目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增（RAA）和成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）及其相关蛋白（Cas13a）系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列，设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA（crRNA）。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对，并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列，构建了RAA-Cas13a核酸检测体系，通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA，评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）方法同时检测临床菌株，得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA（ t=11.05， P<0.01），且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性，Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法，可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。

目的:建立水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus，VZV)的重组酶等温扩增(recombinase-aid amplification，RAA)快速检测方法。方法:通过全球共享数据库下载VZV全基因组序列进行比对分析，针对四个保守基因分别设计特异性引物与探针并筛选出最佳组合，通过引物与探针浓度梯度筛选出最佳反应体系，建立荧光型RAA检测方法。用VZV阳性质粒标准品与梯度稀释的临床样本评价方法的灵敏度，以最低检出极限浓度的阳性质粒标准品进行重复实验评价方法的重复性，以其他病毒核酸评价方法的特异性，同时用本方法和荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR，qPCR)对临床样本进行检测并对检测结果进行比较。结果:本方法筛选出针对开放阅读框架(open reading frame，ORF)28基因的引物对F2/R2与探针P2为最佳组合；考虑到成本因素，最佳引物浓度为500 nmol/L，最佳探针浓度为280 nmol/L；最低检出极限为10 1拷贝/μL，最低可检测到Ct值为36.027的临床阳性样本；重复实验的检测结果一致；该方法与其他病毒核酸无交叉反应；临床阳性样本的检出率为93.33%，与qPCR检测结果几乎完全一致。 结论:本方法操作简便、灵敏度高、特异性强、对实验条件要求低、检测结果直观可视，在20 min内就能够检测出样本中的VZV核酸，是一种可以被临床检测考虑的VZV快速检测方法。

目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针，优化反应温度，建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术，评价其特异性和敏感性，并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL，与其他流感/禽流感病毒无交叉反应，反应可在20~50℃温度范围内进行，临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0％。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点，为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。

重组聚合酶等温扩增（RPA）技术是新开发的具有高灵敏度、高特异性的等温扩增技术，将RPA与侧流层析试纸条检测（LFS）技术相结合，可快速鉴别目的基因。迄今为止，RPA-LFS技术已广泛运用于医药、食品、植物学等领域。本文将对RPA-LFS技术在病原微生物中的诊断进行综述，为实现病原微生物的即时诊断提供参考。

目的:建立基于重组酶介导等温扩增技术（RAA）-规律成簇的间隔短回文重复序列及其相关蛋白（CRISPR-Cas13a）准确检测肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶（KPC）型碳青霉烯酶基因的方法。方法:收集2020—2021年北京市垂杨柳医院保存的25株产耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）临床分离株和5株碳青霉烯类敏感肺炎克雷伯菌（CSKP），提取菌株总DNA。设计检测KPC DNA特异性RAA引物和检测CRISPR RNA（crRNA），建立基于RAA-CRISPR-Cas13a技术快速准确检测KPC型碳青霉烯酶基因的方法。通过KPC质粒和临床样本菌株对方法进行评价，同时使用荧光定量聚合酶链反应（qPCR）方法进行检测，比较2种方法的检出率和一致性。结果:本研究建立的RAA-CRISPR-Cas13a方法检测KPC质粒和样本的检测灵敏度均可达到1拷贝/μl，高于qPCR（10 1 拷贝/μl）。RAA-CRISPR-Cas13a检测方法和qPCR方法均从30株临床菌株（包含25株CRKP菌株和5株CSKP菌株）中检出23株携带KPC基因，7株未检出KPC基因，25株CRKP菌株中KPC基因检出率为92%（23/25），2种检测方法阳性符合率为100%（23/23）。 结论:将RAA扩增技术结合CRISPR-Cas13a技术，建立了一种准确检测KPC型碳青霉烯酶基因的方法。该方法有助于精准的筛选产KPC型碳青霉烯酶的菌株。

