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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨6天前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的临床分布及耐药特征
编辑人员丨6天前
探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的临床分布及耐药特征,为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株,应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验,采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测,通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行基因检测。结果显示,510株CRKP菌株主要来源于痰液302株(59.2%)、尿液127株(24.9%)、血液47株(9.2%);科室主要分布于重症医学科231株(45.3%),其次为呼吸内科108株(21.2%)和神经外科79株(15.5%);药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高,仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性,但对替加环素的耐药率逐年上升,从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%,差异有统计学意义( χ2=14.444, P<0.05)。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示,510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株(90.4%),其中丝氨酸酶 450株(88.2%),金属酶 9株(1.8%),既产丝氨酸又产金属酶2株(0.4%);不产酶的有49株(9.6%);免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株(97.6%),IMP 2株(0.4%);NDM 7株(1.5%);KPC+NDM 2株(0.4%);PCR基因检测结果:blaKPC 450株(97.6%),blaIMP 2株(0.4%),blaNDM 7株(1.5%),blaKPC+NDM 2株(0.4%)。综上,CRKP菌株主要来源于痰液标本,分布于重症医学科,耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主,临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测,为预防CRKP的感染,减少细菌耐药的产生提供参考依据。
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编辑人员丨6天前
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三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究
编辑人员丨6天前
目的:评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms,CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法:随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株,应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定,分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准,评价上述3种检测方法的性能。结果:122株CRO菌株属于12个不同菌种,PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性,KPC-2型阳性70株,占57%(70/122),其中肺炎克雷伯菌46株,铜绿假单胞菌12株,其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122),均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122),其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株,以大肠埃希菌为主(12/20);IMP-4型阳性2株,分别为肺炎克雷伯菌和阿氏肠杆菌;检测出1株同时产KPC-2和IMP-4的肺炎克雷伯菌;未检测到VIM型碳青霉烯酶;有10株未检出以上5种基因型。与金标准PCR方法相比mCIM联合eCIM试验灵敏度为95.65%(22/23),特异度为100.00%(90/90),阳性预测值(PPV)为100.00%(22/22),阴性预测值(NPV)为98.90%(90/91),诊断准确度为99.11%(112/113);Carba-5和Carba-R试验的灵敏度、特异性、PPV、NPV和诊断准确度均为100%。结论:碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌临床微生物实验室可以使用Carba-5试验快速、准确地检测常见碳青霉烯酶型,有条件的实验室还可以选择Carba-R试验,并监测患者是否存在碳青霉烯耐药菌的定植;而Carba-5和Carba-R检测结果阴性时,建议结合药敏结果进行mCIM联合eCIM试验检测。
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编辑人员丨6天前
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青岛市区5家医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌耐药基因检测及分析
编辑人员丨6天前
