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基于单细胞组学预测肝内胆管癌根治性切除患者预后的研究
编辑人员丨1周前
目的:基于单细胞组学分析肝内胆管癌(ICC)根治性切除术后患者的生存获益。方法:本研究为回顾性病例系列研究。整合基因表达综合数据库中4个数据集的ICC单细胞测序结果,共获得46例患者根治性切除样本,探索ICC微环境的特征。同时分析附有生存数据的EMBI数据库共100例ICC组织芯片数据,通过ssGSEA算法计算芯片数据每个样本中各个上皮细胞亚群的浸润丰度,探索与患者较差预后相关的关键上皮细胞亚群,并研究该亚群关键标志(marker)基因的临床价值。通过单因素与多因素 Cox 比例风险模型筛选预后相关marker基因,使用目标基因构建 Cox比例风险模型并绘制列线图,使用Kaplan-Meier 生存分析验证评分与患者预后的关系,通过受试者工作特征(ROC)曲线、校准曲线及决策曲线(DCA)对模型预测效能进行评估。结果:上皮细胞亚群几乎仅在肿瘤组织中浸润。表达 MT2A的上皮细胞亚群与患者更差的预后相关且浸润丰度很高,以该亚群浸润为特征的患者被定义为抗氧化型。经单因素与多因素Cox比例风险模型筛选该亚群的marker基因,其中 FILPIL、 NAKBIA、 PEG10、 SERPINB5是患者的独立预后因素。用这4个基因表达量构建Cox比例风险模型,根据该模型所区分的高风险组患者的术后1、3、5年总体生存率均低于低风险组患者( P值均<0.05);所构建的列线图具有较好的区分度及有效性。ROC曲线显示,模型1、3、5年预测的曲线下面积分别为0.779、0.844、0.845;经校准曲线与DCA检验,对比临床指标,该模型具有较好的预测效能。 结论:MT2A阳性上皮细胞亚群与ICC患者根治性切除术后的生存获益相关,可将ICC组织分为抗氧化型与非抗氧化型,抗氧化型预示患者预后较差,可考虑通过术后辅助治疗等手段改善生存。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-216a调控SerpinB5的表达对肝癌细胞增殖的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨微小RNA(miR)-216a及其靶基因SerpinB5在组织水平的表达差异,及miR-216a通过调控SerpinB5表达对不同肝癌细胞增殖的影响。方法:通过生物信息学预测并选定调控SerpinB5的miR-216a,实时聚合酶链反应验证两者在肝癌与正常组织中的表达情况;利用脂质体分别转染miR-216a模拟物和抑制剂、si-SerpinB5和pcDNA3.1-SerpinB5至HepG2和MHCC97H(简称97H)细胞中,实时聚合酶链反应和Wester-Blot检测转染前后的miR-216a和SerpinB5的表达情况,CCK8检测两者对肝癌细胞增殖的影响。结果:miR-216a在人肝癌组织的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P<0.01);SerpinB5在人肝癌组织的表达低于癌旁组织,差异有统计学意义( P<0.01)。在HepG2与97H中,miR-216a抑制剂与过表达SerpinB5组miR-216a表达下调,与相应对照组相比差异有统计学意义( P<0.01)。miR-216a抑制剂与pcDNA3.1-SerpinB5组细胞增殖均低于相应对照组,差异均有统计学意义( P<0.01)。 结论:SerpinB5高表达能抑制肝癌细胞的增殖提示其可能具有抑癌基因作用;miR-216a可能通过负调控SerpinB5表达影响肝癌细胞增殖。
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编辑人员丨1周前
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血清丝氨酸蛋白酶抑制剂B1水平与妊娠期糖尿病发生风险的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨血清丝氨酸蛋白酶抑制剂B1(SerpinB1)与妊娠期糖尿病(GDM)发生风险的关系。方法:回顾性分析2016?年1?月至2018?年1?月于中国医科大学附属盛京医院门诊就诊的328?名孕妇,按GDM诊断标准分为血糖正常组( n=155)和GDM组( n=173)。采用酶联免疫吸附法测定孕5~12周、孕13~23周、孕24~28周、孕29~37周血清SerpinB1水平。筛选孕5~12周和孕13~23周时尚未发生GDM,而在孕24周及以后诊断GDM的孕妇作为GDM-A组( n=18)和GDM-B组( n=26)。应用多因素logistic回归对孕期影响GDM发生的相关因素进行分析。采用受试者工作特征(ROC)曲线预测孕期发生GDM的SerpinB1的最佳阈值。 结果:在孕5~12周、孕13~23周和孕24~28周时GDM组血清SerpinB1水平高于血糖正常组,差异有统计学意义( P<0.05)。孕24~28周血清SerpinB1水平与OGTT 0 min胰岛素、HOMA-IR呈负相关( r值分别为-0.724和-0.680, P<0.05),与LDL-C呈正相关( r=0.786, P<0.05)。校正妊娠年龄、孕前体质指数、黑棘皮征和甘油三酯等混杂因素后,孕13~23周血清SerpinB1水平仍是孕24周及以后发生GDM的独立危险因素,优势比(95%可信区间)为1.573(1.035~2.228), P<0.05。GDM-B组血清孕13~23周SerpinB1水平对预测孕24周及以后是否发生GDM有较好的预测效能,ROC下面积为0.631。 结论:孕13~23周血清SerpinB1水平的升高和孕24周及以后发生GDM相关,可能是GDM发生之前的血清学标志物。
