目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法:本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组：正常组织、非小细胞肺癌组织，通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达；通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布，使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析)，组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系，通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。 t检验(或Wilcoxon秩和检验)和 χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。 结果:与对照细胞比较，NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04)， χ2＝6.370， P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02)， χ2＝1.240， P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝5.360， P<0.05]的表达下调表达；NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高，在基因间区降低( χ2＝3.140， P<0.05)；NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B)；NSCLC组与对照组比较，组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35)， χ2＝8.730， P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58)， χ2＝5.470， P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05)， χ2＝7.420， P<0.05]，H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34)， χ2＝5.380， P<0.05]，H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54)， χ2＝9.270， P<0.05]，H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88)， χ2＝1.690， P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94)， χ2＝3.450， P<0.05])降低；NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01)， χ2＝5.430， P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11)， χ2＝7.890， P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05)， χ2＝1.360， P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08)， χ2＝5.440， P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝3.270， P<0.05]下调表达( P<0.05)。 结论:组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关，组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响，甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。

目的:利用生物信息学方法对肾透明细胞癌(ccRCC)患者进行铁死亡相关亚型分析，筛选与预后显著相关的铁死亡相关基因，并建立列线图。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载具有临床数据的526例ccRCC和72例癌旁正常组织的转录组数据及临床数据，数据提取时间为建库起至2020年11月5日。采用围绕中心点划分(PAM)算法确定亚型数量。采用基因本体数据库(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析探索潜在功能与通路。采用单因素Cox、Kaplan-Meier生存曲线分析及最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)回归分析和多因素Cox分析筛选ccRCC铁死亡相关基因，并建立列线图。结果:共确定了4种ccRCC铁死亡相关亚型，分别为cluster1~4。富集分析发现亚型特征基因与细胞免疫、肿瘤微环境密切相关。筛选得到了10个ccRCC铁死亡相关基因(HMOX1、MT1G、CHAC1、LURAP1L、CXCL2、RRM2、TRIB3、DUSP1、GABARAPL1、ALOX12B)。建立了包含年龄、M分期、病理分期、组织分级和风险评分的列线图，列线图的1、3、5年的受试者工作特征(ROC)曲线下面积分别为0.858、0.809、0.774。结论:确定4种ccRCC铁死亡相关亚型，亚型分型与患者临床预后相关。研究所建立的列线图对ccRCC患者预后有较好的预测能力，模型的ccRCC铁死亡相关基因可作为研究ccRCC发病机制和靶向治疗的靶点。

目的:探讨 RRM2B基因突变致线粒体DNA耗竭综合征(mitochondrial DNA depletion syndrome，MDDS)的临床特征及遗传信息。 方法:对可疑患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异，Sanger测序进行家系验证，同时采用ClinVar数据库和REVEL等软件预测核苷酸、氨基酸变异对蛋白功能的影响。通过文献检索，对已报道的 RRM2B基因突变患者的遗传资料进行分析，并对 RRM2B基因突变的类型和频率进行评估。 结果:患儿，女，6个月24天，临床上表现为发育倒退、肌张力低下、呼吸衰竭、腹泻等症状，实验室检查提示乳酸酸中毒、肌酶增高，测序结果显示患儿 RRM2B基因存在c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)复合杂合突变，分别遗传自其母亲和父亲，患儿哥哥临床症状相同，也同样携带该基因复合杂合突变。文献数据库未见c.125T>G(p.Phe42Cys)位点变异的相关文献报道，2022年有1例报道c.175G>C (p.Ala59Pro)位点突变，根据美国医学遗传学与基因组学学会指南，判定为可能致病性变异。 RRM2B基因突变目前报道共105例患者62种变异(包含本研究纳入的2例患者)，外显子E6和E9是突变热点，突变类型以错义突变多见。 结论:RRM2B基因c.125T>G(p.Phe42Cys)和c.175G>C (p.Ala59Pro)杂合突变是导致MDDS的突变位点，本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传性病因认识，同时扩展了 RRM2B基因变异谱。

