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基于16S rRNA测序技术探讨骨松益骨方对去卵巢大鼠肠道菌群的影响
编辑人员丨5天前
目的 基于肠道菌群探究骨松益骨方(GusongYigu de-coction,GSYG)治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal oste-oporosis,PMOP)的机制.方法 SPF级SD大鼠60只随机分成假手术组(Control)、模型组(Model)、骨松益骨方低剂量组(GSYG-L,1.25 g·kg-1)、骨松益骨方中剂量组(GSYG-M,2.5 g·kg-1),骨松益骨方高剂量组(GSYG-H,5 g·kg-1)和阿仑膦酸钠组(Al,0.89 mg·kg-1),每组10只.HE染色观察骨组织形态变化,micro CT观察大鼠的股骨组织结构变化;取Control组、Model组、GSYG-H组大鼠结肠粪便样本,提取DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序.结果 与Control组比较,Model组大鼠骨小梁稀疏;BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 均明显降低(P<0.01),SMI、Tb.Sp 明显升高(P<0.01);与 Model 组比较,GSYG-L、GSYG-M、GSYG-H组和Al组骨小梁数目增加,骨微结构得到改善,且BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 明显增加(P<0.05),SMI、Tb.Sp 明显降低(P<0.05).肠道菌群测序结果显示,与Control组比较,Model组大鼠肠道菌群多样性降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与Model组比较,GSYG-H组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少.结论 GSYG能够改善PMOP患者的骨微结构,增加骨密度,其作用机制可能与增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关.
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编辑人员丨5天前
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一体化18F-FET PET/MR术前评估成人胶质瘤患者MGMT基因启动子甲基化状态
编辑人员丨5天前
目的 旨在研究一体化18F-氟乙基酪氨酸(18F-fluoroethyltyrosine,18F-FET)正电子发射断层成像(positron emission tomography,PET)/MR对成人胶质瘤的O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(O6-methylguanine DNA methyltransferase,MGMT)基因启动子甲基化状态的鉴别能力.材料与方法 回顾性分析未经活检或治疗的胶质瘤患者资料16例,均完成一体化PET/MR扫描,包括18F-FET PET、常规MRI及体素内不相干运动(intravoxel incoherent motion,IVIM)成像.以靶本比(target-background ratio,TBR)=1.6为阈值对PET图像进行感兴趣体积(volume of interest,VOI)分割,通过刚性配准获得肿瘤VOI对应的IVIM图及其参数表观扩散系数(apparent diffusion coefficient,ADC)、真实扩散系数(true diffusion coefficient,D)、伪扩散系数(pseudo diffusion coefficient,D)、灌注分数(perfusion fraction,f)、分布扩散系数(distributed diffusion coefficient,DDC)和异质性指数(heterogeneity index,α),使用pyradiomics对各参数进行特征提取,获得对应的一阶灰度直方图特征.计算每个IVIM参数图对应的特征值与18F-FET PET参数的关系,并利用组间比较和受试者工作特征(receive operating characteristic,ROC)曲线分析探究PET和IVIM参数对MGMT启动子甲基化的区分能力.结果 IVIM-α的两个特征值90分位值(r=0.526,P<0.05)和最大值(r=0.520,P<0.05)与PET参数平均标准摄取值(mean standard uptake value,SUVmean)呈正相关;IVIM-α 和SUVmean在MGMT启动子甲基化状态阳性和阴性两组之间的差异有统计学意义(P<0.05),阳性组的IVIM-α均值和SUVmean显著高于阴性组;融合IVIM-α均值和SUVmean对MGMT启动子甲基化状态进行区分的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.77.结论 基于一体化PET/MR的18F-FET PET和IVIM参数能够有效预测胶质瘤的MGMT启动子甲基化状态.
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编辑人员丨5天前
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CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在戒烟大鼠肺气肿进展中的作用及S-腺苷甲硫氨酸的干预效果
编辑人员丨5天前
目的 探讨CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平与戒烟后大鼠肺气肿持续进展的关系及S-腺苷甲硫氨酸(SAM)的干预效果.方法 将20只SD大鼠随机分为4组:正常对照组、模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组,各5只,后3组香烟烟雾暴露法建立大鼠肺气肿模型并采取相应措施.各组取右下肺组织行苏木精-伊红(HE)染色观察病理学改变,测量平均内衬间隔(MLI)和平均肺泡数(MAN).用免疫磁珠法从各组大鼠的脾脏中分选出CD4+T淋巴细胞,提取其DNA,检测CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子区域的甲基化水平.结果 模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MLI均较正常对照组增加(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组、戒烟后SAM干预4周组增加(均P<0.05).模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MAN均较正常对照组减小(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组减小(P<0.05).模型组和戒烟4周组CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平均低于正常对照组和戒烟后 SAM 干预4 周组[(93.9±3.1)%、(93.1±1.8)%比(97.1±1.1)%、(96.4±1.5)%](均P<0.05).结论 CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在大鼠戒烟后仍持续存在,可能是戒烟后大鼠肺气肿不断恶化的原因之一;而给予SAM干预后,戒烟大鼠的肺气肿恶化可好转.
