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33 911例新生儿听力联合耳聋基因筛查及随访结果的分析
编辑人员丨1天前
目的:通过分析新生儿听力联合耳聋基因筛查的结果,以及对阳性病例的随访和管理,提高遗传性耳聋的检出率。方法:收集33 911例新生儿听力联合耳聋基因筛查的结果,应用Sanger测序对听力未通过或基因筛查提示阳性的患儿进行验证。结果:听力初筛通过率为93.32%,复筛为87.01%。耳聋基因筛查阳性率为4.18%。 GJB2、SLC26A4、GJB3和 12SrRNA基因变异的检出率分别为1.98%、1.58%、0.37%和0.25%。共检出126例迟发性耳聋,84例药物性耳聋,4例 GJB2纯合/复合杂合变异,5例 SLC26A4纯合/复合杂合变异。联合筛查发现 GJB2、SLC26A4、GJB3和 12SrRNA单杂合变异者听力初筛和复筛未通过的比例分别为6.75%和2.61%、3.3%和1.2%、0.72%和0.14%、0.36%和0%。纯合/单基因复合杂合变异、单基因杂合变异、多基因复合杂合以及 GJB3纯合变异组听力筛查未通过率明显高于阴性组,差异具有统计学意义。 结论:基因检测是对新生儿听力筛查很好的补充。对阳性患儿的追踪管理能够有效提高耳聋的诊断率,但基因筛查不能等同于诊断,应综合分析基因检测、听力筛查和影像学的结果,Sanger/二代测序可作为重要的补充检查手段。
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编辑人员丨1天前
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基于囊泡介导的转运相关基因构建透明细胞肾细胞癌预后模型和列线图
编辑人员丨1天前
目的:探讨囊泡介导的转运相关基因(VMTGs)与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后的关系,构建预后风险评分模型及列线图。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取601例和55例信息完整的ccRCC临床和转录组数据,从Reactome数据库下载722个VMTGs。使用"DEseq2"R包分析得到TCGA中肿瘤和正常样本的差异表达基因(DEGs),与VMTGs取交集得到142个差异表达的VMTGs,其中96个上调基因,46个下调基因。通过单因素Cox分析筛选得到59个预后相关基因。依次通过最小绝对值收敛与选择算子(LASSO)回归、逐步回归分析及多因素Cox分析构建模型。根据模型评分将患者分为高、低风险组,Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对风险评分模型进行验证,分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析评估风险评分模型的预后价值。结合风险模型评分和临床特征构建列线图。结果:通过分析得到7个预后相关的VMTGs[驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)、分拣蛋白1(SORT1)、溶质载体家族18成员A3(SLC18A3)、驱动蛋白家族成员13B(KIF13B)、血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、锚蛋白3(ANK3)以及缝隙连接蛋白β1(GJB1)],用于构建风险评分模型,低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义( χ2=57.0, P<0.01)。接受者操作特性曲线(ROC)中1、3、5年曲线下面积(AUC)分别为0.785、0.740、0.739,提示风险评分模型具有良好的预测效能。GEO队列中低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义( χ2=5.6, P<0.05),且1、3、5年的AUC分别为0.914、0.873、0.763,表明预测预后效能较好。单因素[风险比( HR)=2.718,95%置信区间( CI)=2.253~3.280, P<0.01]和多因素( HR=2.100,95% CI=1.717~2.570, P<0.01)Cox分析结果显示风险评分模型是独立的预后因素。列线图1、3、5年的AUC(分别为0.869、0.812、0.783)表明预测预后效能较好。校准曲线和决策曲线(DCA)显示列线图的预测准确性较好。 结论:基于VMTGs的风险评分模型及列线图可以准确预测ccRCC患者的预后生存,且能对患者进行有效分层。
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编辑人员丨1天前
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基因Panel诊断新生儿重症监护病房患儿基因变异的价值
