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拷贝数变异检测技术在167例精神发育迟滞/发育迟缓患儿的遗传学诊断中的应用研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨拷贝数变异(CNV)检测技术在精神发育迟滞/发育迟缓患儿(MR/DD)遗传分子诊断中的应用。方法:收集2018年3月至2020年2月来我院就诊的MR/DD患儿167例为研究对象,知情同意抽取患儿血DNA,运用SNP-array全基因组染色体芯片技术检测,按照标准的微阵列操作手册进行杂交、洗涤及全基因组扫描,扫描数据通过相应的计算机软件进行分析,针对发现的异常CNV,通过查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(DGV)以及PubMed文献数据库等,结合临床表型关联分析,找到致病区域及致病候选基因。结果:167例精神发育迟滞患儿中携带致病性拷贝数异常者25例,检出阳性率14.97%。其中,不同缺失/重复区域长度范围为0.66~70.7 Mb;缺失型19例,重复型5例,缺失伴重复型1例。其中Prader-Willi综合征/Angelman综合征比例最高7例,22q11.2微缺失综合征5例,及Wolf-Hirschhorn综合征2例,Jacobsen Syndrome综合征2例。结论:拷贝数变异是MR/DD患儿的重要病因之一,SNP-array技术分辨率高、准确性好等优点,是精神发育迟滞/发育迟缓患儿遗传学诊断的有力工具,同时为研究表型与基因型的关联分析、发病机制等提供一个良好的技术。
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编辑人员丨1周前
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产前诊断22q11.2区域微重复11例表型分析
编辑人员丨1周前
目的:分析11例22q11.2区域微重复胎儿的产前诊断结果及出生后表型特征。方法:2016年1月至2020年2月在杭州市第一人民医院进行产前诊断、染色体核型以及染色体微阵列分析(CMA)者共2 969例,结果为22q11.2区域微重复胎儿共11例。对胎儿表型、遗传学结果、妊娠结局及出生后临床表现进行回顾性分析。结果:11例胎儿在22q11.2区域内有经典的3.0 Mb微重复[即腭面心综合征(DiGeorge and velocardiofacial syndromes,DGS/VCFS)]6例、1.5 Mb近端微重复1例及远端小片段微重复4例。家系遗传背景:遗传7例,新发2例,未验证(拒绝验证)者2例。胎儿超声检查显示:结构异常2例(室间隔缺损和无脑儿),胎儿生长受限2例,无结构异常7例。妊娠结局:引产4例,其中2例为产科筛查高风险、经典的3.0 Mb微重复、超声检查未见异常,1例为高龄、经典的3.0 Mb微重复、超声检查诊断为胎儿生长受限,1例为胎儿超声检查异常、远端小片段微重复、超声检查无脑畸形;足月分娩7例(经典的3.0 Mb微重复3例、1.5 Mb近端微重复1例及远端小片段微重复3例),出生后均进行随访,异常表型3例(生长发育落后等),无明显异常表型4例。结论:22q11.2微重复胎儿的临床表型无特异性,出生后表型多样,需加强专业遗传咨询和长期随访,孕妇及其家属需充分了解可能出现的临床表型并做出知情选择。
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编辑人员丨1周前
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22q11.2不同区域拷贝数变异产前病例的表型分析
编辑人员丨1周前
目的:分析22q11.2不同区域拷贝数变异病例的产前超声表型、拷贝数变异的亲代来源及妊娠结局,并分析基因型-表型的对应关系。方法:收集染色体微阵列分析提示为单纯22q11.2区域拷贝数变异的25例产前病例(13例为22q11.2拷贝数缺失,12例为22q11.2拷贝数重复),分析其产前表型,运用多重连接探针扩增技术对拷贝数变异进行溯源分析,并随访其妊娠结局以及出生后的生长发育情况。结果:在25例22q11.2拷贝数变异的病例中,涉及 TBX1基因区域拷贝数变异者的超声表型多为心血管系统异常,涉及 CRKL基因区域拷贝数变异的表型多为多囊性肾发育不良,远端区域拷贝数变异(涉及 SMARCB1基因)的超声表型均为神经系统异常。在25例中,12例(48%)为新发突变,5例失访,12例终止妊娠,8例已出生,其中7例生长发育正常,1例A-D区域拷贝数缺失产前超声提示心血管系统异常,新生儿心脏超声与产前一致,并出现吞咽困难、吸奶无力、生长发育迟缓等情况。 结论:22q11.2区域拷贝数变异的产前表型多样,与区域内基因的功能相关。颈后透明层增厚可作为22q11.2近端拷贝数变异的早期超声表型,仍需更多的研究来了解各区域拷贝数变异的性质及基因功能,从而为遗传咨询提供帮助。
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编辑人员丨1周前
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应用单核苷酸多态性微阵列芯片检测三例21部分三体
编辑人员丨2023/8/6
目的 对3例21部分三体病例进行检测和分析,明确其重复片段的大小,探讨其基因型与表型的对应关系.方法 应用G显带染色体核型分析以及单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)对病例进行检测.结果 SNP array检测提示3例患者以及其中1例患者的母亲存在21号染色体部分重复,重复的位置和大小不一.例1的21q22.11q22.3区存在12.35 M b的重复,涉及唐氏综合征关键区,为新发突变;例2的9p24.3p13.3区存在35.32 M b的重复合并21q11.2q21.3区14.42 M b的重复.其中9号染色体的重复包含9 p部分三体综合征的关键区,但21号染色体的重复未包含唐氏综合征关键区,且继承自其母亲;例3的21q11.2q21.1区存在4.17 M b的4倍重复,未包含唐氏综合征关键区,且为嵌合体,其母亲的21q11.2q21.1区存在4.17 M b的3倍重复,亦为嵌合体.结论 21部分三体有多种形式,临床表型异质性较大.联合应用多种检测技术尤其是SNP array对于诊断21部分三体、明确基因型和表型的对应关系至关重要.
