC的临床资料及组织学形态,EnVision法进行免疫表型分析,突变阻滞扩增系统(ARMS)-PCR检测BRAF V600E基因突变,Sanger测序检测RAS及端粒酶逆转录酶基因(TERT)启动子基因突变。结果:男性4例,女性3例,年龄29~65岁。组织学肿瘤细胞呈柱状、假复层排列,7例均表达甲状腺滤泡上皮标记,1例表达CDX2,p53均呈野生型表达。4例存在BRAF V600E突变(4/7),4例存在TERT启动子突变(4/5),5例均未见RAS突变(0/5)。术后随访8~89个月,4例出现肿瘤复发,2例死亡。结论:CCV-PTC以柱状肿瘤细胞假复层排列为特征,可表达CDX2,具有较高的BRAF V600E及TERT启动子突变率,浸润性生长者预后较差。
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编辑人员丨3天前
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江苏省艾滋病治疗后高/低病毒血症病人的基因型耐药特征分析
编辑人员丨3天前
目的:了解江苏省艾滋病抗病毒治疗高病毒血症(high-level viremia,HLV)与低病毒血症(low-level viremia,LLV)病人的基因型耐药特征。方法:收集2021年抗病毒治疗满6个月,血浆病毒载量≥50拷贝/毫升的样本,按50~999拷贝/毫升、≥1000拷贝/毫升分为LLV组和HLV组。In-house PCR方法扩增HIV-1 pol区蛋白酶和反转录酶区,并测序获取序列进行耐药突变分析和亚型鉴定。 结果:LLV组242人,耐药率为40.50%;HLV组598人,耐药率为51.34%。LLV组和HLV组亚型均以CRF01_AE和CRF07_BC为主,LLV组占比为38.84%和35.12%,HLV组占比为44.82%和22.75%,亚型构成有统计学差异。LLV组和HLV组蛋白酶耐药突变位点分别以M46(42.86%)和L33(28.57%)为主,核苷类反转录酶耐药突变位点均以M184(45.97%,31.92%)为主,非核苷类反转录酶耐药突变位点均以K103(26.14%%,23.56%)为主。两组耐药类别均以核苷类反转录酶抑制剂与非核苷类反转录酶抑制剂的复合型耐药为主,其次是非核苷类反转录酶抑制剂的单独耐药。结论:应增加对艾滋病抗病毒治疗低病毒血症病人的耐药检测,及时发现耐药并逆转抗病毒治疗失败,以遏制艾滋病毒传播。
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编辑人员丨3天前
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circ_0000263通过miR-338-3p/TERT抑制端粒酶蛋白活性影响HeLa细胞生物学功能提高放射敏感性
编辑人员丨3天前
目的:探讨circ_0000263对HeLa细胞活性、凋亡、端粒酶活性以及放射敏感性的影响及其分子机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应检测circ_0000263和miR-338-3p mRNA表达水平,细胞克隆形成实验检测细胞存活情况,细胞计数试剂盒8检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot法检测蛋白增殖细胞核抗原(PCNA)、Cleaved-casp3、端粒酶逆转录酶(TERT)的表达,双荧光素酶实验检测circ_0000263和miR-338-3p、miR-338-3p和TERT的靶向关系,端粒重复序列扩增酶联免疫吸附试验检测端粒酶活性。结果:Hela细胞中circ_0000263呈高表达,miR-338-3p呈低表达,TERT呈高表达,射线辐射的HeLa细胞中circ_0000263也呈高表达(均 P<0.05)。敲减circ_0000263可抑制HeLa细胞克隆形成和细胞增殖能力,增强HeLa细胞的辐射敏感性和细胞凋亡。敲减circ_0000263可降低HeLa细胞中PCNA蛋白表达水平,增强HeLa细胞中Cleaved-casp3蛋白表达水平( P<0.05)。si-circ_0000263(si-circ)组细胞凋亡率为(13.19±1.12)%,高于si-NC组[(6.80±0.62)%, P<0.05];si-circ+4 Gy组细胞凋亡率为(24.82±1.57)%,高于si-NC+4 Gy组[(17.00±0.96)%, P<0.05]。circ_0000263靶向调控miR-338-3p,miR-338-3p靶向调控TERT。miR-338-3p在Hela细胞中呈低表达,敲减circ_0000263可提高HeLa细胞中miR-338-3p表达水平。circ_0000263通过miR-338-3p调控TERT表达,抑制端粒酶活性。miR-338-3p/TERT均能恢复抑制circ_0000263对Hela细胞放射敏感性的影响。si-circ+anti-NC组细胞凋亡率为(27.37±0.89)%,高于si-circ+anti-miR-338-3p组[(18.22±1.18)%, P<0.05];si-circ+vector组细胞凋亡率为(27.55±0.48)%,高于si-circ+TERT组[(20.10±0.68)%, P<0.05]。经4 Gy射线照射72 h后,si-circ+anti-NC组细胞存活分数(0.41±0.02)低于si-circ+anti-miR-338-3p组(0.66±0.03, P<0.05);si-circ+vector组细胞存活分数(0.42±0.05)低于si-circ+TERT组(0.70±0.03, P<0.05)。 结论:抑制circ_0000263的表达通过调控miR-338-3p/TERT抑制Hela细胞增殖,促进细胞凋亡,抑制端粒酶活性,提高癌细胞的放射敏感性。
