目的:探讨联合检测外周血游离Septin9、SDC2、BCAT1基因启动子甲基化对结直肠癌诊断的临床意义。方法:回顾性分析2019年1月至9月同济大学附属东方医院消化科收治的患者资料，分为结直肠癌组（结肠癌62例，直肠癌59例）、癌前病变组（结直肠腺瘤77例，高级别上皮内瘤变5例）、疾病对照组（结直肠癌与进展期腺瘤阴性但存在其他肠道病变患者61例，非结直肠癌肿瘤患者17例）、健康对照组（94名）。采用荧光PCR法同步检测外周血血浆游离Septin9、SDC2、BCAT1 3种基因甲基化状态，分析联合检测3种基因的阳性率与结直肠临床病理特征的关系，并与癌胚抗原（CEA）阳性率作比较。将结直肠癌组按照临床TNM分期，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期按等级分析计数资料，通过受试者工作特征（ROC）曲线分析检测方法对疾病的诊断效能，比较ROC曲线下面积（AUC）。结果:结直肠癌组血浆游离Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测阳性率86%（104/121），癌前病变组阳性率12%（10/82），疾病对照组阳性率4%（3/78）、健康对照组阳性率4%（4/94）。结直肠癌组血浆Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测阳性率明显高于其他3组（χ 2 =237.246， P<0.001）。结直肠癌组中血浆Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测阳性率高于CEA阳性率（ P<0.001）。血浆Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测在结直肠癌组中Ⅰ~Ⅳ期的阳性率依次分别为73%（16/22）、87%（34/39）、86%（30/35）和96%（24/25），与CEA组相比，血浆Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测在结直肠癌Ⅰ~Ⅲ期阳性率显著高于CEA（ P<0.001），Ⅳ期阳性率与CEA相比差异无统计学意义（ P>0.05）。ROC曲线分析Septin9、SDC2、BCAT1基因检测AUC分别为0.857（95% CI 0.810~0.903）、0.819（95% CI 0.768~0.871）、0.862（95% CI 0.816~0.909），3个基因甲基化联合检测AUC为0.889（95% CI 0.846~0.933），再联合血清CEA检测AUC为0.913（95% CI 0.874~0.951）。结肠癌患者不同性别、年龄和癌变部位与Septin9、SDC2、BCAT1基因甲基化联合检测阳性率差异均无统计学意义（ P均>0.05）。 结论:联合检测外周血血浆游离Septin9、SDC2、BCAT1基因启动子甲基化有助于结直肠癌早期诊断，对结直肠癌Ⅰ~Ⅲ期阳性率高于CEA，3个基因联合检测提高了诊断效能。

目的:探讨血液样本中胞裂蛋白9（SEPT9）、干扰素调节因子4（IRF4）、支链氨基酸转氨酶1（BCAT1）和Ikaros家族锌指蛋白1（IKZF1）基因甲基化单独检测和联合检测对结直肠癌临床诊断的价值。方法:选取2015年2月至2018年5月于天津医科大学附属肿瘤医院结直肠肿瘤科接受手术治疗的105例结直肠癌患者作为病例组，同时选取年龄范围和性别比例与病例组相近的105例健康体检者作为对照组。采集各研究对象的血液样本及临床资料,采用甲基化特异性PCR检测血液中SEPT9、IRF4、BCAT1和IKZF1基因的甲基化状态，分析单基因和联合基因甲基化水平与结直肠癌临床病理特征的相关性。结果:病例组血液中SEPT9、IRF4、BCAT1和IKZF1单基因甲基化阳性率分别为67%（70/105）、44%（46/105）、45%（47/105）和46%（48/105），均高于对照组（均为0），差异均具有统计学意义（均 P<0.001）。病例组血液中上述4种基因甲基化联合检测的阳性率为76%，高于单基因甲基化阳性率。血液中SEPT9、IRF4、BCAT1、IKZF1单基因甲基化及4种基因联合甲基化状态均与结直肠癌患者的肿瘤临床分期、肿瘤最大径、无进展生存期（PFS）和总生存期相关（均 P<0.05）。 结论:血液中SEPT9、IRF4、BCAT1和IKZF1基因甲基化联合检测较单基因甲基化检测可明显提高结直肠癌检测的阳性率，为结直肠癌的早期诊断提供理论依据。

