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融合多尺度注意力的脊柱侧弯Cobb角自动估计算法
编辑人员丨6天前
目的 青少年特发性脊柱侧弯(adolescent idiopathic scoliosis,AIS)是危害青少年健康的常见疾病之一.临床上,X线图像Cobb角测量法是评估患者脊柱侧凸严重程度的"金标准".由于X线图像中肋骨和骨盆阴影重叠以及椎骨形态差异等因素影响,人工测量在寻找关键点时步骤复杂且耗时长,快速且准确的Cobb角自动测量方法具有重要临床应用价值.现有深度学习方法中基于分割的方法易受图像质量影响;基于关键点检测方法过于关注局部特征提取导致定位不准确等问题.为此,本文提出了一种以椎骨为中心的标志点检测方法,来实现脊柱侧弯Cobb角自动估计算法.方法 构建一种基于融合多尺度和注意力机制M型椎骨检测网络(multi-scale attention M-shaped network,MSAM-Net).首先,使用多尺度金字塔拆分注意力(multi-scale pyramids squeeze attention,MPSA)模块和注意力特征融合(attentional feature fusion,AFF)模块提取椎骨特征和上下文信息,然后,根据椎体中心和角偏移量定位4个角标志点,以在脊柱侧弯评估任务中提高椎骨标志点检测的性能,进而实现近胸段、主胸段和胸腰段曲线的Cobb角估计.结果 为了评估Cobb角估计与真实侧弯角度之间的偏差程度,本研究算法基于AASCE MICCAI 2019挑战赛数据集,使用4种指标对Cobb角精度进行评估,分别是对称平均绝对百分比误差(symmetric mean absolute percentage error,SMAPE)、欧氏距离(Euclidean distance,ED)、曼哈顿距离(Manhattan distance,MD)和切比雪夫距离(Chebyshev distance,CD).测试得到SMAPE为9.39%,ED为4.18;MD为5.92;CD为5.34.与基于分割和检测的5种深度学习方法进行对比,实现更好的Cobb角测量结果.结论 本研究可以准确识别和定位X线图像中椎骨,帮助医生测量AIS患者的Cobb角,为临床AIS诊断、手术计划和脊柱健康分析提供决策支持.
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编辑人员丨6天前
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急性B淋巴细胞白血病KMT2A::AFF1基因表达的临床特征分析
编辑人员丨6天前
目的:分析伴KMT2A::AFF1基因阳性急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的临床特点与患者预后及其预后风险因素的相关性。方法:回顾性队列研究。纳入2011年4月1日至2022年7月31日上海市第一人民医院和海军军医大学附属第一医院收治的B-ALL 病例167例,按照基因类型进行分组。KMT2A::AFF1基因阳性B-ALL病例22例作为实验组,BCR::ABL基因阳性B-ALL 54例作为对照组1和91例KMT2A::AFF1及BCR::ABL基因阴性B-ALL作为对照组2。实验组、对照组1和对照组2的首诊中位年龄分别为43.5(30.5,56)岁、43.5(34,55)岁和32(24,46)岁。三组中位白细胞计数分别为142.4(25.7,247.2)×10 9/L、37.6(15.7,102.2)×10 9/L和13.4(4.3,33.0)×10 9/L。三组骨髓异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)率分别为45.5%、72.2%和72.5%。运用SPSS 26.0软件,采用非参数检验的秩和检验、卡方检验、Kaplan-Meier及Cox回归的统计学方法,分析比较试验组与对照组间患者的临床特征、化疗和预后的差异,分析实验组风险因素及allo-HSCT预后差异。 结果:实验组与对照组2的年龄差异有统计学意义( Z=-2.151, P=0.031);实验组白细胞计数明显高于对照组1组( Z=-2.363, P=0.018)和对照组2( Z=-4.886, P<0.001);实验组的allo-HSCT率低于对照组1(45.5% 比72.2%, χ 2=4.890, P=0.027)和对照组2(45.5%比72.5%, χ 2=5.897, P=0.015)。