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血清外泌体lncRNA对卵巢上皮性癌的诊断价值初步研究
编辑人员丨1天前
目的:初步探讨血清外泌体长链非编码RNA(lncRNA)对卵巢上皮性癌(卵巢癌)的诊断价值。方法:(1)收集2018年8月至2019年12月在广西医科大学附属肿瘤医院住院治疗的卵巢肿瘤患者,包括卵巢癌35例(恶性组)和卵巢良性肿瘤20例(良性组);收集同期在本院体检的健康妇女15例(正常组)作为对照。抽取3组妇女的外周静脉血,采用商品试剂盒分离、纯化血清外泌体;外泌体的鉴定:透射电子显微镜观察外泌体的形态,NanoSight纳米颗粒分析技术分析外泌体的粒径分布,蛋白印迹(western blot)法检测外泌体的特异性标志蛋白分化群(CD) 63、CD 81、肿瘤易感基因101蛋白(TSG101)的表达情况。(2)随机抽取恶性组中4例卵巢癌患者(恶性测序组)和正常组中3例健康妇女(正常测序组),采用高通量测序技术分析两组妇女的血清外泌体差异表达的lncRNA,并筛选出差异表达明显的lncRNA;实时荧光定量PCR技术验证筛选出的差异表达lncRNA在恶性测序组和正常测序组妇女血清中的表达,进一步扩大样本量(即恶性组、良性组、正常组共70份血清)验证筛选出的差异表达lncRNA在其中的表达。(3)绘制筛选出的差异表达lncRNA诊断卵巢癌的受试者工作特征(ROC)曲线,评价其敏感度和特异度等诊断效能;构建多因子联合诊断模型,通过logistic回归模型结合ROC曲线,评价其对卵巢癌发生的诊断效能。 结果:(1)透射电子显微镜观察,血清外泌体为脂质双层膜结构,一侧呈凹陷的半球形或杯托样;NanoSight纳米颗粒分析技术分析显示,外泌体颗粒的直径峰值为127.6 nm,直径30~150 nm的外泌体颗粒占58.9%;western blot法检测显示,与卵巢癌细胞系SKOV3细胞相比,血清外泌体的特异性标志蛋白CD 63、CD 81、TSG101蛋白的表达强度明显增强。(2)高通量测序技术分析显示,相对于正常测序组妇女,恶性测序组患者血清外泌体中筛选出差异表达lncRNA 425个(其中上调23个、下调402个);挑选上调、下调表达异常明显的lncRNA 6个,即FER1L6-AS2、LINC00470、LINC01811、CXXC4-AS1、LINC02343、LINC02428,采用实时荧光定量PCR技术对恶性测序组和正常测序组妇女血清进行验证,其表达情况与测序结果一致。随后对这6个lncRNA进一步扩大样本量验证,恶性组患者血清外泌体中FER1L6-AS2、LINC00470、LINC01811的表达水平分别升高至良性组、正常组妇女的1.66、1.84倍,2.05、2.46倍,2.94、2.35倍,CXXC4-AS1、LINC02343、LINC02428的表达水平分别下降至良性组、正常组妇女的29%、34%,40%、46%,42%、42%,同一lncRNA的表达水平在恶性组与良性组、恶性组与正常组中分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05),而良性组与正常组分别比较,差异均无统计学意义( P均>0.05)。(3)6个差异表达lncRNA单独诊断卵巢癌的ROC曲线下面积(AUC)为0.722~0.805,具有中等诊断价值。联合因子预测模型1(包括FER1L6-AS2和LINC01811)、联合因子预测模型2(包括CXXC4-AS1、LINC02343和LINC02428)、联合因子预测模型3(包括FER1L6-AS2、CXXC4-AS1、LINC02343和LINC02428)的AUC分别为0.865、0.934和0.962,各联合因子预测模型的诊断效能均显著高于单一lncRNA的诊断效能( P均<0.05)。 结论:经实时荧光定量PCR技术验证,高通量测序技术是筛选血清外泌体差异表达lncRNA的有效方法;血清外泌体多个lncRNA联合检测对卵巢癌患者的诊断效能显著高于单一lncRNA检测。检测血清外泌体lncRNA可为卵巢癌的诊断提供新的思路。
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编辑人员丨1天前
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糖尿病性心肌病小鼠心肌组织差异表达环状RNA的探讨
