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N6-甲基腺苷修饰与非小细胞肺癌淋巴结转移相关
编辑人员丨5天前
目的:探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰与非小细胞肺癌(NSCLC)淋巴结转移的相关性。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载NSCLC患者的转录组测序数据,共包含1 037例原发肺癌组织样本和108例癌旁组织样本。分析参与m6A修饰过程的调控蛋白在肿瘤组织和癌旁正常组织样本中表达水平的差异,利用加权基因共表达分析(WGCNA)算法识别与m6A调控因子存在共表达关系的信使RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)并根据RNA的表达模式对NSCLC患者进行共识聚类。采用 t检验比较聚类亚组间m6A甲基化丰度的差异,采用 χ2检验比较组间淋巴结转移发生率的差异。 结果:共纳入20个m6A调控因子,肿瘤组织中15个调控因子的表达水平显著上调[甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、YTH结构域蛋白1(YTHDC1)、YTH结构域结合蛋白1-3(YTHDF1-3)、异质核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)和HNRNPC、ALK B同源物5(ALKBH5)等],3个调控因子显著下调[M0ETTL14、含锌指CCCH结构域蛋白13(Zc3h13)、脂肪和肥胖相关蛋白(FTO)],差异有统计学意义( P<0.05),YTHDC2和METTL16差异无统计学意义。通过WGCNA算法识别出454个与调控因子存在共表达关系的mRNAs和400个ncRNAs[325个长链非编码RNAs(lncRNAs)、23个微小RNAs(miRNAs)、28个核仁小RNAs(snoRNAs)、24个核内小RNAs(snRNAs)]。根据854个RNAs的表达模式进行共识聚类,将NSCLC患者分为2个聚类亚组(聚类1和聚类2)。WT1相关蛋白WTAP( t=14.322, P<0.01)和HNRNPC( t=15.424, P<0.01)等11个调控因子的表达水平在聚类1中均显著上调,其他9个调节因子在聚类亚组间差异无统计学意义,聚类1患者具有较高的m6A甲基化丰度。聚类1患者淋巴结转移发生率38.16%(292/765)明显高于聚类2组的22.27%(55/247),差异有统计学意义( χ2=19.487, P<0.01)。 结论:通过m6A甲基化与非小细胞肺癌淋巴结转移的相关分析,有助于探讨肺癌淋巴结转移相关机制。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学方法鼻咽癌预后和免疫相关细胞轨迹差异表达基因的筛选
编辑人员丨5天前
目的:基于生物信息学方法筛选鼻咽癌预后和免疫相关的细胞轨迹差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载鼻咽癌单细胞测序数据集(GSE150825)和转录组测序数据集(GSE102349)。GSE150825数据集包括11例鼻咽癌和3例鼻咽淋巴增生(NLH)组织共66 627个细胞的单细胞RNA测序结果,数据更新时间为2021年3月。GSE102349数据集包括113例鼻咽癌患者临床信息,数据更新时间为2017年。将GSE150825数据集中数据进行标化和重新聚类,并选取髓系细胞进行重新聚类,采用moncle2法进行拟时序分析。计算不同细胞状态的差异基因(细胞轨迹差异基因),并取并集得到并集基因。采用ClusterProfiler和ConsensusClusterPlus包对并集基因进行基因本体(GO)富集分析和临床分型。在GSE102349数据集中,根据细胞轨迹差异基因的并集基因,将患者分为两个亚组,分析两个亚组无进展生存(PFS)、临床分期、肿瘤免疫微环境的差异;CIBERSORT分析两个亚组免疫细胞浸润差异。使用LASSO回归构建预后预测模型。收集江苏省肿瘤医院2018年1月至2023年12月收治的经病理检查证实为鼻咽癌(14例)和正常鼻咽上皮(4例)的病理组织切片,采用免疫组织化学法检测筛选出的靶基因在正常鼻咽上皮和鼻咽癌肿瘤组织中的表达,并根据患者治疗前后核磁共振成像结果分析靶基因表达与鼻咽癌患者淋巴结治疗效果关系。结果:对单细胞测序数据集GSE150825数据进行过滤和质控,共64 312个细胞(48 604个来自鼻咽癌,15 798个来自NLH)进行后续分析。