三组一个疗程缓解率分别为60%(12/20)、83.3%(45/54)及76.7%(69/90),两个疗程化疗缓解率分别为25%(5/20)、7.4%(4/54)、12.2%(11/90),两个疗程以上或未缓解率分别为15%(3/20)、9.3%(5/54)、11.1%(10/90)。实验组较对照组1化疗效果差( Z=-1.979, P=0.048)。3组在性别、染色体是否为标危核型、初发时血红蛋白、血小板计数及骨髓原始细胞百分比差异无统计学意义。实验组总生存(OS)率低于对照组1和对照组2(23.9%比36.7%, χ 2=7.608, P=0.006和23.9%比44.8%, χ 2=6.442, P=0.011),3年无复发生存(RFS)也低于其他两组(14.0%比57.6%, χ 2=17.823, P<0.001和14.0%比48.2%, χ 2=16.432, P<0.001)。实验组allo-HSCT与未进行allo-HSCT的总OS率差异有统计学意义(45.0 %比9.2%, χ 2=15.254, P<0.001)。单因素分析显示,年龄是实验组患者RFS的风险因素,allo-HSCT治疗是OS的保护因素。多因素分析显示,allo-HSCT为实验组OS的独立保护因素。 结论:伴KMT2A::AFF1基因阳性的B-ALL患者白细胞高,化疗较不敏感,预后差。年龄是其风险因素,allo-HSCT可以改善预后。
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编辑人员丨6天前
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AFF4在人类HEL细胞中广泛地影响RNA聚合酶Ⅱ的停滞释放
编辑人员丨2023/9/16
在转录延伸过程中,P-TEFb激酶(由激酶CDK9 和Cyclin T1 组成的二聚体)是释放停滞的Pol Ⅱ这一步的关键调节因子.在人类细胞中,它可参与形成三个更大的复合体,即超级延伸复合体(super elongation complex,SEC)、BRD4/P-TEFb 和 7SK snRNP,其活性在前两者中不被抑制,而在后者中被抑制.除 P-TEFb 外,SEC还含有AFF1 或 4、AF9 或ENL、ELL1、2 或 3,EAF1 或 2 等无酶活亚基,这些亚基被认为可通过P-TEFb影响转录延伸.本课题组前期的研究和其他实验室的研究工作均已表明AFF1、AF9 和ENL亚基均可调控转录启始,但尚不清楚 AFF4 是否具有相似的功能.在调控基因表达的选择性方面,近期有研究表明 BRD4/P-TEFb在人类结直肠腺癌细胞DLD-1 中主要负责除热激基因以外的其他基因的停滞释放,而SEC负责热激基因的停滞释放.为了深入理解AFF4 的功能,本研究利用RNA干扰技术在人类红系白血病细胞HEL中敲低了AFF4,发现RNA聚合酶Ⅱ(Pol Ⅱ)的羧基端重复区(C-terminal domain,CTD)内第二个丝氨酸(Serine 2,Ser-2)的磷酸化水平降低.利用RNA-seq和CUT&Tag确定了AFF4 的直接靶基因,利用ChIP-seq和PRO-seq发现AFF4 对转录启始的影响不明确、对Pol Ⅱ的停滞释放的调控不局限于热激基因,利用ChIP-qPCR发现AFF4 缺失降低了P-TEFb的染色质结合.上述研究结果表明,AFF4 对Pol Ⅱ的停滞释放的调控可能具有一定的细胞类型特异性,即在一些细胞内仅调控热激基因的停滞释放,而在另一些细胞中调控的对象却不仅限于热激基因.
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编辑人员丨2023/9/16
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通过外显子组测序对1例孤独症谱系障碍患者的致病基因分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 应用外显子测序技术对1例孤独症谱系障碍的男童进行外显子组测序分析,寻找致病基因.方法 选择1例就读于自闭症特殊学校的5岁男童,收集其临床资料,提取外周静脉血DNA,应用Nimblegen外显子序列捕获芯片及高通量测序技术对外显子区域进行测序.结果 通过全外显子组捕获测序发现了非同义突变11 309个,移码突变365个,同义突变23 075个,其中发现有4个基因的突变已有文献报道可能与孤独症谱系障碍的发病有关,这4个基因包括PTEN、AFF2、LAMB1、NRCAM.结论 应用外显子组捕获测序对该例孤独症谱系障碍的男童进行测序分析显示,大量单核苷酸多态性可能与该病的发生有关,也进一步证实了PTEN、AFF2、LAMB1、NRCAM这4个基因可能与孤独症谱系障碍的发生有关,有待进一步大样本研究及实验室研究验证其在孤独症谱系障碍发病中的具体机制.
