目的:探索人乳头状瘤病毒（human papilloma virus，HPV）阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）的差异表达基因及关键通路，为HPV相关HNSCC的诊断和治疗提供候选基因靶点。方法:从美国国立生物技术信息中心(Gene Expression Omnibus,GEO）数据库中检索获得序号为GSE3292的HPV相关HNSCC表达谱芯片研究系列（其中HPV 阳性癌组织8例、阴性28例，含口腔癌15例、口咽癌9例、喉癌9例、下咽癌3例），通过Gene-Cloud of Biotechnology Information（GCBI）分析平台筛选得到差异表达基因，运用DAVID数据库进行基因本体分析和信号通路富集分析。通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络后，利用Cytoscape软件筛选关键基因并进一步行信号通路富集分析，最后使用UALCAN数据分析工具检验关键基因在癌症基因组图谱（the cancer genome atlas，TCGA）数据库中的表达差异性。结果:从芯片检测的25 000多个基因中筛选得到573个差异表达基因，其中上调基因539个，下调基因34个，经Cytoscape两轮筛选确定细胞周期蛋白依赖性激酶1（cyclin-dependent kinases 1，CDK1）、增殖细胞核抗原（proliferating cell nuclear antigen，PCNA）、微小染色体维持蛋白（minichromosome maintenance proteins，MCM）家族（MCM2、MCM3、MCM6、MCM7）、复制因子C4（replication factor C subunit 4，RFC4）、驱动蛋白家族成员11（kinesin family member 11，KIF11）等27个基因为关键基因。基因本体分析和信号通路富集分析显示差异表达基因主要分布于染色体及核质、核内腔、膜包围内腔等部位，并参与DNA复制、DNA代谢、细胞周期、细胞分裂等生物学过程以及以p53信号通路为核心的6个主要信号通路（ P<0.01）。经TCGA数据库检验证实27个关键基因在HPV阳性及阴性HNSCC中的表达差异均有统计学意义（ P<0.01）。 结论:CDK1、PCNA、MCM家族等关键基因在HPV诱发HNSCC的过程中发挥重要作用，而p53通路是此过程的核心通路，且在HNSCC两个亚型中的调控作用存在差异。CDK1、MCM7、RFC4有望成为治疗HPV阳性HNSCC的潜在靶点，而MCM2、MCM3、PCNA、KIF11可能作为HPV阳性HNSCC诊断及预后的标志物。

目的:找出可能在脓毒症诊断和治疗中的关键基因，为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法:从基因表达数据库（GEO）中获取GSE9960芯片数据，使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因，分别使用基因本体论分析（GO分析）、代谢通路分析（pathway分析）、利用互作基因数据库检索工具，分析这些差异表达基因的蛋白质与蛋白质的相互作用（PPI network），并使用cytoscape软件进行可视化。结果:与对照组相比，脓毒症组共获得110个差异表达基因，其中上调基因102个，下调基因8个；GO功能富集分析显示差异基因主要参与了DNA的正负调控、自噬、P53类中介信号转导、细胞对机械刺激的反应等。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了Glucagon信号通路。PPI network筛选出的6个hub基因，根据受试者工作特征曲线分析，这6个hub基因与脓毒症相关。结论:基因表达谱的生物信息学分析确定了1个信号通路和6个基因，可能代表脓毒症发生、进展和风险预测的分子机制，这6个基因可能被用作潜在的诊断生物标志物或治疗靶点。

目的 分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍(human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND)患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据.方法 从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载美国纽约HAND患者(14例)和非患者(7例)脑组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(gene-cloud of biotechnology informs,GCBI)实验平台、GenClip 2.0和Sytoscape 3.5.1软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述HAND发展的分子机制.结果 与对照组相比,HAND组共有780个(1.43％)差异表达基因;主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒、细胞信号传导及突触传递等功能.LYN和RPS4Y1基因为蛋白-蛋白交互作用网络的核心节点;DNM1、FLT1、NOTCH3、LYN、ISG15和RPS4Y1为关键表达基因,其中,DNM1、FLT1和NOTCH3基因在HAND组低表达,而LYN、ISG15和RPS4Y1基因为高表达,差异均具有统计学意义(均有P＜0.05).结论 HAND组和对照组有780个差异表达基因,LYN和RPS4Y1基因为蛋白网络核心节点,在HAND组中高表达,其功能主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒等生物学功能.

