目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例，WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块；针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路；以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例，行差异表达基因分析；筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验)，筛选预后相关基因，Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R＝0.46， P<0.05)，为共表达基因，包含基因1 216个，富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰，RNA相关酶的活性等过程)；差异表达基因分析显示，MYCN扩增组相较于非扩增组，基因表达上调47个，表达下调123个；WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因，行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个，其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱，或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因，与较差的预后相关，是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。

目的:探讨磷酸丝氨酸转氨酶1在食管癌组织中表达及对细胞增殖和耐药的影响。方法:收集郑州大学第一附属医院诊治的95例食管癌临床标本及癌旁组织作为研究对象，采用蛋白质免疫印迹分析癌旁组织和食管癌组织磷酸丝氨酸转氨酶1表达水平；人食管癌细胞系Ec-9706和顺铂耐药的Ec-9706随机分为对照短发卡RNA(shRNA)组和PSAT1 shRNA组，shRNA对照/耐药组和PSAT1 shRNA/耐药组，通过体内和体外细胞增殖实验分析磷酸丝氨酸转氨酶1对细胞体外增殖能力的影响；采用流式细胞术分析不同处理细胞的凋亡水平；采用蛋白质免疫印迹分析磷酸化磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(Akt)、耐药相关蛋白P-gp、剪切型半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3的表达水平。计量数据比较采用 t检验。 结果:癌旁组织中磷酸丝氨酸转氨酶1表达水平(0.91±0.20)明显低于食管癌组织表达水平(1.76±0.26)，差异有统计学意义( t＝25.230， P<0.05)。对照shRNA组细胞抑制率[(7.14±2.06)%]明显低于PSAT1 shRNA组细胞[(54.79±11.97)%]，差异有统计学意义( t＝9.610， P<0.05)。对照shRNA组细胞裸鼠成瘤体积和质量[(1 289.19±131.71) cm 3、(5.36±0.67) g]高于PSAT1 shRNA组细胞[(705.66±65.88) cm 3、(3.27±0.26) g]，差异有统计学意义( t＝9.706、7.110， P<0.05)。shRNA对照/耐药组细胞抑制率[(21.80±3.39)%]明显低于PSAT1 shRNA/耐药组细胞[(41.12±3.59)%]，差异有统计学意义( t＝9.581， P<0.05)。shRNA对照/耐药组细胞裸鼠成瘤体积和质量[(799.52±61.71) cm 3、(3.68±0.51) g]高于PSAT1 shRNA/耐药组细胞[(558.62±44.97) cm 3、(2.07±0.27) g]，差异有统计学意义( t＝7.728、6.932， P<0.05)。对照shRNA组细胞抑制率[(3.78±0.81)%]明显低于PSAT1 shRNA组细胞[(26.73±4.64)%]，差异有统计学意义( t＝11.940， P<0.05)。shRNA对照/耐药组细胞抑制率[(16.75±4.95)%]明显低于PSAT1 shRNA/耐药组细胞[(35.04±4.05)%]，差异有统计学意义( t＝6.998， P<0.05)。对照shRNA组细胞磷酸化PI3K、磷酸化Akt、耐药相关蛋白P-gp蛋白表达水平(0.91±0.10、1.26±0.18、1.19±0.12)明显高于PSAT1 shRNA组细胞(0.61±0.11、0.91±0.06、0.74±0.07)，差异有统计学意义( t＝5.024、4.487、7.693， P<0.05)。 结论:磷酸丝氨酸转氨酶1在食管癌组织中表达水平显著上调，参与食管癌细胞的增殖和耐药过程。