对质控后的细胞进行重新聚类分析,主要分为8种细胞类型:B细胞、T细胞、先天淋巴细胞、髓样细胞、成纤维细胞、肥大细胞和肿瘤细胞。髓样细胞特异性地分布在鼻咽癌患者中。拟时序变化的细胞轨迹差异基因主要富集在细胞质翻译、核糖体、局灶黏附、钙黏蛋白结合和细胞因子受体结合。在验证集GSE102349数据集中提取细胞轨迹差异基因并集并进行临床分型,亚组1、2的PFS比较差异有统计学意义( P=0.035);亚组1预后较好,临床分期Ⅰ期患者比例大;亚组2预后较差,临床分期Ⅳ期患者比例大。亚组1微环境中免疫成分比例高,体现了较活跃的免疫活动;亚组2的肿瘤纯度高于亚组1,其肿瘤成分所占比例高;记忆B细胞在亚组2中低表达,T细胞滤泡辅助细胞、NK活化细胞、静息和活化树突细胞在亚组1中低表达。根据细胞轨迹差异基因构建预后风险模型,风险评分=SDC3×1.588+ ODC1×1.122+ PSIP1×11.310+ P4HB×4.043。14例鼻咽癌组织中PSIP1蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(96±11)分比(69±23)分, t=-3.38, P=0.004],P4HB蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(64±35)分比(17±9)分, t=-2.65, P=0.018]。在鼻咽癌患者中,以H-score评分的中位数为cut-off值(PSIP1为97分,P4HB为63分),PSIP1高表达(≥97分)患者活化T细胞比例高于低表达(<97分)患者[(21±7)%比(13±4)%, t=-2.69, P=0.020],P4HB高表达(≥63分)患者NK细胞比例高于低表达(<63分)患者[(24±10)%比(14±6)%, t= -2.24, P=0.040]。 结论:PSIP1和P4HB可能是预测鼻咽癌预后和治疗效果的生物学标志物。
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编辑人员丨5天前
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X射线诱导非小细胞肺癌A549细胞凋亡的适应性反应及相关miRNA筛选的研究
编辑人员丨5天前
目的:研究X射线辐射诱导非小细胞肺癌(NSCLC) A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选适应性反应相关的微RNA (miRNA)。方法:将NSCLC A549细胞分为6组,包括50 mGy+20 Gy、200 mGy+20 Gy、20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组及对照组(0 Gy),前2组细胞分别用50、200 mGy初始剂量进行照射,培养6 h后用20 Gy的效应剂量进行照射,20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组同时进行照射。培养24 h后使用流式细胞仪检测细胞凋亡情况。利用小RNA测序技术筛选差异表达miRNA,并对其靶基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的功能富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证。2组间数据的比较采用Welch t检验。 结果:50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组的A549细胞早期凋亡率分别为(1.81±0.11)%和(2.17±0.19)%,低于20 Gy照射组的(4.54±0.23)%,且差异均有统计学意义( t=10.680、8.006,均 P<0.01)。与20 Gy照射组相比,50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组共同差异表达趋势miRNA有1个上调(miR-3662)、15个下调(miR-185-3p、miR-1908-5p、miR-1307-5p、miR-182-3p、miR-92a-3p、miR-582-5p、miR-501-3p、miR-138-5P、miR-1260b、miR-484、miR-378d、miR- 193b-3P、miR-127-3p、miR-1303及miR-654-5p)。GO富集分析结果显示,差异表达miRNA调控靶基因功能显著富集于细胞通讯调节、代谢过程的正向调节、代谢信号的调节、酶结合及催化活性等过程。KEGG富集分析结果显示,靶基因相关信号通路显著富集于溶酶体、丝裂原活化蛋白激酶、Ras和内吞作用等信号通路。qRT-PCR检测结果显示,miRNA表达情况与基因芯片结果趋势一致(10个miRNA表达水平得到验证)。 结论:X射线50、200 mGy照射剂量均能诱导NSCLC A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选到一组共同差异表达的miRNA,可能在X射线辐射诱导细胞凋亡的适应性反应中发挥了重要作用,有可能成为调节电离辐射生物效应的潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁样行为及印记基因IGF-2/H19甲基化的影响
