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外泌体微小RNA-183-5p诱导淋巴管生成促进肺腺癌转移
编辑人员丨4天前
目的:探讨外泌体微小RNA(miR)-183-5p在肺腺癌(LUAD)中作用。方法:通过定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)验证LUAD患者外周血miR-183-5p的表达,通过5-乙炔基-2’-脱氧尿苷(EdU)增殖、侵袭试验和淋巴管形成试验探讨其在LUAD中的作用。利用生物信息学预测和荧光素酶报告基因实验,确定miR-183-5p的靶基因。采用 t检验或单因素方差分析进行统计分析。 结果:miR-183-5p在LUAD患者血浆表达高于健康组(2.746±1.111比1.346±0.474, t=8.195, P<0.05),且在淋巴结(LN)转移中表达高于LN阴性者(3.503±1.304比2.320±0.706, t=4.174, P<0.05),在LUAD血浆外泌体中表达也高于健康组(2.071±0.931比0.830±0.633, t=6.039, P<0.05)。EdU增殖实验表明miR-183-5p mimic及其对照组和miR-183-5p inhibitor及其对照组个数分别为83.000±4.000、55.670±5.508、25.330±5.508、50.330±5.132,差异有统计学意义( F=65.180, P<0.05),4组中淋巴管形成实验结果分别为1.400±0.141、0.983±0.080、0.733±0.103、1.006±0.030,差异有统计学意义( F=24.150, P<0.05),Transwell各组穿膜细胞数分别为84.000±6.557、53.000±4.000、40.670±6.429、59.000±7.000,差异有统计学意义( F=26.710, P<0.05)。C端小磷酸酶类似物(CTDSPL)是miR-183-5p的靶点,上调或下调人淋巴内皮细胞(HLEC)中miR-183-5p,CTDSPL的表达呈相反改变(1.010±0.076比0.383±0.025,1.540±0.098比0.983±0.071, F=127.300, P<0.05)。 结论:外泌体miR-183-5p在LUAD癌组织和血浆中均高表达,并可能通过靶向CTDSPL诱导淋巴管生成,可能成为LUAD的标志物。
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编辑人员丨4天前
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miR-181a-5p靶向CTDSPL基因调节TGF-β信号通路在胃肠道间质瘤发生、发展中的作用
编辑人员丨4天前
目的:探讨miR-181a-5p靶向羧基末端区域小磷酸化酶样蛋白(carboxy-terminal domainsmall phosphatase-like, CTDSPL)基因介导TGF-β信号通路对胃肠道间质瘤发生发展的影响。方法:选择2016年1月至2019年12月于商丘市第一人民医院行手术治疗的胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)患者作为研究对象,术中取患者的肿瘤组织和癌旁正常组织。分析患者的临床病理资料;采用定量实时聚合酶联反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测CTDSPL基因mRNA和miR-181a-5p的表达量;采用western blot法检测CTDSPL基因及TGF-β信号通路相关因子的蛋白表达水平。将人胃肠道间质瘤细胞系(GIST-T1)分别转染miR-181a-5p mimic、miR-181a-5p inhibitor和CTDSPL过表达载体。MTT检测各组细胞增殖活力,Transwell检测各组细胞侵袭,流式细胞术检测各组细胞凋亡。结果:相对于癌旁组织,GIST患者的肿瘤组织中miR-181a-5p及TGF-β信号通路相关因子表达增强,CTDSPL表达被抑制。肿瘤大小、浸润深度和改良NIH分级与GIST肿瘤组织CTDSPL基因mRNA表达量有关( P均<0.05)。相对于Blank组,敲除miR-181a-5p或过表达CTDSPL能抑制癌细胞增殖活力和侵袭,诱导细胞凋亡,而miR-181a-5p mimic对GIST-T1细胞的作用能被CTDSPL过表达挽救。 结论:miR-181a-5p可通过下调CTDSPL基因表达水平,激活TGF-β信号通路促进GIST的发生、发展。
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编辑人员丨4天前
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应用肿瘤数据库信息分析HMCN1基因在胃腺癌中的表达及其作用机制
编辑人员丨2023/8/6
目的:通过对癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)等相关数据库的信息挖掘,研究HMCN1基因在胃腺癌中的表达,探讨其与胃腺癌发生发展的潜在机制.方法:获得Cbioportal在线分析TCGA数据库中289例胃腺癌患者的RNA数据,结合患者的生存时间信息,应用Kaplan-Meier法分析HMCN1变异与胃腺癌患者生存之间的关系.利用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库信息,搜索HMCN1 mRNA在正常胃腺组织与胃腺癌组织表达的区别,分析其在不同病理分期中的表达情况.应用Genecards数据库收集与HMCN1基因的相关蛋白,绘制HMCN1相关蛋白网络图,对相关蛋白进行富集分析,分析蛋白富集的信号通路、生理过程及关键下游蛋白.结果:289例胃腺癌中有66例(23%)发生HMCN1基因突变,HMCN1变异组总生存时间长于无变异组(P=0.0153),变异组无病生存时间与无变异组生存时间差异无统计学意义(P=0.0523).胃腺癌组织中HMCN1 mRNA表达明显高于正常胃腺组织;与HMCN1相关的蛋白有CTDSPL、DDX1、CLP1、CFB等25个,其中CTDSPL蛋白在胃腺癌中表达降低,相关蛋白富集分析得到Wnt信号通路、Hippo信号通路、丝氨酸型内肽酶活性通路等细胞组织生理活动.结论:胃腺癌组织中HMCN1 mRNA呈高表达,其可能通过促进CTDSPL蛋白降解发挥抑癌基因的作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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基因表达芯片技术筛选转移性卵巢癌相关性基因
