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肠内延伸型胆管支架置入前后实验猪胆道菌群多样性分析
编辑人员丨1周前
目的:通过动物实验对比肠内延伸型胆管支架(enteral extended biliary stent,EEBS)和传统塑料支架置入前后的胆道菌群变化,初步探索EEBS在预防支架堵塞中的可能机制。方法:12只健康巴马小型猪采用简单随机方法分为传统塑料支架组( n=6)和EEBS组( n=6),在支架置入前及置入后4周拔除支架时采集胆汁标本进行16S rRNA基因测序,分析比较不同支架置入前后胆汁菌群结构及多样性。 结果:12只实验猪均未发生急性胆管炎、穿孔、出血、死亡等并发症,支架置入8 d后内镜复查两组支架均已脱落,于此时采集胆汁标本进行菌群分析。两组实验猪的胆道菌群在门水平主要是变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门。Alpha多样性分析显示传统塑料支架组支架置入后Shannon指数( P=0.004)和Simpson指数( P=0.008)较前显著减小;Beta多样性分析也提示传统塑料支架置入前后菌群结构发生显著变化(Anosim: R=0.514 8, P=0.011)。EEBS组支架置入前后Observed species指数( P=0.095)、Chao1指数( P=0.136)、Shannon指数( P=0.353)和Simpson指数( P=0.227)及Beta多样性(Anosim: R=0.059 3, P=0.187)差异均无统计学意义。差异菌LEfSe分析显示,传统塑料支架组支架置入后脆弱拟杆菌、变形菌门-γ变形菌纲-肠杆菌目-肠杆菌科-埃希_志贺菌属-大肠埃希菌丰度显著升高,EEBS组支架置入后脱硫菌门-脱硫菌纲-脱硫菌目-脱硫菌科-嗜胆菌属丰度显著升高。 结论:EEBS短期置入后胆道菌群变化较小,可能通过延长反流路径达到了预防肠胆反流的效果。
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编辑人员丨1周前
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大承气汤能够通过调节肠道微生物群抑制轻症急性胰腺炎患者炎症反应并促进胃肠功能恢复
编辑人员丨1周前
目的:探讨大承气汤对轻症急性胰腺炎(MAP)患者的疗效及其治疗机制。方法:采用平行分组随机对照研究方法,选择2018年3月至2021年2月上海市中西医结合医院收治的68例急性胰腺炎(AP)患者。结合患者入院时病情及是否同意使用大承气汤,按照1∶1等量随机原则分为常规治疗组和大承气汤组;同时招募20例健康志愿者作为对照。两组患者均予以奥曲肽+禁食、胃肠减压、解热镇痛、抗炎、抑制胃酸和胰液分泌、维持电解质平衡等常规西医治疗;大承气汤组在常规治疗基础上口服大承气汤,每次100 mL,每日2次,连续观察7 d。记录患者治疗前后炎症指标〔白细胞计数(WBC)、C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)〕和胃肠功能恢复时间(首次排气时间、恢复肠鸣音时间、首次排便时间),并对粪便样本进行16S rRNA基因测序,对经质量控制等相关处理后获得的归一化数据进行多样性分析(Alpha多样性和Beta多样性)及线性判别分析效应量分析(LEfSe分析),观察MAP患者肠道微生物区系变化;采用Spearman等级相关系数分析炎症指标与肠道属水平微生物的相关性。治疗期间监测MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图,以评估安全性。结果:68例AP患者中,排除中重症AP患者16例、未收集到标本或自动放弃治疗患者4例,最终48例MAP患者纳入分析,常规治疗组和大承气汤组各24例。两组治疗7 d炎症指标均较治疗前明显降低,其中大承气汤组CRP、PCT、IL-6水平显著低于常规治疗组〔CRP(mg/L):8.50(3.50,13.00)比16.00(9.25,29.75),PCT(μg/L):0.06(0.03,0.08)比0.09(0.05,0.11),IL-6(ng/L):6.36(3.96,10.79)比13.24(6.69,18.87),均 P<0.05〕;且大承气汤组胃肠功能恢复时间也较常规治疗组明显缩短〔首次排气时间(d):1.62±0.65比2.80±0.65,恢复肠鸣音时间(d):1.13±0.58比2.31±0.76,首次排便时间(d):3.12±0.75比4.39±0.76,均 P<0.05〕。肠道菌群多样性分析显示,无论是微生物群落的多样性还是丰富度,健康对照组均最高,常规治疗组均最低;且健康对照者微生物群落与MAP患者的重合度均较小,而不同治疗方法间MAP患者的重合度相对较大。LEfSe分析显示,大承气汤降低了大肠埃希菌-志贺菌属和丹毒梭状芽孢杆菌属的相对丰度,同时提高了乳杆菌属、罗姆布茨菌属、布劳特菌属3个有益菌属的相对丰度;在MAP患者肠道中,黏液乳杆菌属和联合乳杆菌属均明显富集。相关性分析显示,大肠埃希菌-志贺菌属与WBC、CRP、PCT、IL-6这4个炎症指标均呈显著正相关( r值分别为0.31、0.41、0.57、0.43,均 P<0.05);其他菌属与炎症指标无明显相关性。治疗过程中,MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图指标均未见明显异常。 结论:大承气汤可通过调节MAP患者肠道微生物区系的组成,抑制炎症反应,促进肠道微生态平衡和胃肠功能恢复,改善肠道屏障功能;治疗期间未出现明显的不良反应。
