目的:采用RNA干扰技术下调DJ-1基因在肺鳞癌细胞HTB-182中的表达，采用串联亲和纯化质谱(TAP-MS)技术寻找DJ-1在HTB-182细胞系中的相互作用蛋白。方法:构建靶向DJ-1基因siRNA慢病毒载体，感染HTB-182细胞(DJ-1 siRNA组)，并设立慢病毒载体对照组(Control siRNA组)及空白对照组，采用Western blot法检测DJ-1蛋白表达水平，建立内源性的DJ-1蛋白表达沉默的si-DJ-1-HTB-182细胞。设计DJ-1的特异性引物，构建带有链霉素结合肽标签(SBP)、钙调蛋白结合肽标签(CBP)的DJ-1表达质粒pNTAP-DJ-1，用脂质体稳定转染细胞系DJ-1 siRNA HTB-182，G418筛选阳性克隆，Western blot进行验证，TAP-MS技术寻找DJ-1的相互作用蛋白。结果:DJ-1 siRNA干扰组中DJ-1的蛋白质表达明显低于空质粒(NC)组和空白对照(BC)组( P<0.05)；成功构建了稳定表达pNTAP-DJ-1质粒的HTB-182细胞系；TAP-MS筛选到DJ-1相互作用的三个蛋白质：细胞角蛋白1(Keratin 1)、细胞角蛋白10(Keratin 10)和NADPH氧化酶活化蛋白P47(P47 Px)。 结论:Keratin 1、Keratin 10和P47 Px可能是DJ-1蛋白的相互作用蛋白。

目的:探讨基于定量蛋白质组学串联质谱标签（TMT）技术筛选糖尿病足皮肤抗菌肽的可行性和价值。方法:收集2017年4月至2018年12月在东南大学附属中大医院行清创手术的糖尿病足患者的下肢溃疡周围皮肤全层和同期行其他手术非糖尿病患者的下肢皮肤全层标本各3例患者标本。利用TMT技术分别对上述标本进行蛋白组学分析，筛选出发生显著变化的差异蛋白。搜索UniProt-GOA数据库对鉴定到的差异蛋白生物学作用阐释。以鉴定到的蛋白为背景，利用Fisher精确检验法评价差异表达蛋白。利用InterPro数据库分析差异表达蛋白功能结构域的富集情况。结果:共发现133个差异蛋白，其中表达上调和下调的蛋白分别为101个和32个。基因本体（GO）富集分析表明，在蛋白生物学过程中最显著富集的过程为对细菌的防御过程，其次为抗菌体液反应过程。共有19个蛋白涉及对细菌的防御反应过程，其中18个蛋白发生了上调，1个蛋白发生了下调。差异蛋白上调倍数达4倍以上的共有8个，分别为蛋白为溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12。共有8个蛋白涉及抗菌体液反应过程，其中7个蛋白与对细菌的防御反应中涉及的蛋白重叠。通过蛋白互作分析显示，差异表达的抗菌反应蛋白形成了一个包含14个节点和34条边的复杂调控网络，平均节点度为4.86，聚类系数为0.652。结论:通过TMT标记蛋白组学技术发现，参与对细菌的防御反应及抗菌体液免疫反应的差异蛋白，如溶菌酶C、中性粒细胞弹性蛋白酶、杀菌渗透性增加蛋白、乳铁蛋白、膜相关磷脂酶A2、肽聚糖识别蛋白1、免疫球蛋白J链和蛋白S100-A12，有望成为治疗糖尿病足感染的新靶点。

目的:建立股骨干骨折后过度生长动物模型，并通过蛋白质组学研究观察骺板的差异表达蛋白，以期明确股骨干骨折后过度生长的生物学机制。方法:取48只雄性6周龄日本大耳白兔，利用环形剥离股骨干骨膜的方法建立兔股骨干骨折后过度生长动物模型，右侧为手术侧，左侧为假手术侧。术后4周取术侧及假手术侧股骨测量全长，并取股骨远端骺板行串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)定量蛋白质组学分析，通过对差异蛋白行基因本体(gene ontology，GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)分析研究相关蛋白表达变化。另取20只10周龄雄性日本大耳白兔作为空白对照组，测量其双侧股骨长度。对相关差异蛋白行蛋白质印迹法检测。股骨长度差及蛋白表达差异采用Kolmogorov-Smirnov检验验证正态性，F检验验证方差齐性，符合正态分布且方差齐，采用配对 t检验比较分析两侧股骨长度，独立样本 t检验比较分析手术组与空白组长度差，若不符合正态分布或方差不齐采用秩和检验。GO功能富集分析应用Fisher精确检验。 结果:术后4周，手术组双侧股骨长度差(手术侧-假手术侧)为(0.62±0.63)mm，空白组双侧股骨长度差(右侧-左侧)为(-0.025±0.26)mm，组间比较，差异有统计学意义( P<0.001)。共鉴定出283种差异蛋白，GO分析提示差异蛋白富集于细胞代谢、胞内结构、有机环状化合物结合等，KEGG富集提示差异蛋白通路集中于核糖体、蛋白质外排、剪切体、细胞凋亡及内质网中蛋白质加工等。蛋白质印迹法检测提示X型胶原蛋白α1链(type X collagen alpha 1 chain，COL10A1)在过度生长的股骨远端骺板软骨中表达上调。 结论:通过骨膜环切法可建立股骨过度生长的动物模型，COL10A1可能参与股骨过度生长的生物学行为。

