目的:分析新型冠状病毒（新冠病毒）疫苗接种对成都市境外输入病例流行病学及临床特征的影响，为新型冠状病毒肺炎疫情防控提供参考依据。方法:截至2021年4月15日，经成都市入境的新冠病毒感染病例，根据新冠病毒疫苗接种史被分为疫苗接种组和疫苗未接种组。回顾性收集和分析病例的流行病学及临床特征资料。实验室检测项目包括新冠病毒核酸检测、临床指标、血清抗体和淋巴细胞检测。采用WPS 2019软件整理数据，采用R 4.0.3软件进行统计学分析。结果:75例新冠病毒感染病例包括疫苗接种组20例（出现临床症状4例）和疫苗未接种组55例（出现临床症状16例）。疫苗接种组的首针接种时间分布为2020年7-11月，其中接种2剂次疫苗采用一次性接种方式有10例，采取2次间隔接种方式有10例，2次接种间隔14~57 d，完成疫苗接种与发病时间间隔87~224 d。两组病例的分类和临床分型的差异有统计学意义（ P<0.05），其中，疫苗接种组病例分类为无症状感染者的比例较高（40.00%，8/20），而疫苗未接种组的临床分型以普通型的比例较高（76.36%，42/55）。两组病例的新冠病毒核酸检测2个靶标（ORF1ab和N基因） Ct值、淋巴细胞亚型、降钙素原及C反应蛋白的差异无统计学意义（ P>0.05），疫苗接种组的血清淀粉样蛋白A水平低于疫苗未接种组（ P<0.05），但新冠病毒血清抗体IgM、IgG及总抗体水平均明显高于疫苗未接种组（ P<0.05）。 结论:新冠病毒疫苗接种后，仍存在感染的风险，但新冠病毒侵入人体后，体内可迅速产生特异性IgM和IgG抗体，对感染者产生一定保护作用，已接种新冠病毒疫苗的病例分类以无症状感染者为主。

为研究亲环蛋白A(Cyclophilin A,CypA)在三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)免疫系统中的作用,研究利用PCR与RACE技术克隆获得三角帆蚌CypA基因全长cDNA序列(基因序列登录号:MN121742).三角帆蚌CypA基因cDNA序列全长1237bp,其5'非编码区(UTR)长度为57 bp,3'非编码区长度为688bp,三角帆蚌CypA基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)长度为492 bp,编码164个氨基酸,CypA蛋白质理论等电点为8.9,相对分子量为17.29 kD.在GenBank中进行同源序列检索,三角帆蚌CypA氨基酸序列与其他贝类CypA的相似性依次为池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)(99.39％)、青蛤(Cyclina sinensis)(77.44％)、菲律宾蛤仔(Rudita-pes philippinarum)(78.05％)、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)(78.66％)和大竹蛏(Solen grandis)(75.05％).通过SWISS-MODEL预测三角帆蚌CypA含有8个p折叠和2个a螺旋,可能形成CypA的活性中心区域.利用MEGA 5.1软件将三角帆蚌CypA与其他物种CypA基因进行序列比对并构建系统进化树,分析发现三角帆蚌CypA与池蝶蚌的CypA聚为一支,其与池蝶蚌CypA具有最近的亲源关系.通过qRT-PCR检测CypA基因在三角帆蚌不同组织中表达,发现三角帆蚌性腺中CypA基因的表达量最高,肝脏、肾和鳃中的表达量次之.对三角帆蚌浸泡感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila),CypA基因在肝脏、性腺、肠和鳃中的表达水平在感染72h先升高后降低,其表达量在性腺和鳃中6h最高,肝脏中12h达到峰值,肠中24h达到最高值,表明三角帆蚌感染嗜水气单胞菌后,可显著诱导CypA基因的表达.CypA基因在性腺中的表达量到达峰值的时间要早于肠与肝脏,且到达峰值时的相对表达量(14.91)也显著高于肝脏(9.89)、肠(9.78)和鳃(7.53),推测CypA在三角帆蚌性腺中具有防御细菌感染的重要作用,三角帆蚌性腺可能不仅具有生殖的功能,同时在免疫防御系统中也发挥着重要的作用.

