-
河南省急性呼吸道感染病例人副流感病毒3型血凝素-神经氨酸酶基因特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测,HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序,使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份,其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%),对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列,经分析全部为C3亚群,其中有16条序列为C3f基因型,有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%,与原株型Wash/47885/57相比差异较大,发生了12处共同的氨基酸突变,其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高,未发生共同的氨基酸突变,未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支,可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测,为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
神经氨酸酶-1在尤文肉瘤组织中的表达及其对肉瘤细胞增殖、迁移能力的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨神经氨酸酶-1(NEU1)在尤文肉瘤(ES)组织中的表达及其对ES细胞增殖、迁移能力的影响。方法:通过美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心高通量基因表达(GEO)数据库下载ES患者数据集以分析NEU1在ES中的表达;从国际癌症基因组联盟(ICGC)获取了ES患者数据并采用Kaplan-Meier生存分析探索NEU1与ES患者预后的关系;采用单、多因素Cox回归分析判断NEU1是否为ES的预后影响因素;采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释分析NEU1在调控ES恶性生物学行为的潜在机制;采用实时荧光定量聚核酶链反应(RT-qPCR)验证NEU1在人骨髓间充质干细胞(hBMSC)及人ES细胞系RD-ES中的表达情况;采用转染技术敲减ES细胞系RD-ES中NEU1的表达,并将ES细胞系分为shRNA-NEU1和shRNA-NC两组探索NEU1表达水平改变对ES恶性生物学行为的影响;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)检测和细胞克隆形成实验检测两组细胞增殖能力;采用划痕实验检测两组细胞迁移能力。结果:从GEO数据库中检索并下载GSE17674和GSE17679数据集,其中GSE17674包含44例ES组织和18例正常组织,GSE17679包含87例ES组织和18例正常组织,随后通过分析发现NEU1在ES中的表达水平高于正常对照组织( P<0.001)。从ICGC数据库获取了56例ES患者完整的基因表达数据集和相应的临床信息,进一步通过生存分析发现NEU1高表达组( n=28)中ES患者在不同时间点的总生存率低于NEU1低表达组( n=28)( HR=2.830,95% CI:1.324~6.051, P=0.005)。单因素分析结果显示NEU1可影响ES患者预后( HR=1.049,95% CI:1.008~1.092, P=0.019),而多因素分析结果进一步提示NEU1可作为ES预后评估的风险因素( HR=1.087,95% CI:1.028~1.148, P=0.003)。KEGG结果显示MAPK信号通路、细胞黏附分子信号通路是调控ES的恶性进程潜在机制。RT-qPCR结果表明NEU1在RD-ES细胞系中的表达水平高于对照细胞hBMSC(2 184.23±527.32比1.00±0.08, P<0.001)。CCK-8实验结果显示NEU1敲低组的RD-ES细胞在24、48及72 h的增殖数量均低于对照组(分别为0.494±0.126比0.696±0.118、0.657±0.096比1.142±0.182、1.053±0.064比1.980±0.146,均 P<0.001)。单细胞克隆形成实验结果显示低表达NEU1组细胞的集落形成数量低于对照组(184.2±123.9比362.8±78.0, P=0.021)。细胞划痕愈合实验发现,NEU1敲低组的平均划痕距离低于对照组(19.6%±5.7%比56.0%±7.6%, P<0.001)。 结论:NEU1可能是ES的预后影响因素,其在ES中表达异常可影响ES细胞的增殖、迁移能力,从而导致ES患者的不良预后。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
2017—2020年度济宁市乙型流感病毒监测及 HA和 NA基因变异和进化分析
编辑人员丨5天前
目的:分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法:采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行 HA和 NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。 结果:2017—2020年度共监测病例标本4 575例,流感病毒阳性842例,其中乙型流感病毒阳性398例,阳性率8.70%(398/4 575),占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比, HA基因同源性分别为98.7%~98.8%、98.5%~99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支,2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析,发现多处抗原表位发生了变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。 