目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法，探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA），设计引物并进行PCR扩增和测序，测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价；采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树，采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树，并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物；Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致，提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力；MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs，85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构，CC19形成了优势克隆复合体，但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性，CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型，但尚需优化改进。

SURF4是确定的管家基因之一，其生理功能尚未完全明确，近年来发现SURF4基因在部分肿瘤中过表达，参与胃肠道间质瘤的外泌体信号通路，并在卵巢癌干细胞中发挥致癌基因的作用。本文对SURF4的基因特征、蛋白定位、可能具有的生理功能、在多种疾病中的发生机制及其对肿瘤的影响作一综述。

目的:对从一患者脑脊液中分离的副猪链球菌菌株进行病原学鉴定，并了解其生物学特征。方法:对该菌株使用分离培养、生化鉴定、16S rRNA和管家基因 recN基因分析、平均核苷酸一致性分析(ANI)、药敏实验、耐药基因、毒力基因分析等方法进行分析。 结果:该菌为革兰阳性球菌、在血平板上草绿色溶血，经16S rRNA、 recN基因及全基因组序列分析为副猪链球菌，对多种抗生素敏感，并携带有黏附类等多种毒力基因。 结论:副猪链球菌可导致人类感染，可通过基因测序方法进行诊断。

目的:通过比较寻常痤疮皮损和健康人毛囊内表皮葡萄球菌（SE）的基因分型，探索SE在痤疮发生中的作用。方法:本研究为横断面研究，于2022年8月至2023年8月纳入上海交通大学医学院附属仁济医院皮肤科就诊的中度寻常痤疮（简称痤疮）患者和健康志愿者。分离培养痤疮患者脓疱内容物和健康志愿者毛囊中SE菌株，并通过聚合酶链反应进行管家基因扩增、测序和多位点序列分型，获得菌株的序列类型（ST），比较不同来源菌株的基因型、亲缘关系。结果:痤疮组患者28例，年龄（22.6 ± 2.6）岁，男女比例为10∶18；健康对照组志愿者19例，年龄（22.4 ± 0.96）岁，男女比例为7∶12。两组间年龄和性别比例差异均无统计学意义（均 P > 0.05）。痤疮组和健康对照组皮肤标本SE检出率分别为60.71%（17/28）和73.68%（14/19），差异无统计学意义（ P = 0.53）。来自健康对照组的144株SE可以被分为10个ST型，其中检出率最高的5个ST型依次是ST35（8例）、ST73（4例）、ST193（2例）、ST59（2例）、ST540（2例）；分离自痤疮组的190株SE可被分为16个ST型，其中检出率最高的5个ST型依次是ST59（6例）、ST73（6例）、ST802（3例）、ST130（3例）、ST35（2例）。痤疮组ST35的检出率显著低于健康对照组（ P = 0.018），其余ST型的检出率差异无统计学意义（ P > 0.05）。分析SE菌株之间的亲缘关系发现分别位于3个进化树分支上，健康对照组的SE菌株大部分属于分支A，痤疮组SE菌株中分支A菌株的比例[ M（ Q）：25%（85%）]显著低于健康对照组[100%（33.33%）， U = 66， P = 0.025]，分支B的比例[14.29%（89.17%）]显著高于健康对照组[0（0）， U = 62， P = 0.010]，分支D的比例[0（57.14%）]与健康对照组[0（4.17%）]差异无统计学意义（ P = 0.420）。 结论:痤疮患者皮损内SE基因分型与健康人群之间存在差异，可能与痤疮发生或者疾病进程有关。

目的:分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌（Lm）基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法:对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序（PE-150，100×），运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果:46个Lm基因组组装后均满足分析条件（contigs N50>20 kb），平均GC含量为38.3%、预测基因数为5 960个、基因组大小为2 952 608 bp；南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇，总体遗传距离较大，其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3，Lineage 1以ST87为主，其余为ST3、ST59、ST224和ST429，Lineage 2以ST8和ST9为主，其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321，Lineage 3只见ST299；发现本地区Lm携带fosX（17株）、tetM（6株）、dfrG（4株）、catB3（1株）和mefA（1株）5种耐药基因，均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB 九种毒力基因，同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论:深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性，携带耐药基因情况较为严重，特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株，且功能明确的毒力基因丰富齐全。

