肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

目的:探讨宏基因组高通量测序（mNGS）所揭示的感染谱特征，为异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后感染诊断提供参考。方法:选取2018年1月至11月河北燕达陆道培医院行allo-HSCT后出现全身或局部感染症状的血液病患者64例。用mNGS方法检测血液、脑脊液、肺泡灌洗液等标本中存在的所有病原微生物基因序列，并结合患者的临床表现确定致病或疑似致病的病原体。结果:共对64例allo-HSCT患者进行了97份样本的mNGS检测。革兰阳性菌中最常见为溶血葡萄球菌（19例次）和人葡萄球菌（14例次），革兰阴性菌中最常见为鲍曼不动杆菌（8例次）；病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒和细环病毒（分别为35、22和23例次）；真菌中最常见的为球形马拉色菌（14例次）和近平滑念珠菌（8例次）。3例检测到结核分枝杆菌复合群，均见于急性髓系白血病移植后患者。1例患者痰液中检测到口腔支原体，寄生虫未见。结论:mNGS可全面揭示血液病allo-HSCT后的感染谱，尤其对于少见和难培养病原微生物检测具有显著优势，可有效帮助临床感染病原体的诊断。

内脏利什曼病发病初期仅依靠免疫学检测及病原学检查诊断存在一定难度，易造成漏诊、误诊。本研究中3例内脏利什曼病患儿在起病初期可见较长时间的反复发热、肝脾肿大、贫血等临床表现；实验室检查提示血常规三系降低，C反应蛋白、铁蛋白、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶等不同程度升高；骨髓涂片均可见组织细胞吞噬血细胞，其中2例骨髓涂片查见大量利-杜小体，1例仅见几个散在的形态不典型的疑似利-杜小体；宏基因组学二代测序(mNGS)均检出杜氏利什曼原虫。通过本研究3例儿童内脏利什曼病的鉴别诊断及诊治中mNGS发挥的重要辅助诊断作用，旨在说明mNGS在儿童内脏利什曼病的早期诊断及疗效观察方面的可行性和应用价值。

目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对 t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义( χ2＝13.987， P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义( χ2＝16.913， P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)、1.000(95% CI：1.000～1.000， P<0.05)和0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×10 9/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×10 9/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义( t＝6.536、8.302和6.373， P均<0.05)。 结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

流行性乙型脑炎病毒感染后临床表现往往为急性脑炎，病原学诊断是常见的诊断方法，但临床上病毒检测、分离比较困难，检出病原体种类比较局限。宏基因组学二代测序（mNGS）是一种快速精准的分子诊断方法，可提高病原微生物的检出率及检出种类，可检测到中枢神经系统感染中不常见的病原体。文中报道1例27岁男性患者，以恶心呕吐、高热、意识障碍及多器官功能衰竭为主要临床表现，临床考虑流行性乙型脑炎，但缺乏病原学证据，遂行脑脊液mNGS检测出乙型脑炎病毒，大大提高了流行性乙型脑炎病毒诊断的精准性。

宏基因组测序技术在未知病原体感染以及危重症感染诊断中的临床应用价值日益凸显。由于宏基因组测序庞大的数据量以及临床诊疗的复杂性，使得宏基因组测序在实际应用中存在着数据分析困难、不易解读的难题。因此，在临床实践的过程中，把握生物信息学分析的关键点、建立标准化的生物信息学分析流程至关重要，这是宏基因组测序由实验室走向临床转化的重要步骤。目前，宏基因组测序的生物信息学分析已经有了长足的进步，但随着临床对生物信息学分析规范化、标准化的高要求以及计算机技术的发展，宏基因组测序的生物信息学分析也面临着新的挑战。本文主要从质量控制、致病菌的判定以及可视化等方面进行阐述。

目的:探讨宏基因组学二代测序技术(mNGS)在新生儿疑难感染性疾病中的临床应用。方法:回顾性分析2019年9月至2020年12月于郑州大学第三附属医院新生儿科住院治疗且经脑脊液、肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的不明原因发热、抗感染治疗效果欠佳、危重感染患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果:4例新生儿，其中男2例，女2例，起病年龄为生后5 h至26 d。2例患儿为脑炎/脑膜炎，其中例1患儿表现为发热、抽搐、昏迷，例2患儿长期抗生素治疗临床症状不能缓解且脑脊液细胞数不能恢复正常；例3患儿长期发热伴C-反应蛋白增高，例4患儿发热、咳嗽、呼吸窘迫。传统培养均未检出致病微生物，mNGS分别检测出人单纯疱疹病毒2型、微小脲原体、人类疱疹病毒5型、结核分支杆菌复合群。结论:mNGS有助于不明原因发热、治疗效果欠佳、危重感染等新生儿疑难病原体感染的诊断。