结论:2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异,出现了抗原转变,可能是引起乙型流感暴发的原因。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒基因特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的基因特征。方法:采集患者咽拭子标本,接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株,采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列,通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析,构建系统进化树,分析病毒基因特征。结果:病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV,后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022(H1N1v)。同源性分析显示,该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018(H1N1)核苷酸同源性最高,分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示,该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV,其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1,HA和NA基因来自EA H1N1,NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G,为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。PB2蛋白701N、PA蛋白P224S突变、NP蛋白Q357K突变、M蛋白P41A突变和NS蛋白92D均说明其对哺乳动物的适应性增强。结论:该患者为陕西省首例人感染G4基因型EA H1N1 SIV病例,该病毒为低致病性,但其对哺乳动物的适应性增强,需要加强对此类SIVs的监测。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
杭州地区2014—2019年乙型流感病毒HA和NA基因遗传进化分析
编辑人员丨5天前
目的:研究2014—2019年杭州地区乙型流感病毒的流行情况以及血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的遗传进化特征。方法:收集2014年10月—2019年9月间杭州地区流感样病例10 481例,用实时RT-PCR法检测乙型流感病毒,同时选取部分乙型流感病毒阳性样本,用特异性引物扩增HA和NA基因,进行基因测序并分析其遗传进化特征。结果:发现自2014年以来,杭州地区每年都有乙型流感病毒的流行。其中5~14岁年龄段人群发病率最高。2014—2019年,杭州地区流行的Victoria系乙型流感病毒都属于V1A进化簇,而Yamagata系乙型流感病毒都属于Y3进化簇。HA和NA基因的序列一致性分别为94.67%~100.00%和97.13%~100.00%,并在多个抗原位点发生了改变,同时出现了重排株。结论:乙型流感病毒在杭州地区流感流行中影响显著。2014—2019年,杭州地区乙型流感病毒出现了抗原变异和基因重排,流行株和疫苗株之间存在不匹配的情况,但目前并未发现耐药株的出现和流行。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
2022—2024年盐城市甲型H3N2流感病毒HA1和NA基因分子特征
编辑人员丨5天前
目的:研究2022—2024年盐城市分离的甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)分子进化特征。方法:收集盐城市2022年4月至2024年3月间的流感哨点监测医院以及各县市区流感暴发点采集的流感样病例标本,Rt-qPCR进行核酸检测,阳性样本进行病毒分离。分离的甲型H3N2毒株,采用一步RT-PCR方法扩增HA1和NA基因并测序,采用相关生物信息学软件分析基因核苷酸、氨基酸位点变异及进化特征。结果:2022年4月至2024年3月间共采集5 020份样本,流感病毒核酸阳性检出率为18.59%(933/5 020)。2022年4月至2024年3月两个监测季冬春季流感峰明显,其中,仅2022年4月—2023年3月监测季夏季流感峰明显,甲型H3N2亚型流感病毒是两个监测季的优势流行株。遗传进化树显示:2022—2024年盐城市32株甲型H3N2毒株HA1和NA基因在各分支的聚类关系基本一致,2023—2024年24株分离株的HA1基因和NA基因与2022—2024年北半球疫苗株A/Darwin/9/2021(H3N2)聚类位于3C.2a1b.2a.2a.3a.1进化谱系;2022年8株分离株与2021—2022年北半球疫苗株A/Cambodia/e0826360/2020(H3N2)聚类位于3C.2a1b.2a.1a进化谱系。6株分离株(A/JSTH/11735/2023、A/JSTH/11788/2023、A/JSTH/11974/2023、A/JSYD/353/2023、A/JSYD/354/2023、A/JSTH/138/2023)均发生F79L、N122D、P239S、K276E氨基酸位点的变异,既存在于散发株又存在于暴发株。盐城市甲型H3N2毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点、糖基化位点发生了一定程度变异,基因层面上分析,2023—2024年24株分离株与2022—2024年北半球疫苗株A/Darwin/9/2021免疫原性匹配性较好,2022年8株分离株与2021—2022年北半球疫苗株A/Cambodia/e0826360/2020免疫原性匹配性较好。盐城市分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。结论:2022—2024年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因正逐渐发生抗原性漂移,增加推荐疫苗株的不匹配度,造成流感的暴发流行。2022年盐城市分离株相对于疫苗株A/Darwin/9/2021(H3N2)已发生实质性抗原漂移。需要对甲型H3N2流感病毒进行动态监测及时发现变异株。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