目的:筛选乙型肝炎相关性肝细胞癌发生和发展的枢纽基因，并进行验证和生物学功能分析。以评估枢纽基因在肝细胞癌患者表达量的变化及其预后价值。方法:从GEO数据库中搜索并下载乙型肝炎相关性肝细胞癌患者基因表达数据GSE121248，通过R语言比较肝癌组织和癌旁组织基因表达的差异，并对差异基因进行KEGG和GO功能富集分析。通过在线工具STRING和Cytoscape软件绘制PPI和筛选枢纽基因。以TCGA和GTEx中的369例肝细胞癌患者和160名健康对照为验证队列验证枢纽基因的表达量，绘制Kaplan-Meier图评估枢纽基因的预后价值。结果:共筛选出差异基因120个，其中89上调个，31下调个。差异基因主要富集于视黄醇代谢、细胞色素P450代谢、p53信号通路相关代谢途径中，通过Cytoscape的CytoHubba插件筛选前10个差异基因为枢纽基因，验证队列中CCNB1、CDK1、RRM2和TOP2A 4种基因表达量具有显著差异，4种基因均为上调基因。生存分析显示4种基因表达量升高的患者预后较差，结果存在统计学差异。结论:CCNB1、CDK1、RRM2和TOP2A 4种基因在HBV-肝细胞癌患者中表达量升高，并与患者较短生存期相关，是潜在的诊断、预后和治疗的靶标。

目的:高通量筛选三阴型乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）预后相关的重要分子标志物，探讨纺锤体检测点蛋白BUB1B表达与TNBC临床病理特征及预后相关性。方法:收集2009—2017年四川大学华西医院诊断TNBC的临床病理资料和预后信息。选取符合纳入标准的新鲜样本47例，肿瘤原发灶石蜡样本139例。对新鲜肿瘤样本进行转录组测序（RNA-seq）与基因表达综合数据库（gene expression omnibus，GEO）数据集GSE38959和GSE65194差异分析并取交集，进行富集分析和蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）分析。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析目的基因的表达水平与TNBC预后的关系。采用免疫组织化学染色验证其在TNBC中的表达情况及与临床病理特征和预后的相关性。结果:利用edgeR对47例TNBC肿瘤组织与其中12例正常组织进行差异分析得到1 559个上调基因和1 376个下调基因，与GEO2R对GSE38959和GSE65194差异分析后的差异基因取交集后得到131个基因。富集分析主要富集在细胞周期、JAK-STAT信号通路、p53信号通路。利用Cytoscape分析得到Degree最高的10个基因：TOP2A、BUB1B、MKI67、PLK1、RRM2、PCNA、KPNA2、SMC4、PBK、IGF1。Kaplan-Meier Plotter数据库中分析发现BUB1B表达与TNBC预后显著相关［总生存期，HR=0.52，95% CI（0.35~0.77）， P=0.001；无远处转移生存期，HR=0.72，95% CI（0.52~0.98）， P=0.038］。139例肿瘤原发灶石蜡样本免疫组织化学的结果显示BUB1B低表达与TNBC预后不良具有显著相关性［HR=0.41，95% CI（0.18~0.95）， P=0.024］。 结论:BUB1B蛋白低表达与TNBC预后不良相关，其预后相关分子机制和潜在治疗靶点有待进一步研究。

目的:探讨1个线粒体DNA耗竭综合征8A型家系的临床特点和致病基因。方法:对患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异，Sanger测序进行家系验证，并用PolyPhen-2与PROVEAN软件预测氨基酸变异对蛋白功能的影响。结果:患儿，女，2个月4天，临床表现为喂养困难、呼吸急促、肌张力低下等，实验室辅助检查提示患儿发育落后，肝脏、肾脏和心脏功能均异常，并伴有高乳酸血症，因治疗效果差于3月龄时死亡。测序结果显示患儿的 RRM2B基因存在c.16delA(p.R6Gfs*22)和c.175G>C(p.A59P)复合杂合变异，分别遗传自其父亲和母亲，均为新鉴定的致病性变异。 结论:RRM2B基因的c.16delA(p.R6Gfs*22)和c.175G>C(p.A59P)的复合杂合变异可能是线粒体DNA缺失综合征8A型的致病基因，本研究结果加强了对该类疾病的临床特征和遗传学病因认识，同时扩展了 RRM2B基因变异谱。