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编辑人员丨2023/8/5
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AFF4 regulates osteogenic differentiation of human dental follicle cells
编辑人员丨2023/8/5
INTRODUCTIONThe integrity of dentition is of significant importance to oral health. Dentition defects can have adverse influences on oral functions, such as the vocalization, masticatory function and aesthetics, thus diminishing the patients' quality of life.1 There is a high prevalence of periodontal problems, but tooth loss is not a good option. As a chronic infectious disease, periodontal disease is characterized by the inflammation of supporting tissues, such as gingiva, the periodontal membrane, the cementum and alveolar bone, resulting in loose or lost teeth.2 Dental prosthetic treatment plays a vital role in achieving mechanical and partial functional restoration. However, the ultimate goal of treatment is regenerat-ing the damaged periodontal tissue to restore the original composition and function.3 With this goal in mind, periodontal tissue regeneration engineering provides a potential solution. The oral cavity contains rich sources of mesenchymal stem cells, and previous studies have shown that these stem cells have a superior ability to regenerate tissue in vitro, especially in terms of osteogenesis.4 Dental follicle cells (DFCs), which show excellent osteogenesis potential, can hopefully be a substitute for traditional marrow stem cells.
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编辑人员丨2023/8/5
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核转录因子I-C在牙根发育中的作用
编辑人员丨2023/8/5
牙根发育是一个复杂的过程,由上皮和间充质共同调控完成,并涉及多种分子的相互作用.研究发现,核转录因子I-C(nuclear factor I-C,NFIC)是调控牙根发育的主要分子之一,NFIC参与根部牙本质的形成.牙根的生长是通过与多种分子相互作用实现的,这些分子包括转化生长因子-β(transforming growth factorβ,TGF-β)、Krüppel样转录因子4(Krüppel-like factor 4,KLF4)、Osterix(OSX)、Hedgehog(HH)、AFF4和微量元素锌等.本文将对NFIC在牙根形成过程中的作用和与NFIC相关的分子作一综述.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-508-3p靶向AFF4/TGFβ1信号通路调控人牙髓细胞分化的机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨miR-508-3p对缺氧牙髓细胞分化的影响及其机制.方法:用氯化钴(CoC12)诱导缺氧模型,记为实验组.用等量生理盐水处理的牙髓细胞为对照组.脂质体法将miR-NC、miR-508-3p、si-NC、si-AFF4、miR-508-3p+pcDNA、miR-508-3p+pcDNA-AFF4转染缺氧牙髓细胞.RT-qPCR法检测miR-508-3p、AFF4的表达及分化相关基因牙本质基质蛋白(DMPl)、牙本质涎磷蛋白(DSPP)、骨钙素(OCN)、碱性磷酸酶(ALP)的表达.Westem blotting法检测细胞中AFF4、DMP1、DSPP、OCN、ALP、转化生长因子β1(TGFβ1)、Smad、骨形态发生蛋白(BMP)的表达.双荧光素酶报告实验检测miR-508-3p与AFF4的靶向关系.结果:与对照组相比,实验组牙髓细胞miR-508-3p表达显著升高,AFF4、DMP1、DSPP、OCN、ALP的表达均显著降低(均P<0.01).过表达miR-508-3p可显著抑制DMP1、DSPP、OCN、ALP的表达,敲减AFF4具有相似的作用(均P<0.01).双荧光素酶报告实验显示,miR-508-3p与AFF4存在互补的结合位点,且过表达AFF4逆转了过表达miR-508-3p对缺氧牙髓细胞的分化抑制作用(P<0.01).上调miR-508-3p表达或下调AFF4表达能显著降低TGFβ1、Smad、BMP蛋白表达(P<0.01).结论:miR-508-3p通过靶向AFF4抑制下游TGFβ1信号通路的活性发挥抑制缺氧牙髓细胞分化作用.