编辑人员丨1天前
目的:鉴定糖尿病性心肌病(DCM)小鼠心肌组织差异表达的环状RNA(circRNA),并分析其可能的生物学功能及调控网络。方法:C57BL/6小鼠,雄性,8周龄,体重21~27 g。选取8只小鼠作为正常组,15只进行建模。通过腹腔注射链脲佐菌素建立糖尿病小鼠模型。注射1周后,测定小鼠空腹血糖水平,经检测12只小鼠建模成功。在相同的实验室条件下饲养小鼠12周,通过超声心动图检测小鼠的心脏结构和功能,筛选出左心室射血分数≤60%,且二尖瓣舒张早期最大血流速度与心房收缩期最大血流速度比值(E/A)≤1.6的糖尿病小鼠作为DCM组( n=3)。于DCM组确立当天麻醉后处死正常组和DCM组小鼠,取出心脏,从心肌组织中提取RNA备用。采用高通量测序对DCM组和正常组小鼠心肌组织中的RNA进行测序和鉴定分析,并利用DeSeq2进行差异性分析,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)在组织水平上对分析结果进行验证,并对鉴定的差异circRNA进行GO分析和KEGG通路分析。通过微小RNA(miRNA)靶基因预测软件进行差异表达circRNA-miRNA相互作用预测。 结果:DCM小鼠心肌组织中共鉴定出63种差异表达circRNA。RT-qPCR验证结果示同源性分析筛选出的16种差异表达circRNA中8种组织水平的表达与测序结果一致,其中7种表达上调、1种表达下调。KEGG通路分析结果示,上调的circRNA主要与腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路以及细胞间的黏着连接通路有关,下调的circRNA主要与心肌病有关。GO功能分析显示,上调表达的circRNA在分子功能方面主要与离子、蛋白质、激酶等因子的结合过程有关,并且在细胞组分方面参与调节细胞内结构尤其是细胞器的构成。分子功能与细胞组分方面的功能分析显示,上调的circRNA与细胞组分起源、募集、组织的生物学过程相关,并由此参与细胞生物学过程的调控;下调的circRNA在分子功能方面与催化活性相关,也与蛋白激酶的结合过程、转移酶及钙调蛋白的活性有关,在细胞组分方面与收缩性纤维的组分、肌原纤维的构成密切相关,而在富集的生物学过程GO分析术语中,包括赖氨酸肽基修饰、肌节的构成、肌原纤维的装配、心肌组织的形态学发育、心肌肥厚等生物学过程。本研究鉴定的差异表达circRNA均存在miRNA的结合位点,且部分miRNA与保护心肌细胞正常生理功能、抗氧化应激损伤、抑制心肌细胞凋亡以及抗心肌肥厚有关。结论:DCM小鼠心肌组织中circRNA存在差异表达,且其与DCM的发生发展密切相关。
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编辑人员丨1天前
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N6-甲基腺苷修饰与非小细胞肺癌淋巴结转移相关
编辑人员丨1天前
目的:探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰与非小细胞肺癌(NSCLC)淋巴结转移的相关性。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载NSCLC患者的转录组测序数据,共包含1 037例原发肺癌组织样本和108例癌旁组织样本。分析参与m6A修饰过程的调控蛋白在肿瘤组织和癌旁正常组织样本中表达水平的差异,利用加权基因共表达分析(WGCNA)算法识别与m6A调控因子存在共表达关系的信使RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)并根据RNA的表达模式对NSCLC患者进行共识聚类。采用 t检验比较聚类亚组间m6A甲基化丰度的差异,采用 χ2检验比较组间淋巴结转移发生率的差异。 