TAF1基因编码TATA框结合蛋白关联因子1，后者作为转录因子ⅡD的支架，参与真核细胞中众多基因的转录过程。人TAF1蛋白具有多个结构域，发挥内源性蛋白激酶活性、组蛋白乙酰转移酶活性和激活及结合泛素的活性。目前已明确TAF1是X连锁肌张力障碍-帕金森综合征和X连锁的精神发育迟滞的致病基因，功能研究也证实TAF1在细胞周期、细胞生长中的重要作用，其与神经发育、肿瘤发生等之间的联系也有报道。文中就TAF1基因及蛋白结构、突变表型、蛋白的生物学功能等研究进展进行综述。

目的:对17个X连锁智力障碍(XLID)家系进行临床特征与遗传学病因分析。方法:回顾性纳入2021年5月至2023年5月因不明原因智力障碍就诊于河南省人民医院遗传疾病科，并经核心家系全外显子组测序(trio-WES)确定为X连锁智力障碍的家系。收集先证者及其家系成员的临床资料，对其进行家系全外显子组测序、Sanger测序、X染色体失活(XCI)等检测，并根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南和家系共分离分析判断变异的致病性。结果:17个家系的先证者男女比例为9∶8，年龄0.6 ～ 8岁，均表现为智力障碍和发育迟缓。共检测出14种变异，其中4种被评级为致病性( MECP2: c.502C>T、c.916C>T、c.806delG， IQSEC2：c.1417G>T)，4种被评级为可能致病性( MECP2：c.1157_1197del、c.925C>T， KDM5C：c.2128A>T， SLC6A8：c.1631C>T)，6种被评级为临床意义不明( KLHL15：c.26G>C， PAK3：c.970A>G、c.1520G>A， GRIA3：c.2153C>G， TAF1：c.2233T>G， HUWE1：c.10301T>A)。家系12、14、15经共分离分析，提示 PAK3：c.970A>G、 GRIA3：c.2153C>G、 TAF1：c.2233T>G可能为其遗传学病因。XCI实验提示家系13表达母源X染色体与表达父源X染色体的比值约为81∶19，为非随机失活， PAK3：c.1520G>A可考虑为该家系的致病原因。 结论:本研究通过trio-WES诊断了17个XLID家系的遗传学病因。Sanger测序和XCI技术能够为诊断XLID提供帮助。

目的 阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响.方法 培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2 或 pCMV-myc 质粒,Western blot 验证细胞中 GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的结合情况,Real-time PCR验证部分差异表达基因、ChIP-PCR验证GATA2对TAF3基因的集合情况.结果 转染pCMV-myc-GATA2可以在ICP1细胞过表达GATA2蛋白,过表达GATA2后,ICP1细胞中942个基因表达上调,840个基因表达下调(P＜0.05),富集分析显示差异表达基因与核糖体和线粒体的结构和功能相关(P＜0.01);GESA分析显示,过表达GATA2的ICP1细胞中 RNA聚合酶Ⅱ转录起始复合物、核糖体生物生成、丙酸代谢和氧化磷酸化相关基因集表达上调;组蛋白赖氨酸N甲基转移酶、核转录抑制复合体形成、脂肪因子和钙离子等信号通路相关基因集表达下调.ICP1细胞中ChIP-seq鉴定出2 833个GATA2结合的基因组峰,涉及2 018个基因.Motif分析显示GATA2结合(T/A)GATA模序;富集分析显示这些基因参与胚胎发育、信号传导、细胞代谢和细胞间相互作用.差异表达基因和GATA2结合基因取交集获得105个基因,富集分析显示这些基因与转录、转录后调控、细胞间相互作用、信号传导和细胞周期相关(P＜0.001).结论 GATA2可以与鸡前脂肪细胞的基因组结合调节其转录组表达模式.

