目的:应用串联质谱标记（TMT）技术筛选和鉴定酒精性肝病（ALD）患者肝脏组织中的差异蛋白，对脂代谢相关蛋白和通路进行分析，探索其功能及生物学过程。方法:收集符合纳入标准的肝脏组织，筛选出酒精性肝硬化患者样本8例，正常对照组样本3例。采用TMT技术筛选差异蛋白并进行富集信号通路分析和蛋白质网络互作分析，探索其参与的生物学过程。结果:蛋白质组学分析鉴定出2组资料中有2 741种差异蛋白具有统计学意义（ P < 0.05），以 P<0.05且|log 2（foldchange）| >1的标准筛选出差异表达蛋白106种，与对照组相比，ALD组上调蛋白12种，下调蛋白94种。其中，与脂代谢相关的上调差异蛋白有2种，下调差异蛋白有14种。生物信息学分析结果显示这些蛋白在脂代谢中主要参与了脂质转运，脂肪酶活性的调节，脂肪酸结合以及胆固醇代谢等生物学过程，并与过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆固醇代谢、甘油三酯代谢及脂肪细胞内脂解的调节等脂代谢相关信号通路密切相关。 结论:16种脂代谢相关差异蛋白可能是ALD发病机制中的关键蛋白。

目的:探讨基于定量蛋白质组学串联质谱标签（TMT）技术筛选糖尿病足皮肤抗菌肽的可行性和价值。方法:收集2017年4月至2018年12月在东南大学附属中大医院行清创手术的糖尿病足患者的下肢溃疡周围皮肤全层和同期行其他手术非糖尿病患者的下肢皮肤全层标本各3例患者标本。利用TMT技术分别对上述标本进行蛋白组学分析，筛选出发生显著变化的差异蛋白。搜索UniProt-GOA数据库对鉴定到的差异蛋白生物学作用阐释。以鉴定到的蛋白为背景，利用Fisher精确检验法评价差异表达蛋白。利用InterPro数据库分析差异表达蛋白功能结构域的富集情况。结果:共发现133个差异蛋白，其中表达上调和下调的蛋白分别为101个和32个。基因本体（GO）富集分析表明，在蛋白生物学过程中最显著富集的过程为对细菌的防御过程，其次为抗菌体液反应过程。共有19个蛋白涉及对细菌的防御反应过程，其中18个蛋白发生了上调，1个蛋白发生了下调。差异蛋白上调倍数达4倍以上的共有8个，分别为蛋白为溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12。共有8个蛋白涉及抗菌体液反应过程，其中7个蛋白与对细菌的防御反应中涉及的蛋白重叠。通过蛋白互作分析显示，差异表达的抗菌反应蛋白形成了一个包含14个节点和34条边的复杂调控网络，平均节点度为4.86，聚类系数为0.652。结论:通过TMT标记蛋白组学技术发现，参与对细菌的防御反应及抗菌体液免疫反应的差异蛋白，如溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12，有望成为治疗糖尿病足感染的新靶点。

目的:探索百草枯（paraquat，PQ）肺损伤的分子机制。方法:6至8周龄的C57BL/6雄鼠按照完全随机化分组的方法分为四组，实验组（共3组，每组9只）经腹腔注射40 mg/kg PQ建立染毒模型，对照组（9只）小鼠腹腔注射同等剂量生理盐水。PQ注射后2 d、7 d和14 d，分别麻醉后处死小鼠取出肺组织，苏木精-伊红染色法（HE）观察肺组织的病理变化，并应用串联质谱标记技术(tandem mass spectrometry tag technology, TMT)分析各时间点实验组与对照组比较，肺组织中差异蛋白表达情况，并进行功能性分析。结果:与对照组比较，PQ-2 d、7 d、14 d分别有91个（69升高，22降低）、160个（103升高，57降低）和78个（45升高，33降低）蛋白的差异表达有统计学意义；亚细胞定位结果显示，与对照组相比，PQ-2 d和PQ-7 d组差异蛋白均以细胞外分布最多，而PQ-14d组中差异蛋白位于细胞核内最多；GO分析显示，与对照组相比，PQ-2d和7 d以体液免疫和凝血相关的反应为主，PQ-14d以中性粒细胞聚集等趋化和调控反应为主；KEGG分析显示，补体-凝血级联在PQ-2 d和7 d组中占据首要地位，而PQ-14 d组中以细胞色素P450对异生物的代谢途径为首。结论:本研究应用TMT技术对PQ中毒小鼠不同时间点的肺脏进行蛋白组学分析，从蛋白分子角度揭示了PQ肺损伤的分子机制，发现并提出体液免疫和补体-凝血途径是PQ肺损伤的关键，为后续临床研究和治疗方向提供了重要的理论基础。