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编辑人员丨1周前
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构建P53介导的线粒体动力学失调预后模型及黄芪甲苷在乳腺癌中的抗肿瘤机制
编辑人员丨2024/3/16
目的 旨在通过构建抗肿瘤蛋白53(P53)可介导线粒体动力学失调相关mRNA在乳腺癌(BC)中的预后模型,探索其在BC中的预后价值及黄芪甲苷(AS-IV)在BC预后治疗中的潜在意义.方法 通过NCBI GENE数据库获得P53介导线粒体动力学相关mRNA,从癌症基因组图谱数据集获得BC的RNAseq数据和相应的临床信息,并筛选数据.使用"survival"包通过单变量Cox回归和Log-rank检验P53介导线粒体动力学在癌症基因组图谱中的预后价值mRNA.使用"glmnet"包应用LASSO-Cox回归分析构建预后模型.通过使用"ggcorrplot"包,评估风险组与免疫浸润人群间Pearson相关性分析.风险组基因进行京都基因与基因组百科全书通路富集分析.通过分子对接评估AS-IV与预后模型mRNA的结合能力.结果 P53介导线粒体动力学相关的XIAP、VDAC1、UNG、SOCS3、SIRT4、SERPINB5、SERPINA1、S100B、RB1、NOS2、NFKBIA、NDRG1、IRF1、IGF1R、HDAC2、FOXO3、FLT3、CASP9 18个mRNA构建了BC的预后模型,其中8个为高风险基因,10个为低风险基因.与低风险组患者相比,高风险组患者的总生存期更短(P<0.001);对接结果推断高风险评分蛋白受体XIAP、VDAC1、SIRT4、RB1、NOS2、NFKBIA与配体小分子AS-IV具有强烈的结合活性,潜在生物活性较高.结论 构建了18个mRNA-P53介导线粒体动力学相关的BC预后模型,并且可以作为一个独立的预后因素.AS-IV是通过作用于XIAP、VDAC1、SIRT4、RB1、NOS2、NFKBIA mRNA治疗BC潜在药物.
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编辑人员丨2024/3/16
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GDM患者miRNA-125b、SFRP5、SerpinB1变化及益生菌联合胰岛素治疗效果
编辑人员丨2023/11/18
目的:探究微小 RNA-125 b(miRNA-125 b)、分泌型卷曲相关蛋白-5(SFRP5)和丝氨酸蛋白酶抑制剂 B1(Ser-pinB1)对妊娠期糖尿病(GDM)诊断价值及益生菌联合胰岛素治疗效果.方法:选取 2020 年 1 月-2022 年 12 月入院接受治疗的 GDM孕妇 90 例纳入病例组,同期待产的 90 例健康孕妇纳入健康组;病例组给予益生菌冻干粉联合门冬胰岛素治疗,PCR分析 miRNA-125b相对表达水平,酶联免疫吸附试验法测定 SFRP5 和 SerpinB1 水平;检测病例组空腹血糖(FBG)、糖化血红蛋白(HbA1c)水平、餐后 2 h 血糖(2 h PG)水平.对比病例组和健康组 miRNA-125b、SFRP5 和 SerpinB1 水平,分析 miRNA-125b、SFRP5 和 SerpinB1 对 GDM诊断价值;对比干预前后病例组 miRNA-125b、SFRP5、SerpinB1 和血糖水平.结果:病例组 miRNA-125b(0.62±0.11)和 SFRP5(9.16±1.37 ng/ml)均低于健康组(1.55±0.29、14.96±3.18 ng/ml),SerpinB1(2.89±0.95 ng/ml)高于健康组(2.34±0.58 ng/ml)(均P<0.05);miRNA-125b、SFRP5、SerpinB1 联合诊断 GDM的 ROC曲线下面积为 0.941,特异性(93.2%)敏感度(96.5%)高于单独指标检测(P<0.05);病例组治疗 3 个月后,miRNA-125b 和 SFRP5 水平均高于治疗前,SerpinB1、FBG、2hPG 和HbAlc水平均低于治疗前(均P<0.05),发生低血糖 2 例、皮疹 1 例、恶心呕吐 2 例,但症状均较轻,减少用药剂量或停药后症状均消失.结论:相较于健康孕妇,GDM患者 miRNA-125b和 SFRP5 水平降低,SerpinB1 水平升高,3 项联合检测对GDM有较高诊断价值;应用益生菌联合门冬胰岛素治疗,可明显改善GDM患者miRNA-125b、SFRP5、Ser-pinB1 和血糖水平.