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编辑人员丨1周前
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基于16S rRNA基因测序技术对成人隐匿性自身免疫糖尿病患者肠道菌群特征的分析
编辑人员丨1周前
目的:基于16S rRNA基因测序技术分析成人隐匿性自身免疫糖尿病(LADA)患者肠道菌群的特征。方法:本研究为病例对照研究。选取2019年9月到2020年10月就诊于山西省长治医学院附属和济医院内分泌科的LADA及2型糖尿病(T2DM)患者作为研究对象,并从该院体检中心同期体检的人群中选取健康人群作为正常对照(NCP)者。收集研究对象谷氨酸脱羧酶抗体(GADA)、蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体(IA-2A)等,收集研究对象粪便16S rRNA基因序列。使用微生物组分析软件QIIME(version 1.8.0)分析反映肠道菌群丰富性和多样性的alpha多样性指标和反映组间结构相似性的Beta多样性指标,采用 t检验或单因素方差分析、Mann‐Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验、χ 2检验进行组间比较,基于PICRUST分析微生物功能基因和代谢预测途径的变化特征,采用Spearman相关性分析法分析肠道菌群与各生化及免疫指标的相关性。 结果:共纳入42例研究对象,NCP组14名,T2DM组14例,LADA组14例。3组间的alpha多样性指数差异均无统计学意义( P>0.05),Beta多样性差异有统计学意义( P<0.05)。与NCP组相比,LADA组的短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属( Lac_Lachnospira)、罗氏菌属( Lac_Roseburia)、瘤胃球菌属(毛螺菌科)[ Lac( Ruminococcus)]均降低( P<0.05),与T2DM组相比,LADA组的瘤胃球菌属(毛螺菌科)降低( P<0.05)。与NCP组相比,LADA组的苯丙氨酸合成、初级胆汁酸生物合成、次级胆汁酸生物合成等代谢预测功能途径降低( P<0.05)。Spearman相关性分析结果显示,GADA抗体滴度与瘤胃球菌属(毛螺菌科)呈负相关( r=-0.44),与普雷沃菌属( r=0.38)、小类杆菌属( r=0.34)、瘤胃球菌属(瘤胃球菌科)( r=0.53)均呈正相关(均 P<0.05);IA-2A抗体滴度与巨球菌属呈正相关( r=0.13, P<0.05)。 结论:LADA患者存在较为特异的肠道微生物群结构,并伴随着短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌属(毛螺菌科)的减少,以及苯丙氨酸合成、胆汁酸生物合成等重要的生物功能基因和代谢预测途径的降低。此外,LADA患者胰岛自身抗体与瘤胃球菌属(毛螺菌科)、普雷沃菌属和小类杆菌属等菌属具有相关性。
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编辑人员丨1周前
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HPV16阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群构成及特征
编辑人员丨1周前