结果:共纳入20个m6A调控因子,肿瘤组织中15个调控因子的表达水平显著上调[甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、YTH结构域蛋白1(YTHDC1)、YTH结构域结合蛋白1-3(YTHDF1-3)、异质核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)和HNRNPC、ALK B同源物5(ALKBH5)等],3个调控因子显著下调[M0ETTL14、含锌指CCCH结构域蛋白13(Zc3h13)、脂肪和肥胖相关蛋白(FTO)],差异有统计学意义( P<0.05),YTHDC2和METTL16差异无统计学意义。通过WGCNA算法识别出454个与调控因子存在共表达关系的mRNAs和400个ncRNAs[325个长链非编码RNAs(lncRNAs)、23个微小RNAs(miRNAs)、28个核仁小RNAs(snoRNAs)、24个核内小RNAs(snRNAs)]。根据854个RNAs的表达模式进行共识聚类,将NSCLC患者分为2个聚类亚组(聚类1和聚类2)。WT1相关蛋白WTAP( t=14.322, P<0.01)和HNRNPC( t=15.424, P<0.01)等11个调控因子的表达水平在聚类1中均显著上调,其他9个调节因子在聚类亚组间差异无统计学意义,聚类1患者具有较高的m6A甲基化丰度。聚类1患者淋巴结转移发生率38.16%(292/765)明显高于聚类2组的22.27%(55/247),差异有统计学意义( χ2=19.487, P<0.01)。 结论:通过m6A甲基化与非小细胞肺癌淋巴结转移的相关分析,有助于探讨肺癌淋巴结转移相关机制。
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学方法鼻咽癌预后和免疫相关细胞轨迹差异表达基因的筛选
编辑人员丨1天前
目的:基于生物信息学方法筛选鼻咽癌预后和免疫相关的细胞轨迹差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载鼻咽癌单细胞测序数据集(GSE150825)和转录组测序数据集(GSE102349)。GSE150825数据集包括11例鼻咽癌和3例鼻咽淋巴增生(NLH)组织共66 627个细胞的单细胞RNA测序结果,数据更新时间为2021年3月。GSE102349数据集包括113例鼻咽癌患者临床信息,数据更新时间为2017年。将GSE150825数据集中数据进行标化和重新聚类,并选取髓系细胞进行重新聚类,采用moncle2法进行拟时序分析。计算不同细胞状态的差异基因(细胞轨迹差异基因),并取并集得到并集基因。采用ClusterProfiler和ConsensusClusterPlus包对并集基因进行基因本体(GO)富集分析和临床分型。在GSE102349数据集中,根据细胞轨迹差异基因的并集基因,将患者分为两个亚组,分析两个亚组无进展生存(PFS)、临床分期、肿瘤免疫微环境的差异;CIBERSORT分析两个亚组免疫细胞浸润差异。使用LASSO回归构建预后预测模型。收集江苏省肿瘤医院2018年1月至2023年12月收治的经病理检查证实为鼻咽癌(14例)和正常鼻咽上皮(4例)的病理组织切片,采用免疫组织化学法检测筛选出的靶基因在正常鼻咽上皮和鼻咽癌肿瘤组织中的表达,并根据患者治疗前后核磁共振成像结果分析靶基因表达与鼻咽癌患者淋巴结治疗效果关系。结果:对单细胞测序数据集GSE150825数据进行过滤和质控,共64 312个细胞(48 604个来自鼻咽癌,15 798个来自NLH)进行后续分析。对质控后的细胞进行重新聚类分析,主要分为8种细胞类型:B细胞、T细胞、先天淋巴细胞、髓样细胞、成纤维细胞、肥大细胞和肿瘤细胞。髓样细胞特异性地分布在鼻咽癌患者中。拟时序变化的细胞轨迹差异基因主要富集在细胞质翻译、核糖体、局灶黏附、钙黏蛋白结合和细胞因子受体结合。在验证集GSE102349数据集中提取细胞轨迹差异基因并集并进行临床分型,亚组1、2的PFS比较差异有统计学意义( P=0.035);亚组1预后较好,临床分期Ⅰ期患者比例大;亚组2预后较差,临床分期Ⅳ期患者比例大。亚组1微环境中免疫成分比例高,体现了较活跃的免疫活动;亚组2的肿瘤纯度高于亚组1,其肿瘤成分所占比例高;记忆B细胞在亚组2中低表达,T细胞滤泡辅助细胞、NK活化细胞、静息和活化树突细胞在亚组1中低表达。根据细胞轨迹差异基因构建预后风险模型,风险评分=SDC3×1.588+ ODC1×1.122+ PSIP1×11.310+ P4HB×4.043。