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吉林省HIV-1感染者治疗前耐药和分子传播网络特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解吉林省HIV-1(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)感染者治疗前基因型耐药及分子网络传播情况。方法:选取2022年治疗前HIV感染者228名,提取血浆RNA、反转录PCR扩增HIV-1 pol基因片段。建立进化树确定亚型、解析基因型耐药突变(drug resistance mutations,DRMs)情况并构建HIV分子网络评估传播关系。 结果:从228例样本中成功获得206条 pol基因序列,基因亚型主要为CRF01_AE(60.68%,125/206)、CRF07_BC (30.10%,62/206)和B亚型(5.34%,11/206)。总耐药率为9.22%(19/206),耐药突变以非核苷逆转录酶抑制剂为主,占8.25%(17/206)。多因素logistic回归分析表明,40~49岁和≥50岁,离异或丧偶感染人群产生耐药的风险较高( P<0.05)。白城地区和CRF07_BC感染者入网风险更大( P<0.05)。有63条序列入网(30.58%,63/206),形成23个分子簇。入网病例中6例携带DRMs。出现本市和跨市连接边关系。异性与同性性传播感染人群存在混合连接边。 结论:吉林省HIV感染者治疗前耐药率处于中等水平,分子网络中的毒株呈地区聚集性,加强耐药监测,对网络桥梁人群进行有针对性的干预措施,减少治疗前发生耐药传播的可能性。
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编辑人员丨5天前
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mCIM和eCIM联合检测产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨改良碳青霉烯灭活试验(modified carbapenem inactivation method, mCIM)联合EDTA改良碳青霉烯灭活试验(EDTA-modified carbapenem inactivation method, eCIM)检测感染患者分离的耐碳青霉烯肠杆菌科细菌 (Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, CRE)碳青霉烯酶的方法对诊控CRE感染的应用价值。 方法:回顾性分析2017年1至12月天津医科大学总医院临床感染患者分离的78株非重复对碳青霉烯类抗生素耐药的肠杆菌科细菌的耐药情况,应用Vitek2 Compact全自动细菌鉴定仪鉴定至种并检测其对厄他培南和亚胺培南的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC),用分子生物学PCR试验检测其碳青霉烯酶基因 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP和 blaVIM,基因测序确定基因型作为金标准,同时采用mCIM联合eCIM试验对所收集的细菌进行碳青霉烯酶检测。以PCR结果为标准,计算mCIM和eCIM的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值及Kappa值,进行mCIM和eCIM联合检测结果与PCR结果的一致性检验。 结果:78株碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌应用PCR法检测出碳青霉烯酶基因阳性74株,阴性4株,其中 blaKPC-2阳性60株, blaNDM-1阳性2株, blaNDM-5阳性7株, blaNDM-9阳性3株, blaIMP-4阳性1株, blaKPC-2和 blaNDM-1同时阳性1株。mCIM检测碳青霉烯酶的敏感度为100%,特异度为100%, Kappa值为1.000;mCIM和eCIM联合检测丝氨酸碳青霉烯酶敏感度为100%,特异度为100%,Kappa值为1.000;联合检测金属碳青霉烯酶敏感度为92.9%,特异度为100%, Kappa值为0.955。 结论:采用mCIM、eCIM联合试验对CRE中的碳青霉烯酶进行检测,实用性强,结果易于判读,依据CRE细菌中基因型的不同,将为临床CRE诊断与抗菌药物精准治疗和感染控制提供重要诊断依据。
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编辑人员丨5天前
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上海市浦东新区2013至2019年腹泻患者小肠结肠炎耶尔森菌流行特征分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨上海市浦东新区腹泻患者小肠结肠炎耶尔森菌的流行特征状况。方法:回顾性分析2013年1月至2019年12月,上海市浦东新区疾病预防控制中心所在区的3所三级医院、9所二级医院和2所社区卫生服务中心的腹泻病原主动监测情况,使用冷增菌法分离小肠结肠炎耶尔森菌,并分析菌株生物/血清型、毒力基因型和抗微生物药物敏感性。使用χ2检验或Fisher确切概率法进行率的比较。结果:2013年1月至2019年12月共纳入腹泻患者12 941例,0.7%(88/12 941)患者经确认感染小肠结肠炎耶尔森菌。67.0%(59/88)患者为单一感染,33.0%(29/88)患者为混合感染。年度病原检出率呈升高趋势(0.3%~1.2%)。<5岁年龄组(1.1%,37/3 218)和春季(1.1%,32/2 998)检出率最高(χ 2分别为18.64和9.76, P<0.05)。58.0%(51/88)患者的粪便性状为水样便,15.9%(14/88)患者有发热症状,14.8%(13/88)患者有呕吐症状。3/O:3型为优势菌型(53.4%,47/88),其次为1A/O:8型(15.9%,14/88)和1A/O:5型(6.8%,6/88)。3/O:3型在<5岁年龄组占比89.2%(33/37)。所有3/O:3型菌株4种致病性毒力基因( ail、 ystA、 yadA、 virF)均阳性,11/14的1A/O:8型菌株和4/6的1A/O:5型菌株 ystB基因阳性。对氨苄西林(80.7%,71/88)和阿莫西林/克拉维酸(71.6%,63/88)的耐药率最高,63.6%(56/88)菌株为多重耐药。3/O:3型和非3/O:3型菌株间对氨苄西林、头孢西丁、萘啶酸、四环素、氨苄西林/舒巴坦耐药率比较,差异均有统计学意义(χ 2分别为14.68、43.80、41.86、30.54、5.07, P<0.05)。 结论:小肠结肠炎耶尔森菌在上海市浦东新区腹泻儿童中的检出率高于成人,优势菌型为致病性和多重耐药性的3/O:3型。