目的:通过对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)的碳青霉烯酶表型的筛查及耐药基因检测,明确青岛市区该细菌耐药基因的分布及构成,为临床上合理应用抗菌药物治疗提供依据。方法:收集2016年10月至2019年9月青岛市区5家三甲医院临床分离出的非重复CRKP共54株,采用琼脂稀释法或纸片扩散法(K-B法)进行常用抗菌药物的药敏试验;应用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型筛查;采用聚合酶链反应(PCR)扩增 blaKPC-2、 blaNDM-1、 blaOXA-48、 blaIMP、 blaVIM目的基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 结果:药敏试验显示,CRKP对阿米卡星耐药率最低(35.2%),其次为复方新诺明(53.7%)、庆大霉素(55.6%)、左氧氟沙星(75.9%)、亚胺培南/西司他丁(88.9%),哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢噻肟、头孢哌酮/舒巴坦钠的耐药率均高于90%。改良Hodge试验阳性菌株有43株(阳性率为79.63%),阴性菌株为11株。PCR耐药基因检测共检出带有碳青霉烯酶耐药基因的菌株40株,目的耐药基因检出率为74.07%。其中35株携带KPC-2基因,7株携带OXA-48基因,4株携带NDM-1基因,1株携带IMP基因,其中携带有OXA-48基因的菌株均同时携带KPC-2基因,未检测出携带VIM基因的菌株,剩余14株未检测出目标碳青霉烯酶基因。结论:青岛市区5家医院CRKP携带的产碳青霉烯酶基因主要为KPC-2,其次为OXA-48及NDM-1。
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编辑人员丨6天前
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亚胺培南联合常用抗菌药物对bla KPC-2型CRKP体外抗菌作用分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨亚胺培南联合常用抗菌药物对bla KPC-2型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌作用。 方法:选取乐清市人民医院2018年1月至2019年1月分离的6株非重复的经聚合酶链反应和DNA序列确认的bla KPC-2型CRKP菌株,测量其对常用9种抗菌药物的敏感率,采取棋盘稀释法进行亚胺培南联合8种抗菌药物的药物敏感性试验,计算部分抑菌浓度指数(FIC)并评价联合应用效果;通过绘制体外时间-杀菌曲线评估联合用药的杀菌作用。 结果:6株bla KPC-2型CRKP菌株对亚胺培南、美罗培南、头孢他啶、环丙沙星、利福平、头孢噻肟等抗菌药物耐药率为100.00%(6/6),对米诺环素、克拉维酸耐药率为66.67%(4/6),对替加环素耐药率为33.33%(2/6);亚胺培南联合替加环素抗菌作用较好,对4株起协同作用、2株起相加作用;以菌株KPN2进行亚胺培南联合替加环素治疗的时间-杀菌曲线显示:菌株KPN2在亚胺培南1/2最低抑菌浓度(MIC)与替加环素1/4 MIC在(t+2)时杀菌率>95%,此作用可维持(t+10)h至(t+12)h,亚胺培南联合替加环素对002杀菌率逐步降低,002生长曲线逐渐上升。 结论:体外药物敏感性试验显示,亚胺培南联合替加环素对bla KPC-2型CRKP具有较好协同杀菌作用,可供临床治疗bla KPC-2型CRKP感染患者时参考。
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编辑人员丨6天前
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全国碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对抗菌药物的敏感性、耐药机制和分子特征研究
编辑人员丨6天前
目的:了解全国临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对抗菌药物的敏感性、耐药机制和分子特征。方法:收集自我国31个省、市和自治区151所医疗机构2021年1—6月临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌,按区域统一运送至3个中心实验室。中心实验室按照统一的实验方案进行菌种复核鉴定,肉汤微量稀释法测定碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)对抗菌药物的敏感性,所有菌株进行全基因组测序,分析菌株产生的碳青霉烯酶基因和多位点序列分型。结果:共收集CRKP菌株4 314株,CRKP57.7%(2 396/4 152)分离自呼吸道标本,其次为泌尿道标本(12.3%,510/4 152)和血液标本(10.40%,432/4 152)。药敏试验结果显示,氨曲南-阿维巴坦、黏菌素E、多黏菌素B和替加环素对CRKP具有高度抗菌活性(敏感率90.3%~96.4%)。头孢他啶-阿维巴坦及亚胺培南-瑞来巴坦在成人分离株中的敏感率高于儿童[分别为88.9%(3 399/3 822)和75.9%(2 902/3 822),51.4%(253/492)和50.4%(248/492)],而阿米卡星及复方磺胺甲基异噁唑在儿童分离株中的敏感率更高(65.2%,321/492和65.2%,321/492比25.5%,975/3 822和36.8%,1 407/3 822)。KPC-2基因(85.9%,3 705/4 314)仍是我国CRKP中主要流行的碳青霉烯酶基因类型,其次为NDM(7.8%,336/4 314)及OXA-48-like(1.3%,56/4 314)基因。此外,部分菌株携带KPC-3、KPC-12、KPC-21、KPC-33和 KPC-71等基因。虽然产KPC-2是成人与儿童分离CRKP的主要耐药机制,但检出率差别大,分别为90.2%(3 447/3 822)和52.2%(257/492),儿童患者中CRKP携带NDM基因的比例明显高于成人,分别为41.9%(206/492)和3.4%(130/3 822)。多位点序列分型结果显示,我国临床分离的CRKP仍以ST11克隆型流行为主。结论:不同省市之间分离CRKP的耐药机制和多位点序列分型有所差异。
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编辑人员丨6天前
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重症监护病房耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌分子及临床特征分析
编辑人员丨6天前
