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NFIX基因功能及相关疾病研究进展
编辑人员丨6天前
核因子I (nuclear factor I,NFI)家族是机体重要的转录因子,包含NFIA、NFIB、NFIC和NFIX四个成员,NFI家族成员的N端DNA结合和二聚化结构域高度保守。NFIX基因在大脑、前列腺、骨骼肌、皮肤、脂肪、卵巢等部位广泛表达。NFIX基因在神经系统发育、肿瘤发生、肌肉和骨骼发育、造血细胞增殖及精子发生等多种生物过程中发挥至关重要的作用。目前国内对NFIX基因的功能研究及临床病例报道均较少,其具体作用机制仍未完全明确,有待进一步研究。为引起临床医师对NFIX基因的重视,提高对该基因相关疾病的认识,该文总结近年国内外相关文献,对NFIX基因的功能及临床研究进展进行综述。
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编辑人员丨6天前
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脓毒症相关性脑病差异基因以及发病机制的数据分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy, SAE)的相关差异表达基因(differentially expressed gene, DEG)和信号转导途径。方法:基于基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)的脓毒症患者脑组织的基因组数据,采用基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,以及蛋白-蛋白相互作用网络(protein-protein interaction, PPI)分析,确定SAE的DEG。结果:DEG在免疫应答、炎症反应、凋亡过程的负调控、蛋白质水解等方面显著富集。通过PPI分析筛选出10个枢纽基因,包括固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1, SREBF1)、细胞因子信号转导抑制因子-3(suppressor of cytokine signaling 3, SOCS3)、封闭蛋白5(claudin 5, CLDN5)、免疫球蛋白结构域蛋白4(V-set and immunoglobulin domain containing 4, VSIG4)、DNA损伤诱导蛋白45β(growth arrest and DNA damage inducible protein 45β, GADD45β)、细胞间黏附分子-1(intercellular adhesion molecule 1, ICAM1)、血管生成素-2基因(angiopoietin 2, ANGPT2)、CD14、CD163、血栓反应蛋白1(thrombospondin 1, THBS1)。结论:通过生物信息学方法挖掘出与SAE相关的10个枢纽基因,这些基因和机体的免疫炎症相关。
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编辑人员丨6天前
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NUTM1基因重排肿瘤研究进展
编辑人员丨6天前
NUTM1基因重排曾被视为NUT癌的独特分子改变。近年,在圆形梭形细胞肉瘤、急性白血病、汗孔瘤和汗孔癌等肿瘤中也发现了NUTM1重排,拓宽了此类肿瘤的疾病谱系。与NUTM1发生融合的伙伴基因有多种,大部分编码DNA结合蛋白,包括溴域蛋白家族、MAX二聚体家族、CIC转录因子、转录增强子结构域活化因子等,形成X-NUT融合蛋白。X-NUT融合蛋白的羧基端保留近乎完整的NUT蛋白,提示NUT对组蛋白乙酰化的表观遗传学调控对此类肿瘤发病机制有普遍意义。伙伴基因则可能与细胞类型有关,因而可能影响融合蛋白作用位点,决定肿瘤的具体类型以及肿瘤的临床病理特征。NUTM1重排肿瘤总体罕见,但普遍预后差。本文对NUT癌和新近认识的NUTM1重排肿瘤进行综述,包括其分子基础、临床病理特征、鉴别诊断思路和靶向治疗研究策略,期望有助于临床及病理医师对此类肿瘤的认识和精准诊断。
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编辑人员丨6天前
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MORC2基因新发变异导致DIGFAN综合征1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例发育迟缓、生长落后、面部畸形和轴突神经病变(DIGFAN)患儿的临床表现和遗传学病因。方法:选取2021年3月22日因"身材矮小、智力发育落后"就诊于广西医科大学第二附属医院儿童内分泌遗传代谢门诊的1例患儿作为研究对象,收集其临床资料。采集患儿及其父母的外周血样,进行全外显子组测序,确定候选变异,并对其家系进行Sanger测序验证。利用生物信息软件对变异位点进行致病性评估及蛋白模拟分析。结果:患儿为10岁9月龄男性,存在身材矮小、智力发育落后、语言和运动发育迟缓、面部畸形等临床特征。基因测序提示患儿 MORC2基因存在c.800T>C(p.Leu267Pro)杂合变异,Sanger测序验证为新发变异。