2016年淮南市外环境H7N9禽流感病毒基因组特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30),鸡胚分离培养后提取RNA,扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份;2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示,淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内,其余6个内部基因无明显地域分布聚类;HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异,NA茎区缺失了"QISNT"序列,R294K、E119V耐药位点没有发生突变;聚合酶发生PA基因I550L,PB1基因I368V,PB2基因I504V突变;NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变;耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A,M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行,H7N9亚型感染人类的能力有所增强,M2离子通道抑制剂耐药,NA抑制剂仍为敏感有效药物。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
云南省2022年3株H5N6禽流感病毒的分离鉴定及其血凝素和神经氨酸酶基因特征分析
编辑人员丨5天前
目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)标本进行测序鉴定和基因特征分析,为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别,采用二代测序方法对病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对,用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV,属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸(LRERRRKRGL,其中R,K为碱性氨基酸);病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG(氨基酸排序以H3-HA为准),受体特征为禽源;NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV,属于高致病AIV,但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒,对人类健康和公共卫生存在威胁,需要继续加强监测。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
2017—2020年上海市松江区乙型流感病毒病原学特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析上海市松江区2017—2020年乙型流感病毒流行情况及其血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因特征。方法:使用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应检测流感病毒疑似病例的标本,乙型流感病毒阳性标本接种犬肾细胞和鸡胚培养病毒。对乙型流感毒株HA和NA基因测序,序列进行基因进化及氨基酸变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验研究毒株对奥司他韦和扎那米韦的敏感性。结果:2017—2020年度松江区乙型流感病毒阳性率为14.24%(506/3 554),主要流行季为冬春季,呈现B/Victoria和B/Yamagata亚型交替流行的特点。松江B/Victoria流行株主要位于1A(△3)B进化分支,少数位于1A及1A(△2)分支,与疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,流行株HA和NA核苷酸同源性分别在97.62%~98.19%、98.11%~98.78%,1A(△3)B分支HA蛋白抗原决定簇区突变主要发生在120环和160环。B/Yamagata流行株均位于3进化分支,与疫苗株B/Phuket/3073/2013相比,HA(NA)核苷酸同源性98.71%~99.04%(98.69%~99.27%),未发现抗原决定簇区氨基酸改变。神经氨酸酶抑制实验显示,所测的乙型流感病毒对奥司他韦和扎那米韦均敏感。结论:2017—2020年乙型流感病毒流行株与疫苗株抗原性匹配度不佳,需持续做好乙型流感病毒监测及病原学特征分析,为流感疫苗筛选及药物研发提供科学依据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
Ⅰ型唾液酸沉积症一例
编辑人员丨5天前
Ⅰ型唾液酸沉积症是一种罕见的常染色体隐性遗传疾病,主要表现为小脑性共济失调、肌阵挛和黄斑性樱桃红斑,通过基因检测发现α-N-乙酰神经氨酸酶(NEU1)基因突变或实验室检查发现神经氨酸苷酶缺乏时,就可以做出明确诊断。现报道1例31岁男性Ⅰ型唾液酸沉积症患者,并结合文献复习以提高临床医师对该疾病的认识与诊治水平。本例Ⅰ型唾液酸沉积症患者有视力下降、共济失调、肌阵挛发作,全外显子测序发现患者6号染色体NEU1基因c.544A>G (p.Ser182Gly)纯合突变。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前