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农杆菌介导的猪苓遗传转化体系的建立及优化
编辑人员丨6天前
猪苓菌核栽培中种苓质量不稳定是影响猪苓菌核品质和产量的关键问题,该文拟对根癌农杆菌介导的猪苓遗传转化体系进行研究,为通过分子育种从而获得优质种苓提供技术保障.采用根癌农杆菌介导法探究抗生素浓度、菌株类型、菌液浓度、受体材料、侵染时间、共培养时间和筛选条件对猪苓遗传转化效率的影响,利用潮霉素抗性标记基因、特异引物PCR以及荧光检测方法筛选并检测转化子.结果表明,根癌农杆菌GV3101菌株可对猪苓菌丝进行遗传转化,菌液浓度A600nm=0.6,受体材料猪苓菌丝,侵染30 min,共培养3 d为最佳侵染条件;9 μg·mL-1潮霉素初筛和13 μg·mL-1潮霉素复筛两步筛选法为最优筛选条件.经潮霉素抗性筛选、特异引物PCR检测和荧光检测分析,结果表明外源基因eGFP已转入猪苓菌丝内整合到基因组中并成功表达,在最优条件下,转化率可达到2.3%,遗传转化周期从大于90 d缩短到小于60 d.该研究建立并优化了根癌农杆菌介导的猪苓菌丝遗传转化体系,为解析猪苓生长发育的分子机制及分子育种奠定基础.
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编辑人员丨6天前
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Ⅵ型分泌系统在鲍曼不动杆菌致病及耐药性中的作用
编辑人员丨6天前
目的:研究Ⅵ型分泌系统(type Ⅵ secretion system,T6SS)在鲍曼不动杆菌致病性和耐药性中的作用。方法:收集2016年1月1日至12月31日温州医科大学附属第一医院分离自血流感染患者血液标本的45株鲍曼不动杆菌株,采用VITEK 2 Compact全自动微生物分析仪测定其对抗菌药物的敏感性,通过聚合酶链反应检测菌株T6SS主要效应蛋白编码基因溶血素调节蛋白的携带情况,对T6SS阳性鲍曼不动杆菌和T6SS阴性鲍曼不动杆菌分别进行生物膜形成能力检测、抗血清试验和体外竞争试验,收集并分析鲍曼不动杆菌血流感染患者的临床资料及转归情况。统计学分析采用 t检验、秩和检验和 χ2检验。 结果:45株鲍曼不动杆菌中24株T6SS阳性,阳性率为53.3%。T6SS阳性鲍曼不动杆菌对头孢他啶、环丙沙星、庆大霉素、亚胺培南、左氧氟沙星、哌拉西林/他唑巴坦、妥布霉素和头胞吡肟的耐药率分别为95.8%、95.8%、66.7%、95.8%、79.2%、95.8%、79.2%和91.7%,高于T6SS阴性鲍曼不动杆菌的28.6%、28.6%、28.6%、28.6%、9.5%、23.8%、23.8%和28.6%,差异均有统计学意义( χ2=22.12、22.12、6.51、22.12、21.83、24.72、13.79、18.97,均 P<0.05)。T6SS阳性鲍曼不动杆菌的生物膜形成能力、血清抗性和竞争能力均高于T6SS阴性鲍曼不动杆菌,差异均有统计学意义( t=4.99、 Z=-2.61、 Z=-2.27,均 P<0.05)。重症监护病房(intensive care unit,ICU)来源鲍曼不动杆菌的T6SS阳性率为80.0%(16/20),高于非ICU来源菌株的32.0%(8/25),差异均有统计学意义( χ2=10.29, P<0.05),但鲍曼不动杆菌是否携带T6SS对患者病死率的影响差异无统计学意义( χ2=1.74, P=0.188)。 结论:T6SS阳性鲍曼不动杆菌具有较高的致病性,且其高耐药率使得治疗较困难,亟需引起临床医师尤其是ICU医师的高度重视。
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编辑人员丨6天前
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基于综合抗性基因数据库研究介导幽门螺杆菌对克拉霉素和左氧氟沙星耐药的易感基因
编辑人员丨6天前
目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象,基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者,在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养,成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果,分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株,LVX单耐药(LVX组)10株,克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株,克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株,总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序,与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对,分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况,筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对,共检出223个耐药相关基因,其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个,LVX组LVX单耐药相关基因24个,双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个,LVX单耐药相关基因14个,双重耐药相关基因12个;全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个,LVX单耐药相关基因17个,双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中,红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2=5.79, P=0.049);红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)],差异有统计学意义( χ2=6.14, P=0.013),游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2=8.97, P=0.030)。