目的:探讨长链非编码核糖核酸(lncRNA)微小染色体维持蛋白3相关蛋白-反义链1(MCM3AP-AS1)调节微小核糖核酸(miR)-424-5p/磷酸丝氨酸氨基转移酶1(PSAT1)轴对乳腺癌恶性进展的影响.方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)法检测人正常乳腺上皮细胞MCF-10A和乳腺癌细胞株MDA-MB-231、BT549、BT20中LncRNA MCM3AP-AS1、miR-424-5p和PS AT1信使核糖核酸(mRNA)的表达水平.构建LncRNA MCM3AP-AS1低表达模型、miR-424-5p敲低与过表达模型,并使用RT-qPCR方法验证转染模型构建的成功.分别采用四氮甲基唑蓝(MTT)法、Transwell实验检测乳腺癌细胞株的增殖、迁移、侵袭能力.免疫印迹法检测各组MDA-MB-231细胞中细胞周期蛋白D1(CyclinD1)、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和PS AT1蛋白的表达.经生物信息学分析后,采用双荧光素酶报告基因实验与RNA免疫共沉淀(RIP)实验分别验证LncRNA MCM3AP-AS1与miR-424-5p、miR-424-5p与PSAT1之间的靶向关系.结果:在乳腺癌细胞株MDA-MB-231、BT549、BT20 中 MCM3AP-AS1、PSAT1 mRNA 的表达水平显著高于 MCF-10A(P＜0.05),miR-424-5p 表达水平显著低于MCF-10A(P＜0.05).敲低MCM3AP-AS1或过表达miR-424-5p均可以降低MDA-MB-231细胞的吸光度(OD490)值、细胞迁移数目和细胞侵袭数目、CyclinD1、N-cadherin和PS AT1蛋白表达水平(P＜0.05),提高细胞E-cadherin蛋白表达水平(P＜0.05).敲低miR-424-5p的表达逆转了下调MCM3AP-AS1对MDA-MB-231细胞增殖、迁移和侵袭以及相关蛋白表达的影响.双荧光素酶报告基因实验与RIP实验证实MCM3AP-AS1靶向负调控miR-424-5p表达,miR-424-5p靶向负调控PSAT1的表达.结论:LncR-NA MCM3AP-AS1在乳腺癌中呈高表达,其低表达可通过靶向调节miR-424-5p/PSAT1轴抑制乳腺癌的恶性进展.

利用生物信息学方法筛选浆液性卵巢癌相关铁死亡关键基因,并预测其生物学功能.从GEO数据库中获得有关浆液性卵巢癌的数据集GSE54388 和GSE12470,采用R语言中的"Limma"包分析挑选浆液性卵巢癌上皮组织与正常卵巢上皮组织中差异表达基因,绘制火山图、热图.利用Venn软件在线工具绘制GSE54388,GSE12470,FerrDb三个数据集韦恩图.对相关基因进行功能富集分析、蛋白互作分析、生存分析,对关键基因绘制ROC曲线进行诊断分析.采用GEPIA2 数据库对筛选基因进行验证,并进行免疫浸润分析.结果发现:从GSE54388 中筛选出2458个差异基因,其中上调1309 个,下调1149 个.从GSE12470 中筛选出3534个差异基因,其中上调 1 837 个,下调1 697 个.与铁死亡基因数据集取交集,共得到 16 个差异基因,蛋白互作网络筛选出 7 个基因构建的关键模块,绘制生存曲线发现浆液性卵巢癌患者中 5 个基因与患者总生存率不良相关,其中NRAS,PSAT1,CDKN2A,GDF15 这 4 个基因高表达,CAV1 低表达.ROC曲线显示这 5 个基因中CAV1,NRAS,PSAT1 的AUC诊断曲线面积大于0.95,有较高的诊断价值.GEPIA2 数据库验证发现5 个基因的表达情况与预测相符,仅NRAS基因表达在浆液性卵巢癌患者Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期有显著差异(P＜0.05).免疫浸润分析发现CDKN2A表达与aDC细胞浸润水平呈正相关(P＜0.05,spearman相关系数0.353);CAV1 表达与Mast细胞浸润正向关(P＜0.05,spearman相关系数0.327);NRAS与T help-er细胞浸呈正向关(P＜0.05,spearman相关系数 0.362).通过生物信息学方法筛选出与浆液性卵巢癌铁死亡相关的 5 个基因CAV1,NRAS,PSAT1,CDKN2A,GDF15,可能在浆液性卵巢癌的发生发展中起重要作用,有望成为该病诊断、治疗和预后的潜在分子生物标志物.