该变异所在的氨基酸Leu267在不同物种间高度保守。Leu267位于MORC2蛋白的ATP酶结合区的核糖体蛋白S5结构域,Leu267Pro可能通过影响ATP酶的空间构象和活性,从而影响MORC2蛋白的功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会基因变异评级相关指南,c.800T>C评级为可能致病性变异(PS2+PM2_Supporting+PP2+PP3)。 结论:MORC2基因c.800T>C(p.Leu267Pro)变异考虑为该DIGFAN患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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全外显子组测序鉴定七例原发性胆汁性胆管炎家系患者的致病突变基因
编辑人员丨6天前
目的:通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点,以期发现与PBC相关的新易感基因。方法:收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料,提取血液DNA样本并进行WES,应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点,并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构,观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果:7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L,GGT为(121.7±85.9) U/L,ALT为(47.6±33.1) U/L,AST为(55.7±34.1) U/L,免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L;抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征;抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大;2例患者合并肝外自身免疫病;2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点,分别位于 OTOA、 OBSCN和人类白细胞抗原- DRB1( HLA- DRBI)基因。 OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点; OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变;基因 HLA- DRB1共有12个不同的SNP位点,分别导致12种氨基酸的改变,其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变,Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。 结论:对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因 OBSCN和 OTOA较好的策略。 HLA- DRB1为PBC的易感基因,可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。
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编辑人员丨6天前
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NTRK3-C22orf34基因融合的成人梭形细胞肉瘤一例报告
编辑人员丨6天前
报告1例NTRK3-C22orf34基因融合的成人梭形细胞肉瘤。男,35岁,入院7个月前无明显诱因出现右大腿外侧肿胀,不伴活动受限。结合患者病史、影像学结果、组织形态、免疫组化特点及分子表型特点,诊断为 NTRK3-C22orf34基因融合的成人梭形细胞肉瘤。接受肿瘤切除手术,未行药物靶向治疗。随访至肿瘤切除后8个月,无瘤生存。近年来,神经酪氨酸激酶受体3(neurotrophic tyrosine kinase receptor 3,NTRK3)基因融合的成人梭形细胞肉瘤数量逐年增加,由于此类肿瘤形态多样且数量较少,多数肿瘤依据HE切片难以确诊。随着高通量测序在软组织肿瘤中的广泛应用, NTRK融合基因的梭形细胞肿瘤的诊断难度降低。本例患者高通量测序显示DNA测序发现明确或潜在临床意义变异有 NTRK3-C22orf34(突变丰度5%)基因融合合并 BRCA1(突变丰度15%)重排, CDKN2A、 TP53基因缺失。对 NTRK融合基因的梭形细胞肿瘤,特别是肉瘤的形态谱系至今仍然在不断更新。 NTRK融合基因梭形细胞肿瘤的治疗以手术切除为主,联合原肌球蛋白受体激酶(tropomyosin receptor kinase,TRK)抑制剂治疗。继发性或获得性耐药性的出现主要与激酶结构域相关的点突变有关,突变可能会降低TRK抑制剂的疗效。
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编辑人员丨6天前