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编辑人员丨5天前
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一例先天性肾性尿崩症新生儿的 AVPR2基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:对1例新生儿期诊断的先天性肾性尿崩症患者及其父母进行 AVPR2基因的变异检测。 方法:收集患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,用PCR扩增 AVPR2基因的全部编码区并进行Sanger测序。 结果:患儿出生后不久即出现反复发热、多尿、血钠增高。B超随访提示患儿存在一过性肾积水和输尿管扩张,用氢氯噻嗪治疗部分有效。DNA测序发现患儿及其母亲均携带 AVPR2基因第2外显子c.890-899delACCCGGAGGC大片段缺失移码变异,既往未见报道。 结论:AVPR2基因第2外显子c.890-899delACCCGGAGGC大片段缺失移码变异可能是患儿先天性肾性尿崩症的病因。
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编辑人员丨5天前
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短肋胸廓发育不良3型两个家系的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:对2例疑似短肋胸廓发育不良的胎儿进行致病变异鉴定和临床分型。方法:在获取知情同意后,对引产胎儿进行全面检查,记录其临床表型。用常规酚-氯仿法提取胎儿皮肤组织及其父母外周血样的基因组DNA,通过全外显子组测序(WES)对其进行检测,对候选致病性变异进行Sanger测序家系验证;用VarCards在线软件分析变异的致病性,结合Swiss-PdbViewer预测变异对蛋白质三级结构的影响。结果:两例胎儿均携带 DYNC2H1基因的复合杂合变异。胎儿1为c.515C>A(p.Pro172Gln)和c.5983G>A(p.Ala1995Thr),胎儿2为c.5920G>T (p.Gly1974*)和c.9908T>C(p.Ile3303Thr)。两例胎儿的亲代均携带杂合变异。 结论:DYNC2H1基因的复合杂合变异很可能是两例胎儿的遗传学病因,二者均被确诊为SRTD3型。
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编辑人员丨5天前
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肠道菌群与叶酸的关联对首发未用药精神分裂症患者精神症状的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨肠道菌群、叶酸及两者的关联性对首发未用药精神分裂症(SCZ)患者精神症状的影响。方法:选取2018年3月至2019年12月郑州大学第一附属医院首发未用药SCZ患者100例(SCZ组)和健康对照者90名(健康对照组),采用电化学发光法测定血清中叶酸水平,采用阳性和阴性症状量表(PANSS)评定SCZ组精神症状,采用认知功能成套测验(MCCB)评估认知功能。采集粪便样本提取细菌DNA,进行16S rRNA测序。探索SCZ患者肠道菌群和叶酸对精神症状和认知功能的影响。结果:SCZ组纳入男41例,女59例,年龄(22.6±8.2)岁;健康对照组纳入男32名,女58名,年龄(23.0±3.0)岁。SCZ组血清叶酸水平低于健康对照组[ M( Q1, Q3)][6.92(4.98,8.49)μg/L比8.93(7.13,13.37)μg/L]( P<0.001)。SCZ组肠道菌群中双歧杆菌属[0.005(0.003,0.013)比0.014(0.004,0.031)]和拟杆菌属相对丰度[0.015(0.001,0.091)比0.083(0.029,0.193)]低于健康对照组(均 P<0.001)。与健康对照组相比,SCZ组在认知功能的七大维度的评分下降明显(均 P<0.05)。SCZ组血清叶酸水平与PANSS中阴性症状分呈负相关( r=-0.378, P<0.001),与信息处理速度( r=0.310, P=0.011)呈正相关。SCZ组双歧杆菌属相对丰度与血清叶酸水平呈正相关( r=0.374, P<0.001),与一般精神病理分呈负相关( r=-0.326, P=0.001),与信息处理速度呈正相关( r=0.330, P=0.003)。多重线性回归分析结果显示SCZ患者叶酸×双歧杆菌属交互项与一般精神病理分相关( F=8.655, P=0.007),回归系数为-29.240。叶酸×双歧杆菌交互项与认知功能无相关性(均 P>0.05)。 结论:首发未用药SCZ患者中血清叶酸水平和双歧杆菌相对丰度下降,并且与其精神症状相关,提示菌群相对丰度和叶酸水平可作为精神症状的潜在客观评估指标。
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编辑人员丨5天前
