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萝卜硫素通过miR-520a-3p/EGFR信号通路诱导人肾腺癌细胞凋亡
编辑人员丨6天前
目的:探讨萝卜硫素(SFP)对人肾腺癌细胞凋亡的影响及其潜在的作用机制。方法:选取人肾小管上皮细胞系(HK-2)和视网膜母细胞瘤细胞系(ACHN、UOK146、786-0和GRC-1)为研究对象,采用CCK-8方法和流式细胞术分析细胞增殖和凋亡情况;应用TargetScan软件预测miR-520a-3p与EGFR的关系,并采用双荧光素酶报告基因系统检测其相互作用;采用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)和Western blot法检测miR-520a-3p和人表皮生长因子受体(EGFR)mRNA和蛋白的表达水平。结果:SFP呈时间和浓度依赖性的抑制ACHN细胞增殖(均 P<0.05),SFP处理细胞36 h后,SFP组细胞凋亡率相对于对照组明显升高(均 P<0.05)。与对照组比较,SFP组的Cleaved-Caspase-3的表达水平增高,而Pro-Caspase-3的表达水平则降低( P<0.05)。20、40、80 μg/mL SFP处理ACHN细胞36 h后,miR-520a-3p表达水平均较对照组明显升高( P<0.05)。与对照组比较,转染WT-EGFR质粒组中miR-520a-3p荧光素酶活性明显降低( P<0.05),而MUT-EGFR质粒组中miR-520a-3p荧光素酶活性无变化( P>0.05)。转染miR-520a-3p mimics质粒能明显诱导miR-520a-3p基因表达( P<0.05),而抑制EGFR mRNA和蛋白表达( P<0.05)。80 μg/mL SFP处理ACHN细胞36 h后,EGFR mRNA和蛋白的表达水平均较对照组降低(均 P<0.05)。与SFP组比较,SFP+miR-520a-3p inhibitor组的miR-520a-3p表达、细胞凋亡率明显降低,而EGFR表达、细胞活力明显升高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:SFP通过上调miR-520a-3p水平降低EGFR表达,进而抑制肾腺癌细胞增殖、诱导其凋亡,miR-520a-3p/EGFR信号通路可能是肾腺癌治疗的新靶点。
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编辑人员丨6天前
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KAT5/miR-210/TET2通路在甲状腺未分化癌细胞放射抵抗中作用
编辑人员丨6天前
目的:探究乙酰转移酶KAT5对甲状腺未分化癌(ATC)细胞放射敏感性的影响及机制。方法:检测人ATC细胞及正常人甲状腺细胞中内源性KAT5表达水平,使用克隆形成实验探讨KAT5特异性抑制剂NU9056对人ATC细胞及正常甲状腺细胞放射敏感性影响。借助蛋白质印迹、miRNA测序、qRT-PCR、双荧光素酶报告基因等手段,并检索JASPAR、TCGA等数据库,探讨KAT5调控ATC放射敏感性的机制。结果:人ATC细胞中内源性KAT5蛋白及基因水平均显著高于正常人甲状腺细胞,而NU9056能显著提高人ATC细胞8505C和CAL-62的放射敏感性,但对正常人甲状腺细胞Nthy-ori 3-1却无增敏作用。下调KAT5和NU9056均可降低ATC细胞中miR-210水平,而NU9056可降低细胞中转录因子c-Myc表达。miR-210启动子核心区域存在转录因子c-Myc的结合位点,而c-Myc可提高miR-210启动子荧光素酶活性。miR-210高表达是甲状腺癌患者的不良预后因素。上调miR-210能降低ATC细胞中TET2基因表达,而下调miR-210则起相反作用。结论:过度激活的KAT5/miR-210/TET2通路可能造成ATC的放射抵抗,成为临床ATC放射增敏的潜在靶点。
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编辑人员丨6天前
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缺氧缺血自然复苏的新生大鼠模型中外周血miRNA的差异表达
编辑人员丨6天前
目的:评估缺氧缺血(HI)自我复苏的新生SD大鼠模型外周血微小RNA(miRNA)指标。方法:3只孕鼠所产幼鼠按窝别分为3组,A组为空白对照组,B组为HI组,C组备用。采用高通量深度测序方法比较对照组和HI组新生4日龄SD大鼠外周血中miRNA的表达谱。应用生物信息学分析研究这些差异表达的miRNA。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组学百科全书(KEGG)分析方法预测相关的细胞信号通路和功能。通过miRBD预测miRNA及与缺氧缺血性脑病(HIBD)相关的靶基因。应用HE染色观察脑组织病理变化。结果:经外周血深度测序后可得到成熟miRNA序列为1 049种。A组miRNA种类为525种;HI组miRNA种类为524种;其中A组有27种miRNA与HI组存在差异,且2组间miRNA种类呈高度相关。HI新生大鼠外周血中有38个miRNA表达异常,并存在显著差异表达(2 -ΔΔCt值>2.5, P< 0.05),其中21个miRNA显著过表达,17个显著低表达。KEGG通路富集分析和GO分析显示这些差异的miRNA与谷氨酸能突触通路、髓鞘脂类代谢、神经活性配体-受体相互作用和血管上皮生长因子(VEGF)信号通路与缺氧/缺血诱导的脑损伤有关,并且过度活化。2组间幼鼠脑组织未见皮质及胼胝体下白质病变、脑室扩大、灰质神经元排列紊乱和明显凋亡。 结论:HI自然复苏模型大鼠外周血中miRNA差异表达提示,miRNA对缺氧缺血有积极的应答。存在高度显著差异的miR-200家族、miR-471家族、miR-429、miR-216和miR-871,与神经系统损伤分子生物学机制有关,有望成为HIBD或HI新的生物学诊断指标,对HI新的治疗靶点的研究探索是有益的。