14例鼻咽癌组织中PSIP1蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(96±11)分比(69±23)分, t=-3.38, P=0.004],P4HB蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(64±35)分比(17±9)分, t=-2.65, P=0.018]。在鼻咽癌患者中,以H-score评分的中位数为cut-off值(PSIP1为97分,P4HB为63分),PSIP1高表达(≥97分)患者活化T细胞比例高于低表达(<97分)患者[(21±7)%比(13±4)%, t=-2.69, P=0.020],P4HB高表达(≥63分)患者NK细胞比例高于低表达(<63分)患者[(24±10)%比(14±6)%, t= -2.24, P=0.040]。 结论:PSIP1和P4HB可能是预测鼻咽癌预后和治疗效果的生物学标志物。
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编辑人员丨1天前
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X射线诱导非小细胞肺癌A549细胞凋亡的适应性反应及相关miRNA筛选的研究
编辑人员丨1天前
目的:研究X射线辐射诱导非小细胞肺癌(NSCLC) A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选适应性反应相关的微RNA (miRNA)。方法:将NSCLC A549细胞分为6组,包括50 mGy+20 Gy、200 mGy+20 Gy、20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组及对照组(0 Gy),前2组细胞分别用50、200 mGy初始剂量进行照射,培养6 h后用20 Gy的效应剂量进行照射,20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组同时进行照射。培养24 h后使用流式细胞仪检测细胞凋亡情况。利用小RNA测序技术筛选差异表达miRNA,并对其靶基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的功能富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证。2组间数据的比较采用Welch t检验。 结果:50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组的A549细胞早期凋亡率分别为(1.81±0.11)%和(2.17±0.19)%,低于20 Gy照射组的(4.54±0.23)%,且差异均有统计学意义( t=10.680、8.006,均 P<0.01)。与20 Gy照射组相比,50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组共同差异表达趋势miRNA有1个上调(miR-3662)、15个下调(miR-185-3p、miR-1908-5p、miR-1307-5p、miR-182-3p、miR-92a-3p、miR-582-5p、miR-501-3p、miR-138-5P、miR-1260b、miR-484、miR-378d、miR- 193b-3P、miR-127-3p、miR-1303及miR-654-5p)。GO富集分析结果显示,差异表达miRNA调控靶基因功能显著富集于细胞通讯调节、代谢过程的正向调节、代谢信号的调节、酶结合及催化活性等过程。KEGG富集分析结果显示,靶基因相关信号通路显著富集于溶酶体、丝裂原活化蛋白激酶、Ras和内吞作用等信号通路。qRT-PCR检测结果显示,miRNA表达情况与基因芯片结果趋势一致(10个miRNA表达水平得到验证)。 结论:X射线50、200 mGy照射剂量均能诱导NSCLC A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选到一组共同差异表达的miRNA,可能在X射线辐射诱导细胞凋亡的适应性反应中发挥了重要作用,有可能成为调节电离辐射生物效应的潜在靶点。
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编辑人员丨1天前
