目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法:本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组：正常组织、非小细胞肺癌组织，通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达；通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布，使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析)，组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系，通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。 t检验(或Wilcoxon秩和检验)和 χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。 结果:与对照细胞比较，NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04)， χ2＝6.370， P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02)， χ2＝1.240， P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝5.360， P<0.05]的表达下调表达；NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高，在基因间区降低( χ2＝3.140， P<0.05)；NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B)；NSCLC组与对照组比较，组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35)， χ2＝8.730， P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58)， χ2＝5.470， P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05)， χ2＝7.420， P<0.05]，H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34)， χ2＝5.380， P<0.05]，H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54)， χ2＝9.270， P<0.05]，H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88)， χ2＝1.690， P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94)， χ2＝3.450， P<0.05])降低；NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01)， χ2＝5.430， P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11)， χ2＝7.890， P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05)， χ2＝1.360， P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08)， χ2＝5.440， P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝3.270， P<0.05]下调表达( P<0.05)。 结论:组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关，组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响，甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。

目的:利用生物信息学方法对肾透明细胞癌(ccRCC)患者进行铁死亡相关亚型分析，筛选与预后显著相关的铁死亡相关基因，并建立列线图。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载具有临床数据的526例ccRCC和72例癌旁正常组织的转录组数据及临床数据，数据提取时间为建库起至2020年11月5日。采用围绕中心点划分(PAM)算法确定亚型数量。采用基因本体数据库(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析探索潜在功能与通路。采用单因素Cox、Kaplan-Meier生存曲线分析及最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)回归分析和多因素Cox分析筛选ccRCC铁死亡相关基因，并建立列线图。结果:共确定了4种ccRCC铁死亡相关亚型，分别为cluster1~4。富集分析发现亚型特征基因与细胞免疫、肿瘤微环境密切相关。筛选得到了10个ccRCC铁死亡相关基因(HMOX1、MT1G、CHAC1、LURAP1L、CXCL2、RRM2、TRIB3、DUSP1、GABARAPL1、ALOX12B)。建立了包含年龄、M分期、病理分期、组织分级和风险评分的列线图，列线图的1、3、5年的受试者工作特征(ROC)曲线下面积分别为0.858、0.809、0.774。结论:确定4种ccRCC铁死亡相关亚型，亚型分型与患者临床预后相关。研究所建立的列线图对ccRCC患者预后有较好的预测能力，模型的ccRCC铁死亡相关基因可作为研究ccRCC发病机制和靶向治疗的靶点。

目的:探讨拓扑异构酶Ⅱα(TopoⅡα)和核糖核苷酸还原酶亚基M1(RRM1)与吡柔比星、吉西他滨药物治疗非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)中的效果。方法:选取2018年1月至2021年1月在本院收治的85例NMIBC患者的临床资料，根据不同化疗药物行膀胱灌注治疗将患者分为吡柔比星组(45例)和吉西他滨组(40例)。通过转染TopoⅡα shRNA质粒在BIU-87细胞中敲除TopoⅡα(TopoⅡα shRNA组)，并以未转染TopoⅡα shRNA质粒的BIU-87细胞作为对照(BIU-87对照组)；通过转染RRM1 cDNA质粒在KK47细胞中过表达RRM1(PCDNA RRM1组)，并以未转染RRM1 cDNA质粒的KK47细胞作为对照(KK47对照组)。采用免疫组化技术检测组织中的蛋白表达，采用逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)和Western blot法检测细胞内的mRNA和蛋白水平。采用MTT法检测细胞的半抑制浓度值。结果:在吡柔比星组中，TopoⅡα高表达患者的复发率为25%，而TopoⅡα低表达患者的复发率为61.5%( P<0.05)。吉西他滨组中，RRM1高表达的复发率为66.7%，而低表达的复发率为27.3%( P<0.05)。BIU-87细胞系中TopoⅡα、RRM1的mRNA和蛋白水平均高于KK47细胞系中水平( P＝0.024、0.031)。与BIU-87对照组比较，TopoⅡα shRNA组的TopoⅡα mRNA和蛋白水平显著降低( P＝0.012)；与KK47对照组比较，PCDNA RRM1组的RRM1 mRNA和蛋白水平均升高( P＝0.028)。吡柔比星对BIU-87和KK47细胞系的IC50值分别为(0.84±0.22)μg/mL和(1.82±0.31)μg/mL。吉西他滨对BIU-87和KK47细胞系的IC50值分别为(4.94±0.31)μg/mL和(3.45±0.32)μg/mL。 结论:TopoⅡα高表达或RRM1低表达可以预测吡柔比星或吉西他滨对NMIBC治疗的敏感性，对临床上选择更有效的化疗药物治疗NMIBC具有指导意义。

