目的:分析云南省昆明市2016－2018年MSM中HIV-1分子网络的特征，探讨HIV-1传播网络的危险因素，为干预的有效实施提供依据。方法:2016－2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份，通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因，按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络，对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列，检测到7种HIV-1基因型，其中以CRF07_BC（49.2%，226/459）和CRF01_AE（40.3%，185/459）为主，其他基因型包括URFs（4.8%，22/459）、CRF08_BC（3.1%，14/459）、CRF55_01B（1.7%，8/459）、B亚型（0.7%，3/459）和CRF68_01B（0.2%，1/459）。共163条序列进入网络，入网率为35.5%（163/459），形成56个簇，簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析，发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大；多因素logistic回归分析结果显示，性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素；按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准，有6个传播簇可判定为活跃传播簇，外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂，进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴，活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预，本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。

目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者，收集其流行病学信息，采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析，采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因，并进行基因分型，采用MEGA 6.06软件构建系统进化树，采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸，采用Distance程序计算 gag，以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列，其中以男性居多(250例，61.9%)，年龄为40~59岁者占59.7%(241/404)，传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%)，CRF01_AE 74例(18.3%)，独特重组型(unique rebombinant form，URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%)，C亚型34例(8.4%)，其他亚型28例(6.9%)，B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现，CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇，2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异，分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002，差异有统计学意义( F＝118.33， P<0.001)。3种主要亚型中， gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215，差异有统计学意义( F＝1.35， P<0.001)；p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475，差异有统计学意义( F＝1.59， P<0.001)；p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595，差异有统计学意义( F＝1.61， P<0.001)；p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026，差异有统计学意义( F＝4.24， P<0.001)；p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353，差异有统计学意义( F＝10.68， P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型，CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式，不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同，应加强对HIV变异毒株的监测，控制其流行蔓延。

目的:对河南省艾滋病患者抗病毒治疗（ART）失败后的基因型耐药检测，分析ART失败的耐药特征。方法:研究对象为2018年1月至2021年5月河南省18个城市接受ART时间≥6个月且病毒载量≥1 000拷贝数/ml艾滋病患者，收集艾滋病患者血液样本、社会人口学特征和ART信息。采用In-house方法进行HIV-1基因型耐药检测，将基因序列提交到美国斯坦福HIV-1耐药数据库分析耐药突变位点和药物耐药情况。结果:在887例ART失败的艾滋病患者中，样本成功扩增率为91.54%（812/887），总耐药率为83.25%（676/812），其中核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）、非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）、蛋白酶抑制剂（PIs）和整合酶抑制剂（INSTIs）的耐药率分别为73.40%（596/812）、80.54%（654/812）、5.54%（45/812）和2.56%（17/663），4类药物的耐药率差异有统计学意义（ χ2=1 686.34， P<0.001），对2类药物同时耐药率为66.38%（539/812），对3类药物同时耐药率为5.79%（47/812）。共检出9个HIV-1基因亚型，以B亚型为主（59.61%，484/812），其次是CRF01_AE亚型（22.17%，180/812）和CRF07_BC亚型（9.48%，77/812），不同基因亚型的耐药率差异有统计学意义（ χ2=21.33， P=0.001）。NRTIs相关突变位点中，M184V/I突变率最高（63.42%，515/812），其次是K65R（27.46%，223/812）；NNRTIs相关突变位点中，突变率位居前3位的是K103N/S（34.98%，284/812）、G190A/S（26.11%，212/812）和V106M/I（24.63%，200/812）；PIs相关突变位点中，突变率位居前3位的是M46I（4.31%，35/812）、V82A/F（3.82%，31/812）和I54V/MV（3.69%，30/812）；INSTIs相关突变位点中，E157Q/EQ突变率最高（3.47%，23/663），其次是R263K和G140A（均为0.75%，5/663）。在NRTIs中，拉米夫定和恩曲他滨以高度耐药为主（65.52%，532/812）；在NNRTIs中，奈韦拉平（77.46%，629/812）和依非韦伦（71.18%，578/812）以高度耐药为主；在PIs中，洛匹那韦/利托那韦中/高度耐药占比仅为4.19%（34/812）；在INSTIs中，艾维雷韦和拉替拉韦中、高度耐药分别占1.66%（11/663）和1.21%（8/663），未发现比克替拉韦和多替拉韦的高度耐药。 结论:河南省艾滋病患者ART失败的耐药率高，表现以NRTIs和NNRTIs耐药率高、耐药突变多样且复杂为特点。建议选择高耐药屏障药物，同时加强ART后病毒载量和耐药监测。