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编辑人员丨2023/8/6
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染色体微阵列分析技术在室间隔缺损胎儿中的应用研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 应用染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)探讨胎儿室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)的病因.方法 选取248例产前超声提示为VSD伴或不伴其他结构畸形的胎儿,将其分为单纯VSD组、VSD合并其他心内异常组、VSD合并心外异常组(包括其他畸形和超声软指标异常)以及VSD合并心内外异常组.对所有胎儿进行常规染色体分析,对6例核型为异常者以及部分核型为正常者进一步进行CMA检测,随访所有胎儿的妊娠结局,对新生儿随访至1岁.结果 在248例胎儿中,共发现60例核型异常(包括50例数目异常、7例结构异常、3例嵌合体),检出率为24.2%.CMA检测明确了6例核型异常者衍生染色体的来源和性质,其中2例的缺失区段包含Wolf-Hirschhorn 综合征的关键区域,其中包含的WHSC1、LBX1、LDB3、BBS10等可能是先天性心脏病的候选致病基因.在143例核型正常的胎儿中,CMA在11例中发现了致病性拷贝数变异(copy number variants,CNVs),检出率为7.7%(11/143),其长度介于0.33~4.53 Mb,其中9例为已知的微缺失或微重复综合征,包括22q11.2微缺失综合征、17p11.2微缺失综合征(Smith-Magenis综合征)、17p13.3微缺失综合征(Miller-Dieker综合征)、1p36微缺失综合征、1q21.1微重复综合征和4q缺失综合征.其致病性CNVs所包含的可能与VSD相关的致病基因包括TBX1、LZTR1、FAT1、AKAP10、SKI、PRDM26、GJA5、ERCC4以及YWHAE.在CMA结果正常的新生儿中,48.4%的VSD在出生后1年内自然闭合.结论 CMA技术可将胎儿VSD的遗传学病因检出率提高7.7%,但不同组别的VSD胎儿之间致病性CNVs的检出率无明显差异.对于染色体核型正常的VSD胎儿,建议进一步行CMA分析.
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编辑人员丨2023/8/6
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中国南方Prader-Willi综合征患儿27例临床表现及分子特征分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 了解中国南方Prader-Willi综合征(PWS)患儿临床表现及分子特征,为临床筛查和进一步行分子诊断提供依据.方法 分析2012年11月至2014年11月于广州市妇女儿童医疗中心经微阵列比较基因组杂交(Array-CGH)和/或甲基化特异性PCR(MS-PCR)方法确诊为PWS患儿的临床表现和分子分型资料.结果 共诊断PWS患儿27例,其中Array-CGH确诊21例,MS-PCR确诊13例,确诊年龄16 d~16岁;男13例(48.1%),女14例(51.9%).对包括7例经Array-CGH检查在内的13例患儿行MS-PCR均出现170 bp母源片段而缺失100 bp父源片段;21例经Array-CGH确诊患儿中,18例15q11.2-q13.1区域缺失,平均片段缺失长度为(5.48 ±0.51) Mb,单纯缺失型18例患儿根据DECIPHER数据库(基于Ensembl资源的人类基因组拷贝数异常数据库)分为缺失Ⅰ和缺失Ⅱ,其中缺失Ⅰ6例,缺失Ⅱ12例,2种缺失型患儿临床表现差异均无统计学意义(P均>0.05),2例15q11.2-q13.1区重复,1例复合杂合性79.58 Mb缺失.27例患儿均有新生儿肌张力低下和婴儿期喂养困难(100.0%),22例不哭或哭声微弱(81.5%),25例性腺发育不良(92.6%),22例皮肤色素减退(81.5%).14例1岁以上患儿中,均出现不同程度的精神运动发育迟缓和认知行为异常(100.0%),13例存在不同程度语言发育落后和/或清晰度异常(92.9%),13例(92.9%)在1~6岁[(2.80±1.32)岁]开始食欲旺盛、体质量增长过快,12例(85.7%)存在肥胖症和睡眠障碍.结论 中国南方单纯缺失型PWS患儿中缺失Ⅰ和缺失Ⅱ临床表现差异无统计学意义.中国南方PWS患儿普遍存在典型的临床特征,可作为进一步行PWS分子诊断的初步筛选指标.
