目的:分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的遗传进化和分子特征。方法:采集禽类粪便、污水，以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本，实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序，利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性，3份H7N9 AIV阳性标本测序成功，其各基因核苷酸一致性较高(98.37%～100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支，与最近环境分离株相聚较近，而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现，本研究检出的病毒株呈禽高致病性，裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA，病毒株血凝素受体结合位点为QSG，属于禽结合受体，血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变，提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变，提示对烷胺类药物耐药。结论:从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性，与既往感染人/禽代表株相比，未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

目的:了解贵州省H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的流行与遗传变异情况，为AIV的防控提供依据。方法:统计2018年10月—2019年3月贵州省活禽市场外环境AIV检出情况，对选取的H9N2亚型AIV进行基因组的提取、血凝素(hemagglutinin, HA)基因的RT-PCR扩增与测序，并对获得的 HA基因序列进行同源性、遗传进化和关键位点变异分析。 结果:贵州省活禽市场外环境AIV检出率为52.2%，H9N2占阳性的83.7%。H9N2亚型AIV HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为91.6%～100.0%和91.0%～100.0%，均属于Y280亚系，G57基因型；与致病性相关的裂解位点序列均为PSRSSRGLF和LSRSSRGLF，符合低致病性AIV的分子特征；与宿主特异性相关的受体结合关键位点存在H191N、E198T/A和Q234L三个位点的突变，具有人样受体结合特征；与毒力相关的糖基化位点均具有7个，其中因突变218位点均存在一个糖基化位点缺失，313位点均存在一个增加。与人感染毒株相比关键位点未发生重要突变。 结论:贵州省活禽市场外环境AIV检出率较高，污染较严重，且以H9N2为优势流行亚型；H9N2亚型AIV均属于Y280亚系，G57基因型，为低致病性AIV，毒株遗传差异在增大，关键氨基酸位点存在变异，具有感染人的风险，故应加强监测该病毒的分子遗传变异情况。

目的:开展2016—2018年长沙市人群感染和活禽市场(live poultry markets, LPMs)环境污染H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)监测，为防控人感染H5N6亚型AIV提供实验室数据。方法:采集2016—2018年长沙市流感样病例和不明原因肺炎病例咽拭子6 909份及LPMs环境样品1 719份，利用实时RT-PCR进行A型、H5、H7、H9和N6亚型AIV核酸扩增，并对82份AIV核酸阳性样品进行高通量核苷酸测序，然后对测序结果进行BLAST比对和氨基酸(amino acids, aa)关键位点分析。结果:从6 909份病例的咽拭子样品中检出H5N6亚型AIV核酸阳性1份，从1 719份LPMs环境样品中检出A型AIV核酸阳性927份(53.93%)，H5N6亚型AIV核酸阳性193份(11.23%)。高通量核苷酸测序获得14株H5N6亚型AIV的基因组序列，aa关键位点分析显示病毒血凝素(hemagglutinin, HA)蛋白连接肽第338～347位出现6个碱性aa，对禽表现为高致病性的分子特征，受体结合位点(receptor binding site, RBS)第238～240位aa(对应H3型流感病毒第226～228位编码aa)为QSG或QRG，受体特征为禽源。神经氨酸酶(neuraminidase, NA)蛋白第290位耐药基因位点aa未出现R290K突变现象，对NA抑制剂(达菲/磷酸奥司他韦)敏感；病毒PB2蛋白发生E627K和D701N(I)突变，表明病毒致病力强。结论:长沙市人群感染H5N6亚型AIV为偶发，LPMs环境H5N6亚型AIV污染较重，需要进一步加强LPMs环境AIV监测。

目的 了解云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)分子特征,为云南省人禽流感防控提供科学依据.方法 通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction,real-time RT-PCR)方法对2例流感样病例标本进行流感病毒分型检测,应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒基因组序列测定,使用Mega7.0软件进行血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因序列比对和进化树构建.结果 Real-time RT-PCR检测结果显示2例流感样病例标本为H9N2亚型阳性,通过基因组序列测定,获得2份标本的HA和NA全长.序列系统进化分析表明2株AIV HA和NA均与A/Chicken/Zhejiang/HJ/2007在同一进化分支中,属于G57型.2株AIV HA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.92%和95.00%,NA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.31%和82.03%,与2015-2020年国内获得的人感染H9N2流行株的HA核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.29%～96.94%(93.77%～98.43%)、92.84%～94.92%(94.18%～96.23%),NA核苷酸(氨基酸)同源性分别为 91.81%～97.60%(77.82%～94.83%)、94.38%～97.22%(85.47%～94.55%).2株AIV HA蛋白裂解位点序均为PSRSSR↓GLF,符合低致病性禽流感的特征,HA蛋白受体结合位点分析显示,109、161、163、191、202、203、234位氨基酸与参考株保持一致,而198位氨基酸突变为T.HA蛋白上还发现N166D和168N突变,两株AIV均具有7个潜在糖基化位点.NA基因红细胞结合位点分析发现369、402、403、432处存在氨基酸变异,NA基因均表现为63～65位氨基酸缺失,2株AIV分别存在4个和5个潜在糖基化位点,未发现耐药位点突变.结论 云南省H9N2 AIV的HA和NA基因上受体结合位点、红细胞结合位点和糖基化位点都有不同程度的变异,应加强监测与防控.