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编辑人员丨2023/8/5
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MLL-AF4(KMT2A/AFF1)阳性急性白血病系别转化三例报告并文献复习
编辑人员丨2023/8/5
在急性白血病治疗过程中系别转化罕见,在与系别转化相关的染色体畸变中,t(4;11)(q21;q23)与KMT2A/AFF1 融合蛋白[原混合谱系白血病(mixed linage leukemia,MLL)基因 MLL/AFF1 或 MLL/AF4 ]重排最为常见[1 ].研究表明,MLL重排急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)起源于一个有淋巴细胞分化潜能的前体细胞,从而使系别发生潜在的变化[2].细胞毒性治疗后患者的系别转化是由选择或基因重组引起的[2].博纳吐单抗是一种双特异性单克隆抗体,由一种抗 CD19 抗体和一种抗CD3 抗体连接而成,对B细胞 CD19 和细胞毒性 T细胞CD3 均具有特异性.在与2 个表位同时结合后,正常和肿瘤B细胞被宿主细胞毒性 T细胞裂解.有研究报道,6 例婴幼儿和 4 例成人急性 B淋巴细胞白血病(B cell acute lymphoblastic leukemia,B-ALL)在CD19 靶向治疗[嵌合抗原受体 T细胞(chimeric anti-gen receptor T-cells,CAR-T)和博纳吐单抗]后转化为急性髓系白血病[1,3-9].有研究观察到 CD19 靶向免疫治疗后复发与获得髓样表型和 B淋巴系抗原缺失有关,是一种新的复发机制,不同于以前注意到的孤立CD19表达丢失[3,10].可能是ALL患者接受靶向免疫治疗后经过髓系转化而产生的一种耐药和适应.
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编辑人员丨2023/8/5
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甘肃临夏盆地中新世鬣狗科一新属新种
编辑人员丨2023/8/5
非洲土狼(Proteles cristatus)是鬣狗科中牙齿最为退化的一个种类,与其他化石及现生鬣狗物种粗壮的碎骨型牙齿形态截然不同.它的化石记录可以追溯到上新世,但尚缺少中间过渡形态的化石记录,以致生物学家对这一罕见的食蚁性食肉目动物的起源演化缺乏清楚的认知.描述了鬣狗科化石一新属甘肃鬣狗(Gansuyaena),并讨论其对于土狼起源的重要指示.所记述的标本为从海外收回的甘肃临夏盆地新近纪材料,包括两件破损头骨和下颌.基于甘肃鬣狗的形态特征,进行了一系列的系统发育分析,结果显示Proteles,Mesoviverrops,Plioviverrops和Gansuyaena组成一个相对原始的鬣狗类群,即土狼亚科(Protelinae).而且,新的形态证据支持土狼亚科在形态粗壮的鬣狗亚科出现之前就已形成一个独立的支系.
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编辑人员丨2023/8/5
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AFF4在年轻恒牙牙髓炎中的表达及对牙髓细胞分化的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨AF4/FMR2家族成员4(AFF4)在年轻恒牙牙髓炎中的表达特征和对牙髓细胞(DPCs)成骨分化的影响.方法:荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白质印迹法、免疫组织化学法检测AFF4的表达.培养DPCs,用AFF4过表达载体(pcDNA-AFF4组)和过表达载体对照(pcDNA-ctrl组)转染DPCs,CCK-8法检测细胞增殖,Annexin V-FITC/PI双染法检测细胞的凋亡,碱性磷酸酶(ALP)活性检测和茜素红S(ARS)染色分析细胞的成骨分化.qRT-PCR检测分化标志物骨钙素(OCN)、骨桥蛋白(OPN)、骨形成锌指转录因子(OSX)、肌节同源框基因2(MSX2)、远端同源框基因5(DLX5)和runt相关转录因子2(RUNX2)的表达.结果:年轻恒牙牙髓炎中AFF4表达下调(P<0.05).与pcDNA-ctrl组比,pcDNA-AFF4 组中细胞增殖率、ALP活性、矿化结构都增加,而凋亡率降低,且OCN、OPN、OSX、MSX2、DLX5、RUNX2 的表达上调(均P<0.05).结论:年轻恒牙牙髓炎中AFF4 表达降低,过表达AFF4 促进DPCs增殖和成骨分化,并抑制细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5