目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义( t＝11.977， P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:应用串联质谱标记（TMT）技术筛选和鉴定酒精性肝病（ALD）患者肝脏组织中的差异蛋白，对脂代谢相关蛋白和通路进行分析，探索其功能及生物学过程。方法:收集符合纳入标准的肝脏组织，筛选出酒精性肝硬化患者样本8例，正常对照组样本3例。采用TMT技术筛选差异蛋白并进行富集信号通路分析和蛋白质网络互作分析，探索其参与的生物学过程。结果:蛋白质组学分析鉴定出2组资料中有2 741种差异蛋白具有统计学意义（ P < 0.05），以 P<0.05且|log 2（foldchange）| >1的标准筛选出差异表达蛋白106种，与对照组相比，ALD组上调蛋白12种，下调蛋白94种。其中，与脂代谢相关的上调差异蛋白有2种，下调差异蛋白有14种。生物信息学分析结果显示这些蛋白在脂代谢中主要参与了脂质转运，脂肪酶活性的调节，脂肪酸结合以及胆固醇代谢等生物学过程，并与过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆固醇代谢、甘油三酯代谢及脂肪细胞内脂解的调节等脂代谢相关信号通路密切相关。 结论:16种脂代谢相关差异蛋白可能是ALD发病机制中的关键蛋白。

目的:探讨基于定量蛋白质组学串联质谱标签（TMT）技术筛选糖尿病足皮肤抗菌肽的可行性和价值。方法:收集2017年4月至2018年12月在东南大学附属中大医院行清创手术的糖尿病足患者的下肢溃疡周围皮肤全层和同期行其他手术非糖尿病患者的下肢皮肤全层标本各3例患者标本。利用TMT技术分别对上述标本进行蛋白组学分析，筛选出发生显著变化的差异蛋白。搜索UniProt-GOA数据库对鉴定到的差异蛋白生物学作用阐释。以鉴定到的蛋白为背景，利用Fisher精确检验法评价差异表达蛋白。利用InterPro数据库分析差异表达蛋白功能结构域的富集情况。结果:共发现133个差异蛋白，其中表达上调和下调的蛋白分别为101个和32个。基因本体（GO）富集分析表明，在蛋白生物学过程中最显著富集的过程为对细菌的防御过程，其次为抗菌体液反应过程。共有19个蛋白涉及对细菌的防御反应过程，其中18个蛋白发生了上调，1个蛋白发生了下调。差异蛋白上调倍数达4倍以上的共有8个，分别为蛋白为溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12。共有8个蛋白涉及抗菌体液反应过程，其中7个蛋白与对细菌的防御反应中涉及的蛋白重叠。通过蛋白互作分析显示，差异表达的抗菌反应蛋白形成了一个包含14个节点和34条边的复杂调控网络，平均节点度为4.86，聚类系数为0.652。结论:通过TMT标记蛋白组学技术发现，参与对细菌的防御反应及抗菌体液免疫反应的差异蛋白，如溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12，有望成为治疗糖尿病足感染的新靶点。

目的:探索百草枯（paraquat，PQ）肺损伤的分子机制。方法:6至8周龄的C57BL/6雄鼠按照完全随机化分组的方法分为四组，实验组（共3组，每组9只）经腹腔注射40 mg/kg PQ建立染毒模型，对照组（9只）小鼠腹腔注射同等剂量生理盐水。PQ注射后2 d、7 d和14 d，分别麻醉后处死小鼠取出肺组织，苏木精-伊红染色法（HE）观察肺组织的病理变化，并应用串联质谱标记技术(tandem mass spectrometry tag technology, TMT)分析各时间点实验组与对照组比较，肺组织中差异蛋白表达情况，并进行功能性分析。结果:与对照组比较，PQ-2 d、7 d、14 d分别有91个（69升高，22降低）、160个（103升高，57降低）和78个（45升高，33降低）蛋白的差异表达有统计学意义；亚细胞定位结果显示，与对照组相比，PQ-2 d和PQ-7 d组差异蛋白均以细胞外分布最多，而PQ-14d组中差异蛋白位于细胞核内最多；GO分析显示，与对照组相比，PQ-2d和7 d以体液免疫和凝血相关的反应为主，PQ-14d以中性粒细胞聚集等趋化和调控反应为主；KEGG分析显示，补体-凝血级联在PQ-2 d和7 d组中占据首要地位，而PQ-14 d组中以细胞色素P450对异生物的代谢途径为首。结论:本研究应用TMT技术对PQ中毒小鼠不同时间点的肺脏进行蛋白组学分析，从蛋白分子角度揭示了PQ肺损伤的分子机制，发现并提出体液免疫和补体-凝血途径是PQ肺损伤的关键，为后续临床研究和治疗方向提供了重要的理论基础。