本研究对福建省泉州地区2014～2017年12例H7N9禽流感病毒感染患者的临床特点和病毒基因特点进行了分析.结果显示,泉州市实验室确诊H7N9禽流感病毒感染患者的总体病死率(2/12,17％)低于全国平均水平,其流行病学特征与临床特点(C反应蛋白和低密度脂蛋白升高以及淋巴细胞减少症较常见)与中国其他地区报道的人感染H7N9疫情中感染患者的结果一致;不同的是,谷草转氨酶、谷丙转氨酶、肌酸激酶升高的患者以及出现白细胞减少症的患者比例较低.所获得的三个患者的HA和NA基因序列分析显示,泉州地区患者感染的H7N9禽流感病毒都属于长江三角洲谱系,且亲缘关系近;3株病毒HA蛋白的裂解位点均为PKGR/G,没有出现高致病性突变,NA蛋白292位氨基酸也没有出现奥司他韦(达菲)耐药突变,但PB2蛋白中都出现了与毒力相关的E627K突变.泉州地区H7N9禽流感病毒患者的临床特点和病毒基因特征可为人感染H7N9病毒的病原学监测及疫情的科学防控和风险评估提供参考依据.

目的 通过对广西省南宁市2017年首例人感染高致病H7N9禽流感病毒株血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)基因测序,从分子水平分析毒株的溯源及遗传特性.方法 通过RT-PCR扩增H7N9禽流感毒株HA基因和NA基因并测序,经NCBI数据库BLAST比对,利用MEGE 5.1等软件构建进化树及统计蛋白关键位点的变异情况.结果 系统进化树表明中国H7N9毒株HA基因与NA基因主要为2个类群,长三角分支和珠三角地区分支,南宁毒株A/Nanning/01/2017(H7N9) HA和NA基因均在珠三角分支上,与广东毒株高度同源.病毒HA蛋白裂解位点插入4个氨基酸由PEIPKGR↓GLF突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,含有5个碱性氨基酸,使其具有高致病性禽流感病毒的分子特征;毒力相关位点225由天冬氨酸(D)突变为甘氨酸(G)(D225G),毒力增强;受体结合186位点由甘氨酸(G)突变为缬氨酸(V) (G186V);飞沫传播关键氨基酸位点没有发生突变组合;糖基化位点高度保守.NA蛋白丢失5个氨基酸,毒力可能增强,耐药性位点、糖基化位点均相对保守,未发生突变.结论 南宁市人感染H7N9禽流感病毒可能来源于广东省珠三角地区禽类的感染,人传人的可能性不大,对NA抑制剂药类敏感,但毒株已经具有高致病性禽流感病毒的分子特征,毒力增强.南宁市外环境已经检测到H7N9核酸阳性标本,提示需要加强监测有效防控传染源.

目的 了解贵州省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的分子特征、溯源和疾病风险,为高致病性禽流感H7N9病毒的预防和控制提供依据.方法 采用实时PCR对5株高致病性禽流感H7N9毒株标本(1株人感染鼻咽拭子标本,4株活禽市场环境标本)进行核酸的提取、HA基因的扩增和测序,运用生物信息学软件对H7N9禽流感病毒HA基因的同源性、遗传进化、受体结合关键位点、致病相关位点和糖基化位点变异情况进行分析.结果 贵州省威宁县人感染H7N9禽流感病毒HA基因与当地活禽市场环境中H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%和99.6%,而4株活禽市场环境中的H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为100.0%和100.0%.与2017年广西人感染的A/Guangxi/5/2017毒株同源性最高,分别为99.7%~99.9%和99.4%~99.8%;与2016年底广东环境中分离的毒株A/Environment/Guangdong/C16283222/2016同源性为99.0%~99.2%和98.9%~99.2%,而与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013候选疫苗株的同源性为96.8%~97.0%和95.8%~96.2%.与广西毒株A/Guangxi/5/2017遗传进化距离最近.5株毒株HA蛋白裂解位点突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,为高致病性禽流感突变株;受体结合关键位点均发生了G186V的突变,均未发生Q226L突变,5株毒株均发生的新突变为A363S,仅感染人的毒株发生的突变是R56K和I297V;5个潜在糖基化位点中仅421NWT和493NNT发生位置后移的变异.结论 贵州省威宁县5株H7N9禽流感病毒均为高致病性禽流感突变株,候选疫苗株匹配保护效果可能已经降低,HA蛋白裂解位点、G186V和新的突变位点的变异可能增强了H7N9禽流感病毒对人体的易感性和致病性.