编辑人员丨2023/8/6
目的:利用基因表达谱芯片筛选转移性卵巢癌相关性基因,对卵巢癌转移过程中可能参与的基因间的信号转导通路进行分析.方法:选取6例不同病理类型的转移性卵巢癌组织和2例正常卵巢上皮组织,提取DNA.采用CytoScan HD芯片检测,筛选卵巢癌转移性相关性基因,并进行基因本体(GO)和信号通路分析,筛选出对转移过程可能具有重要作用的基因.结果:染色体定位分析6例转移性卵巢癌组织共同有216个基因发生微结构异常,分别位于8、12、16、17及X染色体,其中X染色体最多.对216个基因GO分析显示,92个基因编码与3个GO分类(生物学过程、分子功能、细胞组分)相关的蛋白,信号通路分析得到20个基因具有显著性的调节信号通路.进一步与正常卵巢上皮组织对比筛选出38个差异性基因,GO分析显示24个基因编码与3个GO分类相关的蛋白,B2M和CTDSPL、NOBOX等11个基因具有显著性的调节信号通路.结论:卵巢癌的转移与多个基因相关,8、12、17号染色体拷贝数的变异可能与卵巢癌的转移密切相关,差异性基因中B2 M基因是卵巢癌转移的关键基因,通过TGF信号通路调节卵巢转移癌的转移,是一个转移性卵巢癌治疗的新靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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miRNA-100通过抑制羧基末端区域小磷酸化酶样蛋白表达促进人白血病细胞 HL-60增殖
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究 miRNA-100对人白血病细胞 HL-60增殖的影响及其具体调控机制。方法用生物信息学方法预测 miRNA-100促进细胞增殖的潜在相关靶基因,构建用于鉴定 miRNA-100靶基因的报告基因载体,并与 miRNA-100小分子类似物共转染293T 细胞,检测报告载体中荧光素酶活力。通过电转法将 miRNA-100类似物或反义寡核苷酸及相应阴性对照转染入 HL-60细胞,免疫印迹技术检测转染后细胞中羧基末端区域小磷酸化酶样蛋白(CTDSPL)的表达情况,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测转染24 h、48 h、72 h、96 h 后细胞增殖情况。结果在线软件预测发现 CTDSPL 很可能是白血病细胞 miRNA-100的靶基因;双荧光报告结果表明 miRNA-100能显著抑制含 CTDSPL 的3′-UTR 的报告基因的活性,荧光活性下降57.1%(P =0.0007),免疫印迹实验结果显示转染 miRNA-100反义寡核苷酸后,CTDSPL 表达增强,转染 miRNA-100类似物后 CTDSPL 表达下降。CCK-8结果显示,过表达 miRNA-100或干扰 CTDSPL 表达均能显著促进白血病细胞的增殖,与对照组相比差异有统计学意义(P <0.05)。结论CTDSPL 是 miRNA-100的靶基因,miRNA-100很可能通过抑制CTDSPL 表达来促进白血病细胞恶性增殖。
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编辑人员丨2023/8/6
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过表达长链非编码RNA CTC-459F4.3抑制肝癌细胞的增殖和迁移
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察长链非编码RNA CTC-459F4.3在肝癌组织和肝癌细胞中的表达,探索过表达CTC-459F4.3对肝癌细胞增殖和迁移的影响及作用机制.方法 qPCR检测CTC-459F4.3在28例肝癌组织和肝癌细胞株(Huh7、SMMC-7721、MHCC-97H和BEL-7404)中的表达.选择CTC-459F4.3表达最低的肝癌细胞株,分为阴性对照组(转染阴性质粒)和CTC-459F4.3组(转染CTC-459F4.3质粒).MTT法和Transwell迁移实验分别检测过表达CTC-459F4.3对细胞增殖能力和迁移能力的影响.免疫组化检测肝癌组织中羧基末端区域小磷酸化酶样蛋白(CTDSPL)的表达.qPCR和Western blot分别检测过表达CTC-459F4.3对CTDSPL基因表达的影响.结果 与癌旁组织相比,CTC-459F4.3在肝癌组织呈低表达(P<0.01).与人正常肝细胞相比,CTC-459F4.3在肝癌细胞株呈低表达(P<0.05),CTC-459F4.3在SMMC-7721细胞中的表达最低(P<0.01).与阴性对照组相比,CTC-459F4.3组SMMC-7721细胞的增殖能力明显下降(P<0.05),细胞迁移能力明显降低(P<0.05).与癌旁组织相比,CTDSPL蛋白在肝癌组织中的表达明显降低.与阴性对照组相比,CTC-459F4.3组SMMC-7721细胞中CTC-459F4.3表达明显增加(P<0.01).结论 CTC-459F4.3在肝癌组织和肝癌细胞中呈低表达,过表达CTC-459F4.3可显著抑制肝癌SMMC-7721细胞的增殖能力和迁移能力,其作用机制可能是上调CTDSPL基因的表达.
