目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象，基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者，在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养，成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果，分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株，LVX单耐药(LVX组)10株，克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株，克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株，总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序，与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对，分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况，筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对，共检出223个耐药相关基因，其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个，LVX组LVX单耐药相关基因24个，双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个，LVX单耐药相关基因14个，双重耐药相关基因12个；全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个，LVX单耐药相关基因17个，双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中，红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2＝5.79， P＝0.049)；红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)]，差异有统计学意义( χ2＝6.14， P＝0.013)，游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2＝8.97， P＝0.030)。LVX单耐药相关基因中，喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)]，差异有统计学意义( χ2＝5.01， P＝0.025)； qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2＝10.17， P＝0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个，11个比23个)，差异有统计学意义( χ2＝11.87、5.80， P＝0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2＝10.26， P＝0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因， qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用，其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。

目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:探讨拓扑异构酶Ⅱα(TopoⅡα)和核糖核苷酸还原酶亚基M1(RRM1)与吡柔比星、吉西他滨药物治疗非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)中的效果。方法:选取2018年1月至2021年1月在本院收治的85例NMIBC患者的临床资料，根据不同化疗药物行膀胱灌注治疗将患者分为吡柔比星组(45例)和吉西他滨组(40例)。通过转染TopoⅡα shRNA质粒在BIU-87细胞中敲除TopoⅡα(TopoⅡα shRNA组)，并以未转染TopoⅡα shRNA质粒的BIU-87细胞作为对照(BIU-87对照组)；通过转染RRM1 cDNA质粒在KK47细胞中过表达RRM1(PCDNA RRM1组)，并以未转染RRM1 cDNA质粒的KK47细胞作为对照(KK47对照组)。采用免疫组化技术检测组织中的蛋白表达，采用逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)和Western blot法检测细胞内的mRNA和蛋白水平。采用MTT法检测细胞的半抑制浓度值。结果:在吡柔比星组中，TopoⅡα高表达患者的复发率为25%，而TopoⅡα低表达患者的复发率为61.5%( P<0.05)。吉西他滨组中，RRM1高表达的复发率为66.7%，而低表达的复发率为27.3%( P<0.05)。BIU-87细胞系中TopoⅡα、RRM1的mRNA和蛋白水平均高于KK47细胞系中水平( P＝0.024、0.031)。与BIU-87对照组比较，TopoⅡα shRNA组的TopoⅡα mRNA和蛋白水平显著降低( P＝0.012)；与KK47对照组比较，PCDNA RRM1组的RRM1 mRNA和蛋白水平均升高( P＝0.028)。吡柔比星对BIU-87和KK47细胞系的IC50值分别为(0.84±0.22)μg/mL和(1.82±0.31)μg/mL。吉西他滨对BIU-87和KK47细胞系的IC50值分别为(4.94±0.31)μg/mL和(3.45±0.32)μg/mL。 结论:TopoⅡα高表达或RRM1低表达可以预测吡柔比星或吉西他滨对NMIBC治疗的敏感性，对临床上选择更有效的化疗药物治疗NMIBC具有指导意义。

目的:探讨 RRM2B基因突变致线粒体DNA耗竭综合征(mitochondrial DNA depletion syndrome，MDDS)的临床特征及遗传信息。 方法:对可疑患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异，Sanger测序进行家系验证，同时采用ClinVar数据库和REVEL等软件预测核苷酸、氨基酸变异对蛋白功能的影响。通过文献检索，对已报道的 RRM2B基因突变患者的遗传资料进行分析，并对 RRM2B基因突变的类型和频率进行评估。 结果:患儿，女，6个月24天，临床上表现为发育倒退、肌张力低下、呼吸衰竭、腹泻等症状，实验室检查提示乳酸酸中毒、肌酶增高，测序结果显示患儿 RRM2B基因存在c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)复合杂合突变，分别遗传自其母亲和父亲，患儿哥哥临床症状相同，也同样携带该基因复合杂合突变。文献数据库未见c.125T>G(p.Phe42Cys)位点变异的相关文献报道，2022年有1例报道c.175G>C (p.Ala59Pro)位点突变，根据美国医学遗传学与基因组学学会指南，判定为可能致病性变异。 RRM2B基因突变目前报道共105例患者62种变异(包含本研究纳入的2例患者)，外显子E6和E9是突变热点，突变类型以错义突变多见。 结论:RRM2B基因c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)杂合突变是导致MDDS的突变位点，本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传性病因认识，同时扩展了 RRM2B基因变异谱。

