目的:探究致医院感染性腹泻艰难梭菌主要序列型别（ST81、ST8和ST42）之间的毒力特征、芽孢形成能力及耐药机制等方面的差异。方法:收集2017年9月至2019年9月首都医科大学附属北京友谊医院临床住院腹泻患者送检艰难梭菌培养的稀便标本816份进行艰难梭菌分离和培养。以该院主要序列型别的艰难梭菌ST81（26株）、ST8（15株）和ST42（14株）为实验菌株。应用聚合酶链反应（PCR）和酶联免疫荧光法分别检测艰难梭菌的毒素基因和毒素A/B蛋白的表达；采用平板涂布法检测艰难梭菌的芽孢形成能力；采用琼脂稀释法检测艰难梭菌对11种抗菌药物的耐药性；采用PCR方法扩增耐药基因、测序及氨基酸突变分析艰难梭菌携带的耐药基因和氨基酸的突变位点。计量资料的组间比较采用Kruskal Wallis秩和检验，率的比较采用Fisher精确检验。结果:ST81型菌株为 tcdA-tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别，ST8和ST42型菌株均为 tcdA+tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别，ST42、ST8和ST81型别菌株产生毒素A/B蛋白的产量分别为41.9、2.4和0.83，ST42和ST8组毒素A/B蛋白的产量高于ST81组，差异有统计学意义（均 P<0.001），ST42菌株毒素A/B蛋白的产量高于ST8组（ P=0.045）。ST81、ST8和ST42型菌株的芽孢形成数量分别为494×10 5 CFU/ml、160×10 5 CFU/ml和166×10 5 CFU/ml，ST81型菌株的芽孢形成数量明显高于ST8和ST42型菌株，差异有统计学意义（均 P<0.001）。ST81型菌株为多重耐药菌，对头孢曲松、莫西沙星、红霉素和克林霉素等抗菌药物均耐药，耐药率均为100%（26/26），ST8型菌株对莫西沙星的耐药率为9/15，对红霉素和克林霉素的耐药率均为11/15。ST81型别菌株对莫西沙星的耐药率高于ST8型，差异有统计学意义（ P=0.001），ST81型别对红霉素和克林霉素的耐药率高于ST8型，差异均有统计学意义（均 P=0.005）。ST42型对头孢曲松和莫西沙星的耐药率分别为0和3/14。ST81型菌株对头孢曲松和莫西沙星的耐药率均高于ST42型，差异有统计学意义（均 P<0.001）。ST81型菌株携带红霉素和克林霉素的耐药相关基因 ermB阳性率［100%（26/26）］高于ST8组（11/15），差异有统计学意义（ P=0.005）。喹诺酮类的耐药基因 gyrA和 gyrB编码的氨基酸突变分析显示，ST81和ST8型别菌株 gyrA和 gyrB基因编码的氨基酸同时发生突变，但 gyrB基因编码的氨基酸突变位点不同。ST81型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为缬氨酸，ST8型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为天冬酰胺，ST42型别菌株 gyrA基因编码的氨基酸为单突变，82位点苏氨酸突变为异亮氨酸。 结论:ST81型和ST42均为多重耐药菌，ST81型芽孢形成能力较强，ST42型别毒力较强。ST81和大部分ST8型对喹诺酮类药物的耐药性较强，需警惕多重耐药性ST81、较强毒力高耐药性ST42和ST8型菌株在医院的播散流行。

幽门螺杆菌（ Helicobacter pylori， H. pylori）耐药在中国是一个愈发严重的问题，严重影响了 H. pylori感染的治疗。为了克服这一问题，需要根据当地或个体的抗生素耐药表型和基因型数据以指导个体化的治疗。中国幽门螺杆菌分子医学中心（CCHpMM）郜恒骏教授团队牵头进行了这项大规模的多中心研究，调查中国 H. pylori的耐药表型和基因型。研究从中国5个地区（9个CCHpMM分中心）的 H. pylori感染者的胃活检样本中分离培养 H. pylori菌株进行抗生素耐药表型和基因型检测，并评价了两者的一致性。该研究成功分离和培养了4 242株 H. pylori，成功率为84.43%。耐药表型结果显示 H. pylori对克拉霉素、左氧氟沙星、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑的原发和继发耐药率分别为37.00%和76.93%、34.21%和61.58%、2.20%和6.12%、1.61%和3.11%、1.18%和3.31%、87.87%和93.48%。甲硝唑/克拉霉素、甲硝唑/左氧氟沙星和克拉霉素/左氧氟沙星的双重耐药率分别为43.6%、38.4%和26.1%。 H. pylori克拉霉素和左氧氟沙星耐药基因型主要是23S rRNA第2 143和2 143位碱基、gyrA基因第87和91位氨基酸的突变，与耐药表型的Kappa一致性系数分别为0.810和0.782。