目的:对先天性肾盂输尿管连接部(ureteropelvic junction，UPJ)狭窄患儿狭窄段输尿管组织与邻近正常输尿管组织进行比较蛋白质组学研究，探索先天性UPJ狭窄的可能病因及发病机制。方法:以厦门大学附属第一医院收治的30例先天性UPJ狭窄并在本院行Anderson-Hynes术的患儿为研究对象，标本离体后立即取狭窄段输尿管组织(A组， n＝30)及与狭窄段远端邻近的正常输尿管组织(B组， n＝30)。采用基于串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)标记的高通量蛋白质组相对定量方法对两组中的差异蛋白进行高通量筛选，随后对筛选出的差异蛋白进行平行反应监测(parallel reaction monitoring，PRM)的靶向蛋白质组学定量验证，利用生物信息学方法对差异蛋白进行基因本体(gene ontology，GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)通路注释的富集分析，并对蛋白质相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络进行分析。 结果:两组标本共鉴定出蛋白质6 093种，包含差异蛋白160种，其中表达上调的65种，表达下调的95种。进行PRM相对定量分析的9种目标蛋白中，碳酸酐酶1等7种蛋白质在A组与B组的蛋白含量比值，在PRM和TMT的定量结果中均小于1；磷脂酰肌醇蛋白聚糖-6和具有多重剪接的RNA结合蛋白在A组与B组的蛋白含量比值，在PRM和TMT的定量结果中均大于1。GO功能富集分析发现，两组中差异表达蛋白质在体液免疫反应、抗微生物体液反应、对真菌的反应、对真菌的防御反应和对细菌的防御反应等生物学过程的GO功能富集度具有高的显著性水平( P<0.05)。KEGG通路富集分析结果表明，氮代谢、PPAR信号通路等20条信号通路富集度具有高的显著性水平( P<0.05)。在PPI网络中，连接度最高的蛋白质是：中性粒细胞弹性蛋白酶(连接度为9)和组织蛋白酶抑制素抗菌肽(连接度为8)。 结论:比较蛋白质组学研究结果提示，先天性UPJ狭窄的发病与微生物感染相关，这为进一步研究先天性UPJ狭窄的病因及发病机制提供了参考。

目的:探讨基于串联质谱标签（Tandem Mass Tags，TMT）的蛋白质组学技术鉴定和分析先天性胫骨假关节（congenital pseudarthrosis of the tibia，CPT）病变骨膜组织中的差异表达蛋白。方法:取CPT伴神经纤维瘤病1型（neurofibromatosis type 1，NF1）患者（NF1-CPT组）、CPT不伴NF1患者（非NF1-CPT组）和开放性胫骨骨折患者（对照组）的胫骨骨膜标本。采用基于TMT的蛋白质组学技术，对各组胫骨病变骨膜组织中差异表达的蛋白质进行鉴定和分析。设定倍数变化≥1.5或≤0.66且 P值<0.05作为筛选差异表达蛋白的阈值。以在线工具DAVID和STRING生物信息学资源用于生成差异蛋白的GO注释、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）。 结果:NF1-CPT组中有347种差异表达的蛋白质，其中212种上调、135种下调；非NF1-CPT组中有467种差异蛋白，其中281种上调、186种下调。NF1-CPT组与非NF1-CPT组共有差异蛋白231种，除HLA-DRB1（在NF1-CPT组中上调而在非NF1-CPT组中下调）外，其余230种差异蛋白在两组中表达趋势相同（上调117种、下调113种）。有116种蛋白质仅在NF1-CPT组中发生改变（上调94种、下调22种），236种蛋白质仅在非NF1-CPT组中改变（上调164种、下调72种）。与非NF1-CPT相比，NF1-CPT组的47种蛋白质变化1.5倍（ P<0.05）。 结论:CPT病变骨膜组织与正常胫骨骨膜组织蛋白表达存在差异，NF1-CPT与非NF1-CPT的病变骨膜蛋白表达也存在差异，有助于对CPT发病机制的理解。