目的:调控Klotho基因观察草酸钙晶体对小鼠氧化损伤、细胞凋亡及晶体黏附的影响。方法:选取新疆医科大学动物实验室8周龄C57BL/6雄性小鼠30只，构建过表达/沉默Klotho基因小鼠肾结石模型，将模型简单随机抽样法分为分为对照组(Ctrl)组( n＝6)、草酸钙结石模型(Model)组( n＝6)、模型+生理盐水(Model+Vector)组( n＝6)、基因沉默+模型(shKlotho+Model)组( n＝6)和基因过表达+模型(Klotho+Model)组( n＝6)。应用免疫印迹实验(Western blot)和聚合酶链反应(PCR)检测蛋白级信使RNA(mRNA)的表达；酶联免疫测定(ELISA)检测氧化应激蛋白水平。苏木精-伊红(HE)色观察肾脏病理改变，风库萨(Von Kossa)染色观察肾脏草酸钙晶体黏附情况。脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法(TUNEL)法检测肾组织细胞凋亡。两组间统计学差异采用 t检验，多组间统计学差异采用单因素方差分析。 结果:本课题组在体内建立了小鼠草酸钙结石模型，并通过Von Kossa染色验证模型。Model组血清中过氧化氢酶(CAT)[(6.25±0.84) U/ml比(9.55±1.42) U/ml]、谷胱甘肽(GSH)[(4.83±0.64) mg/L比(8.05±0.89) mg/L]、血红素氧化酶(HO-1)[(0.79±0.08) ng/ml比(1.44±0.18) ng/ml]的表达显著下降，乳酸脱氢酶(LDH)[(353.89±51.37) U/L比(179.07±25.87) U/L]的表达显著上升，Ctrl组则相反，差异有统计学意义( F＝25.785、39.313、38.321、139.411， P<0.01)。HE和Von Kossa染色发现，Model组部分肾小管变性坏死，Klotho+Model组草酸钙晶体的沉积与黏附面积小于shKlotho+Model组[(9.50±0.54)%比(2.16±0.75)%]。TUNEL染色结果显示，Model组小鼠肾组织中凋亡情况显著增加(9.67±0.81)。shKlotho+Model组细胞凋亡水平明显高于Klotho+Model组[(13.33±0.52)%比(3.83±0.75)%， F＝303.615， P<0.01]。Model组细胞凋亡关键蛋白半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3的mRNA及蛋白表达显著上调[(2.15±0.29) ng/ml]，B淋巴细胞瘤2(bcl-2)的mRNA表达显著下调[(0.48±0.05) U/L]。shKlotho+Model组氧化应激关键蛋白核因子E2相关因子(Nrf2)[(0.24±0.05) U/L比(1.06±0.10) U/L]，HO-1[(0.24±0.04) U/L比(1.05±0.10) U/L]，昆氧化还原酶(NQO-1)[(0.28±0.03) U/L比(1.01±0.11) U/L]的mRNA及蛋白水平低于Klotho+Model组( F＝139.461、140.063、115.110， P<0.01)。 结论:Klotho通过Keap1-Nrf2-ARE信号通路抑制草酸钙结石小鼠的氧化损伤、细胞凋亡及晶体黏附。

目的 探讨DnaJ热休克蛋白家族成员C9(DNAJC9)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达、预后、甲基化情况及与肿瘤免疫浸润的关系.方法 利用肿瘤基因组计划(TCGA)中LUAD的表达及临床数据分析DNAJC9的差异表达及预后价值.采用免疫组化法检测40例LUAD患者的癌组织及配对正常组织DNAJC9的蛋白表达;利用UALCAN数据库及TCGA Wanderer数据库对DNAJC9启动子区域甲基化位点进行分析;利用TIMER数据库和单样本基因集富集分析(ssGSEA)对DNAJC9表达与LUAD免疫浸润水平的关系进行分析;根据String数据库分析与DNAJC9相互作用的蛋白,利用FUNRICH富集分析工具对这些基因进行功能富集分析.结果 DNAJC9在LUAD组织中的表达水平高于正常组织,差异有统计学意义(P＜0.01).免疫组化法显示,DNAJC9蛋白在LUAD组织中的表达率为80.0％(32/40),高于癌旁组织的45.0％(18/40),差异有统计学意义(P＜0.05).高表达患者的总生存率、无疾病生存率和无进展生存率均低于低表达者,差异有统计学意义(P＜0.05).DNAJC9的表达与是否存在TP53突变显著相关(P＜0.05).DNAJC9基因启动子区域甲基化水平在肿瘤组织中低于正常组织,且和该基因序列表达相关的甲基化位点与其表达水平呈负相关(P＜0.05).DNAJC9表达与LUAD免疫细胞浸润水平相关.蛋白相互作用网络分析发现,微小染色体维持复合物成分6(MCM6)、核糖核苷酸还原酶催化亚基M1(RRM1)、核自身抗原精子蛋白(NASP)、皮瓣结构特异性内切酶(FEN1)、脱氧尿苷三磷酸酶(DUT)、复制因子C亚基4(RFC4)、序列相似的家族149成员B1(FAM149B1)、MutS同源2(MSH2)、染色体的结构维持2(SMC2)、小染色体维持复合体成分2(MCM2)等蛋白与DNAJC9密切相关.富集分析显示,这些基因参与DNA合成、G2/M检查点等信号通路及多种致癌过程.结论 DNAJC9的低甲基化水平使DNAJC9在LUAD组织中呈高表达,其高表达提示预后不良,与免疫细胞的浸润相关.