LVX单耐药相关基因中,喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)],差异有统计学意义( χ2=5.01, P=0.025); qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2=10.17, P=0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个,11个比23个),差异有统计学意义( χ2=11.87、5.80, P=0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2=10.26, P=0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因, qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用,其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。
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编辑人员丨6天前
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烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌携带质粒及其与菌株传播的相关性
编辑人员丨6天前
目的:探索烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的质粒携带情况,分析这些质粒与CRKP传播的相关性。方法:采用回顾性观察性研究方法。取从陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院2017年1—12月收治的22例烧伤患者[男20例、女2例,年龄(42±16)岁]临床相关标本中分离保存的26株CRKP,对其进行编号。采用碱裂解法提取菌株质粒,用核酸浓度检测仪测定浓度后行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况,并对质粒行大致分型。从各个质粒分型中选取最小编号CRKP携带质粒转化感受态大肠埃希菌TOP10菌株(以下简称TOP10菌株),观察各转化菌株与TOP10菌株涂布含氨苄西林的固体LB培养基并过夜培养后生长情况,计算成功转化比例。取成功转化TOP10菌株的最小编号CRKP携带质粒的转化菌株(以下简称最小成功转化菌株)与相应编号CRKP,提取菌株携带质粒,行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况。取前述各成功转化菌株与TOP10菌株,采用药物敏感试验检测菌株对17种临床常用抗生素的耐药性。取最小成功转化菌株携带质粒,使用第二代测序技术进行基因测序,并完成蛋白质编码基因预测、序列比对等生物信息分析,后续根据耐药基因携带情况命名为pKP03-NDM1。根据最小成功转化菌株携带质粒全基因组序列,采用PCR法及琼脂糖凝胶电泳与基因测序检测剩余25株CRKP携带质粒的新德里金属β-内酰胺酶-1( blaNDM-1)基因携带情况,结合文献分析26株CRKP多位点序列分型中的ST分型。 结果:从26株CRKP中均提取到质粒,质粒质量浓度为19.3~189.8 ng/μL。26株CRKP携带质粒的琼脂糖凝胶电泳均可见2 500 bp以上条带,可大致分为A、B、C、D、E、F型6个型别。过夜培养后,在含氨苄西林的固体LB培养基上,未见A、B、D、E型CRKP携带质粒转化TOP10菌株或单纯TOP10菌株菌落生长,可见3号CRKP携带的C型质粒和15号CRKP携带的F型质粒转化TOP10菌株大量菌落生长(转化菌株被分别命名为TOP10-pKP03、TOP10-pKP15),成功转化比例为1/3。TOP10-pKP03携带质粒琼脂糖凝胶电泳图仅表现为1个条带,大小与3号CRKP携带质粒最大的条带一致。TOP10菌株对所检测的17种临床常用抗生素全敏感;TOP10-pKP03和TOP10-pKP15对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类抗生素耐药,对单环β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗生素以及替加环素敏感。TOP10-pKP03携带质粒全长为41 190 bp,该质粒携带 blaNDM-1、 bleMBL、 T4SS、博来霉素抗性基因且包含接合转移元件、松弛酶等片段,与从大肠埃希菌JN24中提取的质粒pJN24NDM1长度相同且核苷酸相似性为99%。从16株(61.5%)CRKP携带质粒中检测到了 blaNDM-1基因,该16株CRKP的ST型别中,ST11型11株,ST215型、ST260型、ST395型、ST2230型、新ST型各1株;不携带 blaNDM-1基因的10株CRKP的ST型别中,ST11型8株,ST395型、ST2230型各1株。 结论:自烧伤患者CRKP中分离测序了一个高携带率的包含 blaNDM-1基因的质粒pKP03-NDM1,该质粒可能通过介导 blaNDM-1基因在CRKP间以及CRKP和大肠埃希菌间的水平转移,导致耐药性传播。