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编辑人员丨3天前
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两样本双向孟德尔随机化分析血液代谢物与瘢痕疙瘩的因果关系
编辑人员丨3天前
目的:探究血液代谢物和瘢痕疙瘩之间的因果关系。方法:该研究为基于两样本双向孟德尔随机化(MR)分析的研究。从全基因组关联研究(GWAS)Catalog数据库中获取7 824名成年人志愿者及8 299名受试者的血液代谢物和481 912名瘢痕疙瘩患者相关数据进行研究。通过设置显著阈值 P<1.0×10 -5、连锁不平衡分析[ r2=0.001、千碱基对(kb)= 10 000)],以及 F统计量( F≥10),筛选与血液代谢物和瘢痕疙瘩显著相关的单核苷酸多态性(SNPs),作为工具变量纳入MR分析。采用MR分析的5种方法,即以逆方差加权法(IVW)为主,MR-Egger回归、加权中位数法(WM)、简单模型法及加权模型法作为辅助方法,分析血液代谢物(暴露因素)和瘢痕疙瘩(结局变量)的因果关系。对符合条件的血液代谢物SNPs进行敏感性分析,评估研究结果的可靠性和稳定性:通过Cochran Q检验和MR-Egger回归检验评估其异质性,MR Egger截距检测排除其水平多效性,留一法检验评估是否存在单个SNPs对MR分析结果产生显著影响,MR-PRESSO法检验SNPs异常值,通过错误发现率(FDR)进行矫正(FDR<0.2),控制假阳性率。反向MR分析以瘢痕疙瘩为暴露因素,将前述MR分析筛选得到的血液代谢物作为结局变量进行效应分析和敏感性分析。使用R 4.3.2软件及其中的TwoSampleMR程序包对数据进行分析,MR分析的因果效应值用比值比( OR)和95% CI表示, P<0.05为差异有统计学意义,即潜在因果效应的证据显著。构建森林图、漏斗图、散点图对MR分析、敏感性分析结果进行可视化展示。 结果:从GWAS Catalog数据库中获得1 400种血液代谢物,共有34 843个SNPs,均符合遗传变异与暴露因素密切相关的假设;瘢痕疙瘩数据集共获得24 197 210个SNPs。IVW分析发现1种血液代谢物琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)有28个SNPs与瘢痕疙瘩具有因果关系( OR=1.13, 95% CI 1.06~1.19, P<0.001,FDR=0.070) ; MR-Egger回归法( OR=1.11, 95% CI 1.04~1.19, P=0.005)、加权中位数法( OR=1.11, 95% CI 1.02~1.20, P=0.014)和加权模型法( OR=1.12,95 % CI 1.04~1.20, P=0.004)分析结果也显示,琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)是瘢痕疙瘩疾病的风险因素;仅简单模型法结果显示琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)与瘢痕疙瘩疾病的因果关系不明显( OR=1.10, 95% CI 0.85~1.41, P=0.485)。MR整体分析结果表明,琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)与瘢痕疙瘩有显著的正向因果关系,即琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)水平升高,瘢痕疙瘩患病风险增高。Cochran Q检验( Q=26.98, P=0.465)、MR-Egger回归检验( Q=26.65, P=0.428)、MR-Egger截距检测( P=0.574)、MR-PRESSO综合检验( P=0.569)结果均显示,SNPs之间不存在异质性及水平多效性( P>0.05);留一法检验证实,单个SNPs对整体结果没有显著影响,说明结果具有可靠性和稳定性。而反向MR分析提示瘢痕疙瘩对琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)不存在因果关系(IVW: OR=0.98,95% CI 0.93~1.04, P=0.490)。 结论:血液代谢物琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)与瘢痕疙瘩存在显著的正向因果关系,琥珀酰牛磺酸(16 ∶ 1n-7)是瘢痕疙瘩疾病的风险因素。
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编辑人员丨3天前
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一株分离自云南重症手足口病患者的柯萨奇病毒A组4型毒株的全基因组分析
编辑人员丨3天前
目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid,KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer,A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因,利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011,系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71,EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。
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编辑人员丨3天前
