目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本，提取病毒RNA并逆转录为cDNA，用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列，分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database （www.hiv.lanl.gov/content/index）中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点，分4个重组片段，分别是ICRF01_AE（790~6035，HXB2），IICRF07_BC（6036~8586，HXB2），IIICRF01_AE（8587~8828，HXB2）和IVCRF07_BC（8829~9411，HXB2）。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇；IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式，提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况，为保障安全用血提供科学数据。

目的:了解河北省保定地区2020年全部新诊断的HIV-1感染者中，HIV-1毒株基因型和耐药发生情况。方法:使用自建的方法扩增HIV-1 pol区全长基因并测序，系统进化分析鉴定HIV-1亚型，将基因序列上传至美国斯坦福大学的HIV耐药数据库，分析耐药突变位点发生情况。 结果:共收集新诊断HIV-1感染者96例，获得 pol区全长83条，研究人群中男性88例(91.7%)，平均年龄为39岁，已婚者54例(56.3%)，感染途径以性接触途径(95.8%，92/96)为主，其中同性性传播占75.0%(72/96)；系统进化分析显示，HIV-1毒株亚型多样，以CRF01_AE(51.8%，43/83)、CRF07_BC(24.1%，20/83)和B亚型(10.8%，9/83)为主，近年来新鉴定的重组毒株占13.3%(11/83)；耐药分析结果显示，治疗前耐药率为8.4%(7/83)，其中蛋白酶抑制剂(PIs)、非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)和整合酶抑制剂(INIs)的耐药率分别为3.6%(3/83)、1.2%(1/83)和3.6%(3/83)。 结论:河北省保定地区2020年新诊断HIV-1感染者中毒株亚型复杂多样，存在多种独特重组毒株和耐药突变毒株，需要加强耐药监测和防控。

目的:了解云南省家畜阿卡斑病毒(akabane virus, AKAV)的流行情况。方法:2015年4月在云南省芒市设立5只山羊和10头黄牛作为哨兵动物进行家畜虫媒病毒监测，5～10月份每周采集动物血液，标本经实验室处理后接种BHK-21细胞进行病毒分离，对病毒分离物进行病毒基因(RT-PCR)扩增、核苷酸序测定及分析。结果:1只哨兵山羊血液样品接种BHK-21细胞48 h后产生明显细胞病变，取细胞培养物上清液脑内接种1日龄乳鼠，3 d后乳鼠开始发病死亡，经RT-PCR鉴定和S片段基因序列测定分析，分离毒株为AKAV(毒株编号16415)。16415毒株S片段基因全长856nt，编码N蛋白233aa和Ns蛋白91aa，遗传进化分析结果显示新分离16415毒株与国内外分离的AKAV位于同一进化分支内，核苷酸同源性在83.8%～97.7%之间；进一步分析发现16415株与广西2013年从竹鼠脑内分离到的AKAV亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸同源性分别为97.7%、99.6%；与日本AKAV OBE-1毒株相比，16415株、广西竹鼠分离毒株和德宏迷糊按蚊分离毒株在N蛋白上存在2个共同的差异位点，分别是N115位和N206位。结论:在云南省芒市地区设置的哨兵山羊血液标本分离到AKAV，具有重要的流行病学意义。

目的:了解2019年漳州市本地登革热疫情病原学特征及可能的传染来源。方法:采集疑似登革热患者急性期的血清样本，通过实时荧光定量RT-PCR进行病毒检测和血清分型。对于阳性标本，通过RT－PCR扩增E基因的全长片段，并进行测序和分析。结果:2019年漳州市共有登革热本地病例98例，集中在诏安县、龙海区、云霄县3个区县。本研究中选取了代表各区县不同来源的14株登革病毒E基因序列，其氨基酸序列毒力位点分析发现本地流行株均属于毒性相对较强的毒株，系统进化树显示本地流行株均为DENV-I，其基因型为I型，分为a、b、c进化分支。a进化分支包含了所有诏安县和龙海区序列，又分成了3个亚分支，b、c进化分支均为云霄县的序列，除诏安县深桥镇和龙海区海澄镇的毒株关联度较高，其余地区均局限于各乡镇所在范围，且各进化分支均与同年流行的国内其他地区及东南亚相应国家较为接近。结论:2019年漳州市登革热本地疫情暴发存在多个输入来源，可能是由国内其他地区或者东南亚国家的登革热输入病例引起的，同时存在本地的跨县域传播可能。

黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录11监管物种.为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位,本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组序列,全长18 679 bp,并针对全序列进行了结构分析.结果表明,黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组中碱基含量具有明显的AT偏好性,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA编码基因和2个rRNA编码基因,除了nad6在L链上以外,其他的蛋白编码基因都在H链上.黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组有基因重叠现象且排列紧密,重叠序列长度范围从1 bp到6 bp,总长度共17 bp,共计8处;基因间隔序列的长度范围从1 bp到40 bp,总长度共154 bp,共计24处,有7处基因排列无间隙.基于线粒体基因序列分析发现,除了 tRNA中trnC、trnF、trnG和trnH缺少反密码子环,trnP和trnQ缺少TΨC环,trnL-I、trnS-Ⅱ和trnW呈短棒状,其他tRNA具有经典的三叶草二级结构.采用最大似然法(maximum likelihood method,ML)和近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)对40种鹦形目物种线粒体全基因组序列构建系统进化树,结果表明黄颈亚马逊鹦鹉与黄冠亚马逊鹦鹉(Amazona ochrocephala)的亲缘关系最近.

为研究亲环蛋白A(Cyclophilin A,CypA)在三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)免疫系统中的作用,研究利用PCR与RACE技术克隆获得三角帆蚌CypA基因全长cDNA序列(基因序列登录号:MN121742).三角帆蚌CypA基因cDNA序列全长1237bp,其5'非编码区(UTR)长度为57 bp,3'非编码区长度为688bp,三角帆蚌CypA基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)长度为492 bp,编码164个氨基酸,CypA蛋白质理论等电点为8.9,相对分子量为17.29 kD.在GenBank中进行同源序列检索,三角帆蚌CypA氨基酸序列与其他贝类CypA的相似性依次为池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)(99.39％)、青蛤(Cyclina sinensis)(77.44％)、菲律宾蛤仔(Rudita-pes philippinarum)(78.05％)、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)(78.66％)和大竹蛏(Solen grandis)(75.05％).通过SWISS-MODEL预测三角帆蚌CypA含有8个p折叠和2个a螺旋,可能形成CypA的活性中心区域.利用MEGA 5.1软件将三角帆蚌CypA与其他物种CypA基因进行序列比对并构建系统进化树,分析发现三角帆蚌CypA与池蝶蚌的CypA聚为一支,其与池蝶蚌CypA具有最近的亲源关系.通过qRT-PCR检测CypA基因在三角帆蚌不同组织中表达,发现三角帆蚌性腺中CypA基因的表达量最高,肝脏、肾和鳃中的表达量次之.对三角帆蚌浸泡感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila),CypA基因在肝脏、性腺、肠和鳃中的表达水平在感染72h先升高后降低,其表达量在性腺和鳃中6h最高,肝脏中12h达到峰值,肠中24h达到最高值,表明三角帆蚌感染嗜水气单胞菌后,可显著诱导CypA基因的表达.CypA基因在性腺中的表达量到达峰值的时间要早于肠与肝脏,且到达峰值时的相对表达量(14.91)也显著高于肝脏(9.89)、肠(9.78)和鳃(7.53),推测CypA在三角帆蚌性腺中具有防御细菌感染的重要作用,三角帆蚌性腺可能不仅具有生殖的功能,同时在免疫防御系统中也发挥着重要的作用.

目的 克隆三叶崖爬藤Tetrastigma hemsleyanum查耳酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)基因,探究 CHI基因对三叶崖爬藤黄酮合成途径的调控作用.方法 分析三叶崖爬藤转录组,获得三叶崖爬藤CHI基因序列,并进行生物信息学分析.采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)测定三叶崖爬藤根、茎、块茎、老叶、幼叶及吲哚-3-乙酸(3-indoleacetic acid,IAA)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)、水杨酸(salicylic acid,SA)和酵母提取物(yeast extract,YE)等诱导条件下CHI基因的表达量,利用分光光度法测定黄酮含量和CHI酶活性变化,并对其进行相关性分析.结果 转录组数据分析结果表明,三叶崖爬藤CHI基因全长为1096bp(GenBank序号:OQ588006),含有1个长为714bp的开放阅读框,编码237个氨基酸.三叶崖爬藤CHI蛋白分子式为C1148Hi819N285O348S5,等电点(PI)为5.28,相对分子质量为25 340,编码的氨基酸全都在膜外,不具跨膜结构,也不存在信号肽.三维空间结构分析表明,三叶崖爬藤CHI蛋白呈明显的倒置三明治状折叠结构,属于Chalcone-3超基因家族.进化树分析结果表明,三叶崖爬藤CHI蛋白序列与葡萄科植物亲缘关系最近.qRT-PCR结果表明,三叶崖爬藤CHI基因在三叶崖爬藤根、茎、块茎、老叶和幼叶等不同组织中均表达.诱导分析结果表明,5种外源诱导物质均提高了三叶崖爬藤黄酮含量,ABA诱导后CHI基因表达水平在72h达到最高,其余诱导处理CHI基因表达量均在96h达到最高,CHI酶活性均在96h达到最高.相关性分析结果表明,三叶崖爬藤黄酮含量与CHI基因表达量不存在显著相关性,与CHI酶活性存在极显著正相关(R2=0.453).结论 成功克隆了三叶崖爬藤CHI基因,该基因在三叶崖爬藤各组织中均表达.IAA、MeJA、ABA、SA和YE均促进CHI基因表达及酶活性的上升,在转录和翻译水平上调控三叶崖爬藤黄酮合成.