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编辑人员丨2023/8/6
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过表达TRIM2对肾透明细胞癌增殖、迁移和干性的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 探究三结构域蛋白2(tripartite motif-containing protein 2,TRIM2)对肾透明细胞癌增殖、迁移和干性的影响.方法 从TCGA数据库中预测TRIM2对肾透明细胞癌患者预后的影响,免疫组化检测TRIM2在肾透明细胞癌及癌旁组织的表达,Western blot实验选出TRIM2表达相对低的两个肾透明细胞癌细胞株,并用TRIM2过表达质粒转染肾透明细胞癌细胞株,Western blot以及荧光显微镜观测转染效率.成功转染TRIM2过表达质粒后,用CCK-8实验、划痕实验和细胞成球实验检测细胞增殖、迁移和成球能力,并用q-PCR和Western blot检测TRIM2对细胞干性相关基因的影响,从COEXPEDIA数据库构建一个在肾癌中与TRIM2相关的基因共表达网络,进一步探索TRIM2在肾透明细胞癌发生、发展中的作用机制.结果 TRIM2高表达的肾透明细胞癌患者的预后较TRIM2低表达患者好(P<0.001),免疫组化结果显示,与癌旁组织比较,TRIM2在肾透明细胞癌组织中低表达.TRIM2过表达后,肾透明细胞癌细胞增殖、迁移和成球能力均明显下降(P<0.01),且干性基因(C-MYC、NANOG、OCT4)的表达也明显下调(P<0.01).构建的基因共表达网络提示,与TRIM2相关程度较高的基因有NR3C2、ESRRG、COL4A3和CTDSPL.结论 TRIM2过表达后能抑制肾透明细胞癌增殖、迁移和成球能力,且下调干性基因的表达,与TRIM2相关程度较高的基因可能参与肾透明细胞癌的发生、发展.
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编辑人员丨2023/8/5
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食管鳞癌组织中差异表达miR-17-92基因簇成员及其靶基因的筛选、生物学功能分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 筛选食管鳞癌(ESCC)组织中差异表达的miR-17-92基因簇及其靶基因,分析靶基因的生物学功能,并探讨miR-17-92基因簇及其靶基因与患者临床病理特征、预后的关系.方法 下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合(GEO)数据库(GSE43732数据集)中ESCC相关数据,分别采用edgeR包和GEO2R分析miR-17-92基因簇的表达情况.将ESCC组织、正常食管组织及癌旁组织中差异表达最显著(差异倍数>2倍,校正后P<0.05)的miR-17-92基因簇成员作为关键miRNAs.采用miRDB 6.0、TargetScan 7.2及miRTarBase 8.0在线网站预测关键miRNAs的靶基因,经蛋白互作网络分析及差异表达分析确定关键靶基因.对关键靶基因进行KEGG信号通路和GO功能富集分析.采用独立样本t检验或Mann-Whitney U检验分析关键miRNAs及其关键靶基因与ESCC临床病理学特征间的关系,采用生存分析评价关键miRNAs及其关键靶基因与ESCC患者预后的关系.结果 相对于正常食管组织及癌旁组织,ESCC组织中miR-17-92基因簇表达均上调,其中上调的关键miRNAs是miR-17-5p、miR-18a-5p.筛选出14个差异表达的关键靶基因,分别为CNOT6L、CTDSPL、ATM、FBXL5、NHLRC3、FEM1C、HIF1A、UBE2G1、CENPQ、CNOT7、RHOC、NR3C1、RUNX1、E2F3.关键靶基因主要富集于信号传导、转录调控、癌症通路、细胞周期等肿瘤相关生物学过程或通路.miR-17-5p、miR-18a-5p和关键靶基因CTDSPL在不同ESCC分化程度间存在差异表达(P均<0.05).关键靶基因ATM和NHLRC在ESCC不同T分期间存在差异表达(P均<0.05).关键靶基因UBE2G1在ESCC不同N分期间存在差异表达(P=0.03).生存分析结果表明,关键靶基因ATM的表达水平与ESCC患者的预后相关(P<0.01).结论 ESCC组织中miR-17-92基因簇表达上调,关键miRNAs为miR-17-5p、miR-18a-5p,关键靶基因为CNOT6L、CTDSPL、ATM、UBE2G1等14个.关键靶基因主要富集于信号传导、转录调控、癌症通路等肿瘤相关生物学过程或通路.CTDSPL、ATM、NHLRC、UBE2G1与ESCC患者临床病理特征有关,ATM的低表达与ESCC患者的预后差有关.
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编辑人员丨2023/8/5
