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转录调节因子FoxN1基因在胸腺瘤中的表达及其作用机制
编辑人员丨1天前
转录调节因子FoxN1是叉头基因家族的一员,被认为是诱导胸腺退化或者异常增生的关键下游调控因子 [1]。本研究旨在观察不同类型胸腺瘤组织中FoxN1基因表达水平,探讨其对胸腺瘤Thy0517细胞增殖、凋亡、侵袭的影响作用。
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编辑人员丨1天前
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HIV-1 CRF07_BC病毒适应性的体外生长竞争试验的建立
编辑人员丨1天前
目的:通过突变的方式构建含有鼠 Thy1.1基因或鼠 Thy1.2基因的HIV-1 CRF07_BC感染性克隆,建立CRF07_BC亚型体外竞争试验。 方法:用鼠 Thy1.1基因和鼠 Thy1.2基因替换CRF07_BC亚型感染性克隆pXJDC6291-13 Nef区前218个碱基,构建成CRF07_BC感染性克隆BCEA1和BCEA2质粒。BCEA1和BCEA2进行293T细胞转染后获得病毒,测定病毒滴度,以等比例病毒含量共感染PM1细胞,在感染的第3、4、5、6天收集细胞并用 Thy1.1和 Thy1.2特异性抗体标记细胞,并进行流式细胞检测病毒适应性。通过"TFitness"程序(http://bis.urmc.rochester.edu/vFitness)计算病毒相对适应性。并观察耐药位点K103 N、多态性位点K166R相对于CRF07_BC亚型相对适应性的影响。 结果:CRF07_BC亚型BCEA1和BCEA2两病毒的相对适应性(1+s)结果为1.06±0.23693,无统计学差异,建立了CRF07_BC亚型体外生长竞争性试验。利用该体外生长竞争试验验证K103 N和K166R突变株与野生株的相对适应性,BCEA2-K103 N/BCEA1相对适应性是0.728282±0.16608、BCEA2-K166R/BCEA1是0.883385±0.19023、BCEA2-K103 N+K166R/BCEA1是0.804604±0.06164。K103耐药位点突变株与野生株相对适应性存在统计学差异。结论:建立HIV-1 CRF07_BC病毒适应性的体外生长竞争试验,基于该体外竞争试验,HIV-1 K103 N的耐药毒株的病毒适应性降低。
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编辑人员丨1天前
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胃癌炎症基因THY1表达及其与肿瘤免疫和上皮-间充质转化的关系
编辑人员丨1天前
目的:基于生物信息学分析方法探讨炎症基因THY1在胃癌中表达、预后价值及其与肿瘤免疫、上皮-间充质转化(EMT)的关系。方法:在癌症基因组图谱数据库(TCGA)中生成胃癌和正常组织数据集,筛选在胃癌中存在差异表达炎症相关基因,采用wilcoxon.test方法识别差异表达基因(DEGs),校正后 P<0.05且表达变化超过1.5倍的基因被鉴定为DEGs,确定THY1进行研究。使用R软件的生存分析功能(survival)确定THY1表达的预后评估价值;应用Metascape数据库对THY1功能进行富集分析;在TIMER 2.0数据库研究THY1基因表达与免疫细胞丰度相关性;使用STRING数据库分析与THY1存在互相作用的蛋白质,分析蛋白互作(PPI)结果。取20例新鲜胃癌组织及癌旁组织,使用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测各基因的mRNA水平。网络数据使用R软件进行生物信息学分析;组织的RT-qPCR检测结果采用配对样本的 t检验。 结果:162个炎症相关基因中,30个在胃癌组织中表达高于癌旁组织,32个低于癌旁组织( P<0.05),选择THY1为研究基因。