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孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁样行为及印记基因IGF-2/H19甲基化的影响
编辑人员丨1天前
目的:探究孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁行为及海马组织印记基因胰岛素样生长因子-2 (insulin-like growth factor-2,IGF-2)/长链非编码RNA(lncRNA)H19甲基化的影响。方法:32只SPF级雌性SD大鼠按照随机数字表法分为模型组和对照组,模型组大鼠采用慢性不可预知性温和应激(chronic unpredictable mild stress model,CUMS)方法建立抑郁模型,对照组正常饲养。应激刺激第7天时,雌雄鼠合笼交配。在应激刺激前1 d和应激刺激第1、7、14、21、28天对两组母鼠行内眦静脉采血,测定血浆皮质酮浓度;在雌性仔鼠出生后第28天和出生后第42天时,每组随机抽取8只,行内眦静脉采血后测定血浆皮质酮浓度;在出生后第42天时,分别通过糖水偏爱实验、悬尾实验和强迫游泳实验测定两组雌性仔鼠的抑郁样行为。采用RT-PCR和Western blot法检测仔鼠海马组织中IGF-2/H19及相关转移酶表达情况。利用Methyl Target技术,对IGF-2差异性甲基化区域(differentially methylated region,DMR)片段2的19个CpG位点,H19印记控制区(imprinting control region,ICR)片段1中8个CpG位点和H19-ICR片段2的15个CpG位点,同时捕获测序,计算每个CpG位点甲基化水平。采用SPSS 26.0,采用重复测量方差分析、 t检验和非参数检验对相关数据进行统计分析。 结果:(1)重复测量方差分析结果显示,母鼠血浆皮质酮的时间与组别的交互效应不显著( F=2.997, P=0.066),时间主效应显著( F=4.44, P=0.010),组别主效应显著( F=41.40, P=0.001)。组间因素的单独效应分析,在应激第14、21、28天,模型组母鼠血浆皮质酮浓度均高于对照组母鼠(均 P<0.001)。(2)在糖水偏爱实验中,模型组雌性仔鼠的液体总消耗[11.10(10.38,11.58)mL,13.55(12.00,15.77)mL, Z=-3.055, P=0.002]、1%蔗糖水消耗[(5.50±1.30)mL,(8.56±2.04)mL, t=-3.582, P=0.003]及1%蔗糖偏爱百分比[(51.35±8.69)%,(62.11±8.05)%, t=-2.576, P=0.022]均低于对照组。(3)模型组雌性仔鼠悬尾实验中静止持续时间[(126.95±39.89)s,(54.30±25.00)s, t=4.375, P=0.001]和强迫游泳实验中持续不动时间[(7.97±6.66)s,(1.85±2.12)s, t=2.478, P=0.037]均长于对照组。(4)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 mRNA[(0.46±0.24),(1.00±0.00), t=3.821, P= 0.019]、H19 mRNA[(0.60±0.25),(1.00±0.00), t=3.574, P=0.007]表达均低于对照组;模型组雌性仔鼠IGF-2蛋白相对表达低于对照组[(0.77±0.04),(1.00±0.00); t=9.876, P=0.01);CCTC结合因子(CCTC-binding factor,CTCF)的mRNA[(1.29±0.12),(1.00±0.00), t=-4.850, P=0.003]和蛋白相对表达水平[(1.90±0.28),(1.00±0.00), t=-5.513, P=0.005]均高于对照组。(5)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 DMR区域3个CpG位点甲基化水平均低于对照组( t=-3.21,-3.00,-3.34,均 P<0.05),分别位于chr1215831028、chr1215831055和chr1215831205;IGF-2 DMR片段甲基化水平低于对照组( t=-3.453, P=0.048);模型组雌性仔鼠甲基转移酶DNMT3A mRNA( t=5.102, P=0.002)、DNMT3A( t=10.213, P<0.001)和DNMT3B( t=4.169, P=0.014)蛋白相对表达水平均低于对照组。 结论:孕期慢性应激致雌性仔鼠出现抑郁、绝望状态,其机制可能与甲基化转移酶表达降低引起印记基因IGF-2 DMR甲基化水平降低有关。