目的 探讨M2 型巨噬细胞相关基因对肝癌患者预后及药物治疗效果的影响.方法 (1)从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得374 例肝癌患者肝癌组织样本和50 个正常组织样本的基因表达数据,利用CIBERSORT算法获得与M2 型巨噬细胞具有相关性的肝癌组织样本,分析其基因表达与M2 型巨噬细胞相对含量的相关性,获得与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因.(2)使用R语言Bioconductor包对与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因进行基因本体论(GO)功能富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.(3)通过单因素COX回归分析及LASSO回归分析确定与M2 型巨噬细胞相关的肝癌预后基因,再根据获得的肝癌预后基因建立风险评分公式.根据风险评分将肝癌患者分为高风险组和低风险组,比较两组患者的生存时间.(4)从TCGA数据库下载肝癌基因突变数据,利用R语言limma包对高风险组和低风险组的肿瘤基因突变数据进行差异表达分析,得到两组的肿瘤突变负荷差异.利用R语言的oncoPredict包对肝癌患者的基因表达数据进行药物敏感性分析,再利用R语言limma包对高风险组和低风险组的药物敏感性结果进行差异分析.结果 (1)共获得与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因110 个.(2)GO功能富集分析结果显示,与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因涉及多种生物过程,包括内皮细胞发育;KEGG通路富集分析结果也显示内皮细胞发育信号通路是与M2 型巨噬细胞相关的肝癌基因涉及的主要通路.(3)最终获得4 个与M2 型巨噬细胞相关的肝癌预后基因,分别为CLEC3B、LMNB1、TAF9、SYNGR4.风险评分=-0.248×CLEC3B +0.008×LMNB1 +0.230×TAF9 +0.006×SYNGR4.高风险组肝癌患者的生存时间短于低风险组肝癌患者(P<0.05).(4)高风险组的肿瘤突变负荷高于低风险组(P<0.05).5-氟尿嘧啶、阿法替尼、阿培利司在低风险组中较敏感,而AT13148抑制剂在高风险组中较敏感(均P<0.05).结论 多个与M2 型巨噬细胞相关的基因在肝癌的发生和发展中具有重要作用,其中CLEC3B、LMNB1、TAF9、SYNGR4 与肝癌患者的预后密切相关,且有助于评估免疫治疗及抗癌药物的疗效.

由染色体易位引起的融合基因已成为白血病的主要致病因素.锌指蛋白384(zinc finger protein 384,ZNF384)融合作为急性白血病(acute leukemia,AL)中的非典型融合亚型,在不同的年龄群体中广泛发生.ZNF384具有丰富的融合伴侣,其中 E1A结合蛋白 p300(E1A binding protein p300,EP300)、转录因子 3(transcription factor 3,TCF3)、TATA-box binding protein associated factor 15(TAF15)的融合频率最高.这些融合蛋白均保留了完整的ZNF384结构,但融合伴侣则有不同程度的缺失,说明不同的ZNF384融合亚型之间具有相似的致AL发生发展机制.现有研究主要认为ZNF384融合蛋白通过染色质重塑调控下游蛋白的转录表达,在造血干细胞的分化、癌细胞的增殖凋亡和基因组修复中发挥潜在作用.ZNF384融合患者同时表达淋系和髓系特有的抗原,在疾病的进展中具有谱系转化特性,丰富的免疫表型给治疗方式带来了不确定性,并与融合亚型、发病年龄一起影响患者的临床结局.该文通过对近10年已发表的案例和大型队列研究进行统计归纳分析,进一步确认了ZNF384融合及其各亚型AL在现有研究背景下的发生频率,总结了已有的机制信息,并对不同治疗方式下ZNF384融合患者的预后作了简要分析,以期为后续针对这一独特亚型AL的诊疗和研究提供参考.

SET-NUP214(TAF1-CAN)由t(9;9) (q34;q34)或del(9)(q34.11q34.13)形成,是白血病中一种少见的融合基因,最早于1990年在1例急性未分化型白血病(AUL)患者中被检出 1.迄今为止,国内外文献共计报道SET-NUP214阳性急性白血病(AL)48例[1-16],其中绝大多数为急性T淋巴细胞白血病(T-ALL),急性髓系白血病(AML)仅3例(均为国外文献报道)[2,9].我们回顾性分析2015年1月至2017年1月河南省人民医院收治的4例初诊SET-NUP214阳性AL患者的临床资料,并汇总文献报道的病例以探讨此类罕见疾病的临床特征.