目的:利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱及主要突变类型与菌株基因型的相关性。方法:查询并下载NCBI数据库中截至2019年8月公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据，利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果，统计不同药物耐药相关基因的突变类型，并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果:根据分子药敏结果从2 019株菌株中鉴定出1 024株耐多药菌株，对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为 katG S315T（73.2%，异烟肼）、 rpoB S450L（63.1%，利福平）、 rpsL K43R（70.0%，链霉素）、 embB M306V（37.4%，乙胺丁醇）、 pncA启动子区T（-11）C（7.9%，吡嗪酰胺）、 gyrA A90V （32.3%，氟喹诺酮类）、 rrs A1401G（67.7%，二线注射类）、 fabG1启动子区C（-15）T（87.0%，乙硫异烟胺）、 folC I43T（30.4%，对氨基水杨酸）。其中， katG S315T、 rpsL K43R、 embB M306V、 gyrA D94G在L2系菌株中的频率显著高于L4系菌株， folC I43T仅在L2系菌株中发现； katG S315T在古典北京型菌株中比例较高，而 rpsL K43R在现代北京基因型菌株中的比例更高，其差异均有统计学意义（均 P<0.05）。 结论:本研究提供了基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型，为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据；同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。

目的:观察黄连素应用后铜绿假单胞菌（PA）对环丙沙星的最低抑菌浓度（MIC）的变化和PA菌耐药基因GyrA突变情况。方法:收集2021年1月至10月临床分离耐环丙沙星铜绿假单胞菌25株，测定单用或联用环丙沙星和黄连素的最低抑菌浓度（MIC），计算抑菌浓度指数（FIC），筛选出联用呈协同作用菌株，并和原临床分离耐药菌配对比较。PCR扩增PA主要耐喹诺酮的GyrA基因，并对PCR扩增产物进行测序分析。结果:单用环丙沙星时，25株PA对环丙沙星的MIC均≥8 mg/L，呈耐药。单用黄连素时，MIC值为0.25~4 g/L。环丙沙星联合黄连素浓度0.125~1 g/L后，PA对环丙沙星的MIC值均有不同程度下降，下降率为100%，联用呈协同作用菌株为8株，占比32%,FIC≤0.5。联合黄连素后，黄连素应用后呈协同作用的PA菌与黄连素应用前PA菌均获得367 bp的目的片段，均有GyrA基因的表达，未发现GyrA基因突变。结论:黄连素能增加环丙沙星对PA的抗菌作用，降低临床耐药PA菌的耐药性。其耐药性降低，并未引起耐药基因GyrA基因的突变逆转。

目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法，探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA），设计引物并进行PCR扩增和测序，测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价；采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树，采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树，并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物；Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致，提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力；MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs，85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构，CC19形成了优势克隆复合体，但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性，CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型，但尚需优化改进。