编辑人员丨5天前
目的:探究孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁行为及海马组织印记基因胰岛素样生长因子-2 (insulin-like growth factor-2,IGF-2)/长链非编码RNA(lncRNA)H19甲基化的影响。方法:32只SPF级雌性SD大鼠按照随机数字表法分为模型组和对照组,模型组大鼠采用慢性不可预知性温和应激(chronic unpredictable mild stress model,CUMS)方法建立抑郁模型,对照组正常饲养。应激刺激第7天时,雌雄鼠合笼交配。在应激刺激前1 d和应激刺激第1、7、14、21、28天对两组母鼠行内眦静脉采血,测定血浆皮质酮浓度;在雌性仔鼠出生后第28天和出生后第42天时,每组随机抽取8只,行内眦静脉采血后测定血浆皮质酮浓度;在出生后第42天时,分别通过糖水偏爱实验、悬尾实验和强迫游泳实验测定两组雌性仔鼠的抑郁样行为。采用RT-PCR和Western blot法检测仔鼠海马组织中IGF-2/H19及相关转移酶表达情况。利用Methyl Target技术,对IGF-2差异性甲基化区域(differentially methylated region,DMR)片段2的19个CpG位点,H19印记控制区(imprinting control region,ICR)片段1中8个CpG位点和H19-ICR片段2的15个CpG位点,同时捕获测序,计算每个CpG位点甲基化水平。采用SPSS 26.0,采用重复测量方差分析、 t检验和非参数检验对相关数据进行统计分析。 结果:(1)重复测量方差分析结果显示,母鼠血浆皮质酮的时间与组别的交互效应不显著( F=2.997, P=0.066),时间主效应显著( F=4.44, P=0.010),组别主效应显著( F=41.40, P=0.001)。组间因素的单独效应分析,在应激第14、21、28天,模型组母鼠血浆皮质酮浓度均高于对照组母鼠(均 P<0.001)。(2)在糖水偏爱实验中,模型组雌性仔鼠的液体总消耗[11.10(10.38,11.58)mL,13.55(12.00,15.77)mL, Z=-3.055, P=0.002]、1%蔗糖水消耗[(5.50±1.30)mL,(8.56±2.04)mL, t=-3.582, P=0.003]及1%蔗糖偏爱百分比[(51.35±8.69)%,(62.11±8.05)%, t=-2.576, P=0.022]均低于对照组。(3)模型组雌性仔鼠悬尾实验中静止持续时间[(126.95±39.89)s,(54.30±25.00)s, t=4.375, P=0.001]和强迫游泳实验中持续不动时间[(7.97±6.66)s,(1.85±2.12)s, t=2.478, P=0.037]均长于对照组。(4)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 mRNA[(0.46±0.24),(1.00±0.00), t=3.821, P= 0.019]、H19 mRNA[(0.60±0.25),(1.00±0.00), t=3.574, P=0.007]表达均低于对照组;模型组雌性仔鼠IGF-2蛋白相对表达低于对照组[(0.77±0.04),(1.00±0.00); t=9.876, P=0.01);CCTC结合因子(CCTC-binding factor,CTCF)的mRNA[(1.29±0.12),(1.00±0.00), t=-4.850, P=0.003]和蛋白相对表达水平[(1.90±0.28),(1.00±0.00), t=-5.513, P=0.005]均高于对照组。(5)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 DMR区域3个CpG位点甲基化水平均低于对照组( t=-3.21,-3.00,-3.34,均 P<0.05),分别位于chr1215831028、chr1215831055和chr1215831205;IGF-2 DMR片段甲基化水平低于对照组( t=-3.453, P=0.048);模型组雌性仔鼠甲基转移酶DNMT3A mRNA( t=5.102, P=0.002)、DNMT3A( t=10.213, P<0.001)和DNMT3B( t=4.169, P=0.014)蛋白相对表达水平均低于对照组。 结论:孕期慢性应激致雌性仔鼠出现抑郁、绝望状态,其机制可能与甲基化转移酶表达降低引起印记基因IGF-2 DMR甲基化水平降低有关。