目的:研究肠神经胶质细胞（enteric glial cells，EGCs）在先天性巨结肠（Hirschsprung's disease，HD）病变肠管肌层中的异常发育。方法:收集2018年12月至2020年12月于山东大学齐鲁医院小儿外科行手术治疗的20例HD患儿在手术中切除的病变肠管。20例患儿中，男14例，女6例，年龄范围为21 d至9岁。对每例病变肠管分别留取无神经节段、移行段、扩张段及近端段4个部分，每部分样本重量≥500 mg，留取长度为0.5 cm的全层组织浸泡于4%多聚甲醛溶液，其余组织剥除黏膜及黏膜下层后取部分保存于RNA Wait中，连同剩余部分于-80℃保存。选择胶质纤维酸性蛋白（glial fibrillary acidic protein, GFAP）、S100钙结合蛋白β（S100 calcium-binding protein β，S100β）作为EGCs的标志物。用蛋白质印迹法检测各样本中目的基因的蛋白质表达水平。用实时定量聚合酶链反应（quantificational real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR）分析各样本目的基因的mRNA的表达水平。用组织免疫荧光（immunofluorescence，IF）及免疫组织化学（immunohistochemistry，IHC）染色比较不同节段肌间EGCs及肠神经元（enteric neuron cells，ENCs）的发育及相对位置关系。结果:①相对于管家基因GAPDH，目的基因GFAP和S100β从无神经节段到近端段的蛋白表达量存在明显增加的趋势。而目的基因mRNA转录水平与蛋白表达量的趋势基本相同，近端段中GFAP和S100β表达量明显高于无神经节段。②EGCs与ENCs在不同病变节段肌间神经丛中的发育及位置存在对应关系，无神经节段、移行段中同时存在肌间ENCs及EGCs的发育缺失或异常，GFAP和S100β的表达量明显低于近端段，近端段肌间的EGCs位于ENCs周围，共同参与肌间神经丛的构成。③通过IHC显示不同节段GFAP和S100β的表达位置及表达水平的变化，并对单位面积阳性染色进行量化。显示在近端段肠管中，纵行肌及环行肌之间肠道肌间神经丛的位置呈现明显阳性染色棕褐色颗粒，扩张段、移行段阳性染色颗粒明显减少，无神经节段未见明显阳性染色，其阳性染色面积变化趋势与蛋白表达量一致。结论:在HD病变肠管肌层中，合并有EGCs的发育异常，可能对ENCs的发育及缺失产生影响。

目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后.本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜血清型及分子流行病学特征,了解ICU中CRKP的感染特点,为ICU有效监测和防控CRKP感染提供科学依据.方法:收集2021年1月至2022年12月广东省人民医院ICU所分离并已确定为CRKP的非重复菌株共40株.采用全基因组测序方法,分析待测菌株耐药基因、毒力基因、荚膜血清型的分布,同时将CRKP基因组7个管家基因序列上传至肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)数据库进行分析,以明确菌株的序列型(sequence typing,ST).结果:40例ICU CRKP感染患者年龄为(69.03±17.82)岁,且伴有多种基础疾病,临床结局好转和死亡各20例.所分离菌株主要来源于中段尿、肺泡灌洗液等标本.全基因组测序结果显示其主要携带blaKPC-1(29株,72.5%)和blaNDM-1(6株,15.0%),另有5株同时携带blaKPC-1和blaNDM-1.所携带的毒力基因有多种,其中entA、entB、entE、entS、fepA、fepC、fepG、yag/ecp、ompA等基因的携带率达100%,entD、fimB、iroB、iroD、fes、pla等基因携带率较低.ICU所分离的CRKP以ST11型(27例,67.5%)为主,荚膜血清型以KL64型(29例,72.5%)为主.共检出23例ST11-KL64型CRKP,占57.5%.结论:ICU CRKP主要为ST11-KL64型,并携带多种毒力基因,其中以铁吸收类毒力基因为主;且blaKPC已由blaKPC-2转为blaKPC-1.因此,需密切监测CRKP的分子流行病学变化,同时制订严格的防控措施,有效遏制CRKP感染的发生.