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一例特发性癫痫伴自闭症患儿的 CASR基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:对1例特发性癫痫伴自闭症患儿进行全外显子组测序分析,以明确其可能的遗传学病因。方法:抽取患儿及其父母的外周血,提取全基因组DNA,应用二代测序技术对全外显子组基因进行变异检测、生物信息学预测分析及Sanger测序验证。结果:对全外显子进行检测,先证者 CASR基因第7外显子存在c.3025C>T(p.Arg1009Ter)杂合变异,为无义变异,可产生一个截短的蛋白,功能预测软件结果为有害,根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南, CASR基因c.3025C>T(p.Arg1009Ter)变异判定为可能致病性变异(PVS1+PM2)。 结论:CASR基因c.3025C>T(p.Arg1009Ter)变异可能为患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨5天前
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青海省玉树藏族自治州鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型研究
编辑人员丨5天前
目的:了解青海省玉树藏族自治州(简称玉树州)鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)的基因分型,探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌,提取DNA,针对CRISPR的3个位点(YPa、YPb和YPc)设计引物,进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序及分析,鉴定CRISPR间区序列(spacer),确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer,YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种,其中有2种新spacer,a106和a107。根据spacer阵列形式,44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群,6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′,其中Ca7为主要流行类群(34株)。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型,遗传多态性较高,种群结构复杂。
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编辑人员丨5天前
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GYS2基因变异致糖原贮积症0型两姐弟及其表型差异
编辑人员丨5天前
目的:明确1例反复低血糖惊厥发作伴语言发育迟缓患儿的遗传学病因,为家系遗传咨询和精准治疗提供依据。方法:收集患儿的临床资料,提取患儿、姐姐及父母外周血样DNA,采用全外显子组二代测序进行遗传学分析并行Sanger测序验证。结果:患儿反复夜间低血糖伴惊厥发作,姐姐仅存在空腹低血糖。全外显子检测结果显示患儿及姐姐均携带 GYS2基因第5外显子c.731T>A(p.M244L)和第6外显子c.928G>A(p.G244S)复合杂合变异,既往未见报道,其母亲携带c.731T>A(p.M244L)变异,父亲携带c.928G>A(p.G244S)变异。 结论:GYS2基因c.731T>A(p.M244L)和c.928G>A(p.G244S)复合杂合变异为本例糖原贮积症0型患儿的遗传学病因,上述结果为该家系的遗传咨询提供了基础;患儿低血糖时惊厥发作易被误诊为癫痫,但对抗癫痫治疗无效,可通过改善饮食维持血糖稳定控制发作。
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编辑人员丨5天前
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21单体综合征流产胎儿绒毛膜组织DNA 6mA的修饰研究
编辑人员丨5天前
目的:探究DNA的N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenine,6mA)修饰在21单体综合征流产胎儿绒毛膜组织基因组中的分布特点及与21单体综合征临床症状的关系。方法:从4例实验组流产胎儿绒毛膜组织(核型为45, XY,-21)样本和4例对照组流产胎儿绒毛膜组织(核型为46, XY)样本中提取DNA,经质量和纯度检测合格后,采用6mA抗体进行染色质免疫共沉淀反应(chromatin immunoprecipitation, ChIP),之后进行测序。对得到的测序数据进行生物信息学分析,研究6mA位点修饰在实验组和对照组中的差异。结果:峰(peaks)的相关差异基因的分析表明,在全基因组范围内,对照组相比实验组拥有更多的含6mA修饰的基因,其中对照组特有的含6mA修饰的基因为4607个,实验组仅有1059个。在21号染色体范围内,两组之间的这一差异更加明显。在实验组中特有的含6mA的基因为1769个,而对照组则高达8032个。不同范围内的分析结果都表明在21单体综合征中基因6mA修饰的水平偏低。GO富集分析和KEGG富集分析结果均表明21单体综合征中缺失的6mA基因与胚胎生长发育有着密切关系。结论:人体中的DNA 6mA修饰可能在胚胎生长发育方面发挥着与5mC(5-methylcytosine,5mC)修饰相似的作用。
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编辑人员丨5天前