THY1在胃癌中表达水平(18.60±1.16)与正常组织(16.98±1.31)比较,差异有统计学意义( W=10 017, P<0.01);根据THY1中位数将患者分为高表达组与低表达组,Kaplan-Meier生存结果显示高表达组中位生存期明显短于低表达组( χ2=5.62, P<0.05)。对THY1基因功能富集分析结果显示其功能与Ephrin受体信号通路、细胞黏附调节、白细胞介导的细胞毒反应等有关。THY1表达与T细胞CD4 +CD8 +丰度正相关。应用THY1表达的中位数将样本分组,应用wilcoxon.test识别DEGs并进行GSEA富集分析,结果显示DEGs富集到EMT和炎性反应过程。PPI结果显示,THY1蛋白与纤维连接蛋白1(FN1)、促红细胞生成素产生肝细胞受体A4(EPHA4)等蛋白质存在互作。对临床组织检测结果显示,THY1、FN1、EPHA4的mRNA表达在胃癌组织(4.668±3.449、8.382±2.093、1.647±0.294)均高于癌旁组织(1.005±0.398、1.026±0.131、0.759±0.125),差异有统计学意义( t=4.718、3.508、2.786, P<0.01)。 结论:THY1基因可能参与免疫反应及EMT过程促进胃癌进展,是新的胃癌治疗潜在靶基因。
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编辑人员丨1天前
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肝细胞生长因子促进人毛囊生长的作用研究
编辑人员丨1天前
目的:观察肝细胞生长因子(HGF)对人毛囊生长的影响,并探讨其促进毛发生长的作用机制。方法:毛囊来源于中国医学科学院整形外科医院4例除皱术后患者废弃的正常头皮组织,分离单根毛囊进行体外器官培养。以常规培养为对照组,培养液中添加浓度为10 ng/ml的HGF作为实验组,显微镜下测量不同培养天数毛囊的生长长度;通过观察培养毛囊毛球部毛基质与毛乳头的形态,评价HGF对毛囊生长周期的影响。分离培养人毛囊上皮细胞,应用流式细胞术对其表面标志进行鉴定;以常规培养的毛囊上皮细胞为对照组,以培养基添加10 ng/ml的HGF处理48 h后的毛囊上皮细胞为实验组,收集细胞提取RNA,转录组测序分析HGF对毛囊上皮细胞基因表达的影响,应用real-time PCR对测序分析结果进行验证。各项定量数据以均值±标准差表示,2组间比较应用独立样本 t检验, P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:随着体外培养时间的延长,毛囊生长趋于停止;毛囊体外培养7、10、14 d时,对照组毛囊生长长度(单位0.1 mm)分别为12.210±4.191、13.710±3.518、14.000±4.057,实验组HGF促进毛发生长,生长长度分别为16.700±5.143、18.800±4.917、23.000±7.196,差异具有统计学意义( t=2.353, P<0.05; t=2.962, P<0.01; t=3.910, P<0.01);分离培养的毛囊上皮细胞呈典型的铺路石样形态,表达上皮细胞表面标志分子CD49f;转录组测序结果显示,毛囊上皮细胞高表达上皮细胞标志基因KRT14、KRT5、KRT6A、CDH1、SOX9、CD49f,FPKM值分别为6 012±2 141、4 072±1 369、3 896±1 991、95.06±21.48、101.30±38.52、162.00±47.83;不表达或极低表达间质细胞标志基因THY1、DPP4、CDH2 (N-cadherin)、ACTA2、PDGFRA、COL1A1、COL3A1,FPKM值分别为0.740±0.825、0.632±0.765、0.000±0.034、1.674±1.235、0.000±0.014、2.526±3.531、0.000±0.015;与对照组相比,实验组经HGF处理后毛囊上皮细胞中改变的基因显著富集于细胞周期及细胞分裂相关生物学过程,相关基因的表达下调;Real-Time PCR验证显示CENPA、CDC20、UBE2C、CDK1、AURKB、NDC80分别降为对照组的0.689±0.053 ( t=10.170, P<0.001)、0.676±0.121 ( t=4.652, P<0.01)、0.761±0.148 ( t=2.785, P<0.05)、0.599±0.153 ( t=4.530, P<0.05)、0.706±0.113 ( t=4.507, P<0.05)、0.579±0.092 ( t=7.931, P<0.01)倍,差异具有统计学意义。 结论:HGF促进毛囊体外器官培养的生长并延长其生长时间;但在细胞水平上抑制毛囊上皮细胞增殖相关基因表达。