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编辑人员丨1天前
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N 6-甲基腺苷甲基化调节因子RNA结合基序蛋白15在高级别浆液性卵巢癌中的生物学功能研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨RNA结合基序蛋白15(RBM15)与高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)患者预后的关系及对肿瘤细胞的生物学功能的影响。方法:在基因表达数据库(GEO)中用GSE69428和GSE40595数据集分析RBM15在HGSOC及正常组织中的表达,在Kaplan-Meier Plotter在线网站分析RBM15与HGSOC预后的相关性。通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测人正常卵巢上皮细胞以及卵巢癌细胞系中RBM15的表达。运用慢病毒转导技术进行RBM15敲降。采用平板克隆实验、细胞计数试剂盒(CCK-8)法细胞增殖实验Transwell迁移侵袭实验、药物毒性实验检测各组细胞的集落形成、增殖、迁移、侵袭能力及顺铂敏感性。采用 t检验或单因素方差分析进行统计分析。 结果:在GSE69428和GSE40595数据集中,RBM15基因在肿瘤组织中显著高表达(7.53±0.44比6.40±0.37, t=6.215, P<0.01;6.18±0.46比5.61±0.20, t=4.487, P<0.01),且高表达组无进展生存期及总生存期显著高于低表达组。与正常人上皮卵巢细胞系IOSE80比较,RBM15在卵巢癌细胞系SKOV3及OVCAR3中的表达显著上调(1.56±0.09比1.00±0.04, t=10.190, P<0.01;2.19±0.03比1.00±0.04, t=42.360, P<0.01)。shRBM15组细胞表达明显低于shNC组细胞(SKOV3:0.59±0.05、0.78±0.04比1.00±0.04, F=62.991, P<0.01;OVCAR3:0.27±0.01、0.45±0.03比1.01±0.13, F=66.290, P<0.01)。shRBM15组细胞的集落形成能力明显高于shNC组(SKOV3:307±40、287±13比209±26, F=9.715, P<0.05;OVCAR3:299±37、192±24比121±12, F=34.591, P<0.05)。shRBM15组细胞的体外增殖能力明显高于shNC组(SKOV3:72 h 1.43±0.03、1.52±0.09比1.12±0.04, F=40.240, P<0.01;OVCAR3:72 h 2.52±0.03、2.59±0.09比2.36±0.05, F=9.753, P<0.05)。shRBM15组细胞的迁移能力明显高于shNC组(SKOV3:656±87、655±99比395±95, F=12.771, P<0.01;OVCAR3:240±9、237±19比185±24, F=13.729, P<0.01)。shRBM15组细胞的侵袭能力明显高于shNC组(SKOV3:971±109、876±160比649±65, F=9.803, P<0.01;OVCAR3:325±37、349±38比220±55, F=11.983, P<0.01)。在SKOV3细胞中,shRBM15组细胞对顺铂的半数抑制浓度(IC 50)高于shNC组(13.91、12.13 μmol/L比9.17 μmol/L)。 结论:RBM15在HGSOC中高表达,且与较好预后相关。RBM15在浆液性卵巢癌细胞系中高表达,干扰RBM15的表达可以促进肿瘤细胞的克隆形成、增殖、迁移和侵袭,并且影响细胞对顺铂的敏感性。
