目的:了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法:收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12 250份，实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本，采用实时荧光PCR的方法进行金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和B型流感嗜血杆菌的检测，分析其临床感染特征。分离流感病毒，RT-PCR扩增病毒HA，测序，构建进化树，并分析裂解位点氨基酸变异特征。结果:2013年以来，每年都有H3N2流感病毒的流行，H3N2在流感阳性病例中的占比为44.69%。随机选取2013—2018年间流感流行高峰的H3N2阳性病例样本295份，29.2%的病例存在临床细菌感染。对分离到的210株H3N2流感病毒进行HA裂解位点测序，68株存在变异，其中63株为K342R单氨基酸位点变异，裂解位点由PEKQTR转变为PERQTR。裂解位点未变异样本的细菌共感染率为31.25%(45/144)，裂解位点变异样本的细菌感染率为23.53% (16/68)，二者的差异没有统计学意义(χ 2＝1.34， P>0.05)。杭州地区流行的H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇，裂解位点发生K342R变异的病毒属于3C.3a进化簇。 结论:H3N2流感病毒在杭州地区的流感病毒流行中占据重要地位。流感阳性病例存在着一定程度的细菌共感染。裂解位点变异具有一定的地域流行特征，但与细菌共感染没有显著相关性。

目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

目的:了解贵州省H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的流行与遗传变异情况，为AIV的防控提供依据。方法:统计2018年10月—2019年3月贵州省活禽市场外环境AIV检出情况，对选取的H9N2亚型AIV进行基因组的提取、血凝素(hemagglutinin, HA)基因的RT-PCR扩增与测序，并对获得的 HA基因序列进行同源性、遗传进化和关键位点变异分析。 结果:贵州省活禽市场外环境AIV检出率为52.2%，H9N2占阳性的83.7%。H9N2亚型AIV HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为91.6%～100.0%和91.0%～100.0%，均属于Y280亚系，G57基因型；与致病性相关的裂解位点序列均为PSRSSRGLF和LSRSSRGLF，符合低致病性AIV的分子特征；与宿主特异性相关的受体结合关键位点存在H191N、E198T/A和Q234L三个位点的突变，具有人样受体结合特征；与毒力相关的糖基化位点均具有7个，其中因突变218位点均存在一个糖基化位点缺失，313位点均存在一个增加。与人感染毒株相比关键位点未发生重要突变。 结论:贵州省活禽市场外环境AIV检出率较高，污染较严重，且以H9N2为优势流行亚型；H9N2亚型AIV均属于Y280亚系，G57基因型，为低致病性AIV，毒株遗传差异在增大，关键氨基酸位点存在变异，具有感染人的风险，故应加强监测该病毒的分子遗传变异情况。

目的:分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征，为禽流感的防控提供依据。方法:对2014－2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况，随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序，应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果:2014－2019年监测的52 284份环境标本中，检出H5亚型阳性标本1 094份，阳性率为2.09%。遗传进化分析显示，HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支，NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支，HA和NA基因的进化以时间聚类为特点，相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示，48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点，受体结合位点仍为禽源受体，但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区，并表现时间分布的特点，同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论:广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行，且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示，广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒，并且持续进化和变异，特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变，需加强监测。

