目的 基于生物信息学分析溃疡性结肠炎(UC)中具有诊断和治疗潜力的差异表达基因以及潜在的微小RNA(miRNA).方法 采用加权基因共表达网络分析法对GEO数据库中的芯片原始数据进行筛选.获取UC相关差异表达基因进行富集分析.根据关键基因,预测与差异表达基因相关的潜在miRNA,并构建基因-miRNA调控网络.结果 共筛选出277个差异表达基因,其中有200个基因上调,77个基因下调.基因集富集分析(GSEA)显示,主要富集通路是神经活性配体受体相互作用、利什曼原虫感染、朊病毒病害以及心电图受体相互作用等通路.基因本体论(GO)分析结果显示,主要参与趋化因子活性、肝素结合、趋化因子受体结合等条目.京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,主要富集通路为细胞因子受体相互作用通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、趋化因子信号通路、核转录因子kappa B(NF-κB)信号通路富集通路等.筛选出10个枢纽基因,分别是C-X-C趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体2(TLR2)、细胞间黏附分子1(ICAM1)、选择素L(SELL)、趋化因子受体4(CXCR4)、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原(CTLA4)、细胞分化抗原69(CD69)、双糖链蛋白多糖(BGN)、C-X-C趋化因子配体13(CXCL13)、金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1).鉴定出12个潜在的关键miRNAs,分别为 hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-92a-3p、hsa-mir-155-5p、hsa-mir-26b-5p、hsa-mir-4426、hsa-mir-4462b、hsa-mir-4647、hsa-mir-32-5p、hsa-mir-92b-3p、hsa-mir-98-5p和hsa-mir-93-5p.结论 本研究共筛选出277个差异表达基因可能参与UC的发生发展,鉴定出10个枢纽基因和12个miRNAs或可作为UC的生物标志物.

目的 拟筛选宫颈鳞癌预后相关的miRNAs分子并探索其可能的作用机制,为改善宫颈鳞癌预后提供实验依据.方法 通过生物信息学方法比较分析宫颈鳞癌患者和正常对照的基因表达情况,获得差异表达的miRNA;然后进行生存分析,找到与预后相关的关键 miRNA;最后通过构建 lncRNA-miRNA-mRNA 竞争性内源 RNA(ceRNA)网络及基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,探索预后相关的ceRNA网络.结果 共获得宫颈鳞癌中差异表达的miR-NA 106 个,其中,9 个 miRNAs(hsa-miR-425-5p、hsa-miR-145-3p、hsa-miR-1307-3p、hsa-miR-200c-3p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-210-5p、hsa-miR-142-3p)与预后显著相关.成功构建了一个宫颈鳞癌预后相关的ceRNA网络,其中包括5 个miRNA节点、132 个mRNA节点、44 个lncRNA节点和181 条边.最后,GO和KEGG分析显示该网络主要涉及蛋白结合、生长因子结合、转录因子的活化、DNA特异序列的结合等功能,主要参与环磷酸鸟苷酸-蛋白激酶(cGMP-PK)G、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)、叉头框蛋白(Fox)O信号通路等的调节.结论 hsa-miR-425-5p等9 个miRNAs与宫颈鳞癌预后显著相关,并可能通过lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络的方式参与预后调控,为宫颈鳞癌预后相关机制研究提供新思路.

目的 膀胱癌是最常见的泌尿系统恶性肿瘤,其中90%以上为膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC).目前寻找新的生物标志物用于BUC的早期诊断已经成为一个热点研究问题.本研究通过从The Cancer Ge-nome Atlas(TCGA)数据库中的BUC组织样本mRNA和miRNA数据中挖掘出对BUC诊断效果较好的mRNA和miRNA,为BUC的早期诊断研究提供重要的参考依据.方法 对TCGA中截至2016-01-28下载的BUC组织样本mR-NA和miRNA表达数据进行差异表达分析、靶基因预测分析、相关性分析和诊断效果评价.结果 hsa-miR-17、hsa-miR-93、hsa-miR-20a、hsa-miR-429、hsa-miR-15a、hsa-miR-92a、hsa-miR-181b和hsa-miR-200c均在BUC中显著高表达,P<0.001;而NR4A3、PID1、DUSP1、BCL2、TP53INP2、RECK、CCND2、CFL2、RBPMS2、ZEB1和ITGA5均在BUC中显著低表达,P<0.001.靶基因预测分析结果显示,hsa-miR-17可能靶基因为CCND2和NR4A3;hsa-miR-93可能靶基因为CCND2、CFL2和NR4A3;hsa-miR-429可能靶基因为ZEB1;hsa-miR-15a可能靶基因为PID1、RECK和CCND2;hsa-miR-200c可能靶基因为DUSP1;hsa-miR-20a可能靶基因为TP53INP2、NR4A3和CFL2;hsa-miR-92a可能靶基因为ITGA5和RBPMS2;hsa-miR-181b可能靶基因为Bcl-2.Spearman等级相关分析结果显示,筛选出的8个miRNA和11个mRNA均与BUC的病理发展过程相关.另外,3个组合标志物hsa-miR-93/NR4A3、hsa-miR-17/NR4A3和hsa-miR-20a/NR4A3的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积、灵敏度、特异度和约登指数均>0.9.结论 hsa-miR-93/NR4A3、hsa-miR-17/NR4A3和hsa-miR-20a/NR4A3可能是BUC的潜在生物标志物.