目的 探讨肺腺癌转移相关转录因子1(MALAT1)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)中的表达及其诊断价值.方法 于GCBI平台收集并分析EMS相关样本基因信息,筛选出MALAT1基因;提取EMS患者及非子宫内膜异位症患者(非EMS)组织及血清样本中的总RNA,qRT-PCR验证MALA T1基因的表达水平,并分析其与月经周期的关系,采用ROC曲线分析血清MMAT1鉴别EMS的效能.结果 GCBI平台基因信息分析结果提示,与非EMS组相比,EMS组中MALAT1基因表达下调1.35倍(￡=-3.27,P＜0.01);EMS患者卵巢囊肿组织及在位内膜MALAT1的表达水平(0.41±0.18,0.61±0.12)均低于非EMS患者子宫内膜组织(1.05±0.34),差异有统计学意义(t分别为5.87和4.48,P＜0.01),但与EMS患者及非EMS患者月经周期均无关(t分别为1.54和1.52,P＞0.05);EMS患者卵巢异位囊肿组织MAL4T1的表达水平低于其在位内膜(t=3.77,P＜0.01);EMS患者血清MALAT1表达水平(0.60±0.18)低于非EMS患者(1.05±0.32),差异有统计学意义(t=5.18,P ＜0.01);ROC曲线下面积(AUCROc)为0.88,当cut-off值为0.74时,MALAT1鉴别EMS的敏感性和特异性分别为82.4％和92％,约登指数为74.4％.结论 MALAT1的低表达可能与EMS发生、发展有关,血清MALAT1水平对EMS具有一定的鉴别价值.

目的 利用已发表的丙戊酸钠(VPA)处理的大鼠原代肝细胞的基因芯片原始数据,深入分析VPA对肝细胞生物过程/通路的干扰作用,为VPA毒性机制的深入研究提供参考.方法 将NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中,VPA处理的大鼠肝原代细胞样本的数据GSE40338取出,采用GCBI在线平台分析,样本数据分为VPA处理组(实验组)和蒸馏水处理组(对照组),进行差异基因分析,功能分析及信号通路分析.结果 基因芯片分析结果显示,不同剂量和不同时间VPA处理,肝细胞的基因调控变化不同,进一步分析提示VPA干扰了的生物过程(biological process)、代谢(metabolism)和发育(development)等过程.与发育相关的通路主要包括血管新生(vasculogenesis)、胚胎发育(embryonic development)、神经发育(neural development)及器官发育(organ development),其中器官发育和神经发育的富集度为最高.结论 体外肝细胞基因组学分析表明,除代谢外,VPA可以干扰多种生物学过程,包括干扰发育相关的生物功能网络,提示其可能具有器官发育和神经发育毒性,与体内动物实验的致畸效应和神经管发育毒性相一致.本研究表明对基因芯片数据的生物网络/过程的深入分析对预测药物毒性和理解作用机制具有重要价值.

目的·探讨MTA2在子宫内膜癌中的表达及其与临床病理指标的相关性.方法·采用GCBI数据库分析MTA2在各肿瘤组织中的mRNA表达水平.采用免疫组织化学染色法检测MTA2、ER、PR、p53和Ki-67在119例子宫内膜癌组织和21例癌旁组织中的蛋白表达水平,并统计分析MTA2表达与子宫内膜癌临床病理特征的关系及与ER、PR、p53和Ki-67表达的相关性.结果·在GCBI数据库中,MTA2在包括子宫内膜癌在内的多数肿瘤中的表达均上调.MTA2在子宫内膜癌患者组织中的表达显著高于癌旁组织表达水平(P=0.000);MTA2的表达与肿瘤分级有关(x2=8.072,P=0.018);MTA2在子宫内膜癌中的表达与Ki-67的表达呈正相关(r=0.227,P=0.013),而与ER、PR和p53的表达无相关性.结论·MTA2在子宫内膜癌发生和发展的过程具有重要作用,预示MTA2具有成为诊断分子的潜能.