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编辑人员丨5天前
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基于真实世界数据的Ⅲ期胃癌免疫检查点抑制剂联合辅助化疗的中期疗效回顾性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨免疫检查点抑制剂联合辅助化疗对Ⅲ期胃癌和食管胃结合部癌患者的疗效。方法:本研究采用回顾性队列研究方法,基于真实世界的数据,分析2020年1月至2023年12月期间在中山大学肿瘤防治中心胃外科手术并接受术后辅助治疗的403例Ⅲ期胃癌和食管胃结合部癌患者的临床资料,其中ⅢA期患者147例(36.5%),ⅢB期患者130例(32.3%),ⅢC期患者126例(31.3%);人表皮生长因子受体-2(HER-2)阳性患者15例(3.7%);错配修复缺失(dMMR)患者25例(6.2%);EB病毒编码RNA(EBER)阳性患者22例(5.5%)。根据其治疗方案分为免疫抑制剂联合辅助化疗组(免疫治疗组,110例,男性71例,女性39例,中位年龄59岁)和单纯辅助化疗组(单纯化疗组,293例,男性186例,女性107例,中位年龄60岁)。免疫治疗组使用的免疫治疗药物均为程序性细胞死亡蛋白-1(PD-1)及其配体(PD-L1)免疫检查点抑制剂(包括替雷丽珠单抗85例、信迪利单抗10例、特瑞普利单抗8例、纳武利尤单抗4例,卡瑞丽珠单抗2例、帕博丽珠单抗1例);单纯化疗组采用辅助化疗方案包括SOX方案[奥沙利铂+替吉奥(S-1)]132例、XELOX(卡培他滨和奥沙利铂)102例、S-1单药方案44例、其他方案15例。比较两组的3年无病生存率(DFS),并对不同年龄、分子表型、pTNM分期、淋巴结外浸润及肿瘤长径进行亚组分析。结果:中位随访20.5(3.1~46.3)个月,全组403例患者3年总体DFS为61.4%,免疫治疗组的3年DFS为82.7%,优于单纯化疗组(58.8%),差异具有统计学意义( P=0.021);多因素分析显示,术后接受免疫治疗是本组患者DFS的保护性因素(HR=0.352,95%CI:0.180~0.685)。亚组分析显示,ⅢC期(HR=0.416,95%CI:0.184~0.940)、年龄≥60岁(HR=0.336,95%CI:0.121~0.934)、淋巴结结外浸润阳性(HR=0.378,95%CI:0.170~0.839)的患者可从免疫联合辅助化疗中获益(均 P<0.05)。而在不同MMR状态、HER-2和EBER等亚组中,免疫联合辅助化疗的获益并未显示出统计学意义(均 P>0.05)。 结论:在真实世界状态下,Ⅲ期胃癌及食管胃结合部癌患者或可从术后免疫检查点抑制剂联合辅助化疗中获益。
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编辑人员丨5天前
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RNA结合基序蛋白15B对胰腺癌细胞增殖与侵袭功能的影响及其机制
编辑人员丨5天前
目的:观察RNA结合基序蛋白15B(RBM15B)在胰腺癌(PC)的表达并探讨其与胰腺癌细胞增殖、侵袭的关系。方法:通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)技术和蛋白质免疫印迹(Western blot)技术检测RBM15B在80例PC组织、癌旁组织、胰腺癌细胞系(SW1990、HPAFII)和人类正常胰腺细胞(HPDE)中的mRNA和蛋白表达量。实验组转染sh1-RBM15B、sh2-RBM15B,对照组转染sh-NC,获得稳定的敲低RBM15B和对照SW1990细胞系。细胞计数试剂盒(CCK-8)增殖实验、克隆形成实验观察敲低RBM1B的实验组与NC对照组细胞增殖能力;Transwell侵袭实验研究敲低RBM1B的实验组与NC对照组细胞侵袭能力;RNA-seq研究RBM15B涉及的下游信号通路。两组间比较采用独立样本 t检验、 χ2检验。 结果:胰腺癌组织RBM15B的蛋白表达量显著高于癌旁组织(2.87±0.41比1.07±0.38, t=5.623, P<0.01)。