目的 探索BCAT1在皮肤鳞状细胞癌(cutaneous squamous cell carcinoma,CSCC)表达及作用,并初步探索其可能的潜在机制.方法 利用免疫组织化学染色对人正常皮肤组织及CSCC组织中BCAT1 的表达进行检测.利用转染技术对敲低人皮肤鳞癌SCL-1 细胞中BCAT1 表达后,检测细胞活力、增殖水平、迁移及侵袭能力;Western blot检测细胞增殖和侵袭相关的关键蛋白(PCNA、Snail、N-cad、Twist、MMP-7)的表达水平.结果 与正常皮肤组织相比,CSCC组织中BCAT1的表达水平显著增加;与NC-shRNA组相比,BCAT1-shRNA组细胞活力、增殖水平、迁移及侵袭能力均显著降低;与NC-shRNA组相比,BCAT1-shRNA组细胞中增殖和侵袭相关蛋白(PCNA、Snail、N-cad、Twist、MMP-7)表达水平均显著降低.结论 BCAT1在CSCC细胞中表达上调,且能促进CSCC细胞增殖、迁移和侵袭.

目的 本研究拟验证前期研究发现的bcat1基因表达产物支链氨基酸转氨酶1(BCAT1)作为胰腺导管腺癌潜在血清学诊断标志物的临床应用价值.方法 收集临床PDAC患者血清样本作为实验组,收集胃癌、肝癌、结直肠癌、慢性胰腺炎患者及健康人群血清样本作为对照,采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测血清样本BCAT1浓度,验证其作为标志物的临床诊断价值.结果 ELISA结果显示PDAC组患者血清BCAT1浓度显著高于健康对照组,差异有统计学意义(P<0.05,U=1 206).PDAC组患者血清BCAT1浓度高于慢性胰腺炎组,差异有统计学意义(P<0.05,H=33.80);与其他消化道肿瘤相比,高于肝癌组和结直肠癌组,差异有统计学意义(P<0.05,H=33.80),与胃癌组差异无统计学意义(P>0.05,H=33.80).BCAT1与CA19-9的相关性较好,且差异有统计学意义(P<0.05,R2=0.080 52),与CEA(R2=2.265e-005)、CA125(R2=0.025 88)和CA72-4(R2=0.007 7)相关性较低,差异无统计学意义(P>0.05);BCAT1诊断PDAC的AUC优于CA72-4,与CA125和CEA相当,劣于CA19-9;BCAT1 cut off值为1.556 ng/mL,敏感度为64.1%,特异度为80%.BCAT1在PDAC早中期患者血清浓度中位数为0.283 ng/mL,晚期患者升高为0.482 ng/mL,差异有统计学意义(P<0.05,U=1029);在肿瘤≥40 mm(U=641)、中低分化(U=435)、胰头部位(H=2.767)均表现为表达水平升高,差异无统计学意义(P均>0.05).动态观测的BCAT1 浓度在第 0 天和 1～30 天(U=44)、31～60 天和 61～90 天(U=36)浓度差异有统计学意义(P均<0.05).结论 BCAT1作为潜在的血清学标志物,对于PDAC的鉴别诊断、肿瘤分期、疾病进展判断具有参考价值,是目前现有的PDAC血清标志物的有益补充.