目的:建立股骨干骨折后过度生长动物模型，并通过蛋白质组学研究观察骺板的差异表达蛋白，以期明确股骨干骨折后过度生长的生物学机制。方法:取48只雄性6周龄日本大耳白兔，利用环形剥离股骨干骨膜的方法建立兔股骨干骨折后过度生长动物模型，右侧为手术侧，左侧为假手术侧。术后4周取术侧及假手术侧股骨测量全长，并取股骨远端骺板行串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)定量蛋白质组学分析，通过对差异蛋白行基因本体(gene ontology，GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)分析研究相关蛋白表达变化。另取20只10周龄雄性日本大耳白兔作为空白对照组，测量其双侧股骨长度。对相关差异蛋白行蛋白质印迹法检测。股骨长度差及蛋白表达差异采用Kolmogorov-Smirnov检验验证正态性，F检验验证方差齐性，符合正态分布且方差齐，采用配对 t检验比较分析两侧股骨长度，独立样本 t检验比较分析手术组与空白组长度差，若不符合正态分布或方差不齐采用秩和检验。GO功能富集分析应用Fisher精确检验。 结果:术后4周，手术组双侧股骨长度差(手术侧-假手术侧)为(0.62±0.63)mm，空白组双侧股骨长度差(右侧-左侧)为(-0.025±0.26)mm，组间比较，差异有统计学意义( P<0.001)。共鉴定出283种差异蛋白，GO分析提示差异蛋白富集于细胞代谢、胞内结构、有机环状化合物结合等，KEGG富集提示差异蛋白通路集中于核糖体、蛋白质外排、剪切体、细胞凋亡及内质网中蛋白质加工等。蛋白质印迹法检测提示X型胶原蛋白α1链(type X collagen alpha 1 chain，COL10A1)在过度生长的股骨远端骺板软骨中表达上调。 结论:通过骨膜环切法可建立股骨过度生长的动物模型，COL10A1可能参与股骨过度生长的生物学行为。

目的:探讨基于串联质谱标签（Tandem Mass Tags，TMT）的蛋白质组学技术鉴定和分析先天性胫骨假关节（congenital pseudarthrosis of the tibia，CPT）病变骨膜组织中的差异表达蛋白。方法:取CPT伴神经纤维瘤病1型（neurofibromatosis type 1，NF1）患者（NF1-CPT组）、CPT不伴NF1患者（非NF1-CPT组）和开放性胫骨骨折患者（对照组）的胫骨骨膜标本。采用基于TMT的蛋白质组学技术，对各组胫骨病变骨膜组织中差异表达的蛋白质进行鉴定和分析。设定倍数变化≥1.5或≤0.66且 P值<0.05作为筛选差异表达蛋白的阈值。以在线工具DAVID和STRING生物信息学资源用于生成差异蛋白的GO注释、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）。 结果:NF1-CPT组中有347种差异表达的蛋白质，其中212种上调、135种下调；非NF1-CPT组中有467种差异蛋白，其中281种上调、186种下调。NF1-CPT组与非NF1-CPT组共有差异蛋白231种，除HLA-DRB1（在NF1-CPT组中上调而在非NF1-CPT组中下调）外，其余230种差异蛋白在两组中表达趋势相同（上调117种、下调113种）。有116种蛋白质仅在NF1-CPT组中发生改变（上调94种、下调22种），236种蛋白质仅在非NF1-CPT组中改变（上调164种、下调72种）。与非NF1-CPT相比，NF1-CPT组的47种蛋白质变化1.5倍（ P<0.05）。 结论:CPT病变骨膜组织与正常胫骨骨膜组织蛋白表达存在差异，NF1-CPT与非NF1-CPT的病变骨膜蛋白表达也存在差异，有助于对CPT发病机制的理解。