目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)流行株的分子传播网络，探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者/艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者为研究对象，采集其血样并收集其基本人口学及流行病学信息。从血浆中提取RNA，运用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因序列，构建进化树判定亚型。计算两两序列间的基因距离，筛选最佳基因遗传距离阈值，构建分子传播网络。统计学方法采用 χ2检验。 结果:成功获得336份样本的 pol区基因序列，共检出11种亚型，以流行重组型(circulating recombinant form，CRF)07_BC亚型[40.8%(137/336)]和CRF01_AE亚型[31.2%(105/336)]为主。以1.0%的基因遗传距离阈值绘制HIV-1分子传播网络，119例患者共形成38个分子簇(簇内患者数为2～28例)，以男性为主[82.4%(98/119)] ，以年龄≥40岁者居多[52.9%(63/119)]，主要感染CRF07_BC亚型[57.1%(68/119)]和CRF01_AE亚型[24.4%(29/119)]，其中CRF07_BC入网率[49.6%(68/137)]高于CRF01_AE入网率[27.6%(29/105)]，差异有统计学意义( χ2＝5.27， P＝0.022)；存在2个较大分子簇C1(含28例患者)和C2(含11例患者)，C1中男男同性传播占60.7%(17/28)，C2中男男同性传播有7例。高传播风险病例普遍通过手机交友软件在本地或邻近城市寻找性伴侣，所感染的HIV-1序列多与其他经济发达地区(广东省、北京市和杭州市等)的HIV-1毒株序列存在较高同源性。 结论:浙江省嘉兴市和湖州市的HIV-1亚型多样，以CRF07_BC和CRF01_AE为主。该地区HIV-1传播网络特征复杂，其中高传播风险病例可能是导致浙江省北部区域HIV-1流行的关键因素，因此亟需深化传播网络监测体系，及时制订精准干预和防治策略。

目的:通过突变的方式构建含有鼠 Thy1.1基因或鼠 Thy1.2基因的HIV-1 CRF07_BC感染性克隆，建立CRF07_BC亚型体外竞争试验。 方法:用鼠 Thy1.1基因和鼠 Thy1.2基因替换CRF07_BC亚型感染性克隆pXJDC6291-13 Nef区前218个碱基，构建成CRF07_BC感染性克隆BCEA1和BCEA2质粒。BCEA1和BCEA2进行293T细胞转染后获得病毒，测定病毒滴度，以等比例病毒含量共感染PM1细胞，在感染的第3、4、5、6天收集细胞并用 Thy1.1和 Thy1.2特异性抗体标记细胞，并进行流式细胞检测病毒适应性。通过"TFitness"程序(http：//bis.urmc.rochester.edu/vFitness)计算病毒相对适应性。并观察耐药位点K103 N、多态性位点K166R相对于CRF07_BC亚型相对适应性的影响。 结果:CRF07_BC亚型BCEA1和BCEA2两病毒的相对适应性(1+s)结果为1.06±0.23693，无统计学差异，建立了CRF07_BC亚型体外生长竞争性试验。利用该体外生长竞争试验验证K103 N和K166R突变株与野生株的相对适应性，BCEA2-K103 N/BCEA1相对适应性是0.728282±0.16608、BCEA2-K166R/BCEA1是0.883385±0.19023、BCEA2-K103 N+K166R/BCEA1是0.804604±0.06164。K103耐药位点突变株与野生株相对适应性存在统计学差异。结论:建立HIV-1 CRF07_BC病毒适应性的体外生长竞争试验，基于该体外竞争试验，HIV-1 K103 N的耐药毒株的病毒适应性降低。