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编辑人员丨6天前
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Comprehensive analysis identifies as a critical prognostic prediction gene in breast cancer
编辑人员丨6天前
Background::Aurora kinases (AURKs) family plays a vital role not only in cell division but also in tumorigenesis. However, there are still rare systematic analyses of the diverse expression patterns and prognostic value of the AURKs family in breast cancer (BC). Systematic bioinformatics analysis was conducted to explore the biological role, prognostic value, and immunologic function of AURKs family in BC. Methods::The expression, prognostic value, and clinical functions of AURKs family in BC were evaluated with several bioinformatics web portals: ONCOMINE Gene Expression Profiling Interactive Analysis, Kaplan-Meier plotter, cBioPortal, Metascape, GeneMANIA, and LinkedOmics; and the result was verified using human tissues. Results::The expression of AURKA and AURKB were upregulated in BC in subgroup analyses based on tumor stage (all P < 0.05). BC patients with high AURKA and AURKB expression had a worse overall survival, relapse-free survival, and distant metastasis-free survival (all P < 0.05). Verification experiment revealed that AURKA and AURKB were upregulated in BC ( P < 0.05). AURKA and AURKB were specifically associated with several tumor-associated kinases (polo-like kinase 1 and cyclin-dependent kinase 1), miRNAs (miR-507 and miR-381), and E2F transcription factor 1. Moreover, AURKA and AURKB were correlated with immune cell infiltration. Functional enrichment analysis revealed that AURKA and AURKB were involved in the cell cycle signaling pathway, platinum drug resistance signaling pathway, ErbB signaling pathway, Hippo signaling pathway, and nucleotide-binding and oligomerization domain-like receptor signaling pathway. Conclusions::Aurora kinases AURKA and AURKB could be employed as novel prognostic biomarkers or promising therapeutic targets for BC.