目的 通过全基因组序列分析南宁市1株人感染高致病H7N9禽流感病毒的分子遗传特性. 方法 不明原因肺炎患者1例,采集其下呼吸道痰液,经荧光RT-PCR检测H7N9核酸阳性后送中国疾病预防控制中心分离病毒并应用illumina平台深度测序,用MEGA5.1进行同源性和重要氨基酸位点分析,采用Neighbor-Joining法构建进化树.结果 分离毒株命名为A/Nanning/01/2017 (H7N9),测序分析该毒株的8个基因与A/chicken/Heinan/ZZ01/2017(H7N9)和A/Guangdong/HP001/2017(H7N9)高度同源.其中,HA蛋白裂解位点由PEIPKGR↓GLF突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,具有高致病性的分子特征;受体结合位点G186V发生变异,毒力相关位点D225G发生突变,糖基化位点保守,飞沫传播关键氨基酸158D/224K/226L、110Y/160A/226L/228S和196R/226L/228S任一组合未发生突变.NA蛋白茎杆区丢失5个氨基酸,糖基化位点和耐药性位点保守.M2蛋白耐药性位点V27G和S31N发生突变.PB1蛋白I368V位点,PA蛋白K356R位点,M1蛋白N30D位点和T215A位点及NS1蛋白P42S位点均发生突变.PB2蛋白关键氨基酸位点E627K和D701N未突变. 结论 生物信息学分析A/Nanning/01/2017 (H7N9)毒株可能来源于珠三角地区禽类的感染,具有高致病性禽流感病毒的分子特征,但未发现二代传播,人传人的可能性不大.该毒株对神经氨酸酶抑制剂药类敏感,对M2离子通道抑制剂可能产生耐药性.

目的 了解贵州省威宁H5亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感病毒的研究与防控提供依据.方法 对选取的9 株 H5 亚型禽流感毒株标本进行基因组的提取、血凝素基因(hemagglutinin, HA)的扩增和测序,运用生物信息学软件分析HA基因的同源性、遗传进化、致病相关位点、受体结合关键位点和糖基化位点变异情况.结果 贵州省威宁2015—2017年9株H5亚型AIV的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96. 1% ～99. 9%和95. 7% ～100% ,分属于H5-1 和H5-2两大分支. H5-1 分支中5 株毒株裂解位点均为 PLREKRRKR↓GLF,H5-2 分支中4 株均为PQRERRRKR↓GLF,全部属于高致病性毒株.受体结合关键位点H5-1分支中5 株均为QSG,H5-2分支中4株均为 QRG,仍全部为禽流感病毒特异性受体结合区. 9 株毒株受体结合区均发生了138Q、139G和53K的突变,其中H5-1分支中5株毒株均存在129K、189T、140K和282V的突变,H5-2分支中4株均存在189N、140M和282I的突变. 9株毒株6个糖基化位点较稳定,但2017年H5-2分支中的2株毒株存在一个糖基化位点124NHT的增加.结论 贵州省威宁2015—2017年H5亚型禽流感病毒可能存在两种型别的流行,均属于高致病性禽流感病毒,虽不具有人源流感病毒特异性受体结合区,但病毒存在持续不断地变异,且糖基化位点有增多趋势,存在毒力增强和感染人的风险,故应加强监测与研究.

目的 分析2014-2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险.方法 对2014-2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化.结果 2014-2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性最高,分别为98.8％ ～ 99.2％和99.2％;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性最高,分别为98.2％～ 99.3％和97.6％～ 98.8％;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性最高,为99.1％～99.4％和98.9％～99.3％.所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支.2017年贵州省西部有6株毒株(含2例人感染病例毒株)裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR ↓ GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变.结论 2014-2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加.