目的:探讨采用宏基因组学第二代测序（mNGS）技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者（男10例、女1例，年龄23~85岁），共采集标本23份，其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份，分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度，并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测，在23份标本中，5份标本未检出病原体；其余18份标本共检出35株病原体，属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌，9份标本均各检出2种病原菌，4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测，在23份标本中，1份标本未检出病原体；其余22份标本共检出75株病原体，分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体，5份标本均各检出2种病原体，2份标本均各检出3种病原体，3份标本均各检出4种病原体，2份标本均各检出6种病原体，各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2（1，2）种，明显少于mNGS法的2（1，4）种（ Z=3.359， P<0.01）。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中，mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份，每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中，有7份（30.4%）标本采用2种方法检测的结果完全一致，5份（21.7%）结果完全不一致，11份（47.8%）结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比，mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强，并且可判断混合感染的病原体的相对丰度，作为培养法的补充，可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。

目的:评价宏基因组高通量测序（mNGS）在免疫缺陷患者肺部感染诊断与治疗中的应用价值。方法:回顾性选取2018年11月至2022年5月在解放军总医院呼吸与危重症医学部第一医学中心重症监护室的78例免疫缺陷肺部感染患者［男55例，女23例，年龄（50.3±16.9）岁］和61例非免疫缺陷肺部感染患者［男42例，女19例，年龄（63.6±15.9）岁］。两组患者在临床诊断为肺部感染的同时，均行支气管肺泡灌洗液（BALF）的mNGS及常规微生物学检测（CMTs）。比较两种检测方法的诊断阳性率、病原体检出率以及与临床符合率的差异。同时比较两组患者根据mNGS检测结果抗感染治疗策略调整率的差异。结果:免疫缺陷组与非免疫缺陷组肺部感染患者mNGS诊断阳性率分别为94.9%（74/78）和82.0%（50/61），CMTs诊断阳性率分别为64.1%（50/78）和75.4%（46/61），免疫缺陷组mNGS与CMTs诊断阳性率差异有统计学意义（ P<0.001）。mNGS在免疫缺陷组中耶氏肺孢子菌、巨细胞病毒的检出率分别为41.0%（32/78）、37.2%（29/78），在非免疫缺陷组中肺炎克雷伯菌、鹦鹉热衣原体、嗜肺军团菌的检出率分别为16.4%（10/61）、9.8%（6/61）、8.2%（5/61），均高于CMTs的1.3%（1/78）、7.7%（6/78）、4.9%（3/61）、0、0（均 P<0.05）。免疫缺陷组mNGS、CMTs与临床符合率分别为89.7%（70/78）、43.6%（34/78），差异有统计学意义（ P<0.001）。非免疫缺陷组mNGS、CMTs与临床符合率分别为83.6%（51/61）、62.3%（38/61），差异有统计学意义（ P=0.008）。免疫缺陷组根据mNGS病原学结果，抗感染治疗策略调整率为87.2%（68/78），非免疫缺陷组抗感染治疗策略调整率为60.7%（37/61），差异有统计学意义（ P<0.001）。 结论:在免疫缺陷肺部感染患者中，与CMTs相比，mNGS在诊断阳性率、混合型感染诊断率、病原体检出率及指导抗感染治疗策略的调整方面更具优势，值得临床推广应用。

《拯救脓毒症运动：脓毒症与感染性休克治疗国际指南2021版》 （以下简称2021版指南）于近期发布，该指南对截止至2019年7月的证据进行了汇总，包括"筛查与早期治疗""感染""血流动力学管理""机械通气""其他支持治疗"和"远期结局与照护目标"6个部分内容，共计93个条目和99条推荐意见。与2016版指南相比，尽管2021版指南总的推荐意见数量与之相近（2016版为96条推荐意见），但新指南中"强推荐（推荐）"数量显著下降，"弱推荐（建议）"数量显著上升，且推荐意见所依据的证据质量的等级明显下调。2021版指南对感染预防、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）治疗、营养支持等措施的推荐意见进行了显著的精简，而变化最大的是"远期结局与照护目标"，为患者及其家人确定康复与出院随访计划以及照护目标提供帮助。2021版指南并未对诸如病原微生物宏基因组测序（mNGS）、膈肌保护通气、急性肾损伤肾脏替代治疗启动时机、早期活动、内毒素吸附、氨甲环酸、电子医疗与远程医疗、大数据与人工智能等新疗法和新手段进行评价。总之，2021版指南倾向于保守和简化，但推荐意见的优化和逻辑性均有不足，未来可能会引起较多争议，并影响到临床医生对指南的依从性。