目的 探究环状RNA(circRNA)在癫痫发病中的可能作用机制.方法 利用circRNA基因芯片检测癫痫患者与健康对照者外周静脉血中circRNA表达谱筛选出差异表达的 circRNA.利用 circPrimer、circMir、TargetScan 对 circ_0017178与癫痫进行生物信息学分析并构建相关腺病毒载体.将30只雄性成年C57BL/6小鼠随机分为对照组、空载体组、circ_0017178过表达组(10只/组),分别向3组小鼠海马内注射生理盐水、空质粒腺病毒载体、circ_0017178过表达腺病毒载体,构建戊四唑癫痫模型后观察各组小鼠的动物行为学变化,用Tunel染色法分析各组小鼠海马组织细胞凋亡情况.结果 基因芯片结果表明,与对照组比较,癫痫组中 circ_0069272、circ_0033065、circ_0017178、circ_0073442、circ_0033063、circ_0049415 上 调,circ_0083773、circ_0088262、circ_0016396 下调.其中 circ_0017178 可能与癫痫密切相关,通过生信分析circ_0017178可能结合20个miR-NA调控39个癫痫基因,并具备潜在m6A、IRES、ORF1结合位点.在动物实验中,相比空载体组及对照组,circ_0017178过表达组癫痫的潜伏期缩短(P＜0.05)、发作时间延长(P＜0.05)、发作次数增加(P＜0.05);空载体组及对照组间无统计学意义(P＞0.05).相比空载体组及对照组,circ_0017178过表达组癫痫小鼠海马组织细胞凋亡程度明显增加(P＜0.05),空载体组及对照组间无统计学意义(P＞0.05).结论Circ_0017178在癫痫患者外周血单个核细胞表达谱中升高,Circ_0017178可能充当miRNA的"分子海绵"在癫痫中发挥作用,并具备m6A甲基化和翻译蛋白质的潜能.Circ_0017178可能通过促进戊四唑癫痫小鼠的细胞凋亡增加癫痫的易感性和严重程度.

目的 为实现快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2),干预和防止病毒的传播,研制一种基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条.方法 通过设计基于ORF1ab和N基因靶序列内的正反两个依赖原间隔邻近基序(PAM)位点crRNAs,将恒温扩增技术与CRISPR-Cas12a检测相结合,并结合侧向层析试纸条技术,实现对SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因同时扩增与双重CRISPR的可视化检测.结果 检测试纸条可在37 ℃条件下20 min内取得结果,具有较好的灵敏度、特异度及热稳定性.对SARS-CoV-2假病毒的检测灵敏度为250 copy/mL,检测16种其他呼吸道病原体均无交叉反应,在37 ℃条件下存放8 d仍然具有较好检测效果.临床研究显示,检测SARS-CoV-2总符合率为95.00％(57/60).结论 基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条提高检测效率和准确度的同时降低了成本,可用于SARS-CoV-2的现场快速检测.

根据前期小叶女贞转录组研究的结果,利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)从叶片中克隆到1条编码糖基转移酶的基因(xynzUGT).该基因cDNA全长1598 bp,由66 bp 5'-UTR,1440 bp ORF,92 bp 3'-UTR组成,其中ORF编码1条含480个氨基酸残基的酶蛋白(xynzUGT),其相对分子质量和等电点分别为54826.67 Da和5.82.利用生物信息学方法分析酶蛋白的结构,结果表明在一级结构中含有一段糖基转移酶高度保守的PSPG盒,在二级结构中含有α螺旋(38％)、β折叠片(12.1％)和无规蜷曲(49.9％),在三级结构中由肽链折叠形成2个正对的α/β/α类Rossmann折叠区域,并且两者之间夹着一个底物结合口袋.通过系统进化树分析发现,xynzUGT有可能催化酪醇等苯丙素类物质发生糖基化,进一步开展酶蛋白与酪醇的分子对接模拟实验,结果显示位于结合口袋的Gly138和Ser285通过氢键与酪醇发生相互作用.SDS-PAGE电泳分析表明,原核表达系统成功表达出相对分子质量为58370.57 Da的xynzUGT重组蛋白,但它以非可溶性的包涵体形式存在.利用分子伴侣和酶蛋白共表达的方法,在一定程度上可促进酶蛋白的可溶性表达.以上研究结果为进一步开展体外酶促反应研究,并阐明酶的功能机制奠定了基础.

目的:研究卡波西肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi sarcoma-associated herpesvirus,KSHV)复制及转录激活因子(replication and transcription activator,RTA)上调宿主细胞存活蛋白(survivin)表达的生物学意义.方法:构建RNA干扰慢病毒载体,筛选稳定感染的JSC细胞,用Western blot证实survivin抑制的KSHV阳性细胞成功构建.Survivin抑制的JSC细胞经TPA诱导48 h后,用PCR检测病毒子DNA;在TPA诱导24、48和72 h后分别用real-time PCR和PI染色流式细胞术检测病毒裂解基因ORF57和TK表达及细胞凋亡率.结果:TPA诱导的JSC-shSur细胞与对照组细胞相比,病毒子代产生减少,病毒裂解基因表达下调,细胞凋亡率增加(P<0.05).结论:KSHV RTA能够利用survivin信号通路延缓裂解性感染宿主细胞的凋亡,并促进病毒子代产生.

