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动脉粥样硬化患者外周血单核细胞差异表达基因分析及生物标志物筛选
编辑人员丨1周前
目的:研究及分析动脉粥样硬化患者外周血单核细胞差异表达基因,筛选动脉粥样硬化潜在的分子标志物。方法:通过GEO数据库获取GSE23746和GSE9820基因芯片数据集。GSE23746包含了76例就诊于华盛顿大学附属医院的颈动脉粥样硬化患者及19例对照者的单核细胞样本。GSE9820包含了18例就诊于荷兰阿姆斯特丹自由大学医学中心的重度病变的冠心病患者及13例对照者的单核细胞样本。分别筛选颈动脉粥样硬化患者及冠状动脉粥样硬化患者相对于对照组的差异表达基因,并确定两个数据集的共同差异表达基因。然后对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。再对差异表达基因进行蛋白相互作用网络(PPI)分析,并选出关键基因。结果:在颈动脉粥样硬化和冠状动脉粥样硬化患者的外周血单核细胞中分别筛选出16个和153个下调的差异表达基因。颈动脉粥样硬化的差异表达基因主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、免疫应答等生物过程;富集到的KEGG通路包括Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路。冠状动脉粥样硬化的差异表达基因主要参与的生物过程包括核小体装配、凝血、基因表达的调控;富集到的KEGG通路包括系统性红斑狼疮以及细胞因子趋化通路。通过构建PPI网络,在颈动脉粥样硬化患者中识别出5个枢纽基因TNF、IL1B、趋化因子(C-X-C基序)配体8(CXCL8)、趋化因子(C-C基序)配体4(CCL4)、B细胞κ轻肽基因增强子核因子抑制因子(NFKBIA),在冠状动脉粥样硬化患者中识别出5个枢纽基因(组蛋白HIST1H2AC、HIST1H2BJ、HIST1H2BH、HIST2H2AC、HIST2H2BE),这些基因主要参与炎症反应及炎症信号分子的转录和表达。同时还筛选出两个数据集的共同差异表达基因早期生长反应基因1(EGR1)和趋化性细胞因子配体CCL3样蛋白1(CCL3L1)。结论:基于GEO数据库的生物信息学分析,动脉粥样硬化患者外周血单核细胞的炎症信号被抑制;共同差异表达基因EGR1和CCL3L1可作为潜在的生物标志物用于动脉粥样硬化的筛查。这为动脉粥样硬化的机制研究和临床诊疗提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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IKBKB基因敲除对胃癌细胞NLRC5、NF-κB表达以及生物学功能的影响
编辑人员丨2024/5/25
目的:探究 IKBKB 基因在胃癌细胞中的表达水平与 NLRC5、NF-κB 的作用关系,明确其对胃癌细胞生物学功能影响.方法:采用 pLenti-IKBKB-sgRNA 基因敲除质粒直接对人胃癌 SGC-7901 细胞系进行转染,应用免疫印迹试验(western blot,WB)检测单克隆细胞株中IKBKB 基因敲除的效果,以及 NLRC5、NF-κB 的表达水平.划痕实验和Transwell 迁移实验检测单克隆细胞的迁移能力,流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期.成瘤实验观察单克隆细胞对瘤体生长的影响.在临床胃癌组织和癌旁组织中采用免疫组化染色评估NLRC5、NF-κB、IKBKB 的表达状态.明确 IKBKB 与 NLRC5、NF-κB 的相关性以及临床诊断价值.结果:敲除 IKBKB 基因后人胃癌 SGC-7901 细胞中 NLRC5、NF-κB 的表达水平显著降低,细胞迁移和侵袭能力减弱.细胞发生 G1 期阻滞,降低了 SGC-79013 细胞增殖能力,细胞总凋亡率显著上升.IKBKB 敲除后 NLRC5、NF-κB 表达水平下调影响瘤体的生长发育.NLRC5、NF-κB、IKBKB 在胃癌组织中表达水平高于癌旁组织,NLRC5、NF-κB 与 IKBKB 的表达水平呈正相关.IKBKB、NLRC5、NF-κB 三者联合诊断胃癌 AUC 为 0.921(0.876~0.967).结论:IKBKB 在胃癌细胞与NLRC5、NF-κB 存在相关作用关系,协同促进胃癌的发生和发展.