免疫调节剂来那度胺是治疗多发性骨髓瘤（MM）的主要药物，并且与其他药物如蛋白酶体抑制剂和皮质类固醇的联合应用可以诱导大多数患者缓解，然而几乎所有患者都会因多发性骨髓瘤细胞获得性耐药而复发。为探究耐药的非遗传机制，该研究纳入了5例具有纵向骨髓样本的患者，4例在来那度胺治疗期间进展，1例在来那度胺治疗后进展，收集5例患者治疗前和复发时的骨髓样本，进行基于串联质谱标记技术（TMT）的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析和RNA测序。通过蛋白质定量组学分析，该研究发现，与治疗前样本相比，复发组中前6位上调的蛋白分别是TRIP13、RRM1、NCAPD2、NCAPH、MORF4L1和CKD6。磷酸化蛋白质组学分析发现134个显著变化磷酸化肽段，仅15个的蛋白表达发生变化，说明大多数磷酸化水平发生变化的位点其蛋白质表达水平并未改变。通过对5对样本进行RNA测序发现，在上调最高的蛋白中，有丝分裂调节蛋白TRIP13和NCAPH的RNA/蛋白表达Pearson相关系数最高为0.84，其次是NCAPD2（0.67）、RRM1（0.6）和CDK6（0.39）。在MM中，蛋白质和RNA的低相关性意味着高程度的转录和翻译后调控。

目的:定量分析SD大鼠非动脉炎性前部缺血性视神经病变(NAION)模型中视神经组织蛋白表达变化，并对差异蛋白进行生物信息学分析。方法:选取10只8周龄体质量200~250 g的SPF级雄性SD大鼠，采用孟加拉玫瑰红联合激光光动力方法建立NAION模型，最终选取4只造模成功的大鼠作为NAION模型组，同时取4只体质量和周龄相匹配的健康、无眼疾SD大鼠作为正常对照组。于造模后7 d，分离各组大鼠球后视神经，采用酶切法进行样本制备，采用同位素标记相对和绝对定量标记结合液相色谱-串联质谱技术对组织蛋白进行质谱鉴定和定量检测，选取组间表达倍数大于1.5倍且差异有统计学意义( P<0.05)的蛋白为差异蛋白，并对差异蛋白进行生物信息学分析。 结果:造模后3 d，NAION模型组大鼠视盘隆起，荧光素眼底血管造影图像显示视盘区有荧光素钠渗漏，模型建立成功。共鉴定出1 291个可定量蛋白，其中差异蛋白80个。与正常对照组比较，NAION模型组中表达上调的蛋白5个，表达下调的蛋白75个。V型胶原α1链(Col5A1)和cAMP依赖性蛋白激酶催化亚基β(Prkacb)、G蛋白相关支架蛋白(Dlg1)等蛋白表达升高；神经微丝蛋白(Nefm)、微管相关蛋白1b(Map1b)、Ras相关蛋白(Rala)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2(Pkn2)、血小板活化因子乙酰水解酶IB亚基(Pafah1b1)等蛋白表达降低。差异蛋白主要参与细胞骨架的调节、细胞对缺氧的反应、轴突生成及延伸、突触调节、神经元凋亡调控、轴浆运输等生物学进程。京都基因与基因组通路富集分析结果显示，差异蛋白主要参与代谢通路、突触囊泡循环、血小板活化等信号通路。结论:神经生长、能量代谢、轴浆运输及凋亡等信号通路相关蛋白的表达共同参与NAION中神经细胞的凋亡。