目的 通过生物信息学分析鉴定肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)与动脉粥样硬化(Atherosclerosis,AS)的共表达基因.方法 下载基因表达数据库(Gene expression om-nibus,GEO)中肝细胞癌(GSE84402,GSE25097)和动脉粥样硬化(GSE28829,GSE100927)的数据集.使用R软件加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression networkanalysis,WGC-NA)分析GSE84402和GSE28829数据集中共表达基因,Limma鉴定GSE25097和GSE100927数据集中差异表达基因(Differential gene express,DEGs),使用Venny识别WGCNA与差异基因的共表达基因并使用clusterProfiler进行、基因本体(Gene ontology,GO分析和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析.对WGCNA和差异基因的共表达基因进行qPCR,免疫组织化学技术(Immunohistochemistry,IHC),免疫荧光共定位(Immunofluores-cence,IF)等实验验证.结果 WGCNA分析共识别227个共表达基因,差异基因表达分析共识别5个共表达基因,鉴定HIF1A、CASP8、LEF1、BCAT1、LPL为HCC与AS共表达基因,KEGG分析显示这些基因主要富集在细胞周期和 MAPK信号通路,在HCC和AS中qPCR、IHC、免疫荧光共定位(Immunofluorescence,IF)均显示,共表达基因在病灶组织中的表达均高于对照组织(P<0.05).结论 HIF1A、CASP8、LEF1、BCAT1、LPL 5个共表达基因可能是HCC与AS的潜在生物学标志物.同时,MAPK信号通路及细胞周期通路在HCC和AS的发生发展中起到关键作用.

目的·探究染色质组织调节框同源蛋白8(chromobox protein homolog 8,CBX8)在前列腺癌中的生物学功能,并通过转录组及表观修饰分析揭示CBX8在前列腺癌转移中的作用机制.方法·利用cBioPortal数据库对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中前列腺腺癌(prostate adenocarcinoma,PRAD)患者样本数据集进行 CBX家族蛋白mRNA表达分析.采用短发夹RNA技术敲低DU145前列腺癌细胞系中的CBX8,通过CCK-8和Transwell实验检测细胞增殖和侵袭水平的变化.使用RNA转录组测序(RNA-seq)分析敲低CBX8后影响的差异表达基因.对这些差异表达基因进行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)、基因本体论(Gene Ontology,GO)功能分析以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析.通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)观察和测定敲低CBX8后基因组H3K27me3甲基化水平的变化.结果·根据对TCGA-PRAD患者样本数据的分析,发现CBX8 mRNA在前列腺癌中高表达.在前列腺癌细胞系DU145中敲低CBX8后,细胞的增殖能力没有显著变化(P＞0.05),但其侵袭能力却显著提高(P＜0.05).RNA-seq分析显示CBX8敲低导致750个基因表达上调,951个基因表达下调;其中,与多种肿瘤转移有关的支链氨基酸转氨酶1(branched-chain-amino-acid aminotransferase 1,BCAT1)在敲除CBX8后表达明显上升.GSEA显示表达水平受影响的基因与多梳蛋白复合体1(polycomb repressive complex 1,PRC1)的功能有关.同时,通过GO和KEGG信号通路富集分析发现受影响的生物过程包括转运RNA(transfer RNA,tRNA)氨酰化、DNA复制、氨酰基-tRNA连接酶活性变化以及钙黏蛋白的结合等;特别是在GO功能分析的细胞组分方面富集了与肿瘤转移有关的细胞-基底连接相关基因.利用ChIP-seq对表观修饰的研究显示,在敲低CBX8后全基因组的H3K27me3水平有所下降;并鉴定了 97个位于CBX8敲低后转录上调基因附近的位点,其中包括BCAT1转录起始位点.结论·CBX8在人前列腺癌中高表达.CBX8具有抑制肿瘤细胞侵袭的功能.其机制可能是CBX8/PRC1复合体结合于BCAT1转录起始位点并抑制BCAT1转录.