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编辑人员丨5天前
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一项中国幽门螺杆菌耐药表型和基因型的回顾性研究
编辑人员丨5天前
幽门螺杆菌( Helicobacter pylori, H. pylori)耐药在中国是一个愈发严重的问题,严重影响了 H. pylori感染的治疗。为了克服这一问题,需要根据当地或个体的抗生素耐药表型和基因型数据以指导个体化的治疗。中国幽门螺杆菌分子医学中心(CCHpMM)郜恒骏教授团队牵头进行了这项大规模的多中心研究,调查中国 H. pylori的耐药表型和基因型。研究从中国5个地区(9个CCHpMM分中心)的 H. pylori感染者的胃活检样本中分离培养 H. pylori菌株进行抗生素耐药表型和基因型检测,并评价了两者的一致性。该研究成功分离和培养了4 242株 H. pylori,成功率为84.43%。耐药表型结果显示 H. pylori对克拉霉素、左氧氟沙星、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑的原发和继发耐药率分别为37.00%和76.93%、34.21%和61.58%、2.20%和6.12%、1.61%和3.11%、1.18%和3.31%、87.87%和93.48%。甲硝唑/克拉霉素、甲硝唑/左氧氟沙星和克拉霉素/左氧氟沙星的双重耐药率分别为43.6%、38.4%和26.1%。 H. pylori克拉霉素和左氧氟沙星耐药基因型主要是23S rRNA第2 143和2 143位碱基、gyrA基因第87和91位氨基酸的突变,与耐药表型的Kappa一致性系数分别为0.810和0.782。
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编辑人员丨5天前
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HIV-1新型重组毒株的不断出现对基因型耐药检测结果解释的挑战
编辑人员丨5天前
艾滋病的流行仍然是重大的全球性问题。由于HIV的变异与进化,各种新型流行重组型毒株不断被发现。随着高效抗逆转录病毒疗法的推广使用,HIV耐药性的出现和流行传播增加了抗病毒治疗的难度,新型流行重组毒株的耐药情况研究也成为抗病毒治疗的一个不能回避的问题,本文从国内外HIV-1流行重组毒株的流行特点、全球HIV耐药总体水平及重组毒株耐药位点新发现以及表型耐药检测的研究进展几个方面进行综述。
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编辑人员丨5天前
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移植受者耐药巨细胞病毒感染的诊治
编辑人员丨5天前
本文总结了器官移植受者耐药巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)感染的诊治新进展,包括针对CMV感染的防治药物、耐药CMV的诊断、诊治策略及免疫学治疗策略,旨在为预防和治疗器官移植受者耐药CMV感染提供参考。
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编辑人员丨5天前
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长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析,筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因),确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对,进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA,miR)-lncRNA关系对,确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析,发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调,3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调,3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选,确定LINC00467-RIPK3为研究对象,发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达,且呈正相关( r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达,bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分,分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示,RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示,胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01),而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。
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编辑人员丨5天前
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宁波市2022年新报告HIV-1感染者毒株基因型及耐药研究