编辑人员丨1天前
目的:探讨基因Panel在诊断新生儿重症监护病房(neonatal intensive care unit,NICU)患儿的基因变异中的应用价值。方法:前瞻性纳入2022年11月至2023年1月湖州市妇幼保健院NICU收治的所有日龄≤28 d的新生儿(病例组)以及在本院足月出生的200例表型无明显异常的健康新生儿作为对照组。以中国可防可治罕见病、中国新筛病种等为基础,筛选明确致病基因与变异位点为靶标,设计适合中国新生儿的基因Panel,针对542种疾病、601个基因。制备干血斑样本,采用该基因Panel进行检测,检出的致病位点采用Sanger测序验证。结合临床特征分析患儿基因检测结果,依据患儿的主要临床诊断(早产儿、新生儿高胆红素血症、出血性疾病、新生儿感染、室间隔缺损/动脉导管未闭和其他)数,分为1、2、3和≥4种诊断。采用 χ2检验及线性关联 χ2检验进行统计学分析。 结果:病例组共纳入173例患儿,致病变异检出率为30.6%(53/173),包括致病基因阳性52例及染色体拷贝数变异1例。病例组致病基因阳性检出率高于对照组[30.1%(52/173)与15.0%(30/200), χ2=12.26, P<0.001];病例组共检出14个致病基因,分别为 FLG、UGT1A1、G6PD、MYH7、AR、ABCC2、ACADS、C YP21A2、GJB2、MEFV、PAH、PKHD1、SCN4A及 HBA。在病例组,致病变异检出率在黄疸新生儿中高于无黄疸者[35.2%(44/125)与18.8%(9/48), χ2=4.42, P=0.036],但在男婴女婴间、母亲是否高龄及是否有妊娠期糖尿病、是否早产儿、是否发生出血性疾病、是否有新生儿感染、是否发生室间隔缺损/动脉导管未闭组间差异均无统计学意义( P值均>0.05)。临床诊断数目1、2、3和≥4种的患儿,致病变异检出率呈线性增长[21.1%(8/38)、25.4%(15/59)、38.2%(13/34)与40.5%(17/42),线性关联 χ2=4.84, P=0.028]。在病例组,变异(包含致病基因阳性及携带者)检出率较高的基因有7个,检出率最高的为 UGT1A1[检出率为24.9%(43/173)],其他依次为 GJB2、 FLG、 DUOX2、 ABCA4、 G6PD和 MUT基因;7个高频变异位点为 UGT1A1基因c.211G>A(p.Gly71Arg)、c.1091C>T(p.Pro364Leu)、c.-41_-40dupTA及c.686C>A(p.Pro229Gln), GJB2基因c.109G>A(p.Val37Ile), FLG基因c.12064A>T(p.Lys4022Ter)及c.3321del(p.Gly1109GlufsTer13)。 结论:本研究设计的基因Panel可以为部分NICU患儿提供有效的基因检测,尤其是临床诊断复杂的患儿。
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编辑人员丨1天前
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儿童角膜炎-鱼鳞病-耳聋综合征1例及GJB2基因突变检测
编辑人员丨1天前
患儿男,4岁2个月,因全身皮肤干燥、粗糙伴反复感染4年,于2017年11月13日就诊。患儿出生时发育正常,听力筛查无异常。1个月时头部、颈部、腹股沟出现红斑、丘疹并长期不愈,先后诊断为鱼鳞病、湿疹、间擦疹等。1岁时皮损逐渐蔓延至全身,表现为皮肤持续增厚、粗糙伴反复感染。患儿听力障碍,不会说话。患儿足月顺产,父母及姐姐均体健,家族中无类似患者。
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编辑人员丨1天前
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新生儿高通量测序基因筛查的前瞻性研究
编辑人员丨1天前
目的:探索新生儿高通量测序(HTS)基因筛查在新生儿筛查疾病早期诊断中的临床价值。方法:选取2021年3月至2021年9月于宁波市妇女儿童医院出生的2 060例新生儿为研究对象。对其采用传统串联质谱和荧光免疫分析筛查后,再应用HTS技术对135个筛查疾病相关致病基因的明确致病高频变异位点进行检测,可疑变异位点进行Sanger测序或多重连接探针扩增技术家系验证。结果:2 060例新生儿中,基因阳性31例,基因携带557例,基因阴性1 472例。31例基因阳性新生儿中, G6PD基因变异5例,遗传性非综合征型耳聋相关基因( GJB2、GJB3、MT-RNR1)变异19例, PAH基因变异2例, GAA基因变异1例, SMN1基因变异1例, MTTL1基因变异2例, GH1基因变异1例。结合基因结果和临床资料确诊脊髓性肌肉萎缩症(SMA)1例,糖原贮积症Ⅱ型1例,耳聋2例,G6PD缺乏症5例,额外诊断患儿母亲SMA 1例。2 060例新生儿经传统串联质谱检测未发现确诊患者;经传统荧光免疫分析筛查发现G6PD缺乏症5例(基因筛查阳性),甲状腺功能减退症2例( DUOX2基因变异携带者)。宁波地区新生儿基因变异携带率前6位的基因分别为: DUOX2(3.93%)、 ATP7B(2.48%)、 SLC26A4(2.38%)、 GJB2(2.33%)、 PAH(2.09%)、 SLC22A5(2.09%)。 结论:新生儿基因筛查技术的疾病检测范围广泛,检出率高,与传统筛查联合可显著提高临床筛查效果,有助于患儿的二级预防、家系成员的疾病诊断和变异携带者的遗传咨询。
