2021年，新型冠状病毒肺炎疫情仍然在全球范围起伏跌宕。在我国科学防控、精准施策的公共卫生体系运行下，实现了疫情管控和复工复产的有序和共赢。其中，新型冠状病毒核酸检测作为疫情防控的第一防线，发挥了巨大作用。在发热门诊、急诊手术等场景下，要求核酸检测随到随做、快速报告，新型冠状病毒核酸即时检测（POCT）技术应运而生，迅速在各级医疗机构广泛开展，与常规聚合酶链反应（PCR）批测试互补，构建了保障医疗安全和提升优质服务的实验诊断平台。但鉴于分子诊断的复杂性和病原微生物的生物安全要求，病原体核酸POCT与传统基于血液的理化指标检测不同，其质量管理要求尚无章可循，在实际工作中也存在各种认识上的困惑和操作中的不一致。因此，上海市医学会分子诊断分会、上海市医学会检验医学分会、上海市微生物学会和上海市临床检验中心，协同编制了本专家共识，立足当前我国主要的感染性疾病谱，从病原体POCT应用场景、生物安全、人员资质、性能验证、质量控制、结果报告等全流程运行管理进行阐述，以期促进该技术在公共卫生防御和医院感染管理中的合理应用和健康发展。

目的:了解2011—2018年上海市公共场所人工水环境中军团菌的流行病学特征和病原学特征，为军团菌病的防控提供科学依据。方法:2011—2018年累计采集上海市黄浦、静安、徐汇、松江4个区内的31家公共场所人工水环境标本4 817份，对采集的年份和月份的时间特征、地区和场所类型特征、标本的类型进行流行病学特征分析，在对采集的水样进行处理、培养和分离鉴定后，再对检测阳性的标本进行军团菌型别特征分析。结果:4 817份标本中，军团菌阳性率为21.57%（1 039份），其中单种型别阳性占96.25%（1 000/份），以嗜肺军团菌1型为主，占84.31%（876份），其次为嗜肺军团菌7型和6型，分别占4.72%（49份）和3.75%（39份）；同时检出多种型别阳性29份占2.79%（29份）；有10份标本无法进一步分型。5—10月份中，以7和8月份的阳性率最高，分别为27.61%（222份）和28.61%（230份），不同月份间差异有统计学意义（ P<0.001）；以中央空调冷却水和冷冻水的阳性率最高（32.40%），不同水样类型间差异有统计学意义（ P<0.001）。不同地区、不同时间、不同场所和不同类型的公共场所人工水环境中均为嗜肺军团菌1型、7型、6型为主的多样性分布，以嗜肺军团菌1型占比最高，不同情况下占阳性标本的比例均超过71.64%。 结论:上海市公共场所人工水环境中存在以嗜肺军团菌1型为主的较严重污染，每年夏季需加强大型商场、超市、地铁站等公共场所的中央空调冷却水/冷冻水的消毒。