目的:探讨人乳头瘤病毒(HPV)16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者(子宫颈癌组),选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物,采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区,分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为(51±8)岁、(48±3)岁,差异无统计学意义( t=0.63, P=0.540),两组均有孕产史,无吸烟史。α多样性分析结果显示,与健康对照组比较,子宫颈癌组sobs指数( t=3.25, P=0.009)及chao指数( t=2.91, P=0.016)均高,差异均有统计学意义;子宫颈癌组shannon指数高( t=2.07, P=0.065),simpson指数低( t=1.74, P=0.113),但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析(PCoA)进行数据降维分析显示,子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义( R2=0.154, P=0.018)。门水平上,与健康对照组相比,子宫颈癌组厚壁菌门占比低(30.21%比68.28%),拟杆菌门占比略低(6.87%比8.11%),而放线菌门(26.91%比14.42%)及变形菌门(27.33%比0.67%)占比高。属水平上,与健康对照组相比,子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低,失去优势菌群,而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高,且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析(LDA)显示,属水平上,红球菌属(LDA=5.04)、克雷伯菌属(LDA=4.71)、肠杆菌属(LDA=4.29)、罗尔斯通菌属(LDA=4.28)、苍白杆菌属(LDA=4.23)、韦荣球菌属(LDA=4.14)为子宫颈癌组特征菌群;门水平上,健康对照组厚壁菌门(LDA=5.23)可为标志性物种;种水平上,子宫颈癌组红球菌( P=0.025)、罗尔斯通菌( P=0.045)、韦荣氏球菌( P=0.044)、卡氏伯克霍尔德菌( P=0.045)、假单胞菌( P=0.043)等均较健康对照组多,差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加,乳杆菌属丰度下降;红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群,但仍需进一步验证。
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编辑人员丨1周前
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复发性胆总管结石患者的胆汁菌群多样性分析
编辑人员丨1周前
目的:比较不同类型胆总管结石患者胆汁的菌群情况。方法:纳入2017年8月—2018年1月在空军军医大学第一附属医院消化内科经腹部超声、腹部CT和(或)磁共振胰胆管成像术诊断为胆总管结石,并接受经内镜逆行胰胆管造影术(endoscopic retrograde cholangiopancreatography,ERCP)治疗的45例患者,根据既往病史和ERCP术中情况将患者分为无结石(non-stone,NS)组、初发胆固醇结石(primary cholesterol stone,PCS)组、初发胆色素结石(primary pigmental stone,PPS)组和复发性结石(recurrent stone,RS)组。在注射造影剂之前收集胆汁行16S rRNA测序,分析胆汁中的菌群结构及多样性。结果:非RS组为33例(包括NS组8例、PCS组8例、PPS组17例),RS组12例。RS组中憩室内乳头患者[41.67%(5/12)比 3.03%(1/33), χ2=8.27, P=0.004]、松软结石患者[91.67%(11/12)比 36.36%(12/33), χ2=10.77, P=0.001]及色素结石患者[100.00%(12/12)比51.52%(17/33), χ2=7.04, P=0.008]的比例均高于非RS组,其余基线资料差异均无统计学意义( P>0.05)。在门、属水平,RS组与PPS组的菌群丰度相当。Alpha及Beta多样性分析显示,RS组与PPS组相比差异无统计学意义,但两者多样性均显著低于NS组、PCS组( P<0.05)。MetaStat分析显示,幽门螺杆菌种为RS组患者的胆道优势菌群,而变形菌门和大肠杆菌种为RS组和PPS组患者的胆道优势菌群。 结论:RS组与PPS组的菌群丰度相当。RS组和PPS组胆汁菌群多样性明显低于PCS组和NS组。幽门螺杆菌种为RS组的胆道优势菌群。
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编辑人员丨1周前
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不同严重程度阻塞性睡眠呼吸暂停低通气患者肠道菌群特征初步分析
编辑人员丨1周前