目的:探讨 RRM2B基因突变致线粒体DNA耗竭综合征(mitochondrial DNA depletion syndrome，MDDS)的临床特征及遗传信息。 方法:对可疑患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异，Sanger测序进行家系验证，同时采用ClinVar数据库和REVEL等软件预测核苷酸、氨基酸变异对蛋白功能的影响。通过文献检索，对已报道的 RRM2B基因突变患者的遗传资料进行分析，并对 RRM2B基因突变的类型和频率进行评估。 结果:患儿，女，6个月24天，临床上表现为发育倒退、肌张力低下、呼吸衰竭、腹泻等症状，实验室检查提示乳酸酸中毒、肌酶增高，测序结果显示患儿 RRM2B基因存在c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)复合杂合突变，分别遗传自其母亲和父亲，患儿哥哥临床症状相同，也同样携带该基因复合杂合突变。文献数据库未见c.125T>G(p.Phe42Cys)位点变异的相关文献报道，2022年有1例报道c.175G>C (p.Ala59Pro)位点突变，根据美国医学遗传学与基因组学学会指南，判定为可能致病性变异。 RRM2B基因突变目前报道共105例患者62种变异(包含本研究纳入的2例患者)，外显子E6和E9是突变热点，突变类型以错义突变多见。 结论:RRM2B基因c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)杂合突变是导致MDDS的突变位点，本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传性病因认识，同时扩展了 RRM2B基因变异谱。

免疫调节剂来那度胺是治疗多发性骨髓瘤（MM）的主要药物，并且与其他药物如蛋白酶体抑制剂和皮质类固醇的联合应用可以诱导大多数患者缓解，然而几乎所有患者都会因多发性骨髓瘤细胞获得性耐药而复发。为探究耐药的非遗传机制，该研究纳入了5例具有纵向骨髓样本的患者，4例在来那度胺治疗期间进展，1例在来那度胺治疗后进展，收集5例患者治疗前和复发时的骨髓样本，进行基于串联质谱标记技术（TMT）的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析和RNA测序。通过蛋白质定量组学分析，该研究发现，与治疗前样本相比，复发组中前6位上调的蛋白分别是TRIP13、RRM1、NCAPD2、NCAPH、MORF4L1和CKD6。磷酸化蛋白质组学分析发现134个显著变化磷酸化肽段，仅15个的蛋白表达发生变化，说明大多数磷酸化水平发生变化的位点其蛋白质表达水平并未改变。通过对5对样本进行RNA测序发现，在上调最高的蛋白中，有丝分裂调节蛋白TRIP13和NCAPH的RNA/蛋白表达Pearson相关系数最高为0.84，其次是NCAPD2（0.67）、RRM1（0.6）和CDK6（0.39）。在MM中，蛋白质和RNA的低相关性意味着高程度的转录和翻译后调控。

目的:筛选乙型肝炎相关性肝细胞癌发生和发展的枢纽基因，并进行验证和生物学功能分析。以评估枢纽基因在肝细胞癌患者表达量的变化及其预后价值。方法:从GEO数据库中搜索并下载乙型肝炎相关性肝细胞癌患者基因表达数据GSE121248，通过R语言比较肝癌组织和癌旁组织基因表达的差异，并对差异基因进行KEGG和GO功能富集分析。通过在线工具STRING和Cytoscape软件绘制PPI和筛选枢纽基因。以TCGA和GTEx中的369例肝细胞癌患者和160名健康对照为验证队列验证枢纽基因的表达量，绘制Kaplan-Meier图评估枢纽基因的预后价值。结果:共筛选出差异基因120个，其中89上调个，31下调个。差异基因主要富集于视黄醇代谢、细胞色素P450代谢、p53信号通路相关代谢途径中，通过Cytoscape的CytoHubba插件筛选前10个差异基因为枢纽基因，验证队列中CCNB1、CDK1、RRM2和TOP2A 4种基因表达量具有显著差异，4种基因均为上调基因。生存分析显示4种基因表达量升高的患者预后较差，结果存在统计学差异。结论:CCNB1、CDK1、RRM2和TOP2A 4种基因在HBV-肝细胞癌患者中表达量升高，并与患者较短生存期相关，是潜在的诊断、预后和治疗的靶标。