探讨重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)碳青霉烯酶分布情况,并比较耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-hvKP)和耐碳青霉烯非高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant non-hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-non-hvKP)两者之间的临床特征。收集并回顾性分析2020年5月至2021年3月西安交通大学第二附属医院重症监护病房49例患者分离的53株非重复CRKP菌株,使用碳青霉烯酶抑制剂增强试验进行产碳青霉烯酶菌株初筛,拉丝试验进行高黏液表型初筛,使用PCR方法检测5种主要的碳青霉烯酶基因( blaKPC-2、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM和 blaOXA-48-like),常见血清型(K1和K2)和毒力基因(rmpA和iutA),将同时检测出rmpA和iutA基因的菌株视为高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP),并对CR-hvKP进行全基因组测序。针对49例感染患者的临床资料,采用独立样本 t检验,Mann-Whitney U检验,χ2检验或Fisher精确概率法比较CR-hvKP和CR-non-hvKP两者的临床特征差异。重症监护病房分离的CRKP存在广泛耐药,对多黏菌素B和替加环素仍具有良好的敏感性。CRKP主要的耐药机制为产碳青霉烯酶(52/53,98.1%),53株CRKP除1株未检测到碳青霉烯酶外,其余52株CRKP至少检测到1种碳青霉烯酶耐药基因,其中45株携带单一酶型,包括36株 blaKPC-2(36/53,67.9%)、8株 blaNDM(8/53,15.1%)和1株 blaIMP(1/53,1.9%),7株携带两种酶型 blaKPC-2和 blaNDM(7/53,13.2%)。拉丝试验和毒力基因检测结果显示,53株CRKP检出7株(13.2%)CR-hvKP,其中2株拉丝试验阳性。测序结果表明CR-hvKP主要属于ST11型。CR-hvKP感染患者年龄几乎都在60岁以上(7/7),存在侵入性治疗(7/7)、肺部感染高黏液表型(2/7)以及具有较高的死亡率(5/7);CR-hvKP感染患者的中性粒细胞百分比(86.44±4.70)%高于CR-non-hvKP感染患者(78.90±19.15)%,差异有统计学意义( t =-2.225, P=0.032)。综上,重症监护病房CR-hvKP菌株以产KPC-2酶,荚膜血清型K2和ST11序列型为主,需加强对CR-hvKP菌株的监测与控制,防止耐药和高毒力菌株的共同进化。
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编辑人员丨6天前
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产NDM-1型碳青霉烯酶 Acinetobacter baylyi研究
编辑人员丨6天前
目的:研究1株不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药机制。方法:回顾性研究,2016年7月临床分离的1株耐碳青霉烯类不动杆菌属,用Vitek2-compact分析仪进行细菌鉴定和药敏试验,并分别检测bla OXA-51-like基因、16S-23S rRNA基因间隔区序列和RNA聚合酶亚基基因(rpoB),以确定菌株型别。PCR扩增检测碳青霉烯酶基因(NDM、KPC、VIM、IMP、SIM、SPM、GIM、OXA-23-like、OXA-24-like、OXA-58-like)、16S rRNA甲基化酶(armA、rmtA、rmtB)、β内酰胺酶(TEM、SHV、CTX-M、VEB、PER)以及一类整合子;另用Southern杂交方法检测耐药菌株质粒情况。 结果:通过基因分析,证实此菌为 Acinetobacter baylyi,并且仅携带NDM-1型碳青霉烯酶,其他相关耐药基因均为阴性结果。质粒分析发现bla NDM-1位于约54 000~60 000 bp不可接合质粒上。 结论:应注重耐碳青霉烯类非鲍曼不动杆菌的出现及其耐药基因的传播机制。
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编辑人员丨6天前
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肾移植术后产NDM型金属β-内酰胺酶CRKP感染治疗的效果研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨头孢他啶/阿维巴坦联合氨曲南治疗肾移植术后产新德里金属β内酰胺酶(NDM)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)感染的临床效果。方法:回顾性分析2018年11月至2019年12月西安交通大学第一附属医院和上海交通大学附属仁济医院收治的11例感染产NDM型金属β-内酰胺酶CRKP的肾移植受者临床资料,根据抗感染治疗方案不同分为头孢他啶/阿维巴坦-氨曲南组(CZA-ATM组,5例)以及其他有效抗生素组(OAA组,6例),分析比较两组受者的年龄、性别、感染类型、耐药基因、体温及白细胞计数变化、疗程和预后等。结果:全部11例感染受者的年龄为(38.9±14.4)岁,范围在19~66岁,7例为男性,4例为女性。3例受者为肺部和泌尿系混合感染,2例为泌尿系感染,1例为肺部感染,5例为肾周感染。所有分离菌株均含有NDM型碳青霉烯酶基因,其中5例分离株同时携带KPC型碳青霉烯酶基因,1例分离株同时含有IMP和VIM碳青霉烯酶基因。5例受者采用CZA-ATM作为治疗方案,6例使用其他有效抗生素(OAA)进行治疗。使用CZA-ATM治疗的受者未发生不良反应,有2例使用OAA治疗的受者发生纳差和腹泻的不良反应。CZA-ATM和OAA组受者感染发生后30 d的治愈例数分别为4例和5例,两组30 d均无受者死亡;CZA-ATM组治疗90 d无受者死亡,OAA组1例死于感染性休克。结论:对于感染产NDM型碳青霉烯酶CRKP的肾移植受者,CZA联合氨曲南可能是一种有效的治疗方案。
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编辑人员丨6天前
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血流感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子流行病学特征
编辑人员丨6天前
目的:分析血流感染来源碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药机制及患者的临床特征。方法:收集2014年1月至2018年12月山东第一医科大学附属省立医院住院血流感染患者分离的14株CRKP及患者临床信息。采用E-test法和微量肉汤稀释法检测菌株的药物敏感性。采用聚合酶链反应扩增耐药基因、毒力基因和血清分型。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)法对菌株进行同源性分析。结果:2014至2018年,共有155例肺炎克雷伯菌引起的血流感染患者,其中14例由CRKP引起,占9.03%。PFGE和MLST分析表明,3株ST11型CRKP同源性>90%。所有菌株均对多黏菌素和替加环素敏感。耐药基因以bla KPC-2为主,在我国首次分离到1例携带bla NDM-7的CRKP菌株,来自儿童重症监护病房。分离到4株血清型为K1型的CRKP。8例患者在获得血培养药敏结果后改用抗菌药物,6例好转出院。 结论:对疑似血流感染的患者,尤其是免疫功能低下及ICU患者,应及早进行CRKP筛查和病原学检测。
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编辑人员丨6天前