多重核酸检测技术具有可同时检测多个靶标、高通量、低成本等优势，满足大规模筛查、定量等检测需求。多重聚合酶链反应广泛应用于病原体、甲基化DNA和突变基因检测以及单核苷酸多态性分型；重组聚合酶扩增、环介导等温扩增等等温扩增技术在即时检测领域有很好的前景；基于规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白（Cas）系统的多重核酸检测技术因其高灵敏度、高特异性成为新的研究热点；而宏基因测序在新发病原体突变监测和肿瘤学研究等领域发挥主导作用。本文对各种多核酸检测技术的临床应用现状及未来发展方向进行论述。

目的 为实现快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2),干预和防止病毒的传播,研制一种基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条.方法 通过设计基于ORF1ab和N基因靶序列内的正反两个依赖原间隔邻近基序(PAM)位点crRNAs,将恒温扩增技术与CRISPR-Cas12a检测相结合,并结合侧向层析试纸条技术,实现对SARS-CoV-2 ORF1ab和N基因同时扩增与双重CRISPR的可视化检测.结果 检测试纸条可在37 ℃条件下20 min内取得结果,具有较好的灵敏度、特异度及热稳定性.对SARS-CoV-2假病毒的检测灵敏度为250 copy/mL,检测16种其他呼吸道病原体均无交叉反应,在37 ℃条件下存放8 d仍然具有较好检测效果.临床研究显示,检测SARS-CoV-2总符合率为95.00％(57/60).结论 基于双重CRISPR-Cas12a的SARS-CoV-2核酸胶体金快速检测试纸条提高检测效率和准确度的同时降低了成本,可用于SARS-CoV-2的现场快速检测.

小反刍兽疫(peste des petits ruminants,PPR)是一种由小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)引起的急性、高度传染性疾病,主要感染山羊和绵羊,发病率和死亡率极高.由于其严重的病理损害及广泛的传播性,给各国养殖业及国际贸易造成巨大经济损失,因此,建立快速、准确的检测方法对该病的防控尤为重要.本文就用于 PPRV检测的普通 RT-PCR、普通多重 PCR、实时荧光定量PCR(real-time fluorence quantitative PCR,RT-qPCR)、焦磷酸光化测序、巢式PCR(nested PCR,nPCR)、环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)、重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)等生物检测技术的研究进展作一综述,以期为科学检测、鉴定PPRV提供依据和思路.

目前,我国正处于H7N9禽流感病毒疫情高发季节.2017年春季以来,我国福建、云南、湖南和湖北等16个省份均出现了感染H7N9的病例,并且感染数量和范围与去年同期相比有明显上升和扩大.H7N9禽流感病毒因其对人类的高致死率和快速的传播速度引起了全球的广泛关注.快速、准确和高效的检测对H7N9禽流感的疫情监测和防控至关重要.为此,该文就目前应用于H7N9禽流感病毒研究中的分子生物学诊断技术(包括聚合酶链反应、基因芯片、依赖核酸序列的的扩增、高分辨率熔解曲线、液相芯片、重组酶介导的等温扩增法、高通量测序、环介导等温扩增及多重PCR-酶联免疫吸附法等)进行了综述.

目的 建立可用于快速筛查孕妇B族链球菌(GBS)的等温扩增法. 方法 培养GBS并提取基因组DNA.根据其cfb基因设计LAMP(环介导等温扩增)和RPA(重组酶聚合酶扩增)反应引物,进行目的基因扩增.采集临床标本50份,同时用两种方法进行检测,评价方法的特异性和敏感性. 结果 LAMP可在45 min完成基因扩增,RPA法可在15 min完成目的基因的扩增.二者均具有高度敏感性和特异性,最低检出浓度均为0.01 ng DNA/μl.检测50份临床标本LAMP法4份阳性,RRP法5份阳性(其中1份假阳性). 结论 LAMP和RPA均不依赖特定仪器,在恒温条件下即可完成目的基因扩增,以LAMP方法操作更简单、快速,特异性更高,可用于女性孕期GBS感染筛查.