目的 探讨人类微小RNA-200c(hsa-miRNA-200c)在卵巢上皮性癌组织中的表达情况,及其与卵巢上皮性癌转移能力的关系.方法 采用茎环实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time Quantitative PCR),检测2010年10月至2011年5月广东省人民医院的73例卵巢上皮性癌、30例良性卵巢上皮肿瘤及30例正常卵巢组织中hsa-miRNA-200c的表达.研究于2017年12月至2018年3月开展.分析hsa-miRNA-200c与临床病理特征的相关性,进一步分层分析73例卵巢上皮癌中13例发生肝转移组、60例非肝转移复发组has-miRNA-200c的表达情况.过表达或敲低hsa-miRNA-200c,检测卵巢癌细胞侵袭迁移能力的变化.结果 卵巢上皮性癌组中hsa-miRNA-200c的相对表达量382.18±15.22均高于良性卵巢上皮性肿瘤组35.61±1.42及正常卵巢组4.43±2.23,差异有统计学意义(P＜0.01),后两组间差异无统计学意义(P＞0.05).hsa-miRNA-200c在临床分期晚期(670.91±16.88 vs.129.52±33.3,P＜0.035)、淋巴结转移阳性(529.54±75.24vs.175.85±49.80,P＜ 0.004)和发生远处转移的卵巢上皮性癌中低表达,其中在发生肝转移的卵巢癌组织中显著低表达(377±15.31 vs.28.22±9.14,P＜0.009).在预后较好的子宫内膜样卵巢癌组中高表达(浆液性353.89±12.51 vs.黏液性267.93±11.43 vs.子宫内膜样腺癌802.41±31.53,P＜0.05),与其他病理类型及组织分化程度无关(P＞0.05).transwell小室侵袭实验显示,hsa-miRNA-200c与卵巢癌细胞侵袭迁移能力呈负相关(P＜0.01).结论 hsa-miRNA-200c在卵巢上皮性癌的发生发展中可能具有双重调节的作用,其低表达与晚期卵巢上皮性癌、淋巴结转移、肝转移和不良预后密切相关.

目的 探索模拟失重条件下EA.hy926细胞氧化应激后microRNAs(miRNAs)表达谱的变化及生物学意义.方法 EA.hy926细胞分为对照组(Con组)、对照氧化应激组(Con+ H2O2)、模拟失重组(MG组)和模拟失重后氧化应激组(MG+ H2O2),采用Illumina HiSeq 2500平台开展miRNAs测序并筛选差异表达miRNAs.筛选出的miRNAs以qRT-PCR进行验证,对验证具有显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测、靶基因Gene Ontology (GO)功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析.结果 模拟失重下氧化应激导致EA.hy926细胞内miRNAs表达谱发生改变.qRT-PCR结果显示,与Con+H2O2组相比,MG+H2O2组细胞内hsa-miR-29b-3p、hsa-miR-200c-3p表达增加,与miRNA测序结果一致.GO及KEGG通路显著性富集分析结果显示,hsa-miR-29b-3p靶基因显著富集于细胞外基质等生物学过程及局部黏附信号通路,hsa-miR-200c-3p靶基因显著富集于调控细胞代谢过程等生物学过程及miRNA癌症通路等信号通路.蛋白互作分析结果表明,hsa-miR-29b-3p靶基因中COL家族蛋白处于互作关键位置,hsa-miR-200c-3p靶基因中RHOA处于互作关键位置.结论 模拟失重下氧化应激可导致EA.hy926细胞miRNAs表达出现显著差异,其中hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-200c-3p可通过对靶基因及其信号通路调节对内皮细胞功能发挥调控作用.