目的 对长沙市1例人感染禽流感H5N6病毒A/Changsha/1/2022(H5N6)的遗传进化与分子特征进行分析,为防控人感染H5N6禽流感提供依据.方法 运用第三代测序平台对样本进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)和全球共享禽流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)数据库下载参考序列进行比对,利用Mega7软件构建遗传进化树并分析关键氨基酸变异位点.结果 对序列进行分析发现,本研究毒株属于H5亚型Clade2.3.4.4b分支.PB1与湖南省A/duck/Hunan/S40199/2021(H5N6)同源性为99.69%;PB2与A/Whooper swan/Sanmenxia/Y36/2020(H5N8)同源性为98.58%;其余序列与2021年广州发现的毒株A/Guangdong/1/2021(H5N6)高度同源.以上结果表明该病例是由重组的H5N6亚型禽流感病毒感染导致.对毒株序列的氨基酸位点分析发现,裂解位点氨基酸组成为RERRRKR↓GLF,符合高致病性禽流感特征.HA序列中Q226L和G228S位点未发生突变,提示病毒保留结合禽类受体的特征,然而S127P、S137A、T160A、T192R、A267T的突变增加了病毒对人类的亲和性.NA蛋白茎部59-70位点缺失,提示该毒株能增强病毒在哺乳动物体内的毒力.内部基因PB1发生S622G突变,PB2发生K389R和V598T突变,PA发生N409S突变,M1发生N30D和T215A突变,NS1发生P42S突变,这些突变会增强禽流感病毒感染小鼠的毒力.结论 本研究的长沙市人感染H5N6病毒为高致病性禽流感病毒,倾向于结合禽类受体,但关键氨基酸位点存在多处变异进而易于感染人类,应持续加强对禽流感H5N6病毒的监测与研究.

目的 分析2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型禽流感病毒的分子特征和遗传进化特点,为禽流感防控提供参考依据.方法 对2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型单阳性标本进行复核,筛选出Ct值小于30的标本,对HA和NA基因进行靶向扩增和二代测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,使用生物信息学软件分别对HA和NA基因进行分子突变位点和遗传进化分析.结果 共完成12株H5亚型HA和NA全基因测序.序列比对结果显示,HA基因最高一致性在98.59％～99.89％,NA基因最高一致性在98.19％～99.85％.遗传进化分析显示,HA基因归属于Clade 2.3.4.4h分支,NA基因归属于欧亚谱系H5N6和H6N6分支.12株毒株的裂解位点均为高致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点为禽源受体,但S123P、S133A、I151T、T156A突变可增强病毒与人源受体的亲和力.HA基因糖基化位点分析显示,常见154位糖基化位点缺失,在124位(-NHTS)新增潜在糖基化位点.结论 2018-2019年福建省禽类外环境中存在Clade 2.3.4.4h进化分支H5N6高致病性禽流感病毒,并且N6基因在进化上具有多样性,提示基因进化重组的可能,需加强对病毒分子进化的持续监测.

目的 了解云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)分子特征,为云南省人禽流感防控提供科学依据.方法 通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction,real-time RT-PCR)方法对2例流感样病例标本进行流感病毒分型检测,应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒基因组序列测定,使用Mega7.0软件进行血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因序列比对和进化树构建.结果 Real-time RT-PCR检测结果显示2例流感样病例标本为H9N2亚型阳性,通过基因组序列测定,获得2份标本的HA和NA全长.序列系统进化分析表明2株AIV HA和NA均与A/Chicken/Zhejiang/HJ/2007在同一进化分支中,属于G57型.2株AIV HA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.92%和95.00%,NA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.31%和82.03%,与2015-2020年国内获得的人感染H9N2流行株的HA核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.29%～96.94%(93.77%～98.43%)、92.84%～94.92%(94.18%～96.23%),NA核苷酸(氨基酸)同源性分别为 91.81%～97.60%(77.82%～94.83%)、94.38%～97.22%(85.47%～94.55%).2株AIV HA蛋白裂解位点序均为PSRSSR↓GLF,符合低致病性禽流感的特征,HA蛋白受体结合位点分析显示,109、161、163、191、202、203、234位氨基酸与参考株保持一致,而198位氨基酸突变为T.HA蛋白上还发现N166D和168N突变,两株AIV均具有7个潜在糖基化位点.NA基因红细胞结合位点分析发现369、402、403、432处存在氨基酸变异,NA基因均表现为63～65位氨基酸缺失,2株AIV分别存在4个和5个潜在糖基化位点,未发现耐药位点突变.结论 云南省H9N2 AIV的HA和NA基因上受体结合位点、红细胞结合位点和糖基化位点都有不同程度的变异,应加强监测与防控.