目的:观察质量分数1%阿托品对豚鼠形觉剥夺性近视(FDM)进展的防控作用及其潜在的生物学机制。方法:选取屈光状态正常的3周龄三色豚鼠69只，采用随机数字表法将其随机分为正常对照组19只、FDM模型组19只、FDM+阿托品组19只和阿托品组12只。采用半透明乳胶气球遮盖右眼的方法建立FDM模型，正常对照组不进行实验干预；FDM模型组单纯遮盖右眼4周；FDM+阿托品组遮盖右眼4周，同时每日使用1%阿托品凝胶点眼1次；阿托品组每日使用1%阿托品凝胶点眼1次，共4周。分别于实验前、实验2周和实验4周时采用带状光检影镜进行屈光度测定，采用眼科A型超声仪测量眼轴长度。实验4周时采集完整眼球制作石蜡切片，光学显微镜下观察巩膜组织形态学变化；采集后极部巩膜组织，透射电子显微镜下观察巩膜组织超微结构变化；采用相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)联合液相色谱－串联质谱(LC-MS/MS)技术进行巩膜组织蛋白质质谱检测。结果:正常对照组、FDM模型组、FDM+阿托品组和阿托品组实验眼不同时间点屈光度总体比较，差异均有统计学意义( F分组＝138.892， P<0.001； F时间＝167.270， P<0.001)，其中FDM模型组实验2周和4周、FDM+阿托品组实验4周较正常对照组屈光度向近视化方向发展，实验2周和4周FDM+阿托品组较FDM模型组屈光度向远视化方向发展，屈光度比较差异均有统计学意义(均 P<0.001)。正常对照组、FDM模型组、FDM+阿托品组和阿托品组实验眼不同时间点眼轴长度总体比较差异均有统计学意义( F分组＝32.346， P<0.001； F时间＝353.797， P<0.001)，其中FDM模型组实验2周和4周、FDM+阿托品组实验4周眼轴长度均长于相应时间点正常对照组，FDM+阿托品组实验2周和4周眼轴长度均短于相应时间点FDM模型组，差异均有统计学意义(均 P<0.01)。FDM模型组豚鼠后极部巩膜胶原纤维排列疏松且紊乱，FDM+阿托品组后极部巩膜胶原纤维排列较规则。正常对照组、FDM模型组、FDM+阿托品组和阿托品组后极部巩膜厚度值分别为(141.74±16.98)、(101.46±9.15)、(112.74±6.24)和(134.30±18.19)μm，总体比较差异有统计学意义( F＝6.709， P＝0.005)，其中FDM模型组后极部巩膜厚度明显小于正常对照组和FDM+阿托品组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。正常对照组、FDM+阿托品组和阿托品组后极部巩膜胶原纤维直径从内到外逐渐增大，FDM模型组后极部巩膜组织内、中、外层纤维直径均较正常对照组减小。巩膜组织蛋白质组学分析发现，FDM模型组与正常对照组以及FDM+阿托品组与FDM模型组间差异倍数均在1.30倍及以上的蛋白85个，其中阿托品干预上调蛋白38个，下调蛋白47个。GO富集分析发现，生物过程主要涉及生物调节、细胞过程、定位及代谢过程等，分子功能主要涉及结合、催化活性、分子功能调控、分子活性及转运活性等，细胞成分主要涉及细胞解剖实体、细胞内物质及含蛋白的复合体。 结论:阿托品可增加FDM模型豚鼠巩膜胶原纤维直径，改善胶原纤维排列，抑制巩膜变薄，其控制近视进展的机制可能与巩膜细胞间紧密连接、细胞骨架和细胞外基质重塑密切相关。

