目的:探讨循环肿瘤DNA（ctDNA）检测在嵌合抗原受体T细胞（CAR-T细胞）治疗难治复发弥漫大B细胞淋巴瘤（R/R DLBCL）中的预后预测价值，为CAR-T细胞治疗失败患者的预防和后续治疗提供一定指导。方法:纳入2017年12月至2022年3月在浙江大学医学院附属第一医院接受CAR-T细胞治疗的48例R/R DLBCL患者。对患者治疗前外周血进行187个淋巴瘤相关基因集的ctDNA检测。将患者分为完全缓解（CR）和未达完全缓解（nonCR）两组。使用卡方检验和 t检验比较组间临床特征的差异，使用Log-rank检验比较组间生存差异。 结果:CAR-T细胞治疗R/R DLBCL nonCR患者中，突变频率最高的10个基因由高到低依次为TP53（41%）、TTN（36%）、BCR（27%）、KMT2D（27%）、IGLL5（23%）、KMT2C（23%）、MYD88（23%）、BTG2（18%）、MUC16（18%）、SGK1（18%）。Kaplan-Meier生存分析结果表明相较于ctDNA突变基因数≤10的患者，ctDNA突变基因数>10的患者总生存（OS）（1年OS率：0对73.8%， P<0.001）和无进展生存（PFS）较差（1年PFS率：0对51.8%, P＝0.011）。治疗前MUC16突变阳性的患者OS更好（2年OS率：56.8%对26.7%， P＝0.046），而BTG2突变阳性的患者OS较差（1年OS率：0对72.5%， P＝0.005）。 结论:ctDNA检测可以作为评估CAR-T细胞治疗R/R DLBCL患者疗效的工具，治疗前的基因突变负荷、MUC16以及BTG2的突变具有潜在的预后预测价值。

目的:探讨伴1RF4重排的大B细胞淋巴瘤的临床、病理学、遗传学特征。方法:收集中国医学科学院血液病医院淋巴瘤诊疗中心2017年12月至2021年10月收治的6例伴1RF4重排的大B细胞淋巴瘤患者的临床资料，包括病理学、荧光原位杂交、二代基因测序检测，并复习相关文献。结果:①6例患者中男3例，女3例，中位发病年龄33岁。6例患者中3例起病部位为扁桃体，2例为淋巴结，1例为背部肿物。6例患者均采取了RCDOP（利妥昔单抗、环磷酰胺、脂质体阿霉素、长春新碱、泼尼松）方案治疗，随访至2021年11月，6例患者全部存活。②形态学：5例为弥漫性生长，1例为滤泡性生长，瘤细胞体积均为中等至大，病灶多呈膨胀性生长，5例核分裂象易见，6例均未见"星空现象"。③免疫组化：4例为生发中心B细胞（GCB）型，2例为non-GCB型；6例均为CD20、PAX5、MUM1、BCL6阳性，CD5阴性；4例CD10阴性；3例BCL2阳性，2例c-MYC阳性。④荧光原位杂交：6例患者IRF4分离探针检测均呈阳性；5例进行BCL6基因重排检测，2例重排阳性；各有5例进行了BCL2、MYC基因重排检测，均为阴性。⑤二代测序：3例患者应用石蜡组织标本进行了二代测序，可见IRF4、TP53、IGLL5、MYD88等淋巴瘤相关基因突变。结论:伴IRF4重排的大B细胞淋巴瘤是一种具有独特临床、病理学、遗传学特征的罕见的大B细胞淋巴瘤。对该类型淋巴瘤的发病机制、治疗选择、长期预后仍需进一步探索。