目的:了解获得性免疫缺陷综合征（AIDS）合并感染性葡萄膜炎患者眼内液病原微生物分布情况。方法:回顾性病例研究。2018年6月至2019年12月于上海市公共卫生临床中心住院或门诊就诊的AIDS合并感染性葡萄膜炎患者31例纳入研究。其中，男性30例，女性1例；平均年龄（38.51±11.17 ）岁。全葡萄膜炎20例，后葡萄膜炎10例，感染性眼内炎1例。同期血清CD4 +T淋巴细胞计数（CD4 +TC）0~239个/μl。采用二代基因测序技术对采集的眼内液进行检测。31份标本中，房水、玻璃体液分别为27、4份。 结果:31份标本中，检测到巨细胞病毒（CMV）18份（58.1%，18/31 ）；水痘-带状疱疹病毒（VZV）5份（16.1%，5/31）；Epstein-Barr病毒（EBV）9份（29.0%，9/31 ）；人类β疱疹病毒6型（HHV6）3份（9.7%，3/31 ），人乳头状软疣病毒（HPV ）、人多瘤病毒、庚型肝炎病毒各1份（3.2%，1/31 ），均与其他微生物共存；细环病毒8份（25.8%，8/31 ）；梅毒螺旋体5份（16.1%，5/31 ）；刚地弓形虫和哈蒙哈蒙球虫1份（3.2%，1/31）；Synitelium Polycarpum 1份（3.2%，1/31 ）；结核分支杆菌复合群、真菌、微杆菌共存1份（3.2%，1/31）。CMV 18份标本中，基因序列数>10 5 9份（50.0%），10 4～10 5 5份（27.7%）。VZV 5份标本中，基因序列数>10 4 4份（80.0% ）。结核分支杆菌复合群、真菌、微杆菌共存的1份标本，基因序列数均<100。所有标本中读取到的HHV6、HPV、人多瘤病毒、庚型炎病毒、细环病毒基因序列数均较低。31份标本中，检测到病原微生物≥2种15份（48.4% ）。 结论:CMV、VZV是血清CD4 +TC <100个/μl AIDS患者感染性葡萄膜炎的主要致病微生物；梅毒螺旋体、刚地弓形虫或其他原虫、结核杆菌、真菌引起的感染性葡萄膜炎更常见于血清CD4 +TC>100个/μl的AIDS患者。合并感染性葡萄膜炎的AIDS患者眼内液中可检测到2种或以上微生物共存。

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法:收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果:23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义( P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。 结论:免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

目的:分析烟台市5起伤寒病原学特征及分子流行病学关联。方法:2018年自烟台市5例伤寒确诊病例样本和流行病调查样本分离获得6株伤寒沙门菌菌株，病例发病时间自2018年5月26日至7月24日，分别分布于烟台牟平区水道镇、烟台蓬莱区登州街道、烟台龙口东莱街道、烟台牟平区文化街道、烟台芝罘区福莱山街道。采用常规细菌分离方法和XbaⅠ/BlnⅠ双酶切脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对伤寒杆菌进行溯源分析，同时开展viaB毒力基因检测和27种临床常用抗生素敏感试验对伤寒杆菌进行病原学研究。结果:6株伤寒杆菌经PFGE-XbaⅠ和PFGE-BlnⅠ电泳分为4个PFGE模式，其中3株菌同源性100%；1株多耐药菌（外籍患者），1株单耐药菌（外省滞留史患者），1株完全敏感菌，同一PFGE模式的3株菌药敏表型一致，除对氨基糖甙类和喹诺酮类部分抗生素中介外，对其他抗生素均敏感； 除外籍患者标本分离株viaB基因阴性外，其他菌viaB基因均阳性。结论:烟台寒杆菌对临床常用抗生素敏感性良好，仍需重视伤寒散发病例发生和伤寒输入感染。

目的:全面介绍2021年全国细菌耐药现状，掌握耐药流行趋势，为抗菌药物合理使用提供科学数据。方法:本研究为描述性研究，选取2020年10月至2021年9月全国细菌耐药监测网成员单位共计1 373所医院的监测数据，对纳入统计的3 743 027株细菌的主要分析指标，如主要分离细菌对常用抗菌药物的敏感性、临床常见耐药菌的比较、重要耐药菌的检出率等进行分析。结果:革兰阴性杆菌的分离率（71.1%，2 659 447/3 743 027）高于革兰阳性菌（28.9%，1 083 580/3 743 027）。分离率排名前5位的细菌依次为大肠埃希菌20.7%（776 145/3 743 027）、肺炎克雷伯菌14.7%（550 618/3 743 027）、金黄色葡萄球菌9.2%（344 515/3 743 027）、铜绿假单胞菌8.4%（314 288/3 743 027）、鲍曼不动杆菌6.4%（241 383/3 743 027）。万古霉素、替考拉宁和利奈唑胺对葡萄球菌和肠球菌保持很高的体外抗菌活性。碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的检出率为11.3%，较2020年的10.9%上升了0.4%，其他重点监测的耐药细菌大部分呈下降趋势；耐药菌的检出率全国各地区间有一定差异。结论:目前我国医疗机构抗菌药物监管的成效逐步显现，但仍需进一步加强监管，减少碳青霉烯类等广谱抗菌药物的过度使用，并做好耐药菌医院感染控制工作，以遏制其流行播散，不断降低耐药菌检出率。