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编辑人员丨6天前
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高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
编辑人员丨6天前
目的:确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法:EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因,进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果:通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA,新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA,19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论:EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变,且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
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编辑人员丨6天前
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Exosomal miR-485-3p derived from pancreatic ductal epithelial cells inhibits pancreatic cancer metastasis through targeting PAK1
编辑人员丨6天前
Background::Cell competition is an important feature in pancreatic cancer (PC) progression, but the underlying mechanism remains elusive. This study aims to explore the role of exosomes derived from normal pancreatic ductal epithelial cells involved in PC progression.Methods::PC cells and pancreatic stellate cells (PSCs) were treated with exosomes isolated from pancreatic ductal epithelial cells. Cell proliferation was assessed by CCK8 assays. Cell migration and invasion were assessed by Transwell assays. PC and matched adjacent non-tumor tissue specimens were obtained from 46 patients pathologically diagnosed with PC at Peking University First Hospital from 2013 to 2017. Tissue miR-485-3p and p21-activated kinase-1 (PAK1) expression was examined by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), and the relationship of the two was analyzed using Pearman’s product-moment correlation. The clinical significance of miR-485-3p was analyzed using the Chi-square test, Wilcoxon rank-sum test, and Fisher exact probability, respectively. The binding of miR-485-3p to PAK1 5 '-untranslated region (5 '-UTR) was examined by luciferase assay. PC cells were xenografted into nude mice as a PC metastasis model. Results::Exosomes from pancreatic ductal epithelial cells suppressed PC cell migration and invasion as well as the secretion and migration of PSCs. MiR-485-3p was enriched in the exosomes of pancreatic ductal epithelial cells but deficient in those of PC cells and PSCs, in accordance with the lower level in PSCs and PC cells than that in pancreatic ductal cells. And the mature miR-485-3p could be delivered into these cells by the exosomes secreted by normal pancreatic duct cells, to inhibit PC cell migration and invasion. Clinical data analysis showed that miR-485-3p was significantly decreased in PC tissues ( P < 0.05) and was negatively associated with lymphovascular invasion ( P = 0.044). As a direct target of miR-485-3p, PAK1 was found to exert an inhibitory effect on PC cells, and there was a significantly negative correlation between the expression levels of miR-485-3p and PAK1 ( r = -0.6525, P < 0.0001) in PC tissues. Moreover, miR-485-3p could suppress PC metastasis in vivo by targeting p21-activated kinase-1. Conclusions::Exosomal miR-485-3p delivered by normal pancreatic ductal epithelial cells into PC cells inhibits PC metastasis by directly targeting PAK1. The restoration of miR-485-3p by exosomes or some other vehicle might be a novel approach for PC treatment.