目的:检测儿童T系急性淋巴细胞白血病(T-ALL)患者骨髓标本中IGLL1(immunoglobulin lambda-like polypeptide 1)mRNA的相对表达量,并与儿童T-ALL的临床特征及预后进行相关分析,明确IGLL1在儿童T-ALL中的临床意义.方法:选取2012年6月至2017年12月期间就诊于苏州大学附属儿童医院的初诊T-ALL且接受CCLG-ALL 2008方案治疗的患儿56例.采用转录组测序技术检测T-ALL患儿中IGLL1基因的转录水平,按照IGLL1转录水平的25％(cutoff value:448)将患儿分为IGLL1低表达组(17例)和IGLL1高表达组(39例).结合临床资料,分析IGLL1在T-ALL患儿中的表达水平与预后的相关性.结果:IGLL1的转录水平与患儿性别、年龄、骨髓原始细胞数、初诊白细胞(WBC)数等临床特点没有相关性,IGLL1高表达组患者较IGLL1低表达组患者5年总生存率明显提高(76.9％±6.7％vs47.1％±12.1％,P=0.018).进一步比较IGLL1高表达患者与低表达患者的无复发生存率(RFS),发现IGLL1高表达组患者5年无复发生存率要高于IGLL1低表达组(80.6％±6.6％vs 54.9％±14.0％),但两组间无复发生存率差异无统计学意义(P=0.095).将临床常见预后因素(年龄、性别、初诊WBC计数、强的松D7th治疗反应、治疗后D15th骨髓反应情况)及IGLL1表达水平进行多因素COX分析,结果显示,IGLL1表达量(P=0.012)和强的松治疗反应(P=0.017)是影响儿童T-ALL患者总体生存的独立危险因素.结论:在儿童T-ALL中,IGLL1基因高表达组患儿的总生存率明显高于低表达组患儿,且IGLL1基因表达水平是影响儿童T-ALL患者生存的独立因素,提示IGLL1是儿童T-ALL患儿临床预后良好的指标.

目的 观察血府逐瘀胶囊与血管内皮生长因子(VEGF)体外成血管作用的差异及各自对基因表达谱的影响,为中西两种药物促血管新生行为差异提供分子调控模式.方法 通过血府逐瘀含药血清和VEGF影响内皮细胞HMEC-1(HMEC-1)体外成血管的结果分析,明确二者的行为差异,并确定各自最佳促血管新生的药物条件,进一步通过数字基因表达谱(DGE)技术,分析两种药物在最佳药效条件下影响基因表达的情况.结果 与空白血清组比较,2.5％含药血清组作用48 h血管管腔数明显增加,5％含药血清组作用48、72 h血管管腔数明显减少(均P＜0.01).与空白组比较,1.25、2.5、5、10 ng/mL VEGF干预组血管管腔数明显增加(P＜0.01).将2.5％血府逐瘀含药血清和10 ng/m LVEGF作用48 h选定为最佳促血管新生的药物条件,进一步DGE分析的结果显示,受VEGF影响表达差异显著的基因共7个(SCGB3A1、FTPA2、IGLL5、SFTPC、SFTPA1、CD74、SFTPB),均为下调基因,共涉及百日咳、吞噬体、原发性免疫缺陷、抗原加工提呈、溶酶体、单纯疱疹感染、肺结核7条有显著差异的通路.受血府逐瘀胶囊影响的表达差异基因为5个(OTX1、BCYRN1、MRPL50、CCDC104、TCEAL1),其中OTX1表达上调,其余4个均表达下调,无差异显著的通路.结论 血府逐瘀胶囊促血管生长呈现短暂及双向调控的特点,而VEGF只表现出单纯的促血管生长作用.两种药物促血管生长的行为差异与其所影响的基因密切相关.