目的:研究肝胆外科患者胆道感染的病原菌分布与耐药情况。方法:前瞻性选取2020年5月至2022年10月于兰溪市人民医院肝胆外科治疗的胆道感染患者103例，留取其胆汁进行培养，筛查其病原菌分布与耐药性，数据经WHONET5.5软件系统处理。结果:103例胆道感染患者胆汁中培养出58份阳性标本，阳性率为56.31%。58株病原菌中革兰阴性菌共38株（65.52%），主要为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌；革兰阳性菌共15株（25.86%），主要为粪肠球菌、金黄色葡萄球菌；真菌5株（8.62%）。大肠埃希菌与肺炎克雷伯菌对磺胺甲噁唑-甲氨苄啶、环丙沙星等抗菌药耐药率较高，对亚胺培南、美罗培南完全敏感。粪肠球菌主要对氨苄西林、青霉素G等耐药，对万古霉素、替考拉宁完全敏感；金黄色葡萄球菌对万古霉素、环丙沙星、头孢噻肟等药耐药。25株大肠埃希菌与7株肺炎克雷伯菌中分离出13株产超广谱β-内酰胺酶细菌，检出率40.63%。结论:胆道感染的病原菌主要为革兰阴性菌，分布广泛且耐药严重，临床应根据患者胆汁药敏试验结果合理选择抗菌药物治疗。

骨折内固定术后感染是创伤骨科治疗中的难题，复发率高、疗程长、治疗费用高。随着医疗技术的发展，临床上对骨折内固定术后感染的治疗方法也有较大发展，改良的Ilizarov法、Papineau法、Masquelet技术在各自的研究领域均证明有较好的疗效。而随着抗生素骨水泥的广泛应用，骨科临床医师对于抗感染药物在骨折内固定术后感染中的需求也越发迫切。笔者对骨折内固定术后感染的诊断、病原学分布及术后感染的药物治疗进行综述，为临床治疗骨折内固定术后感染提供参考。

目的:探讨肺炎支原体感染与儿童社区获得性肺炎的相关性。方法:回顾性分析苏州大学附属儿童医院2017年1月至2018年12月收治的2 367例毛细支气管炎、支气管肺炎、大叶性肺炎和间质性肺炎患儿的病原学检测资料。检测的病原包括肺炎支原体（MP），呼吸道合胞病毒（RSV），腺病毒（Adv），甲型和乙型流感病毒，副流感病毒（PIV）1、2和3，人偏肺病毒（hMPV），博卡病毒（HBoV）和细菌。结果:毛细支气管炎最常见的病原体是RSV（34.9%，249/713），其次是MP（15.8%，113/713）和HBoV（11.9%，85/713）。支气管肺炎的最常见病原体是肺炎链球菌（Sp，14.8%，180/1 220），其次是RSV（13.1%，160/1 220）和MP（10.2%，124/1 220）。大叶性肺炎的最常见病原体是MP（47.8%，141/295），其次是Sp（12.9%，38/295）。间质性肺炎的最常见病原体是MP（35.3%，49/139），其次是RSV（23.0%，32/139）和Adv（6.5%，9/139）。与非MP感染相比，MP感染患儿年龄较大，发热较多，呼吸急促较少，调整后 OR（95% CI）值分别为2.4（1.1 ~ 3.5）、5.1 （3.2 ~ 10.4）和0.2 （0.0 ~ 0.4）。 结论:MP是大叶性肺炎和间质性肺炎的最常见病原体，也是毛细支气管炎的第二大常见病因。MP感染通常与年龄、发热呈正相关，和呼吸急促呈负相关。

重组聚合酶等温扩增（RPA）技术是新开发的具有高灵敏度、高特异性的等温扩增技术，将RPA与侧流层析试纸条检测（LFS）技术相结合，可快速鉴别目的基因。迄今为止，RPA-LFS技术已广泛运用于医药、食品、植物学等领域。本文将对RPA-LFS技术在病原微生物中的诊断进行综述，为实现病原微生物的即时诊断提供参考。