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编辑人员丨2023/11/18
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DEN和NMOR联合诱导F344大鼠肝癌形成过程中SERPINB5的表达变化
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察化学法诱导F344大鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)形成过程中肝组织内SERPINB5蛋白的表达变化,探讨其与HCC发生、发展的关系,为肝癌早期诊断和治疗提供新的思路.方法 采用复合化学法诱导50只F344雄性大鼠建立HCC模型(化学诱癌组),对照组为30只F344雄性大鼠.观察两组大鼠生长状态,每隔4周随机处死观察组10只,对照组6只大鼠,观察肝脏的肉眼和组织形态学改变,并采用免疫组化法检测肝组织内SERPINB5蛋白的表达情况.结果 复合化学法诱导16周能成功诱导大鼠HCC.与对照组相比,诱导不同时间的化学诱癌组的大鼠肝组织形态学和SERPINB5蛋白的表达出现不同的改变.自第4周起,两组大鼠肝组织形态学出现差异.随着化学诱导时间的延长,化学诱癌组大鼠肝组织形态学出现不同的特征改变,第12周时,呈现典型的肝炎表现,第16周时,呈现典型的肝硬化表现,并伴有癌细胞微浸润,第20周时,癌细胞异型性更加明显,可见癌细胞大量浸润.第16周时,SERPINB5蛋白的表达量开始明显下降,差异有统计学意义(P<0.05),第20周时,SERPINB5的表达明显降低(P<0.05),且与诱癌第16周比较,差异亦有统计学意义(P<0.05).结论 在大鼠肝脏组织中,SER-PINB5蛋白表达呈下降趋势,表明SERPINB5与HCC的发生、发展有密切关系;SERPINB5可能是肝癌早期诊断的新分子标记及其治疗的新靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于高通量RNA转录组测序技术分析特应性皮炎患者皮损与非皮损组织差异表达基因
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用.方法 2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代高通量RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释及KEGG通路分析.实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证候选基因在皮损和非皮损组织中的表达差异.结果 10个样品测序平均获得10.96 Gb数据,共检测到21729条基因,其中19268条为已知基因,2545条为预测的新基因;共检测出23153个新转录本,其中18889个属于已知蛋白编码基因新的可变剪接亚型,2545个属于新的蛋白编码基因的转录本,其他1719个属于长链非编码RNA.78条基因在皮损和非皮损中表达差异有统计学意义,其中67条在皮损中高表达,11条低表达,包括已知与AD炎症(CXCL1/2/8、IL6/IL1β、MMP1、SERPINB4、S100A2、GZMB、OASL、OSM)、屏障(KRT16、FABP5、CYP1A1)、角质形成细胞分化(IL-20)等相关的基因.GO分析显示,72条差异基因获得功能注释.KEGG通路分析表明,差异表达基因共富集到132条信号通路中,其中13条通路显著富集,包括白细胞介素17通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等.qRT-PCR结果显示,候选基因CXCL1、KRT6A、IL36A、SERPINB4和PSAPL1的mRNA表达与转录组测序结果趋势一致.结论 本研究在转录组水平上筛选出AD患者皮损和非皮损组织差异表达基因及相关重要调节信号通路,发现汉族AD患者白细胞介素17通路最为富集,为深入探讨AD发病机制提供重要的基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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应用外显子测序对肝癌不同转移潜能的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 应用全基因组外显子测序技术对不同转移潜能的肝细胞癌组织及细胞株进行DNA分析,探讨与肝癌转移潜能相关的突变基因及位点.方法 提取不同转移潜能的12例肝细胞癌及其癌旁组织和6株不同转移潜能的肝癌细胞(HCC-LM3、MHCC-97L、MHCC-97H、HepG2、SMCC-7721、PLC-RFP-5)的DNA,行全基因组外显子测序,所得结果进行生物信息学比对分析、筛选出与肝细胞癌转移相关的突变基因及其位点.