目的:探讨UBE2C在肝癌组织中的表达及沉默UBE2C后对肝癌细胞增殖和侵袭的影响.方法:从TCGA数据库中下载肝癌患者的数据集,分析肝癌组织中UBE2CmRNA的表达水平,按照肝癌组织中UBE2CmRNA中位表达水平,将所有肝癌患者分为高表达组(n=169)和低表达组(n=205),分析与患者预后的关系,采用Cox回归分析肝癌预后的影响因素.选择人肝癌细胞系(HepG2、Huh7和SMMC-7721)和人肝上皮细胞系(THLE-3),采用Western blot法和实时荧光定量PCR法检测4种细胞中UBE2C蛋白及mRNA的表达水平.HepG2细胞系中根据是否沉默UBE2C,分为空白对照组、空转NC组和si-UBE2C组.分析UBE2C基因沉默后对HepG2细胞增殖和侵袭的影响.结果:肝癌组织和癌旁正常肝脏组织中UBE2CmRNA表达水平分别为4.342(3.239,5.635)和0.905(0.587,1.230),与癌旁正常肝脏组织相比,肝癌组织中UBE2CmRNA水平显著升高(P＜0.001);肝癌组织及配对癌旁正常肝脏组织中UBE2C mRNA表达水平分别为4.266(3.342,5.054)及0905(0.587,1.230),与配对癌旁正常肝脏组织相比,肝癌组织中UBE2C mRNA水平显著升高(P＜0.001).肝癌组织UBE2C mRNA高表达组和低表达组中位生存时间为48.85个月和69.38个月,UBE2C mRNA高表达组中位生存时间显著缩短(P=0.045).T分期(T3/T4)和UBE2C高表达是肝癌患者不良预后的独立危险因素(P＜0.05).相对于人肝上皮细胞系THLE-3,UBE2C蛋白和mRNA在人肝癌细胞系HepG2、Huh7和SMMC-7721中均显著高表达(P＜0.05),其中,UBE2C蛋白和mRNA在人肝癌细胞系HepG2表达最为显著.CCK-8结果显示,在72 h和96 h,与空白对照组和空转NC组相比,si-UBE2C组细胞增殖率显著降低,差异有统计学意义(P＜0.05).空白对照组、空转NC组和si-UBE2C组侵袭细胞数分别为(23.12±3.45)个、(24.33±2.83)个和(10.21±1.14)个,与空白对照组和空转NC组相比,si-UBE2C组侵袭细胞数显著降低,差异有统计学意义(P＜0.05).结论:UBE2C在肝癌组织中显著高表达,且UBE2C可作为肝癌患者不良预后的一项生物学标志物,UBE2C基因沉默后能显著抑制肝癌细胞系HepG2的增殖和侵袭.

Objective:The activities and products of carbohydrate metabolism are involved in key processes of cancer.However,its relationship with hepatocellular carcinoma(HCC)is unclear.Methods:The cancer genome atlas(TCGA)-HCC and ICGC-LIRI-JP datasets were acquired via public databases.Differentially expressed genes(DEGs)between HCC and control samples in the TCGA-HCC dataset were identified and overlapped with 355 carbohydrate metabolism-related genes(CRGs)to obtain differentially expressed CRGs(DE-CRGs).Then,univariate Cox and least absolute shrinkage and selection operator(LASSO)analyses were applied to identify risk model genes,and HCC samples were divided into high/low-risk groups according to the median risk score.Next,gene set enrichment analysis(GSEA)was performed on the risk model genes.The sensitivity of the risk model to immunotherapy and chemotherapy was also explored.Results:A total of 8 risk model genes,namely,G6PD,PFKFB4,ACAT1,ALDH2,ACYP1,OGDHL,ACADS,and TKTL1,were identified.Moreover,the risk score,cancer status,age,and pathologic T stage were strongly associated with the prognosis of HCC patients.Both the stromal score and immune score had significant negative/positive correlations with the risk score,reflecting the important role of the risk model in immunotherapy sensitivity.Furthermore,the stromal and immune scores had significant negative/positive correlations with risk scores,reflecting the important role of the risk model in immunotherapy sensitivity.Eventually,we found that high-/low-risk patients were more sensitive to 102 drugs,suggesting that the risk model exhibited sensitivity to chemotherapy drugs.The results of the experiments in HCC tissue samples validated the expression of the risk model genes.Conclusion:Through bioinformatic analysis,we constructed a carbohydrate metabolism-related risk model for HCC,contributing to the prognosis prediction and treatment of HCC patients.