目的:分析不同严重程度阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患者肠道菌群多样性、丰度及结构组成等特征,并初步探讨其在OSAHS发生发展过程中的潜在作用。方法:纳入2018年12月至2019年9月山西医科大学第二医院体检中心的27名健康志愿者[男19例,女8例,年龄22~78(44.4±2.7)岁,简称N组]和山西医科大学第二医院睡眠医学中心确诊的100例OSAHS患者[男86例,女14例,年龄19~78(49.1±1.3)岁],收集相关睡眠监测数据及病史资料,根据睡眠呼吸暂停低通气指数(AHI)分级和有无并发症将OSAHS患者分为单纯轻度组(简称L组)、单纯中度组(简称M组)、单纯重度组(简称S组)和重度并发症组(简称Sc组),运用16S rRNA高通量测序技术对肠道菌群进行特征分析,生物信息学相关统计用QIIME2软件进行分析,临床资料采用SPSS 25.0软件统计分析。结果:各组间肠道菌群Alpha和Beta多样性差异无统计学意义( P>0.05)。门水平分析,OSAHS各组拟杆菌门菌群相对丰度较N组低(N:24.96%,L:18.31%,M:12.95%,S:15.78%,Sc:16.48%)。属水平分析,拟杆菌属(N组:16.03%,L组:10.82%,M组:9.79%,S组:9.29%,Sc组:8.25%)和粪杆菌属(N组:11.21%,L组:10.42%,M组:10.21%,S组:8.54%,Sc组:6.27%)的相对丰度与OSAHS疾病严重程度呈负相关( r值分别为-0.887、-0.945)。而双歧杆菌属(N组:3.20%,L组:2.47%,M组:4.10%,S组:4.93%,Sc组:6.27%)和布劳特氏菌属(N组:2.52%,L组:3.59%,M组:3.81%,S组:4.11%,Sc组:5.86%)相对丰度与OSAHS疾病严重成正相关( r值分别为0.916、0.940)。与S组相比,Sc组的罗氏菌属(S组:10.22%,Sc组:6.65%)相对丰度降低,志贺菌属(S组:4.64%,Sc组:10.01%)相对丰度升高。冗余分析(RDA分析)示AHI、最低血氧饱和度(SpO 2min)、平均血氧饱和度(SpO 2mean)及最长呼吸暂停时间(Tmax)等指标与肠道菌群整体丰度差异无统计学意义( P>0.05),但不同菌属菌群丰度与睡眠监测各指标差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:OSAHS患者存在肠道菌群紊乱,主要为产生短链脂肪酸的益生菌相对丰度降低和致病菌的增多,提示其可能与OSAHS的发生发展有关。
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编辑人员丨1周前
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基于高通量测序对IgA肾病肠道菌群生物学特征的初探
编辑人员丨1周前
目的:研究IgA肾病(IgA nephropathy, IgAN)患者肠道菌群结构及多样性的特点,探讨IgAN患者肠道微生物与临床指标及肾脏病理的相关性。方法:回顾性选择包头医学院第一附属医院2020年5月至2020年9月IgAN患者15例作为IgAN组,健康家属8例和健康体检者7例作为健康对照组。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rDNA-V4区进行DNA测序,使用QIIME2分析流程对原始序列进行处理、分析,与Greengenes(v138)数据库进行对比,调用DADA2软件包对数据进行去噪,相当于以100%的相似度聚类(OTU是以97%的相似度聚类)。采用PCoA主坐标分析法分析肠道菌群结构及多样性,以Spearman相关分析法或Pearson相关分析法分析差异性菌群与肾脏病理和临床指标的相关性。结果:(1)健康对照组和IgAN组肠道微生物Beta多样性差异具有统计学意义( P=0.010)。(2)与健康对照组比较,IgAN组患者肠道菌群物种数目在1个门、3个科和22个属水平显著增加。与健康对照组比较,在门到科水平内,IgAN患者厚壁菌门(Firmicutes)及瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)物种数目减少,绿屈挠菌门(Chloroflexi)及盖勒菌科(Gaiellaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)和Family-XⅢ科物种数目增加(均 P<0.05);在属水平,IgAN患者舌下肌菌属( Subdoligranulum)物种数目显著减少( P=0.020),而活泼瘤胃球菌属( Ruminococcus- gnavus- group)物种数目显著增加( P=0.004)。(3)在门水平,IgAN患者厚壁菌门物种数目与血白蛋白( r=0.637, P=0.003)、IgG( r=0.452, P=0.046)呈正相关,芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)物种数目与血肌酐呈负相关( r=-0.453, P=0.045),疣微菌门(Verrucomicrobia)物种数目与IgM呈负相关( r=-0.450, P=0.046),杆菌门(Patescibacteria)物种数目与IgA呈正相关( r=0.469, P=0.037)。