目的:对先天性肾盂输尿管连接部(ureteropelvic junction，UPJ)狭窄患儿狭窄段输尿管组织与邻近正常输尿管组织进行比较蛋白质组学研究，探索先天性UPJ狭窄的可能病因及发病机制。方法:以厦门大学附属第一医院收治的30例先天性UPJ狭窄并在本院行Anderson-Hynes术的患儿为研究对象，标本离体后立即取狭窄段输尿管组织(A组， n＝30)及与狭窄段远端邻近的正常输尿管组织(B组， n＝30)。采用基于串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)标记的高通量蛋白质组相对定量方法对两组中的差异蛋白进行高通量筛选，随后对筛选出的差异蛋白进行平行反应监测(parallel reaction monitoring，PRM)的靶向蛋白质组学定量验证，利用生物信息学方法对差异蛋白进行基因本体(gene ontology，GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)通路注释的富集分析，并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络进行分析。 结果:两组标本共鉴定出蛋白质6 093种，包含差异蛋白160种，其中表达上调的65种，表达下调的95种。进行PRM相对定量分析的9种目标蛋白中，碳酸酐酶1等7种蛋白质在A组与B组的蛋白含量比值，在PRM和TMT的定量结果中均小于1；磷脂酰肌醇蛋白聚糖-6和具有多重剪接的RNA结合蛋白在A组与B组的蛋白含量比值，在PRM和TMT的定量结果中均大于1。GO功能富集分析发现，两组中差异表达蛋白质在体液免疫反应、抗微生物体液反应、对真菌的反应、对真菌的防御反应和对细菌的防御反应等生物学过程的GO功能富集度具有高的显著性水平( P<0.05)。KEGG通路富集分析结果表明，氮代谢、PPAR信号通路等20条信号通路富集度具有高的显著性水平( P<0.05)。在PPI网络中，连接度最高的蛋白质是：中性粒细胞弹性蛋白酶(连接度为9)和组织蛋白酶抑制素抗菌肽(连接度为8)。 结论:比较蛋白质组学研究结果提示，先天性UPJ狭窄的发病与微生物感染相关，这为进一步研究先天性UPJ狭窄的病因及发病机制提供了参考。

免疫调节剂来那度胺是治疗多发性骨髓瘤（MM）的主要药物，并且与其他药物如蛋白酶体抑制剂和皮质类固醇的联合应用可以诱导大多数患者缓解，然而几乎所有患者都会因多发性骨髓瘤细胞获得性耐药而复发。为探究耐药的非遗传机制，该研究纳入了5例具有纵向骨髓样本的患者，4例在来那度胺治疗期间进展，1例在来那度胺治疗后进展，收集5例患者治疗前和复发时的骨髓样本，进行基于串联质谱标记技术（TMT）的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析和RNA测序。通过蛋白质定量组学分析，该研究发现，与治疗前样本相比，复发组中前6位上调的蛋白分别是TRIP13、RRM1、NCAPD2、NCAPH、MORF4L1和CKD6。磷酸化蛋白质组学分析发现134个显著变化磷酸化肽段，仅15个的蛋白表达发生变化，说明大多数磷酸化水平发生变化的位点其蛋白质表达水平并未改变。通过对5对样本进行RNA测序发现，在上调最高的蛋白中，有丝分裂调节蛋白TRIP13和NCAPH的RNA/蛋白表达Pearson相关系数最高为0.84，其次是NCAPD2（0.67）、RRM1（0.6）和CDK6（0.39）。在MM中，蛋白质和RNA的低相关性意味着高程度的转录和翻译后调控。