目的:探究线粒体核糖体蛋白L37(MRPL37)在结直肠癌中的表达及意义.方法:从TCGA和GEO数据库中下载结直肠癌患者的RNA-seq数据和临床资料,用于MRPL37在结直肠癌中的差异表达、临床病理特征、预后等分析.富集分析探讨MRPL37参与的生物学功能和信号通路,利用TISID数据库分析MRPL37与免疫浸润细胞的相关性.结果:MRPL37在结直肠癌中高表达(P＜0.05),并且其表达水平与结直肠癌患者的T分期(P=0.0041)、N分期(P=0.0053)和TNM分期(P=0.0159)显著相关.富集分析提示,在结直肠癌中,MRPL37主要参与线粒体生理活动、细胞周期、氧化磷酸化等途径.在肿瘤免疫方面,MRPL37表达量的改变与肿瘤微环境中多种类型的免疫细胞的变化相关.MRPL37是一个独立预后因素(P=0.011),其表达水平与患者的预后成正相关(P=0.0017).结论:MRPL37可能是结直肠癌的一种新的生物标志物,未来可用于预测患者预后及指导精准诊疗.

目的:探讨RNA结合蛋白Musashi-1（MSI1）在前列腺癌（PCa）中的表达及其调控功能。方法:基于肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库对目的基因MSI1进行差异分析、生存分析和临床相关性分析。通过在DU145细胞中敲低目的基因，探究MSI1其对前列腺癌细胞DU145增殖、迁移和侵袭能力的影响，组间比较采用独立样本 t检验。 结果:MSI1在前列腺癌中表达水平明显高于正常前列腺组织，差异有统计学意义（7.75±1.01比4.56±0.54， t＝ 4.82， P<0.01）。且生存分析结果显示，低表达MSI1组的无病生存期明显长于高表达组[风险比（ HR）：1.71（1.15～2.53）， P<0.01]。T1＋T2期MSI1表达水平和T3＋T4期表达水平无统计学意义（ t＝0.38， P>0.05）。MSI表达水平[ HR：1.47（1.02～2.10）， P<0.05]、T分期[ HR：1.93（1.02～3.60）， P<0.05]及Gleason评分[HR：3.17（1.59～6.30）， P<0.01]可作为前列腺癌的预后因素。细胞计数试剂盒（CCK-8）结果，第4天Ctrl DU145细胞在波长450 nm吸光度（ A）值为0.929±0.085，而shMSI1#1和shMSI1#2 DU145实验组第4天 A值分别为0.687±0.005和0.711±0.018，与对照组比较差异有统计学意义（ t＝42.21、44.19， P<0.01）。DU145中ctrl组伤口愈合面积显著高于si-MSI1#1和si-MSI1#2组，组间比较差异有统计学意义（ P<0.01）。同时前列腺癌细胞迁移侵袭实验发现，ctrl组及si-MSI1#1和si-MSI1#2组PC3迁移细胞分别为790.9±80.7、403.3±49.9和504.6±117.3，组间比较差异有统计学意义（ t＝21.80、13.55， P<0.01）。 结论:MSI1在前列腺癌组织中高表达且与前列腺癌患者的不良预后明显相关。抑制MSI1可有效抑制前列腺癌细胞的增殖、侵袭能力。

观察ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌及癌旁组织中的表达，探讨ProEXC和PRMT5的表达与宫颈腺癌辅助诊断及临床病理参数间的关系。收集苏州大学附属第二医院2015—2020年确诊的宫颈腺癌标本88例，采用免疫组化的方法分别检测宫颈腺癌及癌旁组织中ProEXC和PRMT5的表达并进行分析。利用肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）分析ProEXC和PRMT5与宫颈腺癌患者的预后相关性及其相关的基因通路。选取基因表达数据库（GEO）中GSE39293数据集，对宫颈腺癌细胞株（HELA）经抗病毒药物处理前后ProEXC和PRMT5的表达量进行了对比分析。在宫颈腺癌组织中，ProEXC蛋白表达率（95.5%比4.6%， P<0.001）和PRMT5蛋白表达率（81.8%比26.1%， P<0.001）均高于癌旁组织，且其表达均与肿瘤的T分期、有无淋巴结转移及有无人乳头瘤病毒（HPV）感染相关（ P<0.05）。TCGA数据库分析显示，PRMT5和ProEXC中MCM2高表达患者的总体生存率较低表达患者低（均 P<0.05）。在GSE39293数据集中，经西多福韦处理后细胞中MCM2的表达减少（9.34比9.68， P<0.001），PRMT5表达量下降，但差异无统计学意义（8.16比8.26， P=0.087），TOP2A表达无明显改变（8.54比8.42， P=0.056）。耐药组中PRMT5（8.42比8.16， P=0.002）和MCM2（9.51比9.34， P=0.029）表达增加，而TOP2A表达下降（8.06比8.54， P<0.001）。GSEA分析提示ProEXC高表达主要影响细胞周期通路，而PRMT5高表达主要影响RNA剪接体通路。本研究发现，ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌组织中呈高表达且高表达组预后更差，与宫颈腺癌临床病理特征有一定相关性，可能与其影响细胞周期和RNA合成通路有关，提示其可能在宫颈腺癌的进展中发挥重要作用。