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编辑人员丨6天前
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鼠疫耶尔森菌最低抑菌浓度测定方法的建立与应用
编辑人员丨6天前
目的:测定11种抗菌药物对鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC),建立鼠疫菌MIC测定方法,掌握常用抗生素对鼠疫菌的抑菌范围,为鼠疫的临床治疗提供基线数据。方法:根据美国临床和实验室标准协会(Clinical Labor Standard Institution,CLSI)药敏试验方法中的琼脂稀释法,分别测定氧氟沙星、环丙沙星、复方新诺明(甲氧苄啶-磺胺甲恶唑)、硫酸卡那霉素、硫酸链霉素、头孢曲松钠、氨苄青霉素钠、氯霉素、盐酸壮观霉素、头孢呋辛钠、盐酸四环素共11种抗菌药物对118株鼠疫菌的MIC,并计算MIC 50、MIC 90(能抑制50%、90%细菌生长的最低药物浓度)。以纸片扩散法的检测结果作为对照观察两者的一致性。118株鼠疫菌分离自青海省鼠疫自然疫源地,由青海省地方病预防控制所保存。 结果:检测的118株鼠疫菌,未发现具有单个或多个抗菌药物抗性的菌株,与纸片扩散法结果一致,并获得11种抗菌药物对118株菌的MIC 50、MIC 90。 结论:成功建立了鼠疫菌MIC测定方法,该方法能高通量测定抗菌药物对鼠疫菌的MIC,评价鼠疫菌对抗生素的敏感性,是一种高效、经济、实用的实验手段。
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编辑人员丨6天前
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1株血液分离的油葫芦苍白杆菌的鉴定及系统发育分析
编辑人员丨6天前
目的:对临床血液标本分离的细菌7712(=CGMCC 1.17031=NBRC 113783=KCTC 15766)进行生物学特性和系统进化分析,明确其分类学地位。方法:观察菌株的培养特性并进行形态学、生理生化鉴定、基质辅助激光解吸电离子飞行时间质谱鉴定和基因组测序鉴定,并构建基因组发育树以分析其分类学位置。采用在线毒力基因数据库和抗生素抗性数据库,分别对分离株及近缘菌株进行基于全基因组的毒力基因和耐药基因的比较分析。结果:分离株7712为脲酶阳性的需氧革兰阴性非发酵菌,VITEK GN鉴定为人苍白杆菌。16S rRNA基因序列分析显示,分离株7712与苍白杆菌属及布鲁菌属均具有较高的序列一致性;而基于全基因系统发育分析显示,分离株7712与油葫芦苍白杆菌LCB8 T和嗜血苍白杆菌CCUG 38531 T聚类成一个分支,并与其他苍白杆菌属细菌和布鲁菌属聚类成一个大的分支。基因组亲缘性指数分析显示,分离株7712和油葫芦苍白杆菌LCB8 T的平均核苷酸一致性为98.22%,高于原核生物物种的鉴定阈值95%。分离株7712携带多种毒力基因和耐药基因,其中 OCH基因可能与头孢菌素耐药有关。 结论:确定了1例由油葫芦苍白杆菌引起的临床感染,丰富了苍白杆菌属生物多样性信息。
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编辑人员丨6天前
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乳酸乳球菌介导的多房棘球绦虫EmⅡ/3疫苗的构建、鉴定及表达
编辑人员丨6天前
目的:构建乳酸乳球菌( Lactococcus lactis,LL)介导的多房棘球绦虫EmⅡ/3疫苗,并探讨其表达效率。 方法:以pCD-EmⅡ/3质粒为模板扩增EmⅡ/3基因,采用 XbaⅠ和 HindⅢ双酶切后插入pMG36e质粒,构建重组质粒pMG36e-EmⅡ/3,转化大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞,抽提质粒进行双酶切鉴定;电穿孔转化LL MG1363株,构建多房棘球绦虫重组(r)LL-EmⅡ/3疫苗。对rLL菌株进行罗红霉素抗性筛选后,抽提质粒进行PCR鉴定,并采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和免疫印迹(Western blot)进行表达鉴定。 结果:pMG36e-EmⅡ/3重组质粒双酶切鉴定,出现大小约3 600 bp的载体条带和1 759 bp的EmⅡ/3基因条带。以具有罗红霉素抗性的rLL菌株中抽提的质粒为模板,PCR可扩增出大小为1 759 bp的EmⅡ/3基因;SDS-PAGE显示,rLL-EmⅡ/3疫苗可表达相对分子质量为66 × 10 3的EmⅡ/3蛋白,培养3 d的表达蛋白约占菌体总蛋白的20%;Western blot显示,表达蛋白可被泡型棘球蚴感染的鼠血清识别。 结论:成功构建多房棘球绦虫rLL-EmⅡ/3疫苗,其表达的EmⅡ/3蛋白具有特异的抗原性。
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编辑人员丨6天前
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霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的基因组流行病学分析
编辑人员丨6天前