目的:高通量筛选三阴型乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）预后相关的重要分子标志物，探讨纺锤体检测点蛋白BUB1B表达与TNBC临床病理特征及预后相关性。方法:收集2009—2017年四川大学华西医院诊断TNBC的临床病理资料和预后信息。选取符合纳入标准的新鲜样本47例，肿瘤原发灶石蜡样本139例。对新鲜肿瘤样本进行转录组测序（RNA-seq）与基因表达综合数据库（gene expression omnibus，GEO）数据集GSE38959和GSE65194差异分析并取交集，进行富集分析和蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）分析。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析目的基因的表达水平与TNBC预后的关系。采用免疫组织化学染色验证其在TNBC中的表达情况及与临床病理特征和预后的相关性。结果:利用edgeR对47例TNBC肿瘤组织与其中12例正常组织进行差异分析得到1 559个上调基因和1 376个下调基因，与GEO2R对GSE38959和GSE65194差异分析后的差异基因取交集后得到131个基因。富集分析主要富集在细胞周期、JAK-STAT信号通路、p53信号通路。利用Cytoscape分析得到Degree最高的10个基因：TOP2A、BUB1B、MKI67、PLK1、RRM2、PCNA、KPNA2、SMC4、PBK、IGF1。Kaplan-Meier Plotter数据库中分析发现BUB1B表达与TNBC预后显著相关［总生存期，HR=0.52，95% CI（0.35~0.77）， P=0.001；无远处转移生存期，HR=0.72，95% CI（0.52~0.98）， P=0.038］。139例肿瘤原发灶石蜡样本免疫组织化学的结果显示BUB1B低表达与TNBC预后不良具有显著相关性［HR=0.41，95% CI（0.18~0.95）， P=0.024］。 结论:BUB1B蛋白低表达与TNBC预后不良相关，其预后相关分子机制和潜在治疗靶点有待进一步研究。

目的:探讨1个线粒体DNA耗竭综合征8A型家系的临床特点和致病基因。方法:对患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异，Sanger测序进行家系验证，并用PolyPhen-2与PROVEAN软件预测氨基酸变异对蛋白功能的影响。结果:患儿，女，2个月4天，临床表现为喂养困难、呼吸急促、肌张力低下等，实验室辅助检查提示患儿发育落后，肝脏、肾脏和心脏功能均异常，并伴有高乳酸血症，因治疗效果差于3月龄时死亡。测序结果显示患儿的 RRM2B基因存在c.16delA(p.R6Gfs*22)和c.175G>C(p.A59P)复合杂合变异，分别遗传自其父亲和母亲，均为新鉴定的致病性变异。 结论:RRM2B基因的c.16delA(p.R6Gfs*22)和c.175G>C(p.A59P)的复合杂合变异可能是线粒体DNA缺失综合征8A型的致病基因，本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传学病因认识，同时扩展了 RRM2B基因变异谱。

目的:采用基因表达汇编（GEO）数据库中转录组数据筛选和分析滤泡性淋巴瘤的关键基因。方法:通过GEO数据库收集转录组数据集GSE32018和GSE55267。使用R软件行差异分析，筛选差异表达基因，FunRich 3.13软件分析共同差异基因，Cytoscape 3.7.2软件进行滤泡性淋巴瘤相关生物过程和通路分析，筛选与滤泡性淋巴瘤相关的潜在基因，通过分析Oncomine数据库的临床数据进行生存分析，验证所筛选的差异基因。结果:通过对GSE32018和GSE55267数据集的差异分析，确定141个上调基因和199个下调基因，其中筛选出12个关键基因，即CXCL8、KRT19、CYCS、CDKN3、SFN、RRM2、FN1、APOE、CXCL12、VWF、GATA3、TIMP1，其中CYCS、CXCL8和CXCL12与患者早期生存率的关联最为明显。CXCL12过表达和CYCS低表达与患者不良预后相关；CXCL8在淋巴瘤组织中表达下降，但生存分析中其相对高表达患者出现总生存期缩短的现象，可能与滤泡性淋巴瘤早期发展相关。筛选出GO、KEGG及Reactome通路，分别为GO：0001892、KEGG：04115、R-HSA：2559582、GO：0060968、R-HSA：6785807、GO：0043627、GO：0001936、GO：0043062。结论:筛选出的基因CYCS、CXCL8和CXCL12可能为滤泡性淋巴瘤的治疗研究提供更有效的生物标志物。