在属水平,IgAN患者活泼瘤胃球菌属( r=-0.614, P=0.004)和巨单胞菌属( Megamonas)( r=-0.451, P=0.042)物种数目与血白蛋白呈负相关;舌下肌菌属物种数目与血白蛋白呈正相关( r=0.563, P=0.009);戴阿利斯特杆菌属( Dialister)物种数目与补体C3呈负相关( r=-0.427, P=0.041),与IgA呈正相关( r=0.434, P=0.035);韦荣菌属( Veillonella)物种数目与估算肾小球滤过率呈正相关( r=0.452, P=0.043)。艾森伯格菌属( r=-0.850, P=0.007)、霍尔德曼菌属( r=-0.845, P=0.008)、 Flavonifractor( r=-0.845, P=0.008)、葡萄梭状芽孢杆菌属9( r=-0.845, P=0.008)物种数目与牛津病理分型中肾小球节段性硬化或粘连(S)呈负相关, Fusicatenibacter物种数目与系膜细胞增多呈负相关( r=-0.845, P=0.008),而粪球菌属2物种数目与S( r=0.738, P=0.037)和肾小管萎缩或间质纤维化( r=0.756, P=0.030)呈正相关。(4)以活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属建立随机森林模型,拟合后受试者工作特征曲线下面积为0.927。 结论:IgAN患者和健康对照的肠道菌群具有差异性,IgAN患者肠道菌群的变化与其临床指标和肾脏病理相关,尤其活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属可能在IgAN中发挥了重要作用。
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编辑人员丨1周前
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胎膜早破孕妇阴道微生物组特征及预测模型的建立
编辑人员丨1周前
目的:研究胎膜早破孕妇阴道菌群特征,找出相关细菌种类,通过功能预测探索细菌与胎膜早破交联的相关功能通路,并建立以阴道菌群特征为基础的预测模型。方法:基于孕妇队列,纳入35例未足月胎膜早破、180例足月胎膜早破和255例胎膜未早破足月分娩(对照组)孕妇。使用16S rRNA基因二代测序技术检测孕妇在妊娠16~28周时的阴道样本V3~V4高变区序列。分析并比较3组孕妇之间Alpha多样性、Beta多样性,识别物种属性和代谢功能预测的差异。随后采用随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素,建立胎膜早破发生的预测模型。结果:未足月胎膜早破组与对照组相比,Alpha多样性更高(Observed features, P=0.022;Faith_pd指数, P=0.024),Beta多样性也有显著差异(Unweighted-UniFrac, P=0.010;Jaccard指数, P=0.008)。未足月胎膜早破孕妇中,巨型球菌Ⅰ型转化菌种显著增多( P=0.017),穆氏乳杆菌显著减少( P=0.003)。而足月胎膜早破孕妇中,巨型球菌属显著增多( P=0.009),穆氏乳杆菌显著减少( P=0.002)。功能预测方面,嗜酸菌的硫氧化途径( P=0.021)、乙酸产甲烷途径( P=0.036)、L-组氨酸合成途径( P=0.009)、腺苷钴胺素合成途径( P=0.041)和海藻糖代谢途径( P=0.001)这5种功能在未足月胎膜早破孕妇中显著增加,而L-组氨酸合成途径( P<0.001)和海藻糖代谢途径( P=0.030)在足月胎膜早破孕妇中显著增加。通过随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素建立预测模型,未足月胎膜早破预测模型的表现较好[AUC值为0.739(95%CI:0.609~0.869),灵敏度0.928,特异度0.659,阳性预测值0.750,阴性预测值0.906],具有一定的参考价值。 结论:阴道菌群特征可能与胎膜早破的发生发展有关,阴道细菌差异的研究可能成为防治胎膜早破的新思路,功能预测为胎膜早破发生发展机制的研究方向提供了参考借鉴,预测模型可以预防未足月胎膜早破的发生,促进母婴健康。
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编辑人员丨1周前
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高通量测序分析乳腺癌微生物群落特征
编辑人员丨1周前