目的:利用生物信息分析方法对骨关节炎软骨下骨全基因表达谱进行转录因子预测及分析.方法:下载基因芯片实验数据(GSE30322),使用软件包limma packagein R(版本:3.3.1)筛选差异表达基因,筛选差异基因的标准以基因表达上调或下调的倍数≥2为标准(P＜0.05),进一步使用Cytoscape软件(版本:3.4.0)的iRegulon插件预测分析调控这些差异表达基因的转录因子,并分析预测的转录因子所调控的差异表达基因.结果:发现上调的差异表达基因可能相关15个转录因子及其相对应的靶基因:FOXN4,NANOS1,E2F6,RAD21,MECOM,ETS1,MEF2A,POU2F3, BRCA1,GATA3,ZNF706,ZBTB33,SUZ12,DBP,SETDB1等.发现下调的差异表达基因可能相关12个转录因子及其相对应的靶基因:ARID3A,YY1,RDBP,ATF1,CRX,TAF1,XBP1,SOX3,E2F4,PGR,TIMM8A,HOXA2等.结论:预测分析的转录因子可能在骨关节炎软骨下骨致病机制调控中起了重要作用,其有可能成为新的防治骨关节炎的靶点.

果蝇卵巢生殖干细胞(germline stem cell,GSC)是在体(in vivo)研究成体干细胞的理想模型.为挖掘更多有关成体干细胞分化机制的线索,本研究利用果蝇GAL4/UAS表达系统,对编码核心转录起始因子TFIID外周组分的一个基因taf1 (TBP-associated factor 1)在GSC分化中的作用及相关机理做了初步探究,结果显示:通过RNAi技术下调生殖细胞系中taf1的表达导致源于GSC的生殖细胞分化受阻,但BMP信号的活性未受影响.进一步的分子检测显示分化促进因子Bam及分化抑制因子Nanos在生殖细胞系中的表达分布改变,提示taf1调控GSC的分化可能依赖Bam和Nanos分子路径.我们的工作将有助于成体干细胞的命运调控机制研究,具有潜在的临床应用价值.

2013年肌张力障碍国际专家共识委员会更新了肌张力障碍的分类标准,根据是否伴有其他运动障碍,将其分为单纯性肌张力障碍和复合性肌张力障碍.目前,单纯性肌张力障碍相关基因包括TOR1A、THAP1、AN03、GNAL、TUBB4A、HPCA、COL6A3基因.复合性肌张力障碍中,肌张力障碍合并肌阵挛相关基因包括SGCE、CACNA1B、KCTD17基因,三磷酸鸟苷环化水解酶1(GCH1)、酪氨酸径化酶(TH)基因突变也可表现为肌张力障碍合并肌阵挛;肌张力障碍合并帕金森症状相关基因主要包括TAF1、GCH1、TH、ATP1A3、PRKRA基因.我们基于肌张力障碍临床特征,对其相关基因进行分类综述,以利于其精准诊断.

目的 探讨去甲基化药物地西他滨对于小鼠急性粒-单核白血病细胞WEHI-3的凋亡、细胞周期的影响及其作用机制.方法 急性粒-单核白血病细胞(WEHI-3)采用小剂量地西他滨0.25μmol/L连续体外处理3d.采用瑞氏吉姆萨染色法观察细胞形态变化,AnnexinV-PI法检测WEHI-3不同时间的凋亡情况,流式细胞术检测细胞周期变化情况,Q-PCR检测处理前后mRNA的表达情况.结果 地西他滨处理后,WEHI-3细胞体积明显增大,胞质增多,形态不规则,染色质浓缩、边缘化;PBS处理的WEHI-3细胞G1期占39.64％,S期占49.43％,G2期占8.74％,地西他滨处理后WEHI-3细胞G1期增加至78.02％,S期减少至15.86％,G2期减少至2.91％,可见地西他滨处理后WEHI-3被阻滞于G1期;经地西他滨处理后WEHI-3细胞中MMD、TSG101、TAF7L、CITED2 mRNA表达水平显著提高(P均＜0.01).结论 地西他滨可上调MMD、CITED2、TAF7L、TSG101基因表达,诱导小鼠急性粒-单核白血病WEHI-3细胞凋亡、细胞周期阻滞.