目的 探讨卵巢癌细胞在常氧与低氧环境培养下mRNA表达谱的差异.方法 将卵巢癌细胞株SKOV3置于低氧(2％)与常氧(21％)环境下培养,应用氧探针进行细胞乏氧状态检测,应用高通量测序对细胞内整体的mRNA进行测序,应用生物信息学分析工具对测序结果进行基因表达差异分析与功能富集分析,应用逆转录实时荧光定量PCR进行相关差异基因表达的进一步验证.结果 与常氧培养的细胞相比,在低氧环境下培养的细胞共有999个基因表达显著上调,646个基因表达显著下调.这些表达差异基因参与细胞外基质形成、细胞黏附、糖酵解、纤毛组装等生物学过程以及癌症信号、PI3K-AKT信号、RNA转运以及肿瘤胆碱代谢等信号通路.逆转录实时荧光定量PCR结果验证了低氧组的HILPDA、MT1B、CA9、MT1 X与LOX-L2基因表达明显高于常氧组,而低氧组的 WARS1、CHAC1、PSAT1、UPP1与DDX5基因表达明显低于常氧组.结论 本研究揭示了在不同浓度氧环境下卵巢癌细胞mRNA转录水平差异表达的相关基因及分子通路,为进一步探讨低氧环境对卵巢癌细胞生长影响的潜在分子机制提供实验基础.

神经胶质瘤是颅内常见恶性肿瘤,治疗难度大,且预后不佳.因此,胶质瘤的致病机制和治疗策略的研究是当前神经肿瘤领域的热点.丝氨酸是一种重要的非必需氨基酸,不仅为细胞内蛋白质、核酸和脂质的合成提供必要的前体,还可以为肿瘤细胞中氧化还原稳态的维持提供还原力,在细胞的生理和病理过程中发挥重要作用.近年来,有研究发现丝氨酸代谢与神经胶质瘤发展过程密切相关.本文旨在对丝氨酸在胶质瘤进展中的作用、潜在机制以及治疗策略做一综述.

先证者 男性,16岁,汉族.因全身散在红色皮疹、鳞屑12年余,伴双下肢麻木、无力4个月,于2020年7月18日入院.患儿4岁时无明显诱因出现双足红色皮疹、鳞屑,并逐渐向躯干、上肢及头颈部进展,皮疹未高出皮肤,按压不褪色,偶有瘙痒,无疼痛、发热乏力、腹痛腹泻,外院诊断"鱼鳞病",长期外用保湿剂尿素霜,皮疹未见消退,冬春季加重,反复发作,皮疹逐渐增多.

目的 通过转录组测序分析结合型胆汁酸诱导肝细胞的基因表达情况,筛选和验证结合型胆汁酸诱导肝细胞代谢的Hub基因.方法 使用牛磺胆酸(taurocholate acid,TCA)处理野生型小鼠的原代肝细胞,转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)检测经TCA诱导后肝细胞的基因表达情况,将Fold Change≥1.5 且 P＜0.05 作为筛选标准获取差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行生物信息学分析.使用 STRING(search tool for the retrieval of interesting genes)数据库建立 DEGs 的蛋白质-蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI),基于PPI网络利用Cytoscape软件找寻Hub基因.利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)在体内外水平对目标Hub基因进行验证,使用蛋白质免疫印迹试验检测肝细胞内PSAT1/AKT/GSK3β信号通路相关蛋白的表达,使用糖原检测试剂盒检测肝细胞和肝组织糖原水平.结果 TCA处理小鼠原代肝细胞共有差异基因293个,其中上调基因122个,下调基因171个.基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析及基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)的结果显示,DEGs主要富集在代谢、炎症、肿瘤等通路.使用Cytohubba插件得到16个Hub基因,包括Ccnd1、Ppara、Irs1、Ccl2、Ddit3、Serpine 1、NrOb2、Atf3、Phgdh、Trib3、Lepr、G6pc、Psat1、Cxcl2、Asns、Fgf21.RT-qPCR检测结果显示,多种结合型胆汁酸包括TCA、甘氨鹅去氧胆酸(glycochenodeoxycholic acid,GCDCA)、甘氨胆酸(glycocholic acid hydrate,GCA)均能诱导小鼠原代肝细胞内Psat1 mRNA表达水平增高(P＜0.05).此外,胆管结扎(bile duct ligation,BDL)胆汁淤积小鼠肝脏中的Psat1 mRNA水平增高(P＜0.05).Western blot检测结果显示,TCA能够诱导肝细胞内Psat1表达及激活AKT/GSK3β信号通路.TCA能够诱导小鼠原代肝细胞糖原合成增加,与BDL小鼠模型肝组织糖原合成增加以及血糖水平降低的结果一致(P＜0.05).结论 Psat1可能是胆汁酸影响肝细胞糖代谢的相关基因,其高水平表达可能与肝细胞糖代谢的改变有关.