背景:过表达LncRNA TUG1促进破骨细胞的增殖及抑制凋亡,采用siRNA敲低则取得了相反的结果,表明敲低LncRNA TUG1可能成为一个骨质疏松治疗的潜在靶点.目的:研究与绝经后骨质疏松症关联非编码RNA uc431+相互作用的蛋白组并进行生物信息学分析.方法:将甲醛交联的人单核细胞白血病细胞株(THP-1)细胞超声破碎,实验组与结合生物素标记的特异性探针的磁珠进行杂交,对照组与非特异性探针的磁珠进行杂交,获得的与非编码RNA uc431+结合的多肽进行质谱分析,获得的数据使用MaxQuant进行搜库和定量分析.对2组样品的定量结果进行统计学分析,得到对应的富集蛋白,并进行GO、KEGG通路、蛋白互作分析和展示,构建蛋白质相互作用网络.结果与结论:①获得的多肽总数为918条,蛋白总数为271个,过滤后蛋白总数为241个,与对照组相比,实验组差异蛋白为10个:DDOST、DMBT1、HPD、IGLL5、IGK、LTF、LYZ、MUC5AC、PIGR及RPL23;②GO富集分析表明,它们参与防御反应、白细胞激活等生物学过程及核糖体rRNA结合、溶菌酶活性等分子功能;③KeggG通路分析预测它们参与辅酶Q生物合成、苯丙氨酸代谢、核糖体信号肽及唾液分泌等信号通路;④结合蛋白质组学及生物信息学分析,预测绝经后骨质疏松症关联非编码RNA uc431+可能通过互作蛋白参与免疫调节及骨代谢过程.

目的:探讨原发于不同部位的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)在基因变异谱系上的特点及其预后差异.方法:收集302例诊断为DLBCL患者的病理学资料,取活检的淋巴瘤组织进行靶向高通量测序及免疫荧光原位杂交检测,同时收集患者临床资料进行分析.结果:原发于不同部位的DLBCL在基因变异谱系上具有异质性.其中原发骨组织及乳腺DLBCL中MYC易位检出率显著高于其他部位DLBCL,原发脾脏及乳腺DLBCL中BCL6易位检出率显著高于其他部位DLBCL.绝大多数原发睾丸、中枢神经系统、玻璃体的DLBCL携带MYD88 L265P、CD79B、PIM1及IGLL5突变.原发皮肤组织DLBCL多携带MYD88 L265P、CD79B及ETV6突变.此外,原发纵隔DLBCL在基因突变谱系上与其他部位DLBCL存在显著差异.在常规治疗方案下,相比于原发结内、韦氏环、纵隔的DLBCL,原发于胃肠道、中枢神经系统、睾丸等结外部位的DLBCL患者具有更低的5年总体生存期.结论:原发于不同部位的DLBCL在基因变异谱系及预后上的差异体现了其发病机制的差异,有助于人们识别DLBCL新的分子生物学亚类,并可以指导临床中DLBCL患者更精准的治疗及预后评估.

目的:寻找RUNX1突变型急性髓系白血病(AML)和未突变型AML的差异基因并用来构建预后模型.方法:从RUNX1突变组与未突变组中筛选AML中的差异基因,通过单因素Cox对差异基因进行筛选并构建多因素Cox回归预测模型.根据模型得到病人的风险评分并通过生存曲线和ROC曲线予以评估.结果:从RUNX1突变组与未突变组中筛选得到89个差异基因,其中30个基因上调,59个基因下调.全部的差异基因通过单因素Cox回归筛选,得到38个基因构建多因素Cox回归模型.基于双向逐步回归法进一步筛选得到10个基因,包括BIK、APP、MLLT3、C10orf10、PLXNC1、FHL1、CST3、TGLL1、HOXA5、KIAAO125,使用该10个基因构建预后基因模型,风险评分公式为:风险评分=-0.100×(BIK)+0.215×(APP)+-0.232×(MLLT3)+0.112×(C10orf10)+0.160×(PLXNC1)+0.113×(FHL1)+-0.167×(CST3)+-0.152×(IGLL1)+0.164×(HOXA5)+0.084×(KIAA0125);其中BIK、MLLT3、CST3和IGLL1的风险比小于1,而其他6个基因的风险比大于1.生存分析结果表明高风险评分组的总体生存率明显低于低风险评分组(P<0.01).ROC曲线对未来1、3和5年的总体生存率预测的AUC分别为0.709、0.769和0.771.结论:成功构建突变型AML差异基因预后模型,其中BIK、MLLT3、CST3和IGLL1可能是AML预后保护因素,APP、C10orf10、PLXNC1、FHL1、HOXA5和KIAAO125可能是AML预后的危险因素.