目的 利用生物信息学分析方法,结合 GEO 数据库,探讨获取结直肠肿瘤关键基因的差异表达情况.方法 使用GEO数据库分析结直肠肿瘤患者的肿瘤组织和正常组织基因表达数据,使用GEO2R筛选差异表达基因(differential expression genes,DEGs),利用David数据库对DEG进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析,获得DEG的分子功能、细胞组分和生物过程结果,利用基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)获取差异基因在疾病状态下的信号通路信息,构建差异基因间蛋白质相互作用网络,并使用Cyto-scape软件对网络中的关键节点进行拓扑分析,筛选出结直肠肿瘤患者发生过程中的关键基因.结果 通过对GSE21510 数据集的生物信息学分析,共鉴定到664 个DEGs,其中结直肠肿瘤患者高表达基因234 个,低表达基因430 个.这些DEGs主要参与细胞分裂、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正和负调控等生物过程,同时参与细胞核、胞质、细胞质、核浆、细胞膜等细胞成分组成,并参与蛋白质绑定、ATP绑定等分子功能的表达和实现等过程,通过蛋白质网络分析确定高表达基因CDK1、CCNB1、TOP2A、AURKA、UBE2C、BUB1、CHEK1、RRM2、MYC、TPX2 和低表达基因SLC26A3、CLCA4、GUCA2A、MS4A12、ZG16、GUCA2B、CLCA1、AQP8、MT1E、MT1G为关键基因.生存分析结果显示,关键基因CCNB1 低表达与CRC患者预后较差显著相关(logrank P<0.01);此外,CCNB1 基因与肿瘤病理分期显著相关(P<0.01).结论 所筛选的关键基因可能成为诊断或治疗结直肠肿瘤的的标志物或潜在靶点,本研究结果为结直肠肿瘤的发病机制、治疗方法等领域的研究提供了理论参考.

目的 利用转录组测序技术鉴定乳腺癌细胞辐射敏感基因,探讨其表达对乳腺癌细胞辐射敏感性的影响.方法 通过转录组测序方法比较辐射后乳腺癌细胞和正常乳腺癌细胞的差异表达基因,从差异基因中筛选并分析与DNA损伤及修复通路相关的基因.利用TCGA-BRCA数据库分析RRM2B在乳腺癌组织的表达及与患者预后的相关性.构建稳定敲低RRM2B的ZR-75-1、MCF-7细胞,采用Western blot、RT-qPCR验证RRM2B的表达.Western blot和免疫荧光检测敲低RRM2B对辐射细胞DNA损伤标志蛋白γ-H2AX表达的影响.通过克隆形成实验、CCK-8实验、Hoechst/PI染色、流式细胞术检测敲低RRM2B对辐射细胞增殖和凋亡的影响.结果 辐射刺激能上调培养的乳腺癌细胞中RRM2B基因的表达,TCGA-BRCA数据库分析结果显示,RRM2B表达与乳腺癌患者的总生存期呈负相关关系(P＜0.05).在敲低RRM2B基因后,辐射诱导的乳腺癌细胞中γ-H2AX的表达水平显著增加(P＜0.05),细胞增殖能力明显减弱(P＜0.05),细胞凋亡水平显著增加(P＜0.05).结论 辐射诱导DNA修复因子RRM2B表达上调,下调RRM2B表达通过增加辐射诱导的DNA损伤、抑制细胞增殖,并促进细胞凋亡增强乳腺癌细胞辐射敏感性.

该研究目的在于利用网络药理学方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制,并通过胃癌细胞SGC7901 体外模型对黄芪-莪术的药效和关键靶点进行实验验证.首先,采用CCK-8法证明黄芪-莪术对胃癌细胞SGC7901 增殖的直接影响.然后,使用网络药理学的方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的关键活性成分、关键靶点和关键信号通路.结果显示,黄芪-莪术药对包含 18 个潜在活性成分,例如槲皮素、山柰酚和姜黄素等.基因本体论功能富集及京都基因和基因组百科全书通路富集分析提示,黄芪-莪术药对治疗胃癌的主要靶点涉及蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、MAPK活性的激活、半胱氨酸型内肽酶活性和蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节等.HIF-1信号通路、ABC转运蛋白、细胞色素P450 对异生素的代谢、p53 信号通路和细胞凋亡等信号通路是黄芪-莪术作用于胃癌的关键通路.随后,在体外实验中证明,黄芪-莪术药对能够显著下调多药耐药基因(ABCB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)、低氧诱导因子-1(HIF1A)、B-细胞淋巴瘤因子2(BCL2)、乳腺癌易感基因 1(BRCA1)、DNA聚合酶θ(POLH)、核苷酸还原酶M1(RRM1)、切除修复交叉互补基因 1(ERCC1)的表达,并上调肿瘤蛋白p53(TP53)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3(CAPS3)表达.最后,利用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库中的胃癌患者基因表达和临床信息数据,应用多变量COX回归模型证明了黄芪-莪术作用的关键靶点与胃癌患者不良预后的相关性,并通过LASSO算法进行特征选择.结果显示,EGFR、HIF1A、TP53、POLH、RRM1 和ERCC1 与胃癌患者的生存期密切相关.黄芪-莪术对上述多个靶点及通路的作用,通过影响胃癌细胞的DNA修复、生存和凋亡等相关基因的表达,从而在胃癌辅助治疗中发挥重要的作用.