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编辑人员丨1天前
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LOC103693069调控THY1/Notch改善骨髓间充质干细胞缺氧性凋亡
编辑人员丨1天前
目的:探讨LOC103693069改善骨髓间充质干细胞(BMSCs)缺氧性凋亡的作用和机制。方法:原代细胞提取自SD大鼠,于2020年4月由贵州医科大学实验动物中心提供。采用全骨髓贴壁培养法体外分离培养BMSCs,按不同缺氧浓度,常氧、5%O 2、1%O 2、0%O 2培养48 h,检测确定最佳缺氧浓度。构建LOC103693069慢病毒转染BMSCs,分为4组,BMSCs组,BMSCs+Lv-NC组,BMSCs+Lv-LOC103693069组,BMSCs+Lv-LOC103693069-RNAi组,通过生信分析、荧光素酶实验结合细胞功能实验等评价抗缺氧性凋亡的效果并探讨其机制。多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD- t检验。 结果:鉴定培养BMSCs成骨、成软骨、成脂分化阳性,经检测确定0%O 2培养48 h为造模条件。通过基因芯片检测结合实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)验证,最终确定LOC103693069为目标基因。缺氧处理后检测BMSCs+Lv-LOC103693069组细胞凋亡率[(47.00±1.23)%]低于BMSCs+Lv-NC组[(70.20±1.56)%],差异有统计学意义( t=4.56, P<0.05)。通过生信分析预测其下游通路为THY1/Notch设计阻断实验,首先过表达LOC103693069,缺氧处理后细胞凋亡率为[(41.00±1.23)%],在此基础抑制THY1,导致凋亡率[(74.30±2.13)%]低于过表达LOC103693069组,差异有统计学意义( t=4.35, P<0.05)。行挽救实验,当抑制LOC103693069细胞凋亡率[(72.60±1.72)%]高于过表达THY1细胞凋亡率[(42.50±1.12)%],差异有统计学意义( t=4.12, P<0.05)。随后,通过荧光素酶实验证实LOC103693069和THY1 mRNA 3’非编译区序列(3’UTR)在微小RNA(miR)-140-5p上有相同的结合位点。行细胞功能实验研究也证实了LOC103693069能够调控THY1 mRNA表达水平,但能够被miR-140-5p逆转该调控,证实了LOC103693069竞争性结合miR-140-5p调控THY1/Notch通路。 结论:LOC103693069通过竞争性结合miR-140-5P调控THY1/Notch通路,改善BMSCs缺氧性凋亡。
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编辑人员丨1天前
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示踪病毒工具在小鼠视觉环路各级神经元功能和形态研究中的应用
编辑人员丨1天前