为探究云南伤科用毒性药材黄草乌(Radix Aconitum Vilmoriniani)栽培品质量的影响因素,该研究利用Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对来自10个不同栽培基地黄草乌样品的叶绿体基因组展开测序,经过对测序数据的组装、注释,利用生物信息学工具对其叶绿体基因组特征展开分析并构建系统发育树.结果表明:(1)10个栽培品的叶绿体基因组全长155 744～155 937 bp,大单拷贝区和小单拷贝区分别为86 363～86 548 bp、16 921～17 007 bp,反向重复区大小为 26 170～26 236 bp,均注释到 131 个基因.(2)序列鉴定出60～73个SSR位点,基因组比较分析发现,10个栽培品叶绿体基因组显示出一定的扩张,并在其中发现了 trnK-UUU-trnQ-UUG等变异热点区域.(3)基于2个数据集的系统发育分析均表明,JS-1-4、QJ-1-2、LX-1-3、LJ-3-2 与黄草乌(Aconitum vilmorinianum)亲缘关系较近;LQ-1-3、GJ-1-3、NL-1-3、DC-2-2 和滇南草乌(A.austroyinnanense)关系较近;基于全叶绿体基因组序列构建的系统进化树中LJ-4-3与马耳山乌头(A.delavayi)亲缘关系近,LJ-1-2与宾川乌头(A.duclouxii)的亲缘关系较近;而基于蛋白质编码基因序列构建的系统进化树中,LJ-4-3与西南乌头(A.episcopale)亲缘关系近,LJ-1-2则与苍山乌头(A.con.tortum)关系较近.综上认为,黄草乌的栽培种植存在种源混杂的客观问题,主要有黄草乌和滇南草乌两种植物,个别栽培基地还掺混了乌头属(Aconitum)的其他物种,这可能是黄草乌栽培品质量不稳定的因素之一.

青铜小单胞菌MCCC 1K05785分离自海洋近岸沉积物.作为天然产物的来源,它同时表现出了对多种抗生素的耐药性.本研究对该菌株进行了表征,并通过对菌株进行全基因组测序,在基因水平上探索了其潜在含有的耐药相关蛋白,以明确该菌株的耐药机制.首先在实验室环境下培养菌株并测定其生长曲线,再通过对菌株进行药敏实验和全基因组测序,挖掘菌株耐药相关蛋白、潜在合成的次级代谢产物以及其他特性.结果表明,MCCC 1K05785菌落呈橙红色,60～108 h为菌株对数生长期.菌株对氨苄西林、磺胺甲恶唑、利福平、氯霉素、万古霉素、红霉素耐药.菌株基因组全长为6861996 bp,GC含量为72.79％.共预测到6136个基因.预测基因序列总长度为6196530 bp.KEGG数据库注释到336个基因参与次级代谢产物合成,antiSMASH预测到23个基因簇.分析耐药蛋白发现,外排泵是菌株表达丰富耐药性的主要机制.揭示了MCCC 1K05785是具有多重抗生素耐药性的菌株,同时具有合成新颖次级代谢产物的潜力.

该研究以菘蓝新鲜嫩叶为材料,采用RT-PCR方法,克隆了菘蓝IiMY B34基因(GenBank登录号为MF373610),并对其进行生物信息学和表达模式分析.结果表明:(1)IiMYB34基因组DNA全长为1854 bp,包含3个外显子和2个内含子;ORF全长为951 bp,编码316个氨基酸;IiM YB34蛋白二级结构中无规则卷曲和α-螺旋所占比例最多,延伸链较少,与其三级结构的预测结果相一致;IiMYB34基因序列还存在2个保守的MYB DNA-binding结构域,属于典型的R2R3-MYB蛋白;IiMYB34氨基酸序列与欧洲油菜、甘蓝等植物的亲缘关系较近.(2)qRT-PCR分析显示,IiMY B34基因呈组织特异性表达,并在叶中表达量最高;茉莉酸甲酯、水杨酸及葡萄糖均显著诱导该基因的表达,而低温(4℃)和机械伤害处理对其表达具有一定的抑制效应.该研究结果为进一步揭示IiMY B34基因的功能奠定了基础.