目的:了解江苏省艾滋病抗病毒治疗高病毒血症（high-level viremia，HLV）与低病毒血症（low-level viremia，LLV）病人的基因型耐药特征。方法:收集2021年抗病毒治疗满6个月，血浆病毒载量≥50拷贝/毫升的样本，按50~999拷贝/毫升、≥1000拷贝/毫升分为LLV组和HLV组。In-house PCR方法扩增HIV-1 pol区蛋白酶和反转录酶区，并测序获取序列进行耐药突变分析和亚型鉴定。 结果:LLV组242人，耐药率为40.50%；HLV组598人，耐药率为51.34%。LLV组和HLV组亚型均以CRF01_AE和CRF07_BC为主，LLV组占比为38.84%和35.12%，HLV组占比为44.82%和22.75%，亚型构成有统计学差异。LLV组和HLV组蛋白酶耐药突变位点分别以M46（42.86%）和L33（28.57%）为主，核苷类反转录酶耐药突变位点均以M184（45.97%，31.92%）为主，非核苷类反转录酶耐药突变位点均以K103（26.14%%，23.56%）为主。两组耐药类别均以核苷类反转录酶抑制剂与非核苷类反转录酶抑制剂的复合型耐药为主，其次是非核苷类反转录酶抑制剂的单独耐药。结论:应增加对艾滋病抗病毒治疗低病毒血症病人的耐药检测，及时发现耐药并逆转抗病毒治疗失败，以遏制艾滋病毒传播。

目的:分析我国6个省19个城市男男性行为人群（MSM）HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法:2019年4-11月，在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份，提取RNA，反转录后经巢式PCR扩增HIV-1 pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析，构建系统进化树判定病毒基因亚型，提交斯坦福耐药数据库分析耐药。 结果:有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列，检出的HIV-1基因亚型有9种，其中CRF01_AE（43.4%）和CRF07_BC（36.3%）所占比例较大，随后依次为B（6.3%）、CRF55_01B（5.9%）、CRF59_01B（0.8%）、CRF65_cpx（0.8%）、CRF103_01B（0.4%）、CRF67_01B（0.4%）和CRF68_01B（0.2%）；另有26份（5.5%）样本的基因亚型为未知亚型。不同省份之间的基因亚型构成比差异有统计学意义（ χ2=44.141， P<0.001）。总体抗病毒治疗前耐药率为4.6%（22/479），其中对非核苷类反转录酶抑制剂、核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂的耐药率分别为3.5%（17/479）、0.8%（4/479）和0.2%（1/479）。新近感染者的抗病毒治疗前耐药率高于长期感染者，差异有统计学意义（ χ2=4.634， P=0.031）。 结论:我国6个省19个城市MSM 的HIV-1感染者中HIV-1基因亚型多样化，不同省份之间的基因亚型构成比不同；整体抗病毒治疗前耐药率处于低水平，但新近感染者的耐药率较高，建议重点加强此类人群的耐药监测。

目的:研究安徽省合肥市2020年新报告HIV-1感染者的传播性耐药（transmitted drug resistance，TDR）及分子传播网络情况。方法:收集合肥市2020年1—12月新报告HIV-1感染者，扩增 pol基因区（2 253~3 314 nt），判定基因型耐药情况，构建分子传播网络并分析进入网络病例的相关特征。 结果:成功扩增 pol基因区序列376条，主要的毒株为CRF07_BC（157，41.8%）和CRF01_AE（136，36.2%）。新报告感染者TDR为2.7%（10/376），10例携带监测性耐药突变（surveillance drug resistance mutation，SDRM），并且毒株CRF55_01B所占比例较大（4/10）。分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络，CRF01_AE的大型网络以已婚中年男男性行为者（men who have sex with men，MSM）为主，而CRF07_BC则以教育水平较高的未婚MSM为主。通过logistic回归分析入网的影响因素发现CD4细胞计数在200~500个/μL者（ aOR=3.219，95% CI：1.226~8.452）与CD4细胞计数>500个/μL者（ aOR=5.375，95% CI：1.664~17.364）更易进入网络。 结论:合肥地区2020年新报告HIV-1感染人群以中青年MSM为主，TDR较低，但要加强CRF55_01B的耐药监测。

