目的:对1个先天性手足裂畸形家系进行遗传学分析，以鉴定致病性变异。方法:提取先证者及家系中其他患者的基因组DNA，应用染色体微阵列技术对患者进行全基因组拷贝数变异分析。结果:染色体微阵列分析显示先证者和另外3例患者存在染色体10q24.31-q24.32区域约400 kb的片段重复变异，该重复区域包含完整的LBX1、BTRC、POLL及 DPCD基因，并含有FBXW4基因的部分外显子。 结论:染色体10q24.31-q24.32区域的重复与该家系患者疾病表型共分离，基因组拷贝数变异为患者的致病原因。

目的:对1个先天性手足裂畸形家系进行分子遗传学分析，明确其可能的致病原因。方法:应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)技术对患者进行全基因组拷贝数变异分析。结果:SNP-array检测结果提示患者染色体10q24.31-10q24.32区存在约433 kb的片段重复，该重复区域包含 LBX1、BTRC、POLL、OPCD以及 FBXW4等相关致病基因。 结论:染色体10q24.31-10q24.32区微重复可能是导致该家系先天性手足裂畸形的致病原因。

目的:探讨OA发病机制中潜在的Hub基因、关键miRNAs、生物过程及相关信号通路，为OA的发病机制及治疗提供生物信息学依据。方法:从基因表达综合数据库（GEO）下载OA滑膜组织样本的表达谱芯片，鉴定差异表达基因DEGs，并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI），STRING和Cytoscape进行模块分析，进一步鉴定Hub基因，并对Hub基因进行更深一步的miRNAs挖掘。结果:最终鉴定出与OA进展相关的9个Hub基因[细胞因子信号转导抑制因子（SOCS）3、转导素重复序列包含蛋白（BTRC）、F-框蛋白32（FBXO32）、KLHL22、UBE3A、HUWE1、UBR4、ANAPC5、TRIM50]和2个关键miRNAs（hsa-miR-103a-3P、hsa-miR-107），可能是OA发病机制中的潜在生物标志物。信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控和蛋白丝氨酸/苏氨酸酶活性与OA的发病机制具有一定的相关性。此外，分析结果表明cAMP信号通路和Rap1信号通路也参与了OA的进展。结论:潜在生物学分子、生物过程及相关通路对于OA的病因研究及治疗研究具有重要的指导意义。

目的 对1个中国手足裂畸形家系进行致病基因突变分析.方法 应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技术对手足裂畸形家系行全基因组拷贝数扫描分析,并对检测到的突变位点应用实时荧光定量PCR进行验证.结果 该家系3代成员中共3例患者,均为典型的手足裂畸形,符合常染色体显性遗传.SNP array检测提示患者10q24.31-q24.32(102993649～103333271,0.34 Mb)区域微小重复,包含BTCR和DPCD基因.实时荧光定量PCR对致病基因的拷贝数进行验证,结果显示BTRC基因重复,重复在此家系中与疾病共分离.结论 10q24.31-q24.32区域微小重复突变可能是该家系的致病原因,基因组微小重复可能致常染色体显性遗传病.

目的·筛选食管鳞状细胞癌疾病过程中新的潜在致病基因.方法·通过GEO数据库获取miRNA芯片GSE122497和GSE164174的数据,利用GEO2R分别筛选出食管鳞状细胞癌患者和健康人的差异miRNA,Venn diagram webtool工具取交集;采用Target Scan工具及DIANATOOLS工具预测差异miRNA的靶基因,取2款工具的预测靶基因交集进行基因功能分析;利用STRING工具分析靶基因的蛋白质相互作用并选取Hub基因.结果·①芯片中共计108个差异miRNA.②取Target Scan工具和DIANATOOLS工具的交集后,共有1354个差异靶基因.③基因本体(Gene Ontology,GO)分析结果表明,差异靶基因的基因功能显著富集于DNA模板转录调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控等生物过程,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端序列特异性DNA结合、蛋白结合、金属离子结合等分子功能;主要存在于细胞核、核质、细胞质等细胞成分.按照富集的基因数目降序排列,京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析结果表明上述基因显著富集于肿瘤通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、干细胞多能性调控信号通路等.④蛋白质相互作用网络共有1326个节点,2300条边,平均节点连接度为3.47.筛选出的Hub基因:SMAD特异性E3泛素蛋白连接酶2(SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2,SMURF2)、β-转导重复蛋白E3泛素蛋白连接酶(β-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase,BTRC)、SMAD特异性E3泛素蛋白连接酶1(SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1,SMURF 1)、泛素结合酶E2 D1(ubiquitin conjugating enzyme E2 D1,UBE2D1)、E3泛素连接酶枯灵素2(cullin 2,CUL2),以往研究表明上述基因与泛素化有关.结论·经GEO数据库筛选出的SMURF2、BTRC、SMURF1、UBE2D1、CUL2基因可能通过靶向调控蛋白的泛素化参与食管鳞状细胞癌的疾病过程.