RBM15B mRNA表达水平与胰腺癌患者的TNM分期( χ2=4.363, P<0.05),肿瘤直径( χ2=6.626, P<0.05)和淋巴结转移( χ2=4.949, P<0.05)显著相关。胰腺癌细胞系RBM15B蛋白水平显著高于正常胰腺细胞系(SW1990:3.34±0.44;HPAFII:2.76±0.32比HPDE:0.81±0.17, t=6.421、4.779, P<0.01),差异有统计学意义。低表达组SW1990在72 h细胞吸光度值显著低于对照组SW1990的吸光度(1.02±0.11、1.35±0.13比1.96±0.14, t=4.007、3.748, P<0.01)。低表达组SW1990形成的克隆集落数显著少于对照组SW1990数量(64.57±4.77、134.26±10.32比193.74±19.58, t=4.766、3.595, P<0.05)。低表达组SW1990穿过基底膜的细胞数量显著少于对照组SW1990数量(36.48±3.73、47.68±4.29比105.32±13.23, t=7.471、4.617, P<0.05)。RNA-seq富集分析结果提示,差异基因显著富集在Hippo信号通路;低表达组SW1990的Yes相关转录调控因子(YAP)表达水平显著低于对照组SW1990的YAP表达水平(1.78±0.12、1.12±0.09比2.45±0.21, t=5.458、6.897, P<0.01);低表达组SW1990的磷脂-溶血磷脂转酰基酶(TAZ)表达水平显著低于对照组SW1990的TAZ表达水平(1.35±0.08、1.47±0.07比2.13±0.17, t=6.430、3.791, P<0.05)。 结论:RBM15B在PC组织和细胞中相较于癌旁组织和正常胰腺细胞表达明显升高,且与患者TNM分期、肿瘤直径、淋巴结转移显著相关,RBM15B通过Hippo通路促进了其增殖、侵袭能力。
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编辑人员丨5天前
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泛素结合酶2S参与调控黑素瘤行为机制的生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:揭示黑素瘤中可能与泛素结合酶2S(UBE2S)存在相互作用的基因,探讨UBE2S参与调控黑素瘤细胞生物学行为的分子机制。方法:将A375黑素瘤细胞分为基因敲降组和阴性对照组,分别用含LV-UBE2S-RNAi(14011-1)的慢病毒和CON053慢病毒转染细胞构建UBE2S敲降细胞株和阴性对照细胞株。提取两组细胞株RNA,并将其纯化及片段化,与芯片探针杂交洗染获取芯片数据。采用Ingenuity路径分析软件对获得的差异表达基因的芯片数据进行进一步解析,鉴定可能与UBE2S存在相互作用的基因,应用免疫印迹法对UBE2S调控的下游分子进行验证。采用双尾 t检验筛选差异基因。 结果:在基因敲降组与阴性对照组之间共筛选出差异倍数绝对值> 2且 P < 0.05的差异基因512个,其中上调基因247个,下调基因265个。差异基因信息的Ingenuity路径分析结果证实,干扰素信号和肝X受体/视网膜X受体活化通路显著激活,真核起始因子2和核因子κB信号通路则被抑制。预测上游调控因子中IFNA2为强烈激活,核因子κB(复合物)被抑制。综合以上生物信息学分析结果,推测黑素瘤细胞UBE2S基因可通过调节IFITM1、STAT1、ISG15和TNFRSF11B基因的表达发挥功能。免疫印迹显示,A375细胞UBE2S基因敲降前后,IFITM1蛋白均未表达,敲降后ISG15蛋白表达上调19.94倍,STAT1蛋白表达上调1.47倍,TNFRSF11B蛋白表达下调79.1%。 结论:UBE2S可能通过与STAT1、ISG15和TNFRSF11B的相互作用,共同调控黑素瘤肿瘤细胞生物学行为。
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编辑人员丨5天前
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Myod1通过调节lncRNA SNHG15和miR-24-3p对氧糖剥夺SH-SY5Y细胞增殖及凋亡的影响
编辑人员丨3周前