目的:利用病毒工具研究视网膜到脑的神经环路中神经细胞的形态结构及细胞之间的联系方式,并根据其示踪方向性和跨细胞突触性质,探索其用于研究视觉环路中细胞形态和连接分布情况。方法:应用随机数字表法将6~8周龄实验小鼠随机分组,每组4只。野生型C57BL/J小鼠用于荧光金、腺相关病毒(AAV)、伪狂犬病毒(PRV)和1型单纯疱疹病毒129株(H129)示踪实验;转基因鼠 GAD2- Cre小鼠用于AAV的示踪实验;转基因鼠 Thy1- Cre小鼠用于狂犬病毒(RV)跨单突触示踪实验。病毒方向选择性示踪:(1)逆向示踪 在小鼠双侧上丘注射逆向神经示踪剂荧光金、AAV、PRV或RV,在特定时间点处死小鼠并取视网膜铺片,观察投射到脑的视网膜细胞形态分布和数量;(2)顺向示踪 在小鼠玻璃体腔注射H129等顺向示踪剂,在相应时间点取小鼠的大脑切片,观察视网膜投射到脑的细胞形态分布和数量。 结果:逆向标记中,荧光金标记到的视网膜神经节细胞比AAV标记到的数量更多,但AAV标记的神经节细胞有更多细胞突起的精细结构,荧光金仅能标记细胞的胞体。玻璃体腔注射H129和视觉投射脑区定位注射PRV能跨多突触后显示环路中串联起来的细胞分级投射。跨单突触示踪病毒,RVG缺失的重组RV在结合辅助病毒后,可有效逆向跨1个突触,标记下一级的细胞。结论:AAV病毒通过其携带的荧光蛋白可研究细胞精细的形态学特征。H129、PRV和RV可用于研究视觉环路中神经连接。结合Cre/loxP、Caspase-3、DTA、Gcamp等基因元件技术,病毒工具能精确调控表达特定类型细胞的功能,同时进行非常细致的视觉功能和形态研究。
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学分析非酒精性脂肪肝疾病发展关键基因
编辑人员丨1天前
目的:基于生物信息学技术筛选非酒精性脂肪肝病(NAFLD)进展过程中的关键基因,并探讨其潜在生物学机制。方法:通过整合基因表达公共数据库(GEO)中NAFLD相关测序数据集GSE135251和GSE167523,分析在单纯性非酒精性脂肪肝(NAFL)与非酒精性脂肪性肝炎(NASH)中差异表达的基因。对筛选得到的差异基因进行基因本体论(GO)功能富集分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)和Reactome信号通路分析。通过STRING数据库及Cytoscape3.7.2软件寻找关键基因并观察不同纤维化分级和不同活动度评分下关键基因的表达情况。此外,基于NAFLD小鼠的单细胞RNA-seq数据集,观察了关键基因在不同细胞簇的表达。结果:通过生物信息学方法从两个数据集获得NAFLD的97个共同的差异基因,GO功能富集分析主要表现在细胞外基质组织。信号通路则主要为细胞外基质(ECM)-受体的相互作用。基于蛋白互作网络(PPI network)和Cytoscape软件确定5个关键基因:COL1A1、THBS2、CXCL8、THY1及LOXL1。关键基因的表达情况与纤维化分级及活动度评分呈明显正相关,表明其与NAFLD进展密切相关。这些关键基因主要在肝星状细胞(HSCs)和自然杀伤细胞/T淋巴细胞(NK/T cells)上高表达。结论:本研究通过生物信息学技术筛选出5个可能参与NAFL向NASH转变的关键基因,细胞外基质-受体的相互作用信号通路可能是NAFLD进展的关键分子机制。
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编辑人员丨1天前
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Sublytic C5b-9上调KLF5促进Thy-1肾炎大鼠肾小球系膜细胞生成IL-23的作用
编辑人员丨1周前
目的:研究亚溶解型C5b-9(sublytic C5b-9)上调转录因子Krüppel样因子5(Krüppel-likefactor5,KLF5)促进Thy-1肾炎(Thy-1 nephritis,Thy-1N)大鼠肾小球系膜细胞(glomerular mesangial cell,GMC)产生炎症因子白细胞介素(interleukin,IL)-23 的作用.方法:①建立大鼠Thy-1N模型和体外培养大鼠GMC,用Western blot(WB)检查Thy-1N大鼠肾组织和受sublytic C5b-9刺激的GMC中KLF5和IL-23的表达.②分别将KLF5过表达质粒(pIRES2-KLF5)或KLF5小干扰质粒(shKLF5)转染GMC,通过实时荧光定量PCR和WB检测KLF5和IL-23的mRNA和蛋白水平.③将IL-23全长启动子荧光素酶报告基因质粒(pGL3-IL-23-FL)转染GMC,再给予sublytic C5b-9刺激,或将pGL3-IL-23-FL与pIRES2-KLF5或shKLF5共转染GMC,用荧光素酶报告基因实验检测IL-23启动子活性的变化.