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编辑人员丨2024/5/25
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川陈皮素干预阿尔茨海默病作用机制研究进展
编辑人员丨2024/1/6
川陈皮素来源于中药陈皮的多甲氧基黄酮(polymethoxyflavonoids,PMFs)成分,具有抗肿瘤、抗氧化、抗炎、抗肥胖和抗动脉粥样硬化等功效,现代研究发现其在治疗阿尔茨海默病方面具有良好的潜力.阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)是一种神经系统退行性疾病,是严重的健康和社会问题,药物治疗为最常用的治疗手段.川陈皮素通过抑制淀粉蛋白β-分解酶1 的活性,增加中性内肽酶的活性,调控cAMP/PKA/ERK,减轻淀粉样蛋白神经毒性;提高乙酰胆碱转移酶的活性、降低乙酰胆碱酯酶活性,增强谷氨酸受体-1 的磷酸化水平,提高神经元突触可塑性;调节活性氧、超氧化酶歧化物、丙二醛水平及细胞凋亡相关基因,减轻神经细胞氧化损伤;调节PI2K/AKT和NF-κB信号通路、调控炎症因子水平,减轻神经炎症损伤;逆转Tau蛋白的过度磷酸化,改善微管细胞骨架紊乱;调节胰岛素信号传导和线粒体功能,改善昼夜节律、睡眠周期失调.表明川陈皮素通过多种机制发挥防治AD的作用,但目前关于川陈皮素治疗AD的临床研究尚少,应进一步加强相关研究,以期为AD治疗新药的研发提供前期基础.
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编辑人员丨2024/1/6
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胃炎康方对慢性非萎缩性胃炎患者胃泌素相关基因调控通路影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 采用网络药理学预测胃炎康方的作用靶点,以临床样本验证该靶点的准确性,确定胃炎康方的分子机制.方法 采用随机数字表法将112例慢性非萎缩性胃炎患者分为治疗组和对照组各56例.对照组采用西医常规治疗;治疗组予胃炎康方,每日1剂,水煎,每日2次口服.2组均连续治疗4周.分析2组临床疗效.采用生物信息学手段挖掘胃炎康方潜在调控基因,预测其作用于胃炎的靶点.应用免疫组化法分析胃部组织样本以验证胃炎康方的作用机制.结果 治疗组总有效率为87.5% (49/56),对照组为78.6% (44/56),2组比较差异无统计学意义(P>0.05).胃镜显示2组胃部病理学结构均好转,差异无统计学意义(P>0.05).通过网络药理学对胃炎康方作用的靶基因进行预测,其胃泌素相关的靶基因包括前列腺素G/H合成酶2、B细胞κ轻肽基因增强子抑制因子、磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基δ及前列腺素F2α受体.并预测胃炎康方可基由PTGS2→IKBKB的信号通路,抑制胃泌素所致的炎症反应.通过胃炎康方治疗的临床样本分析,基本验证以上推论.结论 胃炎康方通过对PTGS2、IKBKB、PIK3CD、PTGFR等靶基因的调控激活相应信号通路而发挥治疗作用.采用网络药理学手段可快速预测复方作用靶点,应用该方法可解释复方对相关疾病的治疗机制,并提供新的研究手段.