目的 探讨多黏菌素耐药基因(mobile colistin resistance,mcr)在肺炎克雷伯菌中的流行分布特点.方法 使用Aspera软件从NCBI基因组数据库下载肺炎克雷伯菌的基因组序列,采用CheckM v1.1.3和Quest 5.0.2软件进行质量过滤,使用Prokka v1.13对基因组进行注释.从NCBI网站下载所有mcr基因序列,采用makeblastdb命令构建数据库,再采用 自编写的Perl脚本程序从注释文件提取所有基因核苷酸序列为Query,进行本地BLASTN分析,获得mcr阳性的菌株.从PubMLST网站下载肺炎克雷伯菌7个管家基因的基因序列文件和Profiles文件为数据库,采用自编写的Perl脚本程序提取基因核苷酸序列为Query,进行本地BLASTN分析,确定每个基因组的序列类型(ST).使用自编写的perl程序从下载的肺炎克雷伯菌基因组GenBank文件中批量提取菌株元信息(如分离源、样本类型、国家和日期等)以分析mcr阳性菌株的分布特点.使用卡方检验对比不同ST型之间mcr分布的差异.结果 在本研究纳入分析的全球11 429个肺炎克雷伯菌基因组中,207株细菌中检出 229 个 mcr.mcr 变异体共有 6 种,以 mcr-1(87/229,38.0％)、mcr-8(59/229,25.8％)和 mcr-9(59/229,25.8％)为主;207 株细菌检出76种 ST 型,以 ST15(21/207,10.1％)、ST43(17/207,8.2％)、ST11(16/207,7.7％)和 ST147(16/207,7.7％)为主.87 株mcr-1阳性菌株有 31 种 ST,以 ST43(17/87,19.5％)和 ST15(10/87,11.5％)为主;59 株 mcr-8 菌株有 17 种 ST,以 ST43(17/59,28.8％)和ST11(9/59,15.3％)为主;59 株 mcr-9 菌株有 27 种 ST,以 ST147(11/59,18.6％)和 ST274(11/59,18.6％)为主.不同的ST型携带的mcr变异体之间的差异亦有统计学意义.mcr阳性肺炎克雷伯菌来自全球五大洲的28个国家,以中国(68/207,32.9％)和泰国(45/207,21.7％)为主,主要来源于人体(100/207,48.3％),流行时间集中于2015年至2018年.结论 在全球肺炎克雷伯菌中,mcr的流行以mcr-1、mcr-8、mcr-9为主.mcr-1的流行以ST15和ST43为主,mcr-8的流行以ST11和ST43为主,mcr9的流行以ST147和ST274为主.加强该类细菌的监测对于预防院内感染控制具有重要作用.

目的 了解2022年沧州市动物性水产品中副溶血性弧菌的耐药特征、毒力基因及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)情况,掌握其分子流行病学特征,为相关食品风险监测及进一步防控提供数据支持.方法 2022年随机采取沧州市市售动物性水产品样品,根据《2022年国家食品污染和有害因素风险监测工作手册》要求,对所采集的样品进行细菌培养及分离鉴定,对鉴定为副溶血性弧菌的菌株进行药敏试验、PCR毒力基因检测和全基因组序列测定,借助相关数据库获得不同菌株的耐药表型、毒力基因、耐药基因和多位点序列分型情况.结果 药敏结果提示,样品中分离的副溶血性弧菌对大多数抗生素敏感或中敏,共检出6株耐药菌株,其中包含1株多重耐药株.耐药基因共检出10种,其中β-内酰胺类blaCARB基因、四环素类的tet(35)基因和调控耐药相关基因adeF、rsmA、CRP基因全部菌株均检出.不耐热溶血素(thermolabile hemolysin gene,tlh)基因携带率 100％,耐热直接溶血素(thermostable direct hemolysin,tdh)基因和耐热相关溶血素(tdh related hemolysin,trh)基因未检出.31株副溶血性弧菌依据7个管家基因分型,得到29种序列型(sequence type,ST型).结论 沧州市动物性水产品中检出的副溶血性弧菌属于低水平耐药,未检出毒力基因,携带多个耐药基因,基因序列具有遗传多样性,应加强监测.

目的 对2018-2023年福州市分离的霍乱弧菌进行全基因组测序,预测毒力基因、耐药基因和序列位点信息,分析不同菌株间遗传关系,为防治霍乱提供依据.方法 对60株霍乱弧菌进行全基因组序列测定,运用生物信息学软件对测序数据进行质控、基因组装和预测,采用PubMLST、ResFinder、VFDB等数据库预测不同菌株的多位点序列分型、耐药基因和毒力基因情况,结合NCBI数据库,经核心基因组单核苷酸多态性(core genes Single Nucleotide Poly-morphism,cgSNP)系统发育分析和去重组分析,采取最大似然法构建系统发育树.结果 60株霍乱弧菌基于7个管家基因分型,获得16种已知序列型(sequence type,ST)和38种新分配的ST,O1群临床分离株H339为ST75,O1群食品分离株H13、H363和H381均为ST175,非O1/非O139 群霍乱弧菌(non-O1/non-O139 Vibrio cholerae,NOVC)分离株H263、H357均为ST1218,H293、H306均为ST1700,H311、H314、H316均为ST1699,其余分离株存在多样性.共预测29种耐药基因,包括喹诺酮类、叶酸通路拮抗剂类、氨基糖苷类和β-内酰胺等,大部分菌株携带喹诺酮类耐药基因.经过VFDB数据库预测,所有病原菌株均含有rtx、hlyA毒力因子,96.7%(58/60)菌株携带tlh基因,O1群分离株均携带tcp、zot、ace基因,O1群临床分离株携带ctxA基因.全基因组系统发育树进化分析将全部菌株分为20个分支,基因组高度分歧.结论 新发现38种STs.O1群食品分离株之间存在遗传相关性,O1群临床分离株与O1群食品分离株之间、O1群与NOVC菌株之间亲缘关系较远,分离菌株存在多样性.此项研究能够为食源性疾病溯源提供数据支持.