t(8;21)(q22;q22)acute myeloid leukemia(AML)is a highly heterogeneous hematological malignancy with a high relapse rate in China.Two leukemic myeloblast populations(CD34+CD117dim and CD34+CD117bri)were previously identified in t(8;21)AML,and CD34+CD117dim cell proportion was determined as an independent factor for this disease outcome.Here,we examined the impact of CD34+CD117dim/CD34+CD117bri myeloblast-associated gene expression on t(8;21)AML clinical prognosis.In this study,85 patients with t(8;21)AML were enrolled.The mRNA expression levels of CD34+CD117dim-associated genes(LGALS1,EMP3,and CRIP1)and CD34+CD117bri-associated genes(TRH,PLAC8,and IGLL1)were measured using quantitative reverse transcription PCR.Associations between gene expression and clinical outcomes were determined using Cox regression models.Results showed that patients with high LGALS1,EMP3,or CRIP1 expression had significantly inferior overall survival(OS),whereas those with high TRH or PLAC8 expression showed relatively favorable prognosis.Univariate analysis revealed that CD19,CD34+CD117dim proportion,KIT mutation,minimal residual disease(MRD),and expression levels of LGALS1,EMP3,CRIP1,TRH and PLAC8 were associated with OS.Multivariate analysis indicated that KIT mutation,MRD and CRIP1 and TRH expression levels were independent prognostic variables for OS.Identifying the clinical relevance of CD34+CD117dim/CD34+CD 117bri myeloblast-associated gene expression may provide new clinically prognostic markers for t(8;21)AML.

目的 运用生物信息学方法对人白细胞分化抗原19(B-lymphocyte antigen CD19,以下简称CD19)蛋白的理化性质、空间结构、蛋白质的修饰位点以及相互作用网络进行分析.方法 从蛋白质数据库(Universal Protein,UniProt)获取人CD19蛋白的序列信息,并运用ExPASy、SignalP 5.0 Server、TMHMMServer v.2.0、SOPMA、SWISS-MODEL、UniProt数据库、STRING、Pymol等对人CD19蛋白进行全面、系统的分析.结果 软件预测及已经解析的结构显示,人CD19蛋白由信号肽、胞外域、跨膜域及胞内域组成,其胞外域结构主要由β折叠片组成,跨膜域由一段α螺旋组成,已报道的磷酸化位点有6个,N糖基化位点有5个.与人CD19蛋白形成蛋白网络的蛋白有10个,分别是CD79A、CR2、LYN、CD79B、CD81、SYK、VAV1、BTK、BCL6和IGLL5.人CD19蛋白参与的信号通路有B细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路等,此外,还参与原发性免疫缺陷以及EB病毒感染等.结论 经过软件分析及结构预测分析,阐述了人CD19蛋白的结构与功能的关系,为免疫治疗药物的开发提供参考依据.

目的 应用生物信息学方法分析驱动骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)疾病进展过程中的核心(hub)基因.方法 从GEO数据库下载MDS的表达谱数据GSE19429,利用GEO2R筛选差异表达的基因,应用Web-Gestalt在线数据库对其功能和通路进行富集分析,运用STRING和Cytoscape软件进行蛋白互作网络构建及功能模块分析,使用ONCOMINE数据库验证hub基因的差异表达,应用Cytohubba插件筛选hub基因.结果 筛选获得33个上调基因和98个下调基因,GO功能富集分析表明上调基因显著富集于Ⅰ型干扰素诱导的信号通路及细胞对微生物的防御反应,下调DEG显著富集于免疫应答、抗原受体介导的信号通路和B细胞活化.相较于正常样本,MDS中CD19、RAG1、CD79B、CXCR4、IRF4、VPREB1、EBF1、IGLL1、RAG2的mRNA表达水平显著下调,IFITM1 mRNA表达水平显著上调.结论 MDS可能存在抗原受体介导的信号通路和B细胞活化等免疫应答过程受抑制;MDS不仅髓系发育异常,且B淋巴细胞可能存在发育异常并与其免疫紊乱存在联系,增强肿瘤免疫在MDS的临床治疗中具有研究前景.