目的 分析糖尿病肾病的发病原因及其与心血管疾病发生的关系,为二者的早期诊断和临床治疗提供依据.方法 从Pubmed基因芯片公共数据库(GEO Database)中下载糖尿病肾病基因芯片数据,将数据导入R语言、QOE、STRING、GCBI及GenClip等分析软件或数据库,分析健康对照组与糖尿病肾病组的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络、基因及信号共表达网络等,筛选两组之间的关键节点基因.结果 糖尿病肾病患者肾小球组织的基因表达谱有明显改变;与健康人群相比,糖尿病肾病患者肾小球组织有844个差异表达基因;前20个差异表达基因蛋白-蛋白相互作用分析发现1个以TNNT2为核心的明显的蛋白相互作用网络;差异表达基因主要与炎症反应、应激反应等有关,且与MAPK信号通路关系密切.结论 糖尿病肾病的发病原因主要与炎症反应、应激反应相关,且与心血管疾病的发生有一定的关系.

目的 分析急性和慢性特发性血小板减少性紫癜(ITP)患者T细胞的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为儿童ITP的预防及治疗提供依据.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因芯片公共数据库(GEO Database)中下载ITP患儿T细胞基因芯片数据,将数据导入R语言、QOE、Networkanalyst、GCBI及GenClip等分析软件,分析急性组与慢性组的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因.结果 两组患儿的基因表达谱有明显差异;在分析的54 675个基因中,急性组与慢性组之间有457个(0.84％)差异表达基因;前20个差异表达基因蛋白互作网络分析发现两个关键蛋白,分别是下调的JUN蛋白和上调的ITCH蛋白,这两个关键蛋白和肿瘤坏死因子信号通路关系密切;两组间的差异表达基因主要与T细胞免疫耐受及其活化等相关.结论 急性和慢性ITP患儿的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在不同阶段的ITP中发挥调节作用;JUN和ITCH基因对ITP患儿病情进展有一定预测能力,并可能受到肿瘤坏死因子信号通路的调节而发挥生物学作用.

目的:探讨谷胱甘肽硫转移酶A3(GSTA3)在鼻咽癌中的表达及其意义.方法:利用GCBI(Gene Cloud of Biotechnology Information)在线基因数据分析平台分析鼻咽癌原发肿瘤与正常对照组织的表达谱芯片数据(GSE13597、GSE64634、GSE12452),从中探寻GSTA3的表达水平.通过实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证GSTA3在鼻咽癌细胞和组织中的转录水平差异,进一步利用免疫组织化学染色研究GSTA3在鼻咽癌肿瘤组织中蛋白表达的情况.结果:生物信息分析提示,GSTA3转录水平在3组鼻咽癌表达谱芯片中均表达下调(P＜0.05);与正常组织比较,鼻咽癌组织中GSTA3 mRNA的转录水平明显下降,差异具有统计学意义(P＜0.05),与正常鼻咽上皮细胞NP69比较,5个鼻咽癌细胞系中GSTA3 mRNA的转录水平均明显下降(均P＜0.001);GSTA3蛋白在鼻咽癌患者中的表达水平低于正常组织(P＜0.001).结论:GSTA3在鼻咽癌中表达下调,可能参与鼻咽癌的发生和发展.

目的:探讨小窝蛋白2(CAV2)在口腔癌患者中的表达及其临床意义.方法:首先用GCBI数据平台下载口腔癌mRNA芯片数据(GSE25099、GSE42743、GSE9844和GSE30784),再利用Stata软件实现诊断准确性试验Meta分析来评估CAV2在口腔癌中的表达情况;利用Oncomine数据库验证CAV2在口腔癌中的表达情况;采用免疫组织化学染色方法验证CAV2在口腔癌组织中的表达;利用TCGA数据库下载口腔癌和口腔正常组织的临床资料和CAV2 mRNA表达水平数据,再次验证CAV2的表达并分析其与患者临床参数的关系,分析CAV2在肿瘤中的诊断价值和患者的生存情况.结果:与正常对照组织相比,生物信息学分析以及免疫组织化学染色结果均提示CAV2在口腔癌中表达上调,差异具有统计学意义(P＜0.05).CAV2的表达与患者的年龄、性别、肿瘤原发灶、组织分级和TNM临床分期无相关性(P＞0.05).CAV2诊断口腔癌的ROC曲线下面积为o.855(95％ CI:0.806～0.905,P＜0.0001),灵敏度为71.3％,特异度为93.8％(最佳临界值为13.63).高表达CAV2的患者生存时间较低表达患者短(x2=6.457,P-0.011).结论:CAV2表达水平可作为口腔癌诊断和预后评估的指标.