目的:采用串联质谱标签（TMT）联合液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）筛选免疫介导性脱髓鞘疾病诊断与鉴别诊断的潜在生物标志物。方法:选择首都医科大学附属北京天坛医院2020年1月至2021年1月收治的20例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘组），包括10例吉兰-巴雷综合征（GBS）患者（GBS亚组）与10例多发性硬化（MS）患者（MS亚组）。以及10例神经系统非炎性疾病（NND）患者（NND组），通过TMT蛋白质组学技术筛选出脱髓鞘组与NND组、GBS亚组与MS亚组间具有表达差异的蛋白质（差异倍数>2或<0.5且差异有统计学意义），借助String数据库对组间差异蛋白质所参与的通路进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。另选择同期就诊的80例脱髓鞘疾病患者（脱髓鞘病验证组）以及40名健康体检者（健康对照组）用于血脂一般指标的回顾性分析，脱髓鞘病验证组包括40例GBS患者（GBS验证组）及40例MS患者（MS验证组）。绘制受试者工作特征（ROC）曲线评价血脂一般指标对脱髓鞘病诊断及GBS与MS间鉴别诊断的价值。结果:经TMT蛋白质组学技术检测出362种蛋白质，脱髓鞘组与NND组比较共有101个差异蛋白，GBS亚组与MS亚组比较共有45个差异蛋白。GO富集分析结果显示，脱髓鞘组与NND组相比，富集度前5条通路为巨噬细胞集落刺激因子及受体复合物、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、含甘油三酯丰富的脂蛋白颗粒重构、胆固醇逆向转运。GBS亚组与MS组相比，富集度前5条通路为高密度脂蛋白颗粒受体结合、极低密度脂蛋白颗粒重塑负调控、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、中等密度脂蛋白颗粒。KEGG富集分析显示，脱髓鞘组与NND组的差异蛋白富集到8条通路，为磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、补体和凝固级联反应、细胞外基质及其受体交互、金黄色葡萄球菌感染、胆固醇代谢、Ras信号通路、吞噬体、丝裂原活化蛋白激酶信号通路。GBS亚组与MS亚组的差异蛋白富集到9条通路，为胆固醇代谢、补体和凝固级联反应、血小板激活、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、维生素消化吸收、新型冠状病毒感染、脂肪消化吸收、轴突引导、中性粒细胞胞外陷阱形成通路。脱髓鞘病验证组与健康对照组比较，甘油三酯（TG）、总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）及载脂蛋白（apo）B水平较高（ P均<0.01），高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）及apoA1水平较低（ P均<0.01）。GBS验证组与MS验证组比较，LDL-C及apoB水平较高，HDL-C及apoA1水平较低（ P均<0.05）。TG、TC、HDL-C、LDL-C、apoA1与apoB单独及联合检测对免疫介导性脱髓鞘病诊断的ROC曲线下面积分别为0.746、0.643、0.798、0.703、0.806、0.708和0.868。HDL-C、apoA1、LDL-C及apoB单独及联合检测对与GBS与MS鉴别诊断的ROC曲线下面积分别为0.692、0.653、0.632、0.695和0.718。 结论:免疫介导性脱髓鞘疾病患者与NND、GBS与MS患者脑脊液蛋白质组学存在差异，且差异蛋白主要存在于血脂代谢相关通路，血脂相关指标或可作为今后免疫介导性脱髓鞘疾病诊断及鉴别诊断的生物标志物。

目的:比较先天性胫骨假关节(congenital pseudarthrosis of tibia，CPT)和正常儿童血清外泌体中蛋白的表达差异，寻找CPT的可能致病机制。方法:收集湖南省儿童医院6例CPT患儿和4例正常儿童的静脉血，通过分离出静脉血清、提取血清外泌体，使用串联质谱标签(tandem mass tag，TMT)标记定量蛋白组学技术，确定CPT患儿和正常儿童血清外泌体中的差异表达蛋白，并对差异蛋白进行GO分析、KEGG分析、DisGeNET富集分析及PPI分析。结果:与正常儿童血清中外泌体蛋白相比，CPT来源的血清外泌体中表达上调的蛋白共121个，表达下调的蛋白共289个。KEGG分析结果显示，差异蛋白在补体系统富集最为显著；糖代谢在GO分类中的生物进程中富集；DisGeNET富集分析结果显示，排名前五的疾病中有3种和骨质疏松症有关；PPI富集分析结果显示糖代谢为差异蛋白富集模块之一。结论:补体系统紊乱和细胞能量代谢异常可能是CPT的潜在致病机制。本研究为探索先天性胫骨假关节的病因及发病机制提供了新的思路。