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编辑人员丨1天前
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大连市842例新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果分析
编辑人员丨1天前
目的:通过分析大连地区新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果,为防控遗传性耳聋提供参考依据。方法:回顾性纳入2022年1月1日—5月30日在大连市妇女儿童医疗中心(集团)出生的新生儿842例,使用自动脑干诱发电位方法进行听力筛查,同时采集新生儿脐血,使用高通量测序法检测常见遗传性耳聋4个基因[GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、药物性耳聋相关线粒体基因(MT-RNRI)(12SrRNA)]20个突变位点。结果:842例新生儿中通过听力筛查840例(99.8%);通过听力筛查而未通过耳聋基因筛查36例(4.3%);两者都通过804例(95.5%);两者都未通过2例(0.24%)。检出耳聋基因突变38例,总携带率为4.51%(38/842),其中GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、MT-RNRI(12SrRNA)杂合突变携带率分别为1.90%、0.24%、1.30%和0.95%,GJB2/GJB3复合杂合突变携带率为0.12%。结论:新生儿听力及耳聋基因联合筛查可以降低听力筛查漏检率,大连地区新生儿耳聋基因携带率为4.51%,以GJB2携带率最高,SLC26A4(PDS)携带率次之。
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编辑人员丨1天前
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大连地区1 536例新生儿耳聋基因检测及6例家系结果分析
编辑人员丨1天前
目的:了解大连地区新生儿遗传性耳聋基因携带率,并对6例耳聋基因检测阳性新生儿进行家系分析,为预防遗传性耳聋提供参考依据。方法:回顾性纳入2022年1—10月在大连市妇女儿童医疗中心(集团)出生的新生儿1 536例,进行遗传性耳聋4基因[GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、MT-RNRI(12SrRNA)]检测,对其中6例检测阳性新生儿进行遗传性耳聋NGS Panel基因检测。结果:1 536例新生儿共筛查出85例耳聋基因突变,总携带率5.53%(85/1 536)。GJB2基因突变32例,携带率2.08%(32/1 536);GJB3基因突变4例,携带率0.26%(4/1 536);SLC26A4(PDS)基因突变32例,携带率2.08%(32/1 536);MT-RNRI(12SrRNA)基因突变14例,携带率0.91%(14/1 536);GJB2/GJB3复合杂合突变2例,携带率0.13%(2/1 536);GJB2/SLC26A4(PDS)复合杂合突变1例,携带率0.07%(1/1 536)。遗传性耳聋NGS Panel基因检测中检出1例三基因复合杂合突变,1例KCNQ4基因杂合突变。结论:纯合突变与复合杂合突变是常染色体隐性遗传基因致聋的主要因素,遗传性耳聋NGS Panel基因检测对基因溯源以及罕见致聋基因的检出有重要意义。
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编辑人员丨1天前
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基因筛查技术在新生儿常见遗传病筛查中的应用
编辑人员丨1天前