目的:探讨最大限度经尿道膀胱肿瘤切除术(cTURBT)后同步放化疗的三联治疗(TMT)方案对浸润性膀胱癌的安全性和疗效。方法:本研究前瞻性纳入2016年3月至2021年10月重庆大学附属肿瘤医院收治的拒绝行根治性膀胱切除术(RC)、拟行TMT的患者。纳入标准：①患者强烈拒绝RC；②性别不限，年龄<80岁；③肿瘤大小不限，可经尿道完全切除膀胱肿瘤，切除肿瘤后可改善肾积水；④术后病理诊断为尿路上皮癌，可合并原位癌；⑤反复复发的T 1G 3(或高级别)非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)，或cT 2~4a期肌层浸润性膀胱癌(MIBC)；⑥术前胸腹部CT或MRI等检查未见明确转移；⑦血红蛋白≥100 g/L、白细胞计数≥4×10 9/L、血小板计数≥100×10 9/L，肝肾功能无异常。排除标准：①肿瘤侵犯膀胱颈或前、后尿道；②有膀胱挛缩、严重尿道狭窄等储、排尿功能异常；③影像学检查提示区域淋巴结转移和远处转移；④电切术后肾积水无改善；⑤有明确的放化疗禁忌证；⑥伴不可控的高血压病、糖尿病、冠心病等基础疾病。纳入患者行cTURBT后，采用紫杉醇(第1天，50 mg/m 2)联合顺铂(第1~2天，20 mg/m 2)化疗同步放疗(2 Gy/次/天)的诱导治疗4周，经膀胱镜和影像学检查评估无复发、转移后再采用上述放化疗方案巩固治疗2.5周(放疗总剂量为64 Gy)。记录TMT组的放化疗不良反应，采用FACT-P量表评估患者生活质量，影像学和膀胱镜检查评估膀胱复发、远处转移。采用倾向评分匹配方法，回顾性分析同期我院79例行RC的膀胱癌患者的病例资料，男67例，女12例；年龄44~86岁。RC术前影像学检查未见明确的淋巴结和远处转移，术后病理均为膀胱尿路上皮癌。随访RC组术后肿瘤进展和生存情况。采用Kaplan-Meier法计算TMT组和RC组的生存率，比较两组的生存情况。 结果:本研究TMT组共纳入30例患者，男25例，女5例；年龄32~76岁。临床分期cT 1期7例(23.3%)，cT 2期19例(63.3%)，cT 3期、cT 4a期各2例(6.7%)。治疗中共发生放化疗不良反应132例次，其中Ⅳ级4例，无肠漏和因并发症死亡患者。治疗前，以及治疗后6、12个月FACT-P量表中负面问题评分分别为(3.22±0.67)分、(1.30±0.63)分和(0.87±0.69)分，差异有统计学意义( F＝129.081， P<0.001)。26例(86.7%)成功保留膀胱，2例(6.7%)行挽救性RC，2例(6.7%)膀胱复发后拒绝治疗死亡。TMT组和RC组中位随访时间分别为19.5(6.8~44.5)个月和35.5(18.8~53.3)个月( z＝-1.998， P＝0.046)。至随访结束，26例保留膀胱患者中存活4、5、6年者分别为8、4、2例。TMT组7例(23.3%)出现膀胱复发，3例(10.0%)出现远处转移，因病情进展死亡6例(20.0%)。TMT组和RC组无进展生存率分别为66.7%和80.0%(χ 2＝1.047， P＝0.306)，总生存率分别为80.0%和80.0%(χ 2＝0.482， P＝0.488)，差异无统计学意义。 结论:TMT保留膀胱综合治疗方案用于浸润性膀胱癌的安全性高，在提高患者生活质量的同时对肿瘤控制良好，可作为RC的补充治疗方案。