目的:筛选与胶质瘤患者预后相关的差异表达基因(DEGs)并预测其潜在生物学功能。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)数据集下载胶质瘤mRNA数据集、中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据集下载胶质瘤甲基化数据集，进行差异分析并取交集。对差异化基因进行生物功能及通路富集分析( P<0.05)，使用STRING和Cytoscape构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)，筛选核心基因。利用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库对筛选出核心基因进行表达验证及生存分析( P<0.05)。 结果:在不同级别胶质瘤的差异化分析中共识别出3个上调DEGs和25个下调DEGs，PPI分析得出11个核心基因。这11个基因生物功能富集主要是神经再生( P<0.01)，信号通路富集主要是羟色胺能神经突触( P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现，其中9个DEGs的高表达与患者总生存率呈正相关( P<0.01)。 结论:筛选出的DEGs参与胶质瘤的恶性进展，从而影响患者预后。

目的:通过对癌症基因组图片(TCGA)数据库中转录组数据进行分析，筛选与膀胱尿路上皮癌相关的预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌患者的临床数据以及膀胱尿路上皮癌和癌旁组织中的转录组数据，采用LASSO-Cox回归分析筛选膀胱尿路上皮癌预后相关的mRNA，并构建膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。结果:首先筛选出膀胱尿路上皮癌和膀胱正常组织中差异表达基因8738个，经过单因素Cox分析得到2824个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因( P<0.05)，选取 P<0.0001的mRNA 225个，进一步采用LASSO-Cox回归分析筛选出11个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因，分别为TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1，最后联合这11个基因构建出膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。利用分子标签基因构建的模型能将膀胱尿路上皮癌划分为高表达组和低表达组，绘制分子标签生存曲线及受试者工作特征(ROC)曲线，结果显示：分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌患者的预后有显著性关联，分子标签值越高，患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的分析，发现TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1和AL645939.1对膀胱尿路上皮癌的预后有影响，且构建的分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌的预后有显著性关联。

目的:探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用，以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法:应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱，从而得到差异表达基因；应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络，从而获取靶基因；应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响，最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果:共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因，包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示，差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面，细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等，分子功能显著富集在蛋白质结合率方面。KEGG通路富集分析显示，差异表达基因主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、催产素信号通路、钙信号通路。应用插件cytoHubba和MCODE从差异表达基因的PPI网络中共获取到17个靶基因，靶基因功能分析及临床样本验证显示8个基因( VCAM1、 SPP1、 ITGB1、 CTGF、 VIM、 ITGAV、 COL1A1、 BCL2A1)为影响GBM生物学行为的靶基因，其中 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV这3个靶基因与GBM的关系报道尚少，GSE50021数据集验证显示这3个靶基因在GBM组织中的表达明显高于正常脑组织，差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:本研究分析得出的8个靶基因尤其是 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV可能是未来探寻GBM发病机制及其诊断治疗的重要研究靶点。

目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq)，寻找CRL4B复合物调控的靶基因，采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达，染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因，Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平，EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力，划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据，分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示，CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示，shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组，差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示，CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区，敲低CUL4B的表达后，靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%，高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%，均 P<0.05]；对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%，高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%，均 P<0.05]。细胞划痕实验显示，对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%，高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%，均 P<0.05]。Western blot结果显示，对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11)，低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06，均 P<0.05)，对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18，高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07，均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%，与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高，且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展，且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。

目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r＝0.475， P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。