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编辑人员丨2023/8/6
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川芎嗪注射液通过抗炎、抗氧化和抗凋亡减轻脂多糖诱发急性肺损伤的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察川芎嗪注射液对急性肺损伤(ALI)的治疗作用并探讨其可能的机制.方法 利用脂多糖(LPS)建立ALI体内体外疾病模型.测定促炎细胞因子的蛋白水平和一氧化氮(NO)含量,炎症介质和凋亡基因的表达水平,活性氧(ROS)含量,丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)的变化,观察肺脏病理改变及肺组织湿/干重(W/D)比值变化,及肺组织的细胞凋亡情况.结果 川芎嗪注射液抑制LPS诱导的ROS生成和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-β(IL-β)、白细胞介素-6(IL-6)的分泌,下调核因子E2相关因子(Nrf2)、血红素加氧酶-1 (HO-1)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、环氧化酶2(COX2)、髓样细胞触发受体-1 (TREM-1)、髓样细胞触发受体-2 (TREM-2)、核转录因子-κB p65 (NF-κBp65)、细胞间黏附分子-1(ICAM-1)和血管细胞黏附分子-1 (VCAM-1)的表达,显著降低ALI细胞和大鼠模型中NO和MDA的水平,抑制SOD活性,增强GSH-PX活性,抑制肺细胞凋亡,抑制Bax增强Bcl-2的表达,并且川芎嗪注射液可明显减轻LPS所致的肺组织病理改变,降低肺组织W/D比值.结论 川芎嗪注射液具有抗炎、抗氧化和凋亡的作用,能够减轻LPS导致的肺组织细胞损伤,起到较好的保护作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于16S rRNA技术分析黄连酒蒸前后对正常及2型糖尿病大鼠肠道微生物的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:基于16S rRNA技术研究黄连酒蒸前后对正常和2型糖尿病大鼠肠道菌群的影响,从肠道菌群的角度探讨黄连酒蒸炮制“减毒增效”的原理.方法:采用高脂饮食结合链脲佐菌素复制2型糖尿病大鼠模型.正常和模型大鼠分别按0.8 g·kg-1(按生药量计)每天灌胃生黄连生品或酒蒸黄连水煎液,阳性药组按0.25 g·kg-1每天灌胃二甲双胍溶液,连续给药30 d.每周测1次血糖,于给药第27天进行口服糖耐量的测定.于第30天取粪便后麻醉大鼠,取血进行酶联免疫吸附试验(ELISA)检测,解剖取结肠进行苏木精-伊红(HE)染色.基于16S rRNA基因测序技术对各个组大鼠肠道菌群的alpha多样性,beta多样性,菌群丰度及构成,及其与抗炎抗氧化的相关性等进行综合评价.结果:正常大鼠给予黄连生品或酒蒸黄连后,出现了一定的炎性反应,氧化-抗氧化系统失衡,结肠病理性损伤以及肠道菌群改变,表现出了一定的毒副作用,但酒蒸黄连的毒副作用低于生黄连.黄连酒蒸前后均能降低2型糖尿病大鼠的空腹血糖以及提高糖耐量,虽然酒蒸后作用有增强的趋势,但酒蒸前后无显著差异.2型糖尿病大鼠出现轻度的炎症反应和氧化-抗氧化系统失衡,表现为白细胞介素(1L)-6,核转录因子(NF)-κB和丙二醛(MDA)含量显著升高(P<0.05,P<0.01),谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px),还原型谷胱甘肽(GSH),超氧化物歧化酶(SOD),过氧化氢酶(CAT)活力明显降低(P<0.01),黄连酒蒸前后均能抑制炎症反应以及氧化-抗氧化系统失衡,且酒蒸黄连作用优于黄连生品;2型糖尿病大鼠出现明显的结肠病理性损伤,而黄连酒蒸前后均能减轻这种改变,且酒蒸黄连作用优于生黄连.2型糖尿病大鼠出现明显的肠道菌群紊乱,包括下调拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Firmicutes)和Kiritimatiellaeota,上调变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),绿弯菌门(Chloroflexi),蓝细菌门(Cyanobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),黄连酒蒸前后均能减轻肠道菌群紊乱,且黄连对Kiritimatiellaeota,Cyanobacteria和Verrucomicrobia的调节作用强于酒蒸黄连,酒蒸黄连可以显著降低Chloroflexi水平,而黄连生品无此作用.肠道菌群可能与黄连酒蒸前后的抗氧化能力具有一定的相关性.结论:黄连酒蒸前后可通过调节肠道菌群而对2型糖尿病大鼠起到治疗作用,且酒蒸黄连疗效更佳;黄连酒蒸后对肠道菌群的“毒副作用”降低.