目的:探讨核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)在小脑髓母细胞瘤中的功能和机制.方法:分析GEO数据库中髓母细胞瘤患者的生存和RRM2表达水平的关系.通过免疫组化并结合数据库分析RRM2在小脑髓母细胞瘤和正常小脑组织中的表达.分别通过CCK-8细胞增殖实验、Transwell实验、流式细胞术检测RRM2对小脑髓母细胞瘤细胞系Daoy和D283的增殖、迁移、细胞周期和凋亡的调控作用.通过转录组测序(RNA-seq)探索下游分子机制.采用配对t检验和独立样本t检验进行统计学分析.结果:通过GEO数据库分析发现高表达RRM2的髓母细胞瘤患者相较于低表达组的总生存期更短、预后更差(P<0.05).免疫组化及数据库分析结果显示RRM2在小脑髓母细胞瘤中的表达明显高于正常小脑组织(P<0.05).与对照组比较,CCK-8细胞增殖实验、Transwell实验提示过表达RRM2促进肿瘤细胞增殖和迁移(P<0.05),敲低RRM2减少肿瘤细胞增殖和迁移(P<0.05);过表达RRM2能够明显增加S期的细胞比例(P<0.05),且明显减少细胞凋亡(P<0.05).RNA-seq结果显示敲低RRM2后有3454个基因表达上调,3332个基因表达下调.KEGG分析显示RRM2敲低后多个信号通路受到影响,包括FOXO、细胞周期、核糖体生物合成等.结论:RRM2在小脑髓母细胞瘤中高表达且与预后不良有关,其具有促进小脑髓母细胞瘤细胞增殖、迁移,减少细胞凋亡的能力.

目的 探讨胰腺癌组织中RRM1、hENT1的表达及其与吉西他滨化疗敏感性的关系.方法 对12例胰腺癌患者在化疗前以免疫组化染色法检测核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)、核苷转运载体(hENT1)表达,后行吉西他滨化疗,3个月后评价疗效.结果 RRM1阴性患者的RR显著优于RRM1阳性者,hENT1阳性患者的RR显著优于阴性者(P＜0.05).结论 胰腺癌患者肿瘤组织中RRM1、hENT1表达可能成为预测吉西他滨化疗效果的指标,为选择最佳化疗方案提供理论依据.

目的 通过观察针灸对环磷酰胺(CTX)化疗后小鼠骨髓中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)以及核糖核苷酸还原酶1(RRM1)的调节作用,探讨针灸改善化疗后小鼠骨髓抑制的分子生物学机制.方法 选取清洁级雄性(KM)小鼠40只,随机分为空白组、模型组、针刺组、艾灸组,每组10只.针刺组、艾灸组选取“大椎”、“膈俞”、“肾俞”和“足三里”分别进行针刺、艾灸治疗,每天1次,连续治疗5天,空白组、模型组每日陪同固定,不做任何治疗.各组小鼠于第6天取股骨ELISA法检测骨髓中ERCCI和RRMI的含量.结果 针刺和艾灸可以明显上调CTX模型小鼠骨髓细胞DNA修复基因的表达,促进骨髓细胞DNA损伤的核苷酸切除修复,从而减轻CTX造成的骨髓抑制.结论 针灸可以促进骨髓细胞DNA的核苷酸切除修复的能力,保护因化疗引起的骨髓造血细胞损伤,应该是针灸改善小鼠化疗所致骨髓抑制,保护骨髓造血功能的重要机制之一.

目的 研究核糖核苷酸还原酶亚单位M2(RRM2)基因在人胃癌MKN-45细胞增殖、侵袭、耐药中的作用,并初步探讨其可能的机制.方法 设计两组靶向RRM2基因的小干扰RNA,分别转染胃癌细胞MKN-45以抑制RRM2基因的表达,并同时设立阴性对照组(NC组)及未转染组.转染后琼脂糖电泳检测各组细胞RRM2基因表达,Western-blot检测各组细胞RRM2蛋白表达.CCK-8法对各组细胞增殖能力进行检测.不同浓度顺铂处理各组细胞进行耐药能力检测.采用Transwell小室对各组细胞侵袭能力进行检测.结果 琼脂糖电泳及Western-blot检测显示转染RRM2-siRNA后,RRM2在基因水平及蛋白水平表达均明显下调.转染RRM2-siRNA的人胃癌MKN-45细胞的增殖能力、侵袭能力均显著低于未转染组及NC组(P<0.05),转染组顺铂IC50分别为0.081μg/mL及0.079μg/mL,明显低于未转染组(0.14μg/mL)及NC组(0.136μg/mL)(P<0.01).结论 RRM2基因具有促进胃癌细胞增殖、侵袭的作用,并与顺铂耐药相关.