该研究依据生物信息学分析,采用RT-PCR方法从格拉姆柱花草[Stylosanthes guianensis (Aubl.)]中克隆出1个WRKY转录因子基因,命名为StWRKY45.该基因最大开放阅读框(ORF)为924 bp,编码307个氨基酸,分子量为35.62 kD,等电点为9.81.系统进化树分析表明,StWRKY45属于WRKY转录因子第Ⅱ类WRKY基因,与拟南芥AtWRKY45、AtWRKY57亲缘关系最近.实时荧光定量PCR结果表明,在非磷胁迫下(对照),StWRKY45基因在柱花草幼苗的根、茎、叶中都有表达,但表达量均相对较低;在低磷胁迫下,StWRKY45基因在格拉姆柱花草根、茎、叶中的表达基本随胁迫时间的延长逐渐升高,且均在叶中的表达量最高;在低磷胁迫96 h时叶、茎中的相对表达量均达到最高,分别是对照的20.47倍、9.38倍,但在低磷胁迫72 h时根中的相对表达量达到最高,为对照的9.29倍.研究表明,StWRKY45基因受低磷胁迫诱导高表达,推测StWRKY45基因可能参与柱花草对低磷胁迫的响应.

目的 比较戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)3种核酸检测方法的敏感性及特异性.方法 将HEV基因4型代表株的开放阅读框(open reading frame,ORF)2区部分基因序列克隆至pUC57载体,合成质粒DNA,使用A、B两种实时定量方法检测该质粒,比较最低检出限;使用其他标本做特异性检测.使用3种方法平行检测急性戊肝病例血清标本,比较检测结果.结果 A、B方法对质粒DNA的最低检出限均可达35拷贝数/反应,特异度均为100％;A、B和C方法对急性戊肝病例血清标本HEV RNA检出阳性率分别为47.8％ (43/90)、43.3％ (39/90)和41.1％(37/90),一致率为88.9％ (80/90),3种方法的检出率之间无统计学差异(X2=0.8414,p=0.6566).A方法检测Ct值≤34.6或者B方法检测Ct值≤35.6的血清标本,C方法扩增成功率为100％.结论 A方法的敏感性和特异性均较高,C方法为灵敏的基因检测方法.

目的:利用基因表达谱芯片,筛选声门上型喉鳞状细胞癌TNM分期相关的差异表达基因.方法:选取12例不同分期的声门上型喉癌患者的新鲜肿瘤标本(Ⅱ期3例、Ⅲ期3例、Ⅳ期6例),运用Illumina人类全基因组表达谱芯片检测三组的表达差异,筛选肿瘤TNM分期相关基因,并对各期均有统计学差异基因进行贝叶斯网络分析,探寻与肿瘤分期相关的分子标记物.结果:筛选出10个差异基因(BMP1、NPHP3、C21 ORF57、DNAJB5、CT45A1和LOC100130562为mRNA,LOC100132673、LOC646294和MGC39821为mis-cRNA,OR7E91P为non-coding RNA),10个差异基因能较好判别肿瘤的TNM分期(ANOSIM分析,r=0.936 5,P=0.001);贝叶斯网络显示与肿瘤分期相关的关键基因是BMP1,且TGCA数据库显示BMP1与头颈肿瘤的分期呈正相关(P =0.034 9).结论:BMP1的表达与肿瘤的TNM分期呈正相关,BMP1是声门上型喉癌临床晚期的分子标志物之一.

为深入研究春兰(Cymbidium goeringii)与春兰奇花品种花器官发育调控的分子机制,该研究采用同源克隆的方法,分别从普通的春兰与春兰奇花品种'天彭牡丹'的花芽中克隆得到1个cDNA长849 bp D类MADS-box基因CygoSTK(Genbank登录号为MH917912.1).结果表明:该基因序列在两种春兰中高度一致,包含1个长705 bp的完整ORF,编码1个由234个氨基酸残基组成的STK进化系MADS-box转录因子;结构分析表明,CygoSTK转录因子包含1个高度保守的MADS结构域(MADS domain)(1～57)和1个次级保守的K结构域(91～172),其C末端的转录激活区含有两个高度保守的基序,即AGI基序和AGⅡ基序;进一步用qPCR检测CygoSTK基因在普通的春兰与春兰奇花品种'天彭牡丹'不同花器官中的相对表达量发现,CygoSTK基因在普通的春兰和春兰'天彭牡丹'子房中的表达量最高,显著高于该基因在相应品种其他花器官中的表达量(LSD,P<0.05).以上结果说明CygoSTK基因在功能上有很强的保守性,主要参与春兰子房的发育.