目的:运用基于目的基因捕获的高通量测序技术对新生儿进行常见遗传病基因检测,了解新生儿常见遗传病的发病率及相关基因致病变异的携带率和变异类型,探讨该技术在新生儿遗传病筛查中的应用价值。方法:收集2019年6月至2020年4月广东地区出生的1 793例新生儿足跟血,采用基于目的基因捕获的高通量测序技术对138个新生儿常见遗传病相关基因的外显子区域进行检测,变异致病性的解读基于《遗传变异分类标准与指南(2017)》,其中已知致病和可能致病纳入阳性变异,采用Sanger测序技术对阳性变异位点进行验证,并采用计数方法对检测结果进行分析。结果:1 793例新生儿中,男978例,女815例;共筛出阳性158例,阳性率为8.81%,检测出阳性病种11种。在阳性病种中,常染色体隐性耳聋1A型41例(2.29%),Gilbert综合征或Crigler-Najjar综合征40例(2.23%),葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症33例(1.84%),家族性高胆固醇血症19例(1.06%),钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病18例(1.00%),线粒体非综合征型耳聋2例(0.11%),Citrin缺乏症2例(0.11%),全羧化酶合成酶缺乏症、β-珠蛋白生成障碍性贫血、异染性脑白质营养不良各1例(各占0.06%)。972例携带1个或多个基因的阳性变异位点,共涉及85种疾病,其中携带率较高的疾病为Gilbert综合征或Crigler-Najjar综合征(359例,20.02%)、常染色体隐性耳聋1A型(302例,16.84%)和钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病(291例,16.22%),其高频变异位点为 UGT1A1基因c.211G>A位点、 GJB2基因c.109G>A位点和 SLC10A1基因c.800C>T位点。 结论:广东地区新生儿常见遗传病为常染色体隐性耳聋1A型、Gilbert综合征或Crigler-Najjar综合征、G6PD缺乏症、家族性高胆固醇血症和钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病,且存在人群高频携带位点;探索性地对新生儿常见遗传病进行基因筛查,可为新生儿基因筛查的开展积累数据和经验。
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编辑人员丨1天前
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非单纯性睑-唇-齿综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨1个非单纯性睑-唇-齿综合征(BCDS)家系的遗传学病因。方法:选取2020年9月28日于宁波市妇女儿童医院就诊的1个BCDS家系为研究对象。通过全外显子组测序对胎儿及其父母和哥哥进行基因与拷贝数变异(CNVs)分析,用Sanger测序和实时荧光定量PCR(qPCR)分别对结果进行验证。结果:胎儿及其哥哥、父亲、祖父均携带 CTNND1基因c.83delG(p.A29Rfs*55)杂合变异,既往未见报道。此外,胎儿的哥哥还携带母源性 GJB2基因c.235delC(p.L79Cfs*3)和父源性 GJB3基因c.538C>T(p.R180X)双杂合变异;CNVs分析发现母亲17q12区存在1.46 Mb缺失,涉及 HNF1B、ZNHIT3等16个OMIM基因,对胎儿的外祖父母进行qPCR验证,证实为新发变异。根据美国医学遗传学和基因组学学会相关指南,c.83delG及c.235delC均评判为致病性变异(PVS1+PP1_Moderate+PM2_Supporting,PVS1+PM3_VeryStrong+PS3_Moderate);c.538C>T评判为意义不明变异(PS3+PM2_Supporting);17q12微缺失评判为致病性(pathogenic,total score:1.0)。 结论:CTNND1基因c.83delG(p.A29Rfs*55)变异可能是该非单纯性BCDS家系的遗传学病因。 GJB2基因c.235delC和 GJB3基因c.538C>T变异可能为哥哥耳聋的致病原因。17q12微缺失可能为母亲双肾囊肿的致病原因。上述发现为该家系的遗传咨询和再生育提供了指导。
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编辑人员丨1天前
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GJB2基因p.N54H突变致经典型Vohwinkel综合征1例
编辑人员丨1天前
目的:检测1例表现为掌跖角化、假性阿洪及耳聋的Vohwinkel综合征患者的基因变异。方法:采集先证者临床信息,并检测分析基因突变位点。结果:先证者临床表现符合经典型Vohwinkel综合征,基因检测发现GJB2基因c.160A>C(p.N54H)杂合突变,患者父母及健康对照均未发现此位点变异。结论:GJB2基因c.160A>C(p.N54H)突变首次被发现与经典型Vohwinkel综合征相关,经典型Vohwinkel综合征及掌跖角皮症伴耳聋之间存在变异位点重叠。
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编辑人员丨1天前