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编辑人员丨1天前
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心肌肥厚小鼠心肌组织中环状RNA的表达谱分析
编辑人员丨1天前
目的:探索心肌肥厚时环状RNA(circRNA)差异表达的情况及其影响的病理生理进程。方法:SPF级C57BL/6J雄性小鼠6只,8~10周龄,按照随机数字表法分为主动脉弓缩窄(TAC)组( n=3)和假手术组( n=3)。通过TAC术建立心肌肥厚小鼠模型。术后4周,采用高通量测序分析检测TAC组与假手术组小鼠左心室心肌组织差异表达的circRNA,并采用R语言软件对circRNA进行主成分分析。通过GO和KEGG 2个数据库进行富集分析推测差异表达circRNA来源基因的基本功能及其参与的生物学通路。采用实时荧光定量聚合酶链反应验证测序结果中差异表达的circRNA。结合差异表达的circRNA和TargetScan预测的微小RNA(miRNA)位点,应用Cytoscape软件构建circRNA-miRNA网络图以预测他们的相互作用。 结果:对TAC组和假手术组小鼠6个样本中检测到的4 580个circRNA进行主成分分析,R语言软件结果提示前3个主成分,即第1、2和3主成分的方差贡献率分别为91.01%、3.19%和2.01%,三者累计方差贡献率为96.21%。在差异表达的circRNA中,TAC组小鼠6个(19%)表达上调、25个(81%)表达下调。GO分析结果表明差异表达的circRNA与心肌肥厚的发生发展密切相关,KEGG通路分析提示低表达的circRNA参与了肌动蛋白细胞骨架的调节。在31个差异表达的circRNA中挑选出15个进行实时荧光定量聚合酶链反应验证,结果显示其中8个circRNA与测序结果一致。circRNA-miRNA共表达网络分析结果显示chr11:65218529-65233184-与mmu-miRNA-30e-3p、mmu-miRNA-30a-3p等相互作用。结论:心肌肥厚的小鼠心肌组织中circRNA的表达发生了改变。circRNA可能与相应的miRNA相互作用,通过自噬相关的细胞肥大通路或凋亡等病理表型影响心肌肥厚的发生发展。
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编辑人员丨1天前
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基于真实世界数据的Ⅲ期胃癌免疫检查点抑制剂联合辅助化疗的中期疗效回顾性研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨免疫检查点抑制剂联合辅助化疗对Ⅲ期胃癌和食管胃结合部癌患者的疗效。方法:本研究采用回顾性队列研究方法,基于真实世界的数据,分析2020年1月至2023年12月期间在中山大学肿瘤防治中心胃外科手术并接受术后辅助治疗的403例Ⅲ期胃癌和食管胃结合部癌患者的临床资料,其中ⅢA期患者147例(36.5%),ⅢB期患者130例(32.3%),ⅢC期患者126例(31.3%);人表皮生长因子受体-2(HER-2)阳性患者15例(3.7%);错配修复缺失(dMMR)患者25例(6.2%);EB病毒编码RNA(EBER)阳性患者22例(5.5%)。根据其治疗方案分为免疫抑制剂联合辅助化疗组(免疫治疗组,110例,男性71例,女性39例,中位年龄59岁)和单纯辅助化疗组(单纯化疗组,293例,男性186例,女性107例,中位年龄60岁)。免疫治疗组使用的免疫治疗药物均为程序性细胞死亡蛋白-1(PD-1)及其配体(PD-L1)免疫检查点抑制剂(包括替雷丽珠单抗85例、信迪利单抗10例、特瑞普利单抗8例、纳武利尤单抗4例,卡瑞丽珠单抗2例、帕博丽珠单抗1例);单纯化疗组采用辅助化疗方案包括SOX方案[奥沙利铂+替吉奥(S-1)]132例、XELOX(卡培他滨和奥沙利铂)102例、S-1单药方案44例、其他方案15例。比较两组的3年无病生存率(DFS),并对不同年龄、分子表型、pTNM分期、淋巴结外浸润及肿瘤长径进行亚组分析。