目的:采用串联质谱标签（TMT）联合液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）筛选免疫介导性脱髓鞘疾病诊断与鉴别诊断的潜在生物标志物。方法:选择首都医科大学附属北京天坛医院2020年1月至2021年1月收治的20例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘组），包括10例吉兰-巴雷综合征（GBS）患者（GBS亚组）与10例多发性硬化（MS）患者（MS亚组）。以及10例神经系统非炎性疾病（NND）患者（NND组），通过TMT蛋白质组学技术筛选出脱髓鞘组与NND组、GBS亚组与MS亚组间具有表达差异的蛋白质（差异倍数>2或<0.5且差异有统计学意义），借助String数据库对组间差异蛋白质所参与的通路进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。另选择同期就诊的80例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘病验证组）以及40名健康体检者（健康对照组）用于血脂一般指标的回顾性分析，脱髓鞘病验证组包括40例GBS患者（GBS验证组）及40例MS患者（MS验证组）。绘制受试者工作特征（ROC）曲线评价血脂一般指标对脱髓鞘病诊断及GBS与MS间鉴别诊断的价值。结果:经TMT蛋白质组学技术检测出362种蛋白质，脱髓鞘组与NND组比较共有101个差异蛋白，GBS亚组与MS亚组比较共有45个差异蛋白。GO富集分析结果显示，脱髓鞘组与NND组相比，富集度前5条通路为巨噬细胞集落刺激因子及受体复合物、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、含甘油三酯丰富的脂蛋白颗粒重构、胆固醇逆向转运。GBS亚组与MS组相比，富集度前5条通路为高密度脂蛋白颗粒受体结合、极低密度脂蛋白颗粒重塑负调控、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、中等密度脂蛋白颗粒。KEGG富集分析显示，脱髓鞘组与NND组的差异蛋白富集到8条通路，为磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、补体和凝固级联反应、细胞外基质及其受体交互、金黄色葡萄球菌感染、胆固醇代谢、Ras信号通路、吞噬体、丝裂原活化蛋白激酶信号通路。GBS亚组与MS亚组的差异蛋白富集到9条通路，为胆固醇代谢、补体和凝固级联反应、血小板激活、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、维生素消化吸收、新型冠状病毒感染、脂肪消化吸收、轴突引导、中性粒细胞胞外陷阱形成通路。脱髓鞘病验证组与健康对照组比较，甘油三酯（TG）、总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）及载脂蛋白（apo）B水平较高（ P均<0.01），高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）及apoA1水平较低（ P均<0.01）。GBS验证组与MS验证组比较，LDL-C及apoB水平较高，HDL-C及apoA1水平较低（ P均<0.05）。TG、TC、HDL-C、LDL-C、apoA1与apoB单独及联合检测对免疫介导性脱髓鞘病诊断的ROC曲线下面积分别为0.746、0.643、0.798、0.703、0.806、0.708和0.868。HDL-C、apoA1、LDL-C及apoB单独及联合检测对与GBS与MS鉴别诊断的ROC曲线下面积分别为0.692、0.653、0.632、0.695和0.718。 结论:免疫介导性脱髓鞘疾病患者与NND、GBS与MS患者脑脊液蛋白质组学存在差异，且差异蛋白主要存在于血脂代谢相关通路，血脂相关指标或可作为今后免疫介导性脱髓鞘疾病诊断及鉴别诊断的生物标志物。

目的:观察齐拉西酮联合奥氮平治疗高龄难治性精神分裂症的效果及对患者认知功能、血清白蛋白、尿酸、总胆红素水平的影响。方法:选取2016年12月至2018年12月在舟山市第二人民医院治疗的高龄难治性精神分裂症患者100例，采用双盲法分为对照组和观察组各50例，对照组给予奥氮平治疗，观察组在对照组基础上给予齐拉西酮联合治疗。比较两组治疗总有效率；比较两组治疗前后阳性与阴性症状量表评分(PANSS)及韦氏记忆量表(WMS)、连线测验(TMT)评分；比较两组治疗前后血清白蛋白(ALB)、尿酸(UA)、总胆红素(TBiL)水平；统计两组不良反应发生情况。结果:观察组治疗总有效率高于对照组(92.00%比76.00%，χ 2＝4.762， P＝0.029)，治疗后ALB、UA、TBiL水平及WMS评分均高于对照组( t＝9.254， P＝0.000； t＝2.739， P＝0.007； t＝4.762， P＝0.029； t＝4.221， P＝0.000)，PANSS、TMT评分均低于对照组[(62.53±12.86)分比(70.53±4.86)分， t＝2.879， P＝0.005；(115.69±23.05)分比(142.65±28.31)分， t＝5.168， P＝0.000]；两组治疗期间不良反应发生率差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:齐拉西酮联合奥氮平治疗高龄难治性精神分裂症有效率高，能缓解认知功能障碍，改善血浆非酶类抗氧化物水平。