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全外显子测序对一例甲状腺激素抵抗综合征患者THRβ基因突变的研究
编辑人员丨6天前
目的:对1例甲状腺激素抵抗综合征(resistance to thyroid hormone syndrome,RTH)患者进行临床分析及基因变异检测,并探讨其致病机制。方法:收集先证者的临床资料,抽取先证者外周血基因组DNA进行全外显子测序筛选致病基因,并通过Sanger测序进行验证,同时利用生物信息学软件对变异位点进行蛋白功能分析。结果:先证者表现为胸闷、心悸和持续性房颤等临床表现,血清游离三碘甲状腺原氨酸(FT 3)、游离甲状腺激素(FT 4)和促甲状腺激素(TSH)水平升高,临床高度怀疑RTH并进行基因检测。报告显示甲状腺激素受体β(THRβ)存在c.1313G>A杂合突变,导致第438号氨基酸由精氨酸变异为组氨酸(p.R438H),为错义突变,遗传情况未明。根据ACMG指南,这个变异初步判定为致病性变异。这种变异未见报道,被认为是新发变异。 结论:THRβ基因第8号外显子c.1313G>A突变可能是引起该先证者RTH的原因,该变异c.1313G>A位于THRβ的配体结合域,可能通过影响蛋白的三维结构及活性,从而影响THRβ的功能。
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编辑人员丨6天前
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NOD信号通路及其对心肌重构作用的研究进展
编辑人员丨6天前
心肌重构是心力衰竭的关键性临床阶段,是多种心血管疾病向心力衰竭发展的共有病理生理过程。在心肌重构过程中,会出现细胞器和细胞核的损伤,导致线粒体DNA和核DNA释放到细胞质中,成为重要的损伤相关分子模式(DAMPs),激活NOD样受体(NLRs)等模式识别受体(PRRs),启动天然免疫反应,参与心肌重构与心力衰竭的发生发展。NLRs主要存在于细胞胞浆中,与其配体结合后能够激活下游信号通路,对免疫反应、自噬、细胞凋亡、焦亡等病理生理过程有重要的调节作用,与心肌重构密切相关。以NOD信号通路为靶点治疗心肌重构和心力衰竭具有潜在的临床价值。本文就NOD信号通路及其对心肌重构作用的研究进展做一综述。
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编辑人员丨6天前
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p53与Numb蛋白在结直肠癌中相互作用分子机制研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨结直肠癌中p53蛋白与Numb蛋白的相互作用及共定位,观察两者相互作用的结构域及及对结直肠癌细胞增殖周期的影响。方法:以人结肠癌细胞系HCT116(+)及HCT116(-)(分别为p53野生型及p53缺失型)作为研究对象,分别采用基因过表达(Transfection)及RNA干扰(RNAi),用免疫共沉淀实验(CoIP)检测p53与Numb蛋白内源性的相互作用,用GST-Pull down检测两者直接相互作用的结构域,用流式细胞术检测p53/Numb对结肠癌细胞增殖周期的影响。结果:分别用p53、Numb抗体做免疫共沉淀实验,p53和Numb蛋白可相互共沉淀。为了进一步明确Numb介导与p53相互作用的区段,构建4段带有GST标签的Numb分段质粒,采用GST-Pull down技术验证了它们与p53的结合情况。分别是1~592全长质粒以及1~264、92~353、352~592分段质粒。结果显示全长的Numb、92-353都可以和p53相互作用,1~264则和p53有较弱的结合能力,提示Numb的92~353段的结构域对于Numb和p53的结合是必须的。而在HCT116(p53 +)中p53 RNA干扰后作用则与之相反;p53 +细胞中,转入Numb后其细胞周期出现G 2-M期阻滞,实验组G 2/M期DNA含量高于对照组[1.62倍(35.1%/19.66%), t=4.116, P<0.05]增殖抑制率实验组高于对照组(4.2%比15.6%, t=3.821, P<0.01),而在p53-中转入Numb后也出现G 2-M期阻滞,增殖水平下降,但较在HCT116(+)中作用弱。 结论:结肠癌细胞中p53通过与Numb蛋白的相互作用及共定位,可能影响结肠癌细胞增殖周期,为探索两者在结肠癌中的相互作用的功能学机制奠定了新的实验基础。
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编辑人员丨6天前
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BORIS在泌尿系肿瘤的研究进展
编辑人员丨6天前
BORIS是一种原癌基因,是目前已知的CTCF唯一的旁系同源物,又被称为CTCFL类似物(CTCFL),因为它有着和转录抑制因子CTCF几乎相同的11锌指结构域。BORIS能与CTCF竞争性结合DNA靶点而干扰CTCF功能、参与表观遗传调控、促进肿瘤干细胞的发生等方式调控肿瘤的发生与发展。此外,BORIS的表达量与肿瘤预后显著相关。研究发现以BORIS为免疫靶点的免疫疗法能抑制动物体内肿瘤生长及转移,有望成为免疫治疗靶点。
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编辑人员丨6天前