结果:中位随访20.5(3.1~46.3)个月,全组403例患者3年总体DFS为61.4%,免疫治疗组的3年DFS为82.7%,优于单纯化疗组(58.8%),差异具有统计学意义( P=0.021);多因素分析显示,术后接受免疫治疗是本组患者DFS的保护性因素(HR=0.352,95%CI:0.180~0.685)。亚组分析显示,ⅢC期(HR=0.416,95%CI:0.184~0.940)、年龄≥60岁(HR=0.336,95%CI:0.121~0.934)、淋巴结结外浸润阳性(HR=0.378,95%CI:0.170~0.839)的患者可从免疫联合辅助化疗中获益(均 P<0.05)。而在不同MMR状态、HER-2和EBER等亚组中,免疫联合辅助化疗的获益并未显示出统计学意义(均 P>0.05)。 结论:在真实世界状态下,Ⅲ期胃癌及食管胃结合部癌患者或可从术后免疫检查点抑制剂联合辅助化疗中获益。
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编辑人员丨1天前
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RNA结合基序蛋白15B对胰腺癌细胞增殖与侵袭功能的影响及其机制
编辑人员丨1天前
目的:观察RNA结合基序蛋白15B(RBM15B)在胰腺癌(PC)的表达并探讨其与胰腺癌细胞增殖、侵袭的关系。方法:通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)技术和蛋白质免疫印迹(Western blot)技术检测RBM15B在80例PC组织、癌旁组织、胰腺癌细胞系(SW1990、HPAFII)和人类正常胰腺细胞(HPDE)中的mRNA和蛋白表达量。实验组转染sh1-RBM15B、sh2-RBM15B,对照组转染sh-NC,获得稳定的敲低RBM15B和对照SW1990细胞系。细胞计数试剂盒(CCK-8)增殖实验、克隆形成实验观察敲低RBM1B的实验组与NC对照组细胞增殖能力;Transwell侵袭实验研究敲低RBM1B的实验组与NC对照组细胞侵袭能力;RNA-seq研究RBM15B涉及的下游信号通路。两组间比较采用独立样本 t检验、 χ2检验。 结果:胰腺癌组织RBM15B的蛋白表达量显著高于癌旁组织(2.87±0.41比1.07±0.38, t=5.623, P<0.01)。RBM15B mRNA表达水平与胰腺癌患者的TNM分期( χ2=4.363, P<0.05),肿瘤直径( χ2=6.626, P<0.05)和淋巴结转移( χ2=4.949, P<0.05)显著相关。胰腺癌细胞系RBM15B蛋白水平显著高于正常胰腺细胞系(SW1990:3.34±0.44;HPAFII:2.76±0.32比HPDE:0.81±0.17, t=6.421、4.779, P<0.01),差异有统计学意义。低表达组SW1990在72 h细胞吸光度值显著低于对照组SW1990的吸光度(1.02±0.11、1.35±0.13比1.96±0.14, t=4.007、3.748, P<0.01)。低表达组SW1990形成的克隆集落数显著少于对照组SW1990数量(64.57±4.77、134.26±10.32比193.74±19.58, t=4.766、3.595, P<0.05)。低表达组SW1990穿过基底膜的细胞数量显著少于对照组SW1990数量(36.48±3.73、47.68±4.29比105.32±13.23, t=7.471、4.617, P<0.05)。RNA-seq富集分析结果提示,差异基因显著富集在Hippo信号通路;低表达组SW1990的Yes相关转录调控因子(YAP)表达水平显著低于对照组SW1990的YAP表达水平(1.78±0.12、1.12±0.09比2.45±0.21, t=5.458、6.897, P<0.01);低表达组SW1990的磷脂-溶血磷脂转酰基酶(TAZ)表达水平显著低于对照组SW1990的TAZ表达水平(1.35±0.08、1.47±0.07比2.13±0.17, t=6.430、3.791, P<0.05)。 结论:RBM15B在PC组织和细胞中相较于癌旁组织和正常胰腺细胞表达明显升高,且与患者TNM分期、肿瘤直径、淋巴结转移显著相关,RBM15B通过Hippo通路促进了其增殖、侵袭能力。
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编辑人员丨1天前