④将慢病毒(lentivirus,LV)包装的LV-shKLF5和LV-shCTR行肾动脉灌注术导入大鼠肾组织,经小动物脏器可见光三维成像和冰冻切片观察GFP表达,证实LV-shCTR在肾组织中富集效率.之后再复制大鼠Thy-1N,用WB检查肾组织中KLF5和IL-23的蛋白表达.结果:①Thy-1N大鼠的肾组织和sublytic C5b-9刺激的GMC中,KLF5和IL-23的表达均显著升高,且KLF5的表达高峰稍早于IL-23.②在GMC中过表达或敲低KLF5能分别引起IL-23表达的升高或降低.③Sublytic C5b-9刺激或KLF5过表达均可增加GMC中IL-23启动子的活性,但敲低KLF5后可明显下调由sublytic C5b-9刺激GMC诱导的IL-23启动子活性.④敲低Thy-1N大鼠肾组织中KLF5的表达后,其肾组织中IL-23的表达水平明显降低.结论:大鼠Thy-1N发病早期,sublytic C5b-9刺激GMC后可通过上调KLF5促进IL-23基因的转录与表达.
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编辑人员丨1周前
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新生小鼠大脑中生长激素受体阳性神经元的分布和功能
编辑人员丨1个月前
目的 探讨生长激素受体(GHR)阳性神经元在新生小鼠大脑中的分布及功能.方法 选取6只GHR-CreERT;mTOMATO/mGFP荧光报告基因小鼠,均在出生后第3天使用他莫昔芬诱导,在第10天和第17天分别取材3只,观察不同发育阶段大脑中GHR阳性神经细胞的分布.构建GHR floxed小鼠,通过与神经元特异性Thy1-CreERT;YFP小鼠杂交,诱导性敲除神经元中GHR.对照小鼠(GHR fl/fl 4只)和条件敲除小鼠(Thy1;GHR fl/fl 4只),在出生后第3天诱导,于第10天取材,用于观察神经元GHR信号对大脑发育的影响.结果 GHR荧光报告基因小鼠显示GHR阳性细胞在新生小鼠大脑中广泛表达,GHR阳性神经元集中在下丘脑室旁核(PVN);特异性敲除新生小鼠大脑神经元中的GHR,神经元以及各类胶质细胞的单位面积数量未见明显差异.结论 GHR阳性神经元主要集中在下丘脑PVN,敲除发育大脑神经元的GHR不能明显改变各种神经元和神经胶质等细胞的形态和密度.
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编辑人员丨1个月前
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人类白细胞抗原-DQA1、细胞色素P4503A5*3基因多态性与特发性膜性肾病遗传易感性关联性研究
编辑人员丨2024/8/17
目的:探讨分析人类白细胞抗原(HLA)-DQA1、细胞色素P450(CYP)3A5*3基因多态性与特发性膜性肾病(IMN)遗传易感性的关联性.方法:将IMN患者62例作为研究组,另将健康者62例作为对照组.采用聚合酶链反应(PCR)技术和基因测序技术检测入组患者的HLA-DQA1(rs2187668)、CYP3A5*3(rs776746)基因型,判断各基因型与IMN患者的关系.结果:研究组中HLA-DQA1 rs2187668基因型AA占比高于对照组(P<0.05),基因型GG、AG占比低于对照组(均P<0.05);研究组等位基因A占比高于对照组(P<0.05).研究组与对照组CYP3A5*3 rs776746不同基因型占比及等位基因占比比较无统计学差异(均P>0.05).HLA-DQA1 rs2187668AA基因型IMN患者24 h尿蛋白量和血肌酐水平显著高于AG和GG型,肾小球滤过率显著低于AG和GG型(均P<0.05).结论:HLA-DQA1 rs2187668位点的基因多态性与IMN的发生有关,AA基因型和等位基因A可增加IMN易感性.
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编辑人员丨2024/8/17