目的:比较二代测序（NGS）检测方法在痰标本和结核分枝杆菌菌株中耐药性的诊断效能，从而探讨NGS方法检测痰标本耐药性的可行性。方法:本研究属于回顾性研究，收集了北京胸科医院2017年1—12月收治50例肺结核患者的痰标本和相应的临床分离菌株。用NGS方法分别检测痰标本和相应的临床分离菌株 katG、 inhA、 rpoB、 embA、 embB、 rpsL、 rrs、 gyrA、 gyrB、 tlyA的基因突变。采用比例法对菌株进行表型药敏试验（drug susceptibility test，DST）。以DST结果为参考，分别计算临床菌株NGS方法、痰标本NGS方法敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值，以及与表型DST的一致性统计量（ Kappa）。对于NGS检测在痰标本和菌株样本中的准确性比较用 χ2检验。 结果:在各种突变基因中， rpoB（63.83%，30/47）与 rrs（57.45%，27/47）最常见，其次是 katG（46.81%，22/47）、 rpsL（29.79%，14/47）、 gyrA（27.66%，13/47）、 embB（21.28%，10/47）、 tlyA（12.77%，6/47）、 gyrB（8.51%，4/47），以及 inhA启动子区（19.15%，9/47）、 embA启动子区（12.77%，6/47）突变。NGS方法与异烟肼、利福平、乙胺丁醇、二线注射类药物（链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）、左氧氟沙星的耐药表型相比，在痰样本中，敏感度分别为85.71%、91.67%、77.78%、81.82%、100.00%、87.50%、100.00%、69.23%，特异度分别为100.00%、94.12%、87.50%、89.47%、97.06%、96.97%、94.29%、89.29%。在菌株样本中，敏感度分别为92.86%、100.00%、81.82%、86.96%、88.89%、80.00%、100.00%、85.71%，特异度分别为100.00%、92.86%、87.10%、94.74%、100.00%、100.00%、97.14%、92.86%。与表型药敏结果相比，在痰标本中，NGS方法对异烟肼、利福平、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星具有较好的检测效能（ Kappa值≥0.75）；在菌株中，NGS方法对异烟肼、利福平、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素，阿米卡星及左氧氟沙星具有较好的检测效能（ Kappa值≥0.75）。以NGS方法检测菌株的准确度为参照，检测的所有药物耐药情况在菌株和痰标本中的准确性差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:本研究表明通过NGS技术检测痰标本及菌株基因型来预测异烟肼、利福平及二线注射类药物（卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星）耐药均具有较好的效能，提示NGS方法直接检测痰标本作为早期耐药检测方法的可行性及潜力。

目的:对一起急性胃肠炎暴发事件进行实验室检测分析。方法:对暴发事件中采集的病例粪便标本、厨师粪便标本、环境涂抹、食品原材料等样本进行实时荧光定量PCR检测和细菌分离培养分析。对分离菌株进行PFGE分型分析并对病例分离株进行抗生素敏感性检测和全基因组测序分析。结果:4例病例粪便标本空肠弯曲菌核酸检测阳性，其中1例未服用抗生素的病例分离到空肠弯曲菌；从4份生鸡样本中获得12个空肠弯曲菌单菌落和7个结肠弯曲菌单菌落。病例分离株对萘啶酸、环丙沙星、氯霉素、氟苯尼考和四环素耐药；基因组测序分析确定该菌株为ST10075型，并确定其染色体上含有 cmeABCR、 tetO/M和 blaOXA-61等耐药元件，而23S rRNA的2 074和2 075位点均未发生突变， gyrA基因的257位点发生了C-T的突变。 结论:实验室检测结果表明空肠弯曲菌的感染可能是导致此次急性胃肠炎暴发的主要病原。

目的:利用全基因组测序技术分析上海地区莫西沙星和氧氟沙星同时耐药的结核分枝杆菌( Mycobacterium tuberculosis, Mtb)分子特征，为 Mtb感染患者的临床诊疗提供科学依据。 方法:收集同济大学附属上海市肺科医院保存的142株莫西沙星和氧氟沙星同时耐药的 Mtb临床分离株。使用Sensititre ? MYCOTB plate进行微孔板法药敏试验；Illumina平台对142株 Mtb进行测序；TB-Profiler确定其谱系和耐药相关基因的突变位点；Snippy进行细菌核心基因组系统发育分析。 结果:表型药敏结果显示142株莫西沙星和氧氟沙星耐药的 Mtb分离株对异烟肼和利福平的耐药率分别为33.80%(48/142)和22.54%(32/142)；76.06%(108/142)的分离株检测到14种氟喹诺酮耐药基因相关突变，其中以 gyrA基因Asp94Gly(21.83%，31/142)、Ala90Val(15.49%，22/142)和Asp94Tyr(9.15%，13/142)突变为主。异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、乙硫异烟胺和卡那霉素的常见耐药突变类型分别为 katG Ser513Thr(68.75%，33/48)、 rpoB Ser450Leu(53.13%，17/32)、 embB Met306Val(44.44%，8/18)、 rpsL Lys43Arg(77.50%，31/40)、 rrs 1401A→G(100.00%)、 fabG1 -15C→T(50.00%，4/8)、 rrs 1401A→G(100.00%)。142株 Mtb分为2个谱系，分别为L2谱系(92.25%, 131/142)和L4谱系(7.75%, 11/142)；其中L2谱系以L2.2.1亚型(80.28%，114/142)为主，L4谱系以L4.5亚型(5.63%，8/142)为主。系统发育分析和单核苷酸多态性分析显示多株L2谱系菌株可能存在流行病学联系。 结论:本地区莫西沙星和氧氟沙星耐药的 Mtb主要流行基因型为L2型，应加强耐药结核病的防控工作。