黄连酒蒸“减毒增效”的炮制机制与肠道菌群密切相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于网络药理学的青黛治疗溃疡性结肠炎作用机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:利用网络药理学方法探究青黛治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制,为临床上应用青黛治疗UC提供参考.方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt、GeneCards、OMIM数据库,筛选出青黛治疗UC的有效化学成分及靶点,并建立可视化网络模型;利用Cytoscape 3.7.0软件绘制成分-靶点网络关系图,并分析青黛治疗UC的核心靶点;采用Metascape基因注释工具对靶点进行生物通路富集分析.结果:共筛选出青黛化学成分29个,其中与UC相关的有效成分7个,分别是10H-吲哚并[3,2-b]喹啉、异靛蓝、靛蓝、6-(3-氧代吲哚-2-亚甲基)吲哚并[2,1-b]喹唑啉-12-酮、靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪;成分对应的治疗UC作用靶点18个,包括环加氧酶1(PTGS1)、雌激素受体1(ESR1)、丝氨酸蛋白酶1(PRSS1)、雄激素受体(AR)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、细胞有丝分裂检验点激酶1(CHEK1)、过氧化物酶增殖激活受体γ(PPARG)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)、代谢活化酶细胞色素P450-1A1(CYP1A1)、方烃受体(AHR)、B细胞淋巴瘤-2(Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-8(CASP8)、半胱氨酸蛋白酶-9(CASP9)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、对氧磷酶1(PON1)、转录因子p65(RELA)、B细胞κ轻肽基因增强子抑制因子激酶β(IKBKB);上述有效成分及靶点经Cytoscape 3.7.0网络可视化后筛选出包括靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪在内的关键成分与PTGS1、ESR1、PRSS1、CASP3、CASP8、CASP9在内的核心基因;生物富集分析显示,青黛可能主要参与外源性凋亡信号通路、对有毒物质的反应、对有机环化合物的反应、对抗生素的反应、对类固醇激素的反应及参与调节外源性凋亡信号通路等生物过程,通过调控凋亡、p53、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路发挥治疗UC的作用.结论:通过网络药理学预测青黛可能是通过抑制肠道细胞凋亡、抑制肠道炎症症状、促进受损黏膜修复起到治疗UC的作用,为临床应用青黛治疗UC提供参考.
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编辑人员丨2023/8/5
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黄芪多糖对乳鼠心肌细胞缺氧/复氧损伤的影响和机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究黄芪多糖(APS)对缺氧/复氧(H/R)所致乳鼠心肌细胞损伤的保护作用及其机制.?方法 分离并体外培养乳鼠心肌细胞3 d后随机分为五组,正常组、H/R组、APS低、中、高剂量(20、40、80μmol/mL)组;给药干预30 min后,H/R组和APS各剂量组给予缺氧2.5 h后复氧处理.复氧2 h后,CCK-8法检测细胞增殖抑制率,Annexin V-FITC/PI染色法检测细胞凋亡水平,生化分析法检测培养液中乳酸脱氢酶(LDH)、肌酸激酶(CK)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)水平,酶联免疫吸附(ELISA)法检测培养液中N末端脑钠肽前体(NT-proBNP)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)水平,Western blot法检测糖调节蛋白78(GRP78)、CCAAT/增强子结合蛋白同源蛋白(CHOP)、激活型半胱氨酸蛋白酶-12(cleved caspase-12)、B细胞淋巴瘤基因-2(bcl-2)、bcl-2相关X蛋白(Bax)、核因子-κB(NF-κB)蛋白表达. 结果与正常组比较,H/R组细胞增殖抑制率和凋亡率升高(P<0.01),培养液中LDH、CK、CK-MB水平和NT-proBNP、TNF-α、IL-1β 水平升高(P<0.01);GRP78、CHOP、Cleved Caspase-12、Bax、NF-κB蛋白表达上调而bcl-2表达下调(P<0.01),bcl-2/Bax比值降低(P<0.01).