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编辑人员丨2023/8/6
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八例22 q11.2区微重复胎儿产前诊断和妊娠结局分析
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨22 q11.2区微重复与临床表型之间的关系,为遗传咨询提供依据.方法:对2015年2月至2017年3月在杭州市妇产科医院、丽水市妇幼保健院产前诊断中心接受羊水穿刺产前诊断,染色体微阵列分析(CMA)报告为22 q11.2区微重复的8例胎儿的产前诊断指征、胎儿超声检查情况、染色体核型、父母CMA检测结果、妊娠结局、出生后的生长发育情况进行回顾性分析.结果:8例胎儿产前血清学筛查结果21三体高风险6例、胎儿颈项皮肤皱褶(NF)增厚1例、母亲染色体平衡易位1例.胎儿超声检查结果胎儿NF增厚1例,胎儿侧脑室增宽1例,未发现异常6例.CMA检测结果提示,22 q11.2区域微重复片段大小为651 kb~3.2 Mb.6例胎儿通过父母的CMA溯源,均来自正常表型的父母一方,2例父母拒绝溯源.引产2例,继续妊娠6例.继续妊娠胎儿出生时外观正常,随访至今最大年龄3.5岁,生长发育和心理发育正常5例,生长迟缓1例.结论:本组22 q11.2区微重复胎儿出生前后无特异的临床表现,均遗传自无任何异常症状的父母一方,提示对22 q11.2微重复胎儿应当慎重处理.
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编辑人员丨2023/8/6
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全基因组染色体微阵列分析及核型分析在颈项透明层增厚胎儿遗传学诊断中的价值
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨全基因组染色体微阵列分析(CMA)及核型分析在颈项透明层(NT)增厚胎儿中的临床检测效能和价值,分析NT增厚在染色体显微及亚显微水平上的遗传学发病原因.方法 选取2017年1月1日—2018年9月30日在安徽省妇幼保健院产前诊断中心就诊的62例早孕期(11~13+6周)孕妇,经超声检查提示胎儿NT厚度≥2.5 mm,经羊水穿刺获取标本,再行标准的"核型分析+CMA"检查,确定遗传学诊断,结合临床资料分析检测结果 .结果 ①核型分析的检出率为16.13%(10/62),其中唐氏综合征5例,18三体综合征2例,1例嵌合体,另有2例结构畸变;CMA总检出率为24.19%(15/62),7例非整倍体与核型结果一致,8例为染色体微缺失/微重复.②按照NT值分组,核型分析和CMA在2.5 mm≤NT<3.5 mm、3.5 mm≤NT<4.5 mm、NT≥4.5 mm组中检出率分别为13.33%(4/30)/20.00%(6/30)、22.73%(5/22)/22.73%(5/22)、10.00%(1/10)/40.00%(4/10).③受检样本中3例核型与CMA结果不符,1例核型为46,XN(28)/47,XN,+mar(14),CMA显示12p13.33p11.1区段发生2次重复,1例核型为46,XN,t(1:16)(q41:q23)pat,CMA正常,1例核型提示18号衍生染色体46,XN,der(18),CMA提示18p11.32p11.21区带存在14.9 Mb缺失,同时Yp11.31p11.2区域存在约8.2 Mb重复.在52例核型正常、NT增厚的胎儿中,CMA额外检出6例(11.54%)亚显微拷贝数变异(CNV),大小介于459 kb~2.03 Mb,涉及1q21.1q21.2、2q13、Xq28、11p15.4等区带.结论 胎儿NT增厚与染色体异常关系密切,且随NT值升高合并染色体病风险增大,CMA能检测传统核型分析无法识别的染色体微缺失/微重复,建议对NT增厚胎儿,应采用核型分析+CMA的标准遗传学诊断模式.
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编辑人员丨2023/8/5