目的 通过对广西省南宁市2017年首例人感染高致病H7N9禽流感病毒株血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)基因测序,从分子水平分析毒株的溯源及遗传特性.方法 通过RT-PCR扩增H7N9禽流感毒株HA基因和NA基因并测序,经NCBI数据库BLAST比对,利用MEGE 5.1等软件构建进化树及统计蛋白关键位点的变异情况.结果 系统进化树表明中国H7N9毒株HA基因与NA基因主要为2个类群,长三角分支和珠三角地区分支,南宁毒株A/Nanning/01/2017(H7N9) HA和NA基因均在珠三角分支上,与广东毒株高度同源.病毒HA蛋白裂解位点插入4个氨基酸由PEIPKGR↓GLF突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,含有5个碱性氨基酸,使其具有高致病性禽流感病毒的分子特征;毒力相关位点225由天冬氨酸(D)突变为甘氨酸(G)(D225G),毒力增强;受体结合186位点由甘氨酸(G)突变为缬氨酸(V) (G186V);飞沫传播关键氨基酸位点没有发生突变组合;糖基化位点高度保守.NA蛋白丢失5个氨基酸,毒力可能增强,耐药性位点、糖基化位点均相对保守,未发生突变.结论 南宁市人感染H7N9禽流感病毒可能来源于广东省珠三角地区禽类的感染,人传人的可能性不大,对NA抑制剂药类敏感,但毒株已经具有高致病性禽流感病毒的分子特征,毒力增强.南宁市外环境已经检测到H7N9核酸阳性标本,提示需要加强监测有效防控传染源.

目的 分析1例人感染高致病性H7N9禽流感病例的感染模式及病原变异情况,为禽流感防控提供依据.方法 采用流行病学方法调查病例可疑暴露史及感染途径,追踪调查病例病情进展;使用核酸检测、病毒分离、基因测序及进化分析等技术对采集的相关标本展开病原学分析.结果 病例无活禽接触史,发病前一周在狭小通风不畅厨房内不带手套加工烹饪光鸡;病例下呼吸道提取物、病家剩余冷冻光鸡表面涂抹标本、活禽来源市场环境标本均检出高度同源的H7N9禽流感病毒,且均在HA基因的裂解位点出现多个碱性氨基酸(PEVPKRKRTAR/GL)插入的突变.结论 无防护禽肉操作是“禽-人”传播模式下的重要感染方式之一,现行的活禽限售区防控措施效果有限,应尽快推进规模化标准养殖,实现活禽全城限售、集中屠宰、冰鲜上市.

目的 了解贵州省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的分子特征、溯源和疾病风险,为高致病性禽流感H7N9病毒的预防和控制提供依据.方法 采用实时PCR对5株高致病性禽流感H7N9毒株标本(1株人感染鼻咽拭子标本,4株活禽市场环境标本)进行核酸的提取、HA基因的扩增和测序,运用生物信息学软件对H7N9禽流感病毒HA基因的同源性、遗传进化、受体结合关键位点、致病相关位点和糖基化位点变异情况进行分析.结果 贵州省威宁县人感染H7N9禽流感病毒HA基因与当地活禽市场环境中H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%和99.6%,而4株活禽市场环境中的H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为100.0%和100.0%.与2017年广西人感染的A/Guangxi/5/2017毒株同源性最高,分别为99.7%~99.9%和99.4%~99.8%;与2016年底广东环境中分离的毒株A/Environment/Guangdong/C16283222/2016同源性为99.0%~99.2%和98.9%~99.2%,而与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013候选疫苗株的同源性为96.8%~97.0%和95.8%~96.2%.与广西毒株A/Guangxi/5/2017遗传进化距离最近.5株毒株HA蛋白裂解位点突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,为高致病性禽流感突变株;受体结合关键位点均发生了G186V的突变,均未发生Q226L突变,5株毒株均发生的新突变为A363S,仅感染人的毒株发生的突变是R56K和I297V;5个潜在糖基化位点中仅421NWT和493NNT发生位置后移的变异.结论 贵州省威宁县5株H7N9禽流感病毒均为高致病性禽流感突变株,候选疫苗株匹配保护效果可能已经降低,HA蛋白裂解位点、G186V和新的突变位点的变异可能增强了H7N9禽流感病毒对人体的易感性和致病性.