目的:分析2022—2023年西安市接受初始抗逆转录病毒治疗病例治疗前HIV-1基因耐药特征及亚型分布情况。方法:募集2022年5月至2023年3月西安市初始ART病例，采集静脉抗凝全血303份，提取病毒RNA，经反转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因片段，进行Sanger测序。获得的 pol基因片段序列经COMET HIV-1判断亚型，并经Los Alamos国家实验室HIV BLAST和RIP工具验证亚型。用斯坦福大学HIV耐药数据库HIVdb Program工具对序列信息进行耐药解析。 结果:303例样本PCR扩增成功并获得 pol基因片段序列260例。共检测到10种亚型或流行重组型，以CRF07_BC为主（55.77%），其次为CRF01_AE（32.69%）、CRF55_01B（4.62%）和B亚型（2.69%）。20例存在治疗前耐药相关突变（DRMs）并对一线治疗药物存在低度到高度耐受，总体治疗前耐药率为7.69%。CRF01_AE毒株耐药占比最高（3.46%）；其次是CRF07_BC（1.92%）和CRF55_01B（1.15%）。非核苷类逆转录酶抑制剂耐药发生率最高，以依非韦伦和奈韦拉平药物耐药发生最常见。 结论:西安市治疗前HIV-1基因型耐药发生水平较高（7.69%），应加强治疗前耐药监测检测，分析HIV-1耐药毒株传播来源，为临床用药和个体化治疗提供数据支持。

目的:分析嘉兴市HIV/AIDS的感染和传播关系，探索区域HIV-1分子传播网络特征，为制定针对性的防控措施提供依据。方法:以2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS为研究对象，收集社会人口学、感染和传播等相关信息。采集血样并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因序列，采用Mega 6.0软件构建系统进化树进行HIV-1亚型分析。计算研究对象的HIV-1基因序列遗传距离，筛选构建分子传播网络的基因距离阈值，使用Cytoscape 3.6.0软件绘制分子传播网络。对基于分子传播网络的流行病学调查结果进行分析。 结果:研究对象HIV/AIDS 517例中，HIV-1基因序列包括15种基因亚型，以CRF01_AE（37.1%）、CRF07_BC（36.2%）和CRF08_BC（11.8%）为主。在1.0%的基因距离阈值下构建HIV-1分子传播网络，形成87个分子簇，总体入网率为45.8%（237/517）。多因素logistic回归分析结果显示，60~81岁年龄组（与14~24岁年龄组相比， OR=2.690，95% CI：1.058~6.844）、已婚（与未婚相比， OR=1.698，95% CI：1.003~2.875）、CRF07_BC亚型（与CRF01_AE亚型相比， OR=2.203，95% CI：1.426~3.404）的HIV-1分子成簇风险较高。分子传播网络中最大的CRF07_BC-1分子簇包括50例（2017年入网21例，2018年新增入网29例）HIV/AIDS，未婚（与已婚相比， OR=2.482，95% CI：1.140~5.402）、同性性传播（与异性性传播相比， OR=3.163，95% CI：1.543~6.483）、疑似高传播风险HIV/AIDS（与其他HIV/AIDS相比， OR=7.631，95% CI：1.783~32.654）、确证地在南湖区和平湖市［与其他区（县）相比， OR=2.225，95% CI：1.074~4.608］是进入最大簇的主要危险因素。该分子簇包含7例疑似高传播风险HIV/AIDS，均为同性性传播；自我报告首次发生男男性行为的时间范围为2010-2018年，确证前2年内的同性性伴数为20（ P 25， P 75：10，100）；其中6例自我报告有近期在南湖区某MSM交友活动场所寻找性伴活动史。 结论:2017-2018年嘉兴市新确证HIV/AIDS的HIV-1亚型多样，以散发为主，存在地理聚集性和一定数量的疑似高传播风险HIV/AIDS，呈快速传播现象，需开展针对性的强化干预。