目的:探讨肌源性分化蛋白1(Myod1)对氧糖剥夺(OGD)诱导的SH-SY5Y细胞增殖抑制和凋亡的影响,并阐明其作用机制.方法:采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测正常对照组研究对象和缺血性脑梗死组患者外周血及正常培养的SH-SY5Y细胞(对照组)和OGD细胞模型(OGD组)细胞中Myod1和长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因15(SNHG15)mRNA表达水平.分别采用 si-Myod1、pcDNA3.0-Myod1、si-SNHG15、pcDNA3.0-SNHG15、si-NC、空载质粒(Vector)、miR-NC和miR-24-3p模拟物(miR-mimics)质粒转染SH-SY5Y细胞后,进行OGD处理,将SH-SY5Y细胞分为对照组、OGD组、OGD+Vector组、OGD+Myod1组、OGD+si-NC组、OGD+si-Myod1 组、OGD+si-SNHG15 组、OGD+si-SNHG15+Vector 组、OGD+si-SNHG15+Myod1 组、OGD+miR-NC 组、OGD+miR-mimics 组、OGD+miR-mimics+Vector 组和 OGD+miR-mimics+SNHG15组.采用CCK-8法检测各组细胞活性,采用5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(EdU)染色法检测各组EdU阳性细胞率,采用原位末端转移酶标记(TUNEL)法检测各组TUNEL阳性细胞率,采用W estern blotting法检测各组细胞中裂解的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(cleaved caspase-3)、裂解的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶9(cleaved caspase-9)、B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)和Bcl-2相关X蛋白(Bax)蛋白表达水平.染色质免疫共沉淀(CHIP)法评估Myod1和SNHG15之间的关联.双荧光素酶报告基因实验评估Myod1与SNHG15及SNHG15与miR-24-3p的靶向关系.结果:与正常对照组比较,缺血性脑梗死组患者外周血中Myod1和SNHG15 mRNA表达水平均升高(P<0.05).与对照组比较,OGD组细胞中Myod1和SNHG15 mRNA表达水平均明显升高(P<0.05).与OGD组比较,48和72 h时OGD+Myod1组细胞活性和EdU阳性细胞率均降低(P<0.01),TUNEL阳性细胞率升高(P<0.01);OGD+si-Myod1组细胞活性和EdU阳性细胞率均升高(P<0.01),TUNEL阳性细胞率降低(P<0.01).Myod1可与SNHG15的启动子序列结合.SNHG15 可吸附 miR-24-3p,Myod1 与 SNHG15 及 SNHG15 与 miR-24-3p 存在靶关系.敲低 SNHG15后,与OGD组比较,48和72h时OGD+si-SNHG15组细胞活性和EdU阳性细胞率均升高(P<0.01),TUNEL 阳性细胞率降低(P<0.01),细胞中 Bax、cleaved caspase-3 和 cleaved caspase-9 蛋白表达水平降低(P<0.01),Bcl-2蛋白表达水平升高(P<0.01);与OGD+si-SNHG15组比较,48和72 h时OGD+si-SNHG15+Myod1组细胞活性和EdU阳性细胞率降低(P<0.05),TUNEL阳性细胞率升高(P<0.05),细胞中 Bax、cleaved caspase-3 和 cleaved caspase-9 蛋白表达水平升高(P<0.05),Bcl-2的蛋白表达水平降低(P<0.05).过表达miR-24-3p和SNHG15后,与OGD组比较,48和72 h时OGD+miR-mimics组细胞活性和EdU阳性细胞率升高(P<0.01),TUNEL阳性细胞率降低(P<0.01),细胞中 Bax、cleaved caspase-3 和 cleaved caspase-9 蛋白表达水平降低(P<0.01),Bcl-2 蛋白表达水平升高(P<0.01);与 OGD+miR-mimics 组比较,48 和 72h 时OGD+miR-mimics+SNHG15组细胞活性和EdU阳性细胞率降低(P<0.05),TUNEL阳性细胞率升高(P<0.05),细胞中Bax、cleaved caspase-3和cleaved caspase-9蛋白表达水平升高(P<0.05),Bcl-2蛋白表达水平降低(P<0.05).结论:Myod1可通过与SNHG15启动子区结合进而吸附miRNA-24,促进OGD诱导的SH-SY5Y细胞的增殖抑制和细胞凋亡.