为揭示水生植物对富营养化河涌底泥的生理生态适应性及其净化能力,选取11种水生挺水植物(包含6种本土植物和5种外来植物)结合河涌底泥进行试验.通过测定试验一年后植物叶片的光饱和光合速率(Psat,μmol m-2 s-1)、比叶面积(SLA,m2/kg)、总氮含量(TN,mg/g)和光合作用氮利用效率(PNUE,μmol mol-1 s-1),比较分析物种间生理与结构特性及其相互关系.结果表明:种间的SLA层次比较分明,最高的大叶皇冠草(20.31±0.30)与最低的鸢尾草(7.22±0.31)相差近3倍.种间的Psat在(3.76±0.57)(鸢尾草)-(21.53±1.20)(水罂粟)之间,水罂粟比鸢尾草高81.79％.种间的PNUE从42.53±8.42(鸢尾草)至655.8± 100.93(天使花),美人蕉、水罂粟、风车草和香蒲的PNUE值均较高,且差异不明显(P＞0.05),这些植物的PNUE显著高于较低PNUE的种类(包括菖蒲、蓝花草和鸢尾草)(P＜0.05).种间SLA分别与PNUE和Psat(μmol kg-1 s-1)呈显著的正相关,SLA和Psat(μmol m-2s-1)分别与TN(mmol/m2)呈显著负相关(P＜0.05).外来植物类群的PNUE、SLA、Psat和TN均显著高于本地植物类群(T-test,P＜0.05),说明外来水生植物在养分富集化环境下能更有效地利用资源,具有潜在的高生长速率和种间竞争优势.

目的:探讨胰腺癌磷酸丝氨酸转氨酶1(phosphoserine aminotransferase 1,PSAT1)表达及其介导的增殖、侵袭作用机制.方法:采用免疫组织化学染色检测2013年7月至2017年7月98例胰腺癌组织和癌旁组织PSAT1表达,分析PSAT1表达与胰腺癌临床资料、总体生存率、无病生存率的关系.分别向胰腺癌细胞BxPC-3、SW1990转染PSAT1-siRNA,研究敲低PSAT1表达对细胞增殖、迁移和侵袭的影响,Western blot检测敲低PSAT1对胰腺癌细胞PI3K/Akt/mTOR通路相关蛋白表达的影响.结果:PSAT1在胰腺癌组织中阳性表达率为69.4%(68/98),明显高于癌旁组织的阳性表达率5.0%(5/98),两者比较差异具有统计学意义(χ2=86.638,P<0.001).PSAT1表达阳性率与淋巴结转移、TNM分期有关(P<0.05);PSAT1高表达的胰腺癌患者总生存期和无病生存期明显低于PSAT1低表达患者(P<0.05).Cox多因素结果显示,PSAT1表达是影响胰腺癌总体生存率和无病生存率的危险因素(均P<0.05).在胰腺癌BxPC-3和SW1990细胞中,与NC-siRNA组比较,PSAT1-siRNA组细胞增殖能力、迁移能力和细胞侵袭能力明显减弱,差异具有统计学意义(P<0.05).同时PSAT1-siRNA组p-Akt、p-mTOR蛋白表达明显低于NC-siRNA组,差异具有统计学意义(P<0.05).结论:PSAT1在胰腺癌组织和细胞中呈高表达,PSAT1可能通过调节PI3K/Akt/mTOR通路参与胰腺癌细胞的增殖和侵袭.