通过回顾性研究分析，探究非伤寒沙门菌（NTS）对喹诺酮类药物的耐药性及耐药机制。以南方医科大学第五附属医院2020年5月至2021年2月临床标本中分离的105株NTS为研究对象，采用VITEK2 Compact全自动鉴定药敏分析系统和血清学实验对菌株进行鉴定；用琼脂稀释法检测菌株对环丙沙星、左氧氟沙星和萘啶酸的敏感性；对105株NTS 进行全基因组测序，采用Abricate等软件分析菌株的耐药相关基因，包括质粒介导的喹诺酮耐药基因（PMQR）和喹诺酮耐药决定区（QRDR）；采用SISTR和MLST分析血清型和ST型，并构建系统发育树。结果显示，分离的NTS主要为ST34鼠伤寒沙门菌（53.3%）。药敏结果显示NTS对环丙沙星、左氧氟沙星和萘啶酸的耐药率分别为30.4%、1.9%和22.0%，对环丙沙星、左氧氟沙星的中介率为27.6%、54.2%；62株喹诺酮类非敏感株中共有46株（74.2%）携带PMQR基因，主要为 qnrS1（80.4%），其次为 aac（ 6′） -Ib-cr（15.2%）；QRDR突变分析共有14株和8株NTS分别存在 gyrA和 parC基因突变， gyrA均为第87位氨基酸位点突变，分别为Asp87Tyr、Asp87Asn、Asp87Gly， parC检出Thr57Ser突变。综上，本研究发现，NTS对喹诺酮类药物耐药性相对较高，携带 qnrS1基因主要导致NTS对环丙沙星和左氧氟沙星的敏感性下降，发生 gyrA：87位点突变主要导致NTS对萘啶酸耐药；同时携带多种PMQR和存在QRDR突变，可导致NTS对3种喹诺酮类药物耐药。鼠伤寒沙门菌在临床分离株中存在克隆传播现象，需进一步加强流行病学的监测。

目的:了解浙江绍兴市人民医院肠道外分离气单胞菌对喹诺酮类抗菌药物的耐药现状，及其主要耐药机制。方法:对临床分离的50株肠道外气单胞菌菌株进行喹诺酮类药物敏感性测试，用PCR扩增喹诺酮类耐药基因 gyrA、 parC、 qnrA、 qnrB、 qnrS、 qepA和 aac（ 6'）- Ib-cr，基因序列比对分析该地区 gyrA和 parC基因的突变情况，分析肠道外气单胞菌对喹诺酮类抗菌药物的耐药表型和耐药基因的关联性。 结果:绍兴地区肠道外气单胞菌对萘啶酸（NA）的耐药率已高达82.0%（41/50），对环丙沙星（CIP）和左氧氟沙星（LVX）的耐药率都在50.0%左右。27株（54.0%）菌株对两种以上喹诺酮类药物耐药。 qnrS和 aac（ 6'）- Ib- cr的阳性率分别为52.0%和18.0%。 qnrS基因阳性菌株对NA、CIP、LXV耐药率均显著高于阴性菌株（ P<0.05）； aac（ 6′）- Ib- cr基因阳性菌株对CIP和LVX的耐药率显著高于阴性菌株（ P<0.05），但对萘啶酸耐药性无明显差异。未检测出 qnrA、 qnrB和 qepA基因。 gyrA中主要存在Ser83→Ile， parC中主要存在Ser80→Ile变异。 结论:绍兴地区分离的肠道外气单胞菌对喹诺酮类药物表现高耐药性，染色体介导的靶位基因突变为其主要耐药机制，目前突变较单一。