目的 探究支链氨基酸转氨酶1(BCAT1)基因沉默在大鼠腹腔感染性脓毒症急性肾损伤中的作用.方法 采用随机数字法将80只大鼠随机分成四组:对照组、感染组、感染组+空白质粒组(NC-shRNA)、感染组+BCAT1干扰质粒组(BCAT1-shRNA),采用盲肠结扎穿孔的方法制备大鼠腹腔感染性脓毒症模型,用全自动生化分析仪检测血清肌酐(SCr)、尿素氮(BUN)水平.造模成功后采用NC-shRNA转染NC-shRNA组大鼠,BCAT1-shRNA转染BCAT1-shRNA组大鼠;采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测大鼠血清中的白细胞介素-1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)及白细胞介素-6(IL-6)表达水平;实时荧光定量聚合酶链式反应法(qRT-PCR)和蛋白印迹法检测大鼠血清及肾脏组织中BCAT1和C-反应蛋白(CRP)mRNA表达水平.结果 与对照组相比感染组各组大鼠SCr、BUN水平升高(P＜0.05),炎症因子TNF-α、IL-1β及IL-6水平升高以及BCAT1和CRP基因和蛋白表达水平升高(P＜0.05);与感染组和NC-shRNA组相比,BCAT1-shRNA组大鼠体内TNF-α、IL-1β、IL-6以及BCAT1和CRP基因、蛋白表达水平降低.结论 沉默BCAT1基因沉默可以抑制CRP表达,抑制炎症反应,对腹腔感染脓毒症急性肾损伤具有一定治疗作用.

提出一种基于代谢分析的抑制SARS-CoV-2复制的药物靶点预测方法.使用5组基因表达综合数据库(GEO)的人类肺部组织细胞的转录组学数据,提取出SARS-CoV-2入侵宿主细胞后显著高表达的基因,进而重构出病毒入侵肺部组织细胞后的代谢网络模型;之后采用基因敲除、毒性测试等系统生物学分析方法来预测药物靶点.对GEO中5个数据集的样本进行分析,结果显示各数据集预测的靶点基因具有一定的一致性.其中,PLPBP是5个数据集中预测的共有靶点基因,说明它对于SARS-CoV-2代谢活动具有重要作用,可作为治疗该疾病的潜在药物靶点;另外,BCAT1、BCAT2、ADI1也具有一定的研究价值.提出的方法为预测SARS-CoV-2的药物靶点提供一种新的思路,预测的药物靶点也具有进一步临床研究的潜力.

目的 探讨支链氨基酸转氨酶1(BCAT1)对HSC-LX2人肝星状细胞纤维化相关基因表达的影响.方法 构建携带BCAT1基因的慢病毒载体,将病毒转染HSC-LX2细胞,运用qRT-PCR和Western blot-ting检测转染BCAT1过表达病毒后的HSC-LX2细胞中BCAT1、ACTA2、TIMP1、MMP2和COL1A1基因的表达情况.结果 携带BCAT1基因的慢病毒转染HSC-LX2细胞后,实验组(转染p-BCAT1)HSC-LX2细胞和对照组(转染Vec)HSC-LX2细胞相比,促进纤维化的ACTA2、TIMP1、COL1A1基因的mRNA及蛋白表达均升高,抗纤维化的MMP2基因的mRNA及蛋白表达均下降,两者的差异均具有统计学意义(P<0.05).结论 BCAT1增强HSC-LX2人肝星状细胞中ACTA2、TIMP1、COL1A1促纤维化相关基因的表达,抑制抗纤维化相关基因MMP2的表达.

目的:研究BCAT1在肺癌细胞A549的增殖、迁移及侵袭能力中的作用.方法:通过小干扰RNA(siRNA)沉默A549细胞中BCAT1的表达,细胞分为对照组(Con)、BCAT1基因沉默组(siRNA-BCAT1)和siRNA阴性对照组(siRNA-NC).利用Western blot检测siRNA对BCAT1的沉默效果;划痕愈合实验检测沉默BCAT1后A549细胞迁移能力的改变;Transwell小室侵袭实验检测沉默BCAT1后A549细胞侵袭能力的变化;MTT实验检测沉默BCAT1对A549细胞增殖能力的影响.结果:与Con组相比,siRNA-BCAT1组的BCAT1蛋白表达明显降低(P＜0.05),细胞划痕愈合率明显降低(P＜0.05),能够穿膜的细胞数明显减少(P＜0.05),而Con组和siRNA-BCAT1组细胞的增殖能力比较差异无明显统计学意义(P＞0.05).结论:沉默BCAT1抑制A549细胞的迁移和侵袭能力,而对其增殖能力无影响.