编辑人员丨5天前
目的:了解宁波市2022年新报告HIV-1感染者毒株基因型特征和原发耐药情况。方法:收集2022年1—12月宁波市新报告HIV-1感染者ART治疗前血浆,提取RNA,反转录后巢氏PCR扩增HIV-1 pol基因片段,系统进化分析鉴定基因亚型,同时提交序列至斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析。 结果:2022年宁波市新报告HIV-1感染者628例,成功获得426例序列,共检出15种基因亚型。CRF07_BC(42.0%,179/426)和CRF01_AE(30.5%,130/426)为两个优势基因亚型,随后依次为独特重组型(unique recombinant form,URF)(01_AE/07_BC) (7.0%,30/426)、CRF 08_BC(6.6%,28/426)、CRF 55_01B(4.9%,21/426)、CRF85_BC(2.3%,10/426)、B (2.1%,9/426)、C(1.9%,8/426)、URF(B/C) (0.7%,3/426)、URF (01_AE/C)(0.5%,2/426)、URF (01_AE/B)(0.5%,2/426)、CRF59_01B(0.2%,1/426)、CRF64_BC(0.2%,1/426)、CRF67_B(0.2%,1/426)和A1(0.2%,1/426)。治疗前耐药率为6.3%(27/426),其中非核苷类逆转录酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂耐药率分别为3.8%(16/426)、1.9%(8/426)和0.9%(4/426)。结论:2022年宁波市新报告HIV-1感染者毒株亚型复杂多样,有较高比例URF,治疗前处于中度耐药。
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编辑人员丨5天前
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致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌表型和基因型特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌(CoECO)的表型和基因型特征,为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后,使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性(SNP)分析,以明确菌株间的同源关系;若分离自两部位的菌株具有较高同源关系,视为同一菌株,则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型(MLST),使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例,其中男45例,女25例,年龄(59.2±16.3)岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析,共计70株,分属于35种ST型,菌株数量较多的ST型包括:ST38( n=6)、ST405( n=6)、ST1193( n=6)、ST131( n=5),其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散,整体呈现散发趋势,仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高(91.4%,64/70),其次为氨苄西林/舒巴坦(74.3%,52/70)、头孢曲松(72.9%,51/70)、环丙沙星(71.4%,50/70)、左氧氟沙星(71.4%,50/70);对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet(A/B)(70.0%,49/70),其次分别为bla TEM(58.6%,41/70)、sul1(55.7%,40/70)、sul2(54.3%,38/70)、bla CTX-M-14(25.7%,18/70)、bla CTX-M-15(17.1%,13/70)、bla CTX-M-55(15.7%,11/70)、bla CTX-M-64/65(5.7%,4/70)、bla CTX-M-27(4.3%,3/70)、mcr-1(4.3%,3/70)、bla NDM-5(2.9%,2/70)。 结论:CoECO整体呈散发分布,无明显优势克隆,未发现具有明显优势的基因型;菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高,但携带耐药基因比例较低,对部分一线抗菌药物有较高敏感性。
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编辑人员丨5天前
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TRPC6变异致激素耐药型肾病综合征4例患儿的基因型和表型谱扩展及治疗分析
编辑人员丨5天前
目的:总结4例 TRPC6基因变异致激素耐药型肾病综合征(SRNS)患儿的临床特征、遗传学特点、治疗及预后。 方法:收集2020年5月至2022年8月于郑州大学附属儿童医院肾脏风湿科住院的4例SRNS患儿的临床资料。提取4例患儿及其父母外周血DNA,对患儿进行全外显子组基因测序,应用Sanger测序对患儿及其父母进行变异位点验证及致病性分析。结果:4例患儿携带的 TRPC6基因变异分别为:c.523C>T(p.R175W)、c.1327T>A(p.F443I)、c.430G>C(p.E144Q)(国内外均未见报道)、c.523C>T(p.R175W),均为错义变异。4例SRNS患儿中,2例表现为单纯型,2例为肾炎型,均无肾外表型,其中3例患儿完善肾脏病理均为局灶节段性肾小球硬化(FSGS)。2例患儿进行了激素联合钙调磷酸酶抑制剂(CNIs)治疗,其中1例症状明显改善。 结论:TRPC6基因c.430G>C变异为新变异位点,c.1327T>A变异可能会导致SRNS新表型,扩展了该基因的变异谱和表型谱,为该病患儿临床诊断与遗传咨询提供参考依据。
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编辑人员丨5天前