目的:使用串联质谱标签(TMT)方法筛选甲状腺相关眼病(TAO)继发限制性斜视患者和共同性斜视患者的眼外肌差异表达蛋白。方法:收集2019年8月至2020年12月于北京大学人民医院眼科诊断为TAO继发限制性斜视并行斜视矫正术5例患者的眼外肌标本，收集同期5例共同性内斜视行斜视矫正术患者的眼外肌作为对照。采用基于TMT的蛋白质组学技术，对TAO组和对照组眼外肌的差异表达蛋白进行筛选及生物信息学分析。设定倍数变化≥1.2或≤0.83且 P值<0.05作为筛选差异表达蛋白的阈值。利用UniProtGOA蛋白数据库和STRING蛋白网络互作数据库分析差异表达蛋白的基因本体(GO)注释、KEGG通路富集和蛋白－蛋白相互作用关系。 结果:TAO组与对照组眼外肌总差异表达蛋白数量为53个，其中表达上调蛋白34个，表达下调蛋白19个。通过GO注释发现，按其生物学过程分类，这些差异表达蛋白主要参与了对刺激的反应过程、多细胞生物过程、代谢过程、发育过程、细胞内信号转导、正向生物调控过程；KEGG通路富集分析发现差异表达蛋白主要参与了局部黏附、紧密连接、细胞骨架调控、凋亡等通路。蛋白－蛋白相互作用分析发现肌球蛋白重链2、肌球蛋白重链7、肌球蛋白调节轻链、α辅肌动蛋白2、纤维蛋白原α链和纤维蛋白原β链6个关键蛋白。结论:TAO继发限制性斜视患者与共同性斜视患者的眼外肌中蛋白表达存在差异，肌球蛋白、辅肌动蛋白、细丝蛋白可能通过参与细胞骨架调控、局部黏附等参与TAO的发病机制。

目的:研究二甲双胍干预对噪声性听力损失（NIHL）的保护作用及其差异蛋白质组学表达谱。方法:于2021年1月，将39只Wistar雄性大鼠随机分为对照组、噪声暴露组、二甲双胍+噪声暴露组，每组13只。噪声暴露组和二甲双胍+噪声暴露组大鼠连续暴露在声压级120 dB（A）、中心频率8 kHz的倍频程噪声下4 h；二甲双胍+噪声暴露组大鼠从噪声暴露前3 d开始给予200 mg/kg/d二甲双胍干预，共7 d。采用听性脑干反应（ABR）测试各组大鼠右耳噪声暴露前、噪声暴露后1、4、7 d的听力阈值变化情况，采用串联质谱标签（TMT）定量蛋白组学鉴定并分析各组大鼠内耳差异表达蛋白质，并用冰冻切片进行免疫荧光染色验证。结果:在噪声暴露后1、4、7 d，噪声暴露组和二甲双胍+噪声暴露组大鼠右耳短声ABR阈值明显高于对照组，二甲双胍+噪声暴露组大鼠右耳短声ABR阈值明显低于噪声暴露组（ P<0.05）。与噪声暴露组比较，二甲双胍+噪声暴露组大鼠差异表达上调蛋白1 035个，差异表达下调蛋白1 145个；GO富集分析显示，显著差异表达蛋白主要涉及结合、分子功能调节、信号转导等功能；KEGG通路富集分析发现，差异表达蛋白显著富集的通路包括磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、焦点黏附、糖尿病性心肌病、分裂体、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路等。免疫荧光实验显示，与噪声暴露组比较，二甲双胍+噪声暴露组胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）荧光强度增加，真核细胞翻译起始因子4E结合蛋白1（eIF4EBP1）荧光强度减弱。 结论:噪声暴露可导致大鼠听力阈值升高，二甲双胍可通过多条通路和生物学过程改善噪声引起的听力阈值异常。

目的:探索葛根素抑制膀胱癌(bladder cancer,BLCA)T24及5637细胞系的作用机制.方法:利用Cell Counting Kit-8(CCK-8)检测法证实葛根素抑制BLCA T24及5637细胞的能力.通过串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)技术获得差异表达蛋白列表,并进行功能富集分析.通过生物信息分析筛选关键蛋白并对其进行表达分析、生存分析和上游转录因子预测.分子对接及Western blotting实验用于上游转录因子的验证.结果:CCK-8检测结果显示葛根素对T24和5637细胞系的IC50分别为218 μmol·L-1和198 μmol·L-1.功能富集分析显示差异表达蛋白主要富集在细胞周期和DNA复制通路.筛选出的关键蛋白为CDK1、CCNB1和PLK1.CHEA3网站预测关键蛋白上游转录因子为着丝粒蛋A(centromere protein A,CENPA.分子对接显示葛根素与 CENPA 的结合能为-6.3 kcal·mol-1(1 cal=4.184 0 J),Western blotting显示葛根素可显著降低CENPA的表达.结论:葛根素可能通过抑制CENPA的表达来影响蛋白CCNB1和PLK1,从而调控BLCA细胞的细胞周期或DNA复制以抑制其增殖.