目的 通过生物信息学技术探讨硬皮病发病的相关分子机制.方法 通过基因表达图谱数据库获取GSE117928芯片数据.使用R软件,|logFC|>1,调整P<0.05为过滤条件,筛选出硬皮病差异基因,然后将差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析及基因本体(GO)功能富集分析.GSE117928芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)通路分析和免疫细胞浸润分析,获取富集通路和免疫细胞相对含量.结果 获得硬皮病差异基因722个,其中上调基因298个,下调基因424个;核心靶点包括RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1、COMMD9、CSNK1E、RPS8、MPHOSPH10、KRR1、RPL5.GO富集生物功能包括中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒、髓系细胞分化、对脂多糖反应、积极调节防御反应等.GSEA富集通路中硬皮病组排名前五位通路包括氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢通路;正常对照组排名前五位通路为自然杀伤细胞介质细胞毒性、剪接体、泛素介导的蛋白水解、小细胞肺癌、T细胞受体信号通路.免疫浸润结果显示正常对照组CD8+T细胞、幼稚CD4+T细胞相对含量明显增加,而硬皮病组单核细胞相对含量明显增加.结论 硬皮病的发病机制可能是通过调节RPS27A、BTRC、FBXO32、ZBTB16、FBXO21、VHL、ATG7、CBLB、ANAPC1等基因,参与中性粒细胞活化参与免疫反应、嗜中性粒细胞脱颗粒等生物过程,上调氨基糖和核苷酸糖代谢、溶酶体、谷胱甘肽代谢、糖酵解糖异生和半乳糖代谢等通路来完成的.硬皮病发病与单核细胞增多密切相关.

目的 分析Roux-en-Y胃旁路术(RYGB)对肥胖症患者肌肉组织基因表达的影响,探讨肥胖症的潜在治疗靶点.方法 筛选GEO数据库,下载GSE161643数据集,获得RYGB术后肥胖症患者肌肉组织的差异表达基因,进行富集分析和免疫细胞浸润分析,构建靶点-化合物相互作用网络,筛选出关键靶点,并利用CMap数据库寻找可治疗肥胖症的潜在候选药物.结果 本研究共筛选出RYGB术后肌肉组织差异表达基因74个,其中上调基因30个、下调基因44个.基因集富集分析结果提示,GSE161643数据集富集于mRNA加工、RNA剪接、mRNA加工的调控、RNA剪接的调控等8个GO功能.京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,GSE161643数据集富集于单纯疱疹病毒1型感染通路.RYGB术后,肌肉组织样本的基质成分评分、免疫成分评分与RYGB术前比较,差异均无统计学意义(P＞0.05).靶点-化合物相互作用网络共筛选出10个关键靶点,分别为 UBC、CDK1、ERBB2、CDK2、CHEK2、CDC25A、ERBB3、SHC1、CHEK1 和 BTRC.CMap 数据库共筛选出共同作用于UBC、CDK1、ERBB2的小分子化合物9个,分别为氯吡格雷、BNTX、香豆素、左氧氟沙星、SID-26681509、依折麦布、异丁香酚、渥曼青霉素和PSB-06126.结论 与RYGB术前相比,肥胖症患者RYGB术后的肌肉组织基因表达存在显著差异,这些差异可能成为治疗肥胖症的潜在药物靶点.

目的 采用生物信息学方法评估与长链非编码RNA共表达相关基因在卵巢上皮性癌(卵巢癌)的生物学作用.方法 通过数据库检索、perl语言及R语言平台利用皮尔森相关系数和z-test检验目标lncRNA表达水平与蛋白质编码基因(PCG)之间的相关性;随后分别对筛选出的PCG应用GO及KEGG进行生物功能及通路富集分析、STRING数据库及Cytoscape软件进行PPI网络构建、module及hub gene确定;对重要module进行生物学功能分析、通路富集分析及对hub gene进行生存分析.结果 与lncRNA(共9种)共表达且属卵巢癌中差异表达的基因共1,421个.GO分析表明共表达差异基因参与了DNA复制、细胞分裂和细胞增殖等功能富集过程;KEGG分析发现有49个共表达差异基因参与了pathways in cancer信号通路.PPI网络筛选出重要module 2个、hub gene 274个.其中高表达水平的hub gene(CDCA3、BTRC、UBR4、IQGAP1、FBXL3、FGF2、SYT1、TRIM4、REPS1、AGFG1、PCNT、POLK、PTGER3和QKI)与卵巢癌患者的总体生存率(OS)降低显著相关(P<0.05);低表达水平的hub gene(EXO1、MCM3、POLR2D、ANAPC11、SPC24、KLHL25、LSM4、PUF60和EIF3M)与卵巢癌患者的OS降低显著相关(P<0.05).结论 与lncRNA共表达且在卵巢癌中差异表达的PCG参与了卵巢癌的恶性增殖、病情进展及临床预后等生物学行为,这些结论可为后续实验生物学研究提供线索.

目的 探讨过表达miR-199-3p/5p诱导胰腺癌细胞BxPC-3和Panc-1铁死亡的作用机制.方法 瞬时转染miR-199-3p/5p模拟物和抑制物至BxPC-3、Panc-1细胞中.qRT-PCR检测细胞中miR-199-3p/5p表达水平;Western blotting检测SCL7A11、BTRC、TFRC蛋白水平.谷胱甘肽(GSH)、Fe2+、脂质过氧化物(LPO)试剂盒检测细胞GSH、Fe2+、LPO水平.免疫共沉淀检测BTRC、TFRC泛素化水平.双荧光素酶报告实验检测miR-199与靶基因的相互作用.结果 转染miR-199-3p/5p模拟物后,胰腺癌BxPC-3、Panc-1细胞株中miR-199-3p/5p、TFRC蛋白水平显著上调;SLC7A11、BTRC蛋白水平显著降低;LPO、Fe2+含量升高,GSH含量降低.过表达BTRC能够显著降低TFRC蛋白水平.miR-199-3p靶向结合SLC7A11,miR-199-5p靶向结合BTRC.结论 过表达miR-199-3p/5p诱导胰腺癌细胞BxPC-3和PANC-1铁死亡,可能与靶向抑制BTRC、SLC7A11促进LPO累积有关.