与H/R组比较,APS中、高剂量细胞增殖抑制率和凋亡率降低(P<0.01),培养液中LDH、CK、CK-MB水平和NT-proBNP、TNF-α、IL-1β水平降低(P<0.05);GRP78、CHOP、Cleved Caspase-12、Bax、NF-κB蛋白表达下调而bcl-2表达上调(P<0.01),bcl-2/Bax比值升高(P<0.01).?结论 APS可以减轻H/R诱导的乳鼠心肌细胞损伤,可能与APS抑制内质网应激通路介导的细胞凋亡和炎症反应有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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鸡血藤总黄酮对卒中大鼠Notch/NF-κB通路及吞咽功能障碍的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 从果蝇双翅边缘缺刻同源基因(Notch)/核转录因子-κB(NF-κB)通路,分析鸡血藤总黄酮缓解卒中大鼠吞咽功能障碍的可能机制.方法 取SD雄性大鼠,用线栓法短暂性阻塞大脑中动脉90 min建立卒中后吞咽困难模型,随机分为假手术组、模型组、鸡血藤总黄酮组(20 g/kg)、Notch通路激活剂(Jagged1)组(25 ng/kg)、鸡血藤总黄酮+Jagged1组(20 g/kg+25 ng/kg),每组12只.术后第2天开始给药,各组连续给药14 d,每天1次.末次给药30 min后,用生物信号采集系统记录大鼠吞咽次数及吞咽反应时间;酶联免疫吸附法(ELISA)检测血清P物质(SP)、降钙素基因相关肽(CGRP)水平;免疫组织化学法检测孤束核延髓组织SP阳性表达水平;TUNEL染色观察孤束核延髓组织神经细胞凋亡情况;Western blot检测孤束核延髓组织Notch、多毛/增强分裂因子(Hes1)、p-NF-κBp65、NF-κBp65、促凋亡基因(Bax)蛋白表达.结果 与假手术组相比,模型组大鼠吞咽中枢神经凋亡及损伤严重,吞咽次数减少,SP阳性表达、CGRP表达降低,脑梗死体积、吞咽反应时间增加,吞咽中枢神经组织中Notch/NF-κBp65活化介导的促凋亡活性升高(P<0.05).鸡血藤总黄酮组大鼠可减轻吞咽中枢神经凋亡及损伤,抑制吞咽中枢神经组织中Notch/NF-κBp65活化介导的促凋亡活性升高,增加吞咽次数、SP阳性表达,缩短吞咽反应时间,改善吞咽功能障碍(P<0.05).Notch通路激活剂-Jagged1处理可促进吞咽中枢神经组织中Notch/NF-κBp65活化介导的促凋亡反应进一步活化,加重吞咽中枢神经凋亡及损伤,减少吞咽次数及SP阳性表达,并减弱鸡血藤总黄酮发挥的上述作用(P<0.05).结论 鸡血藤总黄酮可抑制吞咽中枢神经凋亡及损伤,缓解卒中后吞咽困难障碍的发展,且其抑制作用可能与抑制Notch/NF-κB通路活化有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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NFKBIZ基因表达在银屑病发病中的作用机制分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 旨在分析B细胞K轻肽基因增强子核因子抑制因子(NFKBIZ)基因表达在银屑病发病中的作用机制.方法 采用白细胞介素-17A/F(IL-17A/F)异源二聚体或肿瘤坏死因子-α(TNF-α)刺激培养的人角质细胞进行实验,并转染含有睫状肌核转录因子κB抑制物ζ基因表达的小干扰RNA(IκBζsiRNA)的细胞沉默IκBζ.收集细胞或上清液,进行定量聚合酶链反应(qPCR)、酶联免疫吸附测定(ELISA)以及蛋白质印迹(WB)检测特定的银屑病相关基因和蛋白质(NFKBIZ/IκBζ,CCL20,DEFB4/hBD2,S100A7,IL-8和CHI3L1),并通过将人角质细胞与p38有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)抑制剂(SB202190),ERK1/2抑制剂(PD98059),JNK1/2抑制剂(SP600125)或核转录因子-κB(NF-κB)抑制剂(SC-514)预孵育,以此评估所涉及的信号通路.结果 单独的IL-17A/F或联合TNF-α都能显著诱导刺激1.5 h、3 h、6 h和24 h的人角质细胞NFKBIZ mRNA表达,当IL-17A/F异源二聚体的浓度分别为10、100和1000 ng/mL或与TNF-α联合时能显著诱导NFKBIZ mRNA表达,且呈剂量依赖性;同时IL-17A/F异源二聚体及IL-17A和IL-17F的同型二聚体及IL-17A/F与TNF-α组合能显著诱导IκBζ蛋白质水平;IκBζ作为IL-17A/F诱导特定银屑病相关基因和蛋白的关键调节轴,且通过p38 MAPK和NF-κB相关机制介导IL-17A/F调节NFKBIZ基因表达.结论 IκBζ是银屑病中IL-17A/F驱动因子的关键调节轴.因此,IL-17A/F或IκBζ拮抗剂可能成为银屑病靶向治疗的新方法.
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编辑人员丨2023/8/5