目的:分析乳腺癌患者肿瘤组织与癌旁组织微生物菌群多样性,筛选乳腺癌患者肿瘤组织中的特异性细菌。方法:分析2021年2月至9月河南省肿瘤医院行乳腺癌根治术切除的20例乳腺癌患者的肿瘤组织(TT组)与配对瘤旁组织(TN组),采用Illumina HiSeq高通量测序技术对乳腺癌患者组织样本进行细菌V3-V4区的16S rDNA测序及生物信息学分析,采用 t检验进行计数资料比较。 结果:在门水平上,TT组与TN组的微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和拟杆菌门组成,累计含量>60%。微生物多样性分析显示,Chao1指数TN组比TT组为10 167.59±2 929.38比9 044.89±2 735.11( t=1.09, P>0.05),Ace指数TN组比TT组为12 571.96±2 859.65比11 704.53±2 855.75( t=0.81, P>0.05)。Beta多样性显示两组菌群结构差异有统计学意义( R=0.27, P<0.001)。门水平差异分析显示,变形菌门(TN组比TT组为42.63±16.76比52.08±9.53, t=-0.65)、放线菌门(TN组比TT组为6.13±2.55比9.02±1.77, t=-1.03)等在癌组织中明显增加( P<0 .05),厚壁菌门(TN组比TT组为10.62±9.40比4.40±0.95, t=3.41)等明显减少( P<0 .05)。线性判别分析(LDA)显示TT组中α变形菌纲、根瘤菌目、和变形菌门等为显著性差异菌,而TN组中链球菌属和假单胞菌属等为显著性差异菌。 结论:乳腺癌患者癌组织与癌旁组织的微生物群落结构存在明显差异,其中假单胞菌属、链球菌属等为差异微生物有助于筛选标志物。
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编辑人员丨1周前
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2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊致泻性大肠埃希菌的耐药情况及分子分型
编辑人员丨1周前
目的:分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌(DEC)分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法:于2015年1月至2019年12月,采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本,将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果,选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药,或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型,通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树,分析当地优势菌群。结果:从4 494份肛拭样本中共分离出513株DEC,检出率为11.42%;完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验,分别为330株产毒性大肠埃希菌(ETEC)、72株黏附性大肠埃希菌(EAEC)、95株致病性大肠埃希菌(EPEC)、1株出血性大肠埃希菌(EHEC)和2株侵袭性大肠埃希菌(EIEC)。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义( P<0.05);各毒力分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义( P<0.05)。71株DEC的全基因组测序结果显示,共检测到77种耐药基因,并被归类为32个ST分型,优势基因型为ST-1491(29.6%,21/71)和ST-10 Complex(23.9%,17/71)。其中,ST-1491全部产ESBLs,均为 bla CTX-M耐药基因突变株,ST-10 Complex优势基因型为ST-218(35.3%,6/17)。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。 结论:上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重;EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性,当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。
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编辑人员丨1周前