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编辑人员丨3周前
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RNA结合基序蛋白15在脓毒症小鼠心肌中的表达及与中性粒细胞胞外诱捕网的相关性
编辑人员丨2024/7/13
目的 探讨RNA结合基序蛋白 15(RBM15)在脓毒症心肌损伤小鼠中的表达及与中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)的相关性.方法 腹腔注射脂多糖(LPS)建立小鼠脓毒症模型,以生理盐水处理小鼠作为对照组.LPS注射 7d后采用心脏多普勒超声检测小鼠心脏功能;采用HE染色观察脓毒症小鼠心肌损伤情况;免疫荧光染色法检测心肌组织切片中瓜氨酸化组蛋白H3(CitH3)表达水平;ELISA法检测心肌组织中CitH3、中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)和血浆中髓过氧化物酶(MPO)的酶活性;RT-qPCR检测中性粒细胞相关分子[人核因子κB抑制蛋白α(IκBα)、核因子κB(NF-κB)、B-细胞淋巴瘤因子 10(Bcl10)、肽酰基精氨酸脱亚氨酶 4(PAD4)]、RBM15 及N6-甲基腺嘌呤(m6A)甲基化酶[甲基转移酶样 3(METTL3)、甲基转移酶样 14(METTL14)、肾母细胞瘤1 关联蛋白(WTAP)、KIAA1429].Western blot检测中性粒细胞相关分子IκBα、核因子κB/p65(NF-κB/p65)、核因子κB/p50(NF-κB/p50)、Bcl10、PAD4、RBM15 及m6A甲基化酶METTL3、METTL14、WTAP、KIAA1429.结果 心脏多普勒超声检测小鼠心脏功能结果显示,与对照组相比,实验组小鼠左心室射血分数(LVEF)、短轴缩短率(FS)均降低(P均<0.001);HE染色结果显示,对照组小鼠心肌组织结构正常,实验组小鼠心肌部分断裂,可见炎性细胞浸润,细胞水肿;免疫荧光染色结果显示,实验组CitH3 荧光强度增强,表达上调(P<0.05);ELISA结果显示,与对照组相比,脓毒症小鼠心肌组织中NETs相关分子CitH3、NE及血浆中MPO均升高(P均<0.01);RT-qPCR结果显示,与对照组相比,实验组Bcl10(P=0.960)、PAD4(P=0.324)、METTL14(P=0.592)、WTAP(P=0.505)mRNA表达水平差异均无统计学意义,IκBα(P<0.01)、NF-κB(p65/p50)(P<0.05)、RBM15(P<0.05)mRNA表达水平上升,METTL3(P<0.05)、KIAA1429(P<0.05)mRNA表达水平均降低;Western blot结果显示,与对照组相比,IκBα(P=0.171)、NF-κB/p65(P=0.191)、NF-κB/p50(P=0.063)、PAD4(P=0.687)、RBM15(P=0.176)、METTL3(P=0.430)、METTL14(P=0.089)、KIAA1429(P=0.238)蛋白表达水平差异均无统计学意义,WTAP蛋白表达水平升高(P<0.05),Bcl10 蛋白表达水平降低(P<0.05).RBM15 mRNA表达水平与CitH3(r=0.631,P=0.011)水平呈正相关性,与MPO(r=0.318,P=0.114)及NE(r=0.099,P=0.410)水平无相关性.结论 RBM15、NETs在脓毒症心肌损伤中表达上调,且RBM15 与NETs相关分子CitH3 具有正相关性,RBM15 可能通过调节NETs相关分子参与脓毒症心肌损伤.
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编辑人员丨2024/7/13
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榅桲总多酚通过PI3K/Akt/mTOR通路影响肾癌细胞增殖和迁移
编辑人员丨2024/4/27
通过网络药理学与生物信息学及实验验证相结合的方法来阐明榅桲总多酚(total polyphenols of Cydonia oblonga Mil-ler,TPCOM)抗肾癌的作用机制.通过网络药理学筛选榅桲活性多酚类化合物和肾癌相关的靶点.通过对Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中肾癌患者肿瘤组织和正常组织RNA测序数据进行差异表达基因分析,结合网络药理学预测结果和差异表达基因分析获得TPCOM作用于肾癌的核心基因,结合生存分析找出能够影响患者生存的关键靶点,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析.采用 20~640μg·mL-1 TPCOM 处理 786-O 和 Renca 细胞进行 cell counting kit-8(CCK-8)实验,40、80、160 μg·mL-1 TPCOM 处理肾癌细胞,检测TPCOM对肾癌细胞迁移和肾癌细胞中蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)和磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)信号通路相关蛋白表达水平的调控作用.通过网络药理学预测获得8个榅桲多酚类活性化合物,通过生存分析获得TPCOM发挥抗肾癌作用的15个显著影响患者生存的肾癌差异表达基因.KEGG和GO分析结果显示以上15个靶点主要与PI3K/Akt信号通路、细胞迁移和增殖等生物过程有关.结果显示TP-COM 能够抑制786-O和Renca细胞的增殖,IC50分别为121.4、137.9 μg·mL-1.TPCOM能够抑制786-O和Renca细胞的迁移,能够抑制PI3K/Akt/mTOR信号通路.榅桲总多酚可能通过抑制PI3K/Akt/mTOR信号通路的激活从而抑制肾癌细胞的增殖和迁移来发挥抗肾癌作用.该研究为新疆天然产物榅桲的抗肿瘤作用研究提供一定的研究基础,对进一步推动新疆榅桲的开发和利用具有拓展和补充意义.
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编辑人员丨2024/4/27