目的:筛选遗传性骨病相关的致病基因和其相关的miRNA,并研究两者相互作用关系以及在遗传性骨病中的作用.方法:本研究应用生物信息学的方法,首先应用mirwalk和《国际遗传性骨病分类标准》分析遗传性骨病的致病基因,根据筛选出来的致病基因利用mirwalk的10个预测mima搜索引擎功能,搜索致病基因的相关miRNA,并应用excel工作表统计分析mima的靶向致病基因;再应用Cytoscape软件分析致病基因和相关mima之间的相互作用关系.结果:本研究中与遗传性骨病密切相关的基因可以分为四类:第一类为成骨不全类基因COL1A1、COL1A2等;第二类为骨密度降低类基因如ACVR1、ALX1等;第三类为骨密度增加类基因如CASR、DMTF1等;第四类为通过作用骨干参与骨密度增加的基因如TGFBR1、MYCN等.其中与成骨不全关系最为密切的mirna是hsa-miR-26b、hsa-miR-19、hsa-miR-200c;与骨密度降低关系最为密切的mirna是hsa-miR-138、hsa-miR-505;与骨密度增加关系最为密切的mirna是hsa-miR-196a、hsa-miR-200b、hsa-miR-19b.结论:mirna可通过调控遗传性骨病致病基因在其病理过程中起到重要作用,提示上述mirna可能是成为遗传性骨病产前筛查和临床药物治疗的新靶点.

目的 检测多囊卵巢综合征(PCOS)患者卵泡液外泌体微小RNA(miRNA)的表达差异,探究其成为胚胎质量相关的潜在生物标志物的可能性.方法 收集2017年9月至2018年2月在同济大学附属同济医院生殖医学中心接受卵胞浆内单精子注射(ICSI)助孕的女性不孕症患者[包括12例PCOS患者(PCOS组)和12例卵巢功能正常的不孕症患者(对照组)]的卵泡液.依据D3胚胎质量将两组卵泡分为优胚组(PCOS-1,n=11;对照-1,n=15)和非优胚组(PCOS-2,n=11;对照-2,n=15),将对应卵泡液等量混合形成4个25 ml卵泡液池.利用试剂盒提取卵泡液外泌体,使用Illumina HiSeq 2500平台检测外泌体miRNA表达量,构建miRNA差异表达谱.利用生物信息学方法(miRanda、miRDB和miRTarBase软件和KOBAS数据库)预测差异miRNA的靶基因,再对靶基因进行GO功能注释和KEGG通路分析;利用Cytoscape_v3.8.2软件进行互作网络分析并计算网络及各个节点的拓扑特性.结果(1)与优胚组相比,非优胚组有9个显著差异表达的外泌体miRNA,其中7个表达上调,2个表达下调(P<0.05且|-log2(Fold Change)|≥1).预测靶基因后采用GO和KEGG、Cytoscape_v3.8.2分析发现,hsa-miR-200a-3p、hsa-miR-141-3p共同调控靶基因,主要富集在P13K-Akt、调节干细胞多能性信号通路,涉及蛋白结合、核酸结合等分子功能.(2)与PCOS-1组相比,PCOS-2组有120个显著差异表达的外泌体miRNA,其中57个表达上调,63个表达下调(P<0.01且|-log2(Fold Change)|≥2).预测靶基因后采用GO和KEGG、Cytoscape_v3.8.2分析发现,hsa-miR-26b-5p、hsa-miR-483-5p、hsa-miR-218-5p、hsa-miR-320b、hsa-miR-320c等关键miRNA调控靶基因,主要富集在MAPK、P13K-Akt、FoxO、FAK、mTOR、Ras/MAPK胰岛素信号通路、AGE-RAGE信号通路以及癌症、细胞周期等信号通路,参与细胞代谢调控、细胞大分子代谢、细胞调控等生物过程,涉及离子结合、DNA结合、酶活性等分子功能.结论 筛选所得的核心外泌体miRNA可能影响PCOS患者胚胎发育的过程,有可能成为预测胚胎质量的生物标志物.