目的:研究多重耐药霍氏肠杆菌霍夫曼亚种临床分离株C37携带 blaNDM-1基因质粒的遗传特征,并对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组进行系统发育分析,以研究霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的全球流行情况。 方法:收集2014年8月至2021年8月中山大学附属第一医院分离的耐碳青霉烯阴沟肠杆菌复合物(CRECC)。采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)和16S rRNA Sanger测序对C37进行菌种鉴定。使用微量肉汤稀释法进行抗菌药物敏感性试验。采用聚合酶链反应(PCR)检测C37菌株携带的β内酰胺酶耐药基因和质粒介导的喹诺酮类耐药(PMQR)基因。使用接合试验确认C37菌株抗性基因的接合转移性。对C37菌株进行全基因组测序,提取霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组,对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种进行系统发育分析。结果:霍氏肠杆菌霍夫曼亚种C37菌株对三代头孢、碳青霉烯类、氨基糖苷类及喹诺酮类抗菌药物耐药,携带 blaACT-5、 blaNDM-1、 qnrA1、 aac( 6′) -Ib-cr、 oqxAB、 fosA、 dfrA15等多种抗性基因及IncX3、IncX4、IncFIB和IncFII质粒。多位点序列分型(MLST)分析显示其属于阴沟肠杆菌复合体(ECC)ST78型。系统发育分析显示ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关。 结论:ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关,是传播碳青霉烯耐药基因的高风险克隆,需密切监测其流行情况。
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编辑人员丨6天前
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6-羟多巴胺诱导的去甲肾上腺素释放对小鼠肠道内大肠杆菌细菌移位影响的实验研究
编辑人员丨6天前
目的:观察6-羟多巴胺(6-OHDA)诱导的去甲肾上腺素释放对小鼠肠道内大肠杆菌细菌移位的影响。方法:选取大肠杆菌野生菌株BW25113和大肠杆菌密度感应调节子C(qseC)基因缺失菌株BW25113ΔqseC,并对其进行聚合酶链反应(PCR)鉴定。将30只ICR小鼠采用随机数字表法分为5组:空白+sham组、BW25113+sham组、ΔqseC+sham组、BW25113+6-OHDA组、ΔqseC+6-OHDA组。给每组小鼠灌饲相应的大肠杆菌菌液后(空白组灌饲生理盐水),6-OHDA组小鼠腹腔内注射6-OHDA建立去甲肾上腺素一过性大量释放的动物模型。利用氨苄青霉素抗性特点和荧光显微镜对从内脏分离出的细菌进行鉴定。同时对各组细菌移位率和内脏组织细菌含量进行比较,组间比较采用单因素方差分析。结果:ΔqseC+6-OHDA组(Δ-6OH组)小鼠肠系膜淋巴结(MLN)、脾脏及肝脏细菌含量都明显低于BW25113+6-OHDA组(B-6OH组),差异有统计学意义。MLN细菌含量,Δ-6OH组38(0~200)、B-6OH组290(0~590), Z=-2.038, P<0.05,差异有统计学意义。脾脏细菌含量,Δ-6OH组0(0~150)、B-6OH组128(0~270), Z=-1.992, P<0.05,差异有统计学意义。肝脏细菌含量,Δ-6OH组0(0~120)、B-6OH组120(0~290), Z=-2.008, P<0.05,差异有统计学意义。各组血浆内毒素水平结果与细菌移位结果相一致。 结论:去甲肾上腺素通过作用于肠道内大肠杆菌qseC受体,对肠道细菌移位有促进作用,该通路的阻断可抑制肠道细菌移位。
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编辑人员丨6天前
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社区获得性致下肢气性坏疽ST660型肺炎克雷伯菌全基因组测序及毒力特征分析
编辑人员丨6天前
目的:对1株致下肢气性坏疽肺炎克雷伯菌(KPN)进行全基因组测序及毒力特性分析,为认识致社区获得性重症感染KPN分子毒力特征提供参考。方法:患者于2018年3月13日进入急诊科治疗,主要临床症状为高热、左下肢气性坏疽及糖尿病酮症酸中毒。取患者脓液标本进行分离培养、菌株鉴定、高黏表型及药敏检测。对菌株进行全基因组测序并分析其多位点序列分型、荚膜分型、质粒分型、毒力及耐药基因。通过接合及消除试验分析质粒特征。血清杀菌试验及大蜡螟感染模型分析菌株毒力表型,双样本 t检验比较待测菌株和对照菌株对大蜡螟幼虫半数致死率(LD 50)差异。 结果:检出菌株KPN41053,仅对氨苄西林耐药,高黏表型阴性。KPN41053染色体总长5 377 071 bp,属于ST660型,荚膜型为K16;携带一个IncFIB(K)/HI1B型毒力质粒(207 506 bp),质粒包含多种毒力因子且序列与pLVPK高度相似,但其中rmpA和rmpA2均为假基因。该质粒接合试验阴性。通过质粒消除获得变异株KPN41053_PC。毒力表型分析显示,KPN41053为血清抗性(6级),而KPN41053_PC为血清中度敏感(3级),KPN41053对大蜡螟幼虫的lgLD 50与高毒力对照株(ST23-K1型)差异无统计学意义( t=0.32, P=0.765),低于KPN41053_PC( t=5.97, P=0.004)。 结论:KPN41053为1株属于ST660型且高黏表型阴性的非典型高毒力KPN,毒力质粒为其关键毒力因子。KPN可导致糖尿病患者发生社区获得性气性坏疽。
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编辑人员丨6天前