目的:比较先天性胫骨假关节(congenital pseudarthrosis of tibia，CPT)和正常儿童血清外泌体中蛋白的表达差异，寻找CPT的可能致病机制。方法:收集湖南省儿童医院6例CPT患儿和4例正常儿童的静脉血，通过分离出静脉血清、提取血清外泌体，使用串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)标记定量蛋白组学技术，确定CPT患儿和正常儿童血清外泌体中的差异表达蛋白，并对差异蛋白进行GO分析、KEGG分析、DisGeNET富集分析及PPI分析。结果:与正常儿童血清中外泌体蛋白相比，CPT来源的血清外泌体中表达上调的蛋白共121个，表达下调的蛋白共289个。KEGG分析结果显示，差异蛋白在补体系统富集最为显著；糖代谢在GO分类中的生物进程中富集；DisGeNET富集分析结果显示，排名前五的疾病中有3种和骨质疏松症有关；PPI富集分析结果显示糖代谢为差异蛋白富集模块之一。结论:补体系统紊乱和细胞能量代谢异常可能是CPT的潜在致病机制。本研究为探索先天性胫骨假关节的病因及发病机制提供了新的思路。

目的:利用定量蛋白组学研究电离辐射对大鼠食管组织中蛋白表达谱的影响，揭示放射性食管炎发生发展潜在的分子机制。方法:将24只雄性SD大鼠按简单随机化方法分为对照组、25 Gy照射组和35 Gy照射组，每组8只。照射后7 d收集食管组织提取总蛋白。通过串联质谱标签(TMT)标记定量蛋白质组学技术和生物信息学分析方法，探究大鼠受照后食管组织蛋白表达谱的变化。利用免疫组织化学法和Western blot法对两个关键蛋白Hp和Ndufs4的表达进行验证。结果:与对照组相比，25 Gy照射后共有847个差异表达蛋白(上调483个，下调364个)，35 Gy照射后共有699个差异表达蛋白(上调443个，下调256个)。不同剂量照射后共同上调的蛋白有326个，主要涉及免疫反应和炎症反应相关的生物学过程和信号通路；共同下调的蛋白有210个，主要涉及能量产生和代谢相关的生物学过程和信号通路。进一步通过蛋白互作(PPI)网络构建，筛选出节点蛋白共155个，其中上调节点蛋白最相关的功能途径分别是先天性免疫应答、补体和凝血级联以及先天性免疫系统，下调节点蛋白最相关的功能途径分别是通过氧化有机化合物获得能量、氧化磷酸化以及三羧酸(TCA)循环和呼吸电子传递。这些功能分别富集到9个补体相关的上调节点蛋白和5个线粒体相关的下调节点蛋白。电离辐射后，Hp蛋白表达显著上调( t ＝ 27.94、10.96， P<0.001)，Ndufs4蛋白表达显著下调( t ＝ 59.27、54.07， P<0.001)，与蛋白测序结果一致。 结论:电离辐射可引起大鼠食管组织中蛋白表达谱的改变，这些差异表达的蛋白涉及到多种免疫过程、炎症反应和能量代谢异常等放射生物学相关的功能通路。筛选验证的关键蛋白可以为放射性食管炎提供潜在的生物标志物。

目的 利用蛋白质组学技术定量分析静脉注射利多卡因(IVL)前后血清中差异蛋白质的表达.方法 选取健康志愿者 5 例,IVL 1.5 mg·kg-1 后再以 3 mg·(kg·h)-1 持续泵注 30 min.IVL前和IVL后 1h各采集静脉血5 mL,通过串联质谱标记及高效液相色谱分离技术鉴定IVL后差异表达蛋白,并采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)数据库分析鉴定差异蛋白的生物学信息.结果 检测到IVL前后的血清中差异蛋白共 15 种,其中上调蛋白 6 种、下调蛋白 9 种.GO分析发现,大部分差异蛋白参与了细胞进程;亚细胞结构定位发现多数差异蛋白定位于细胞外区域及细胞质;功能富集分析发现多数蛋白参与炎性反应调节、B细胞的活化调控和蛋白质加工.上调蛋白组KEGG通路富集到p53 信号通路.通过对上调组和下调组差异蛋白分析,发现差异蛋白依托泊苷诱导的 2.4 号蛋白(EI24)参与p53 信号通路且调控钙离子浓度.结论 IVL可能通过调控依托泊苷诱导的EI24 和上池蛋白(SBSN)抑制肿瘤细胞的发生与发展;EI24 可能通过调控细胞内钙离子浓度参与IVL产生的镇静作用.