结果 在高、低转移潜能肝癌组织中,高转移潜能组中(≥3例)有UIMC1 (rs3733876C/T)、SEMA3C(rs1527482G/A)、SAMD9(rs10279499G/T)、RECK(rs16932912G/A)、PDLIM4(rs4877 G/T)、LIMK2(rs3747154A/G)、CRIM1 (rs3821169G/T)基因突变与肝癌转移相关.仅存在于高转移潜能肝癌细胞(HCC-LM3、MHCC-97L和MHCC-907H)中与转移相关的有CAPZB(rs79308175C/T)、CSF1R(rs10079250A/G)、HSPA5(rs143920039A/T)、SORBS3(rs2449331T/C,rs3758036C/T)等突变基因及位点;仅在3种低转移潜能细胞中(HepG2、SMCC-7721、PLC-RFP-5)与转移相关的有RASAL3(rs146624357 G/A,rs142945276 C/T)等突变位点;对3株同源的高转移性肝癌细胞(HCC-LM3、MHCC-97L和MHCC-97H)的DNA对比分析后发现,仅出现在HCC-LM3中为EHBP1(rs77403174T/C),仅出现在MHCC-97L和MHCC-97H中的为FAM189B(rs150296362C/T)、SERPINB13(rs144903442G/A)、ARHGEF1(rs2303797C/T)等突变位点.结论 通过全基因组外显子测序发现UIMC1(rs3733876C/T)、SEMA3C(rs1527482G/A)、SAMD9 (rs10279499G/T)等突变基因及位点与肝癌转移潜在相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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食管鳞癌中SERPINB5表达降低的作用机制及其临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的:探索SERPINB5在食管鳞癌中的表达变化、作用机制及其临床意义.方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达库(GEO)数据库的RNA表达数据、以及临床标本的Western blot分析,研究食管鳞癌组织中SERPINB5的mRNA和蛋白表达情况,并分析其表达水平与临床病理指标的相关性;通过细胞增殖和克隆形成实验,设置亲本组、空载组和SERPINB5过表达组,在体外检测SERPINB5对食管癌细胞增殖的影响;通过裸鼠移植瘤实验,设置空载组和SERPINB5过表达组,在体内检测SERPINB5对食管鳞癌细胞成瘤能力的影响;利用Western blot检测该分子调控的下游通路及关键分子;进一步利用靶向抑制实验,探讨SERPINB5对食管鳞癌治疗的可能意义.结果:与正常食管上皮相比,食管鳞癌组织中SERPINB5的mRNA和蛋白水平均明显降低(P<0.01),且其mRNA低表达与肿瘤低分化(P=0.004)和较晚的分期(P=-0.037)显著相关.体外及体内实验结果显示,与对照组比较,SERPINB5过表达可显著降低食管鳞癌细胞的增殖和集落形成、以及裸鼠成瘤能力(P<0.05).分子水平检测表明,过表达SERPINB5显著降低AKT和mTOR的磷酸化水平.通过靶向抑制实验,观察到SERPINB5过表达可显著增强食管鳞癌细胞对Aurora A抑制剂Alisertib和mTOR抑制剂Everolimus的敏感性(P<0.01).结论:SERPINB5在食管鳞癌中的表达降低,提高SERPINB5的表达水平,尤其是与Aurora A或mTOR抑制剂的联合使用,可作为食管鳞癌潜在的治疗策略.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-212-5p相关ceRNA调控网络在巨噬细胞极化中的作用
编辑人员丨2023/8/5
目的:构建巨噬细胞极化过程中竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其中关键lncRNA AK134492/miR-212-5p/Serpinb8轴在巨噬细胞极化中的作用.方法:构建巨噬细胞极化过程中ceRNA调控网络,通过体外功能实验筛选出其中关键轴lncRNA AK134492/miR-212-5p/Serpinb8,使用qRT-PCR、双荧光素酶报告系统及rescue实验等技术检测上述信号轴对巨噬细胞极化的调控作用.结果:体外功能实验证实miR-212-5p能促进巨噬细胞向M2极化.双荧光素酶实验证实miR-212-5p能够结合lncRNA AK134492及Serpinb8,rescue实验证实lncRNA AK134492能够调控miR-212-5p介导的靶基因Serpinb8沉默,从而影响巨噬细胞极化.结论:lncRNA AK134492通过ceRNA机制调控miR-212-5p靶基因Serpinb8的表达,影响巨噬细胞极化.
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编辑人员丨2023/8/5