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编辑人员丨6天前
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低温缺血再灌注心律失常大鼠心肌miRNA表达的变化及靶基因预测
编辑人员丨6天前
目的:明确低温缺血再灌注心律失常大鼠心肌miRNA表达的变化及其靶基因。方法:清洁级健康雄性SD大鼠,2~3月龄,体重300~400 g,麻醉后开胸取心脏,建立离体心脏灌注模型。成功建立离体心脏灌注模型6个,采用随机数字表法分为2组( n=3):对照组(C组)和心脏缺血再灌注组(IR组)。采用全心停灌60 min再灌注30 min的方法制备低温心脏缺血再灌注损伤模型。记录再灌注期间心律失常评分。通过高通量测序筛选出2组心肌表达有显著性差异的miRNA(DEmiRNAs)。利用RNAhybrid和miRanda数据库对DEmiRNAs调节的mRNA行靶基因预测,通过Gene Ontology和KEGG数据库对靶基因进行富集分析,选取与心律失常密切相关且表达水平较高的miRNA进行RT-PCR检测。 结果:高通量测序结果:与C组比较,IR组有7个miRNA表达有显著性差异(novel-miR-17、novel-miR-19、novel-miR-30、novel-miR-43、rno-miR-122-5p、novel-miR-16和rno-miR-429)。与心律失常关系密切且表达水平较高的miRNA有4个:与C组比较,IR组心肌novel-miR-17、novel-miR-30和rno-miR-122-5p表达上调,rno-miR-429表达下调( P<0.05)。通过miRNA-mRNA相关性分析结果:GJA1基因是novel-miR-17的靶点。 结论:心肌novel-miR-17可能作用于GJA1基因参与大鼠低温缺血再灌注心律失常的发生。
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编辑人员丨6天前
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miR-34b-3p靶向FDX1抑制小儿神经母细胞瘤细胞生长和凋亡
编辑人员丨6天前
目的:探究miR-34b-3p在神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)细胞增殖和凋亡过程中的调节作用。方法:体外培养人正常背根神经节细胞和NB细胞系,搜集NB组织和邻近的正常组织。qRT-PCR检测NB组织和细胞中miR-34b-3p和FDX1的表达;CCK-8法、克隆形成实验和流式细胞术检测NB细胞的增殖和凋亡;双荧光素酶报告基因分析FDX1 mRNA 3'非翻译区(3'-untranslated region,3'-UTR)和miR-34b-3p之间的靶点关系;Western blot检测相关蛋白的表达。采用SPSS 23.0和GraphPad Prism 6.01进行Student's t-test检验。 结果:与对照组比较,miR-34b-3p在NB肿瘤组织和癌细胞系(SK-N-BE、SK-N-SH、SH-SY5Y和LAN-6)中均下调( P<0.05)。与对照组比较,miR-34b-3p过表达抑制了癌细胞SK-N-BE和SH-SY5Y的生长,并诱导凋亡增加( P<0.05)。萤光素酶报告基因证实,miR-34b-3p可以与FDX1 3'-UTR结合,抑制NB细胞中FDX1的表达。此外,FDX1过表达有效逆转了miR-34b-3p对NB细胞生长和凋亡的抑制作用。与对照组比较,miR-34b-3p稳定转染SH-SY5Y细胞抑制了异种移植瘤的生长和肿瘤重量( P<0.05)。 结论:miR-34b-3p可能通过靶向FDX1在NB中发挥肿瘤抑制作用,是一种新颖的NB诊断和治疗的生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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新型微小RNA-23对乳腺癌增殖、迁移和侵袭的影响及靶基因预测的生信分析
编辑人员丨6天前
目的:通过组织测序发现新型微小RNA-23(novel-miR-23)在乳腺癌组织中呈现低表达,探讨其对乳腺癌增殖、迁移和侵袭的调控机制及其生物学功能机制。方法:运用细胞计数试剂盒(CCK-8)以及细胞增殖实验(EdU)检测novel-miR-23对人乳腺癌细胞增殖影响;运用转运小室检测novel-miR-23对人乳腺癌细胞迁移和侵袭影响。同时,应用生物信息学分析预测novel-miR-23与乳腺癌相关的靶基因,分析其潜在的作用机制。两组间比较采用 t检验,多组间均数比较采用方差分析。 结果:利用定量聚合酶链反应(qPCR)检测novel-miR-23在乳腺癌细胞MCF-7、MDA-MB-231中的表达水平(0.01±0.00、0.03±0.01)低于正常细胞MCF-10A(1.00±0.09),差异有统计学意义( t=18.92、18.62, P<0.01)。将novel-miR-23转入人三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231中,CCK-8实验显示,对照组在0、24、48、72 h的细胞活力(1.00±0.02、1.00±0.02、1.00±0.03、1.00±0.04)明显低于实验组(1.00±0.02、0.99±0.02、0.85±0.04、0.65±0.04),差异有统计学意义( F=175.1, P<0.01);EdU实验同样显示对照组的增殖率(11.91%)明显低于实验组(27.57%),差异有统计学意义( t=4.375, P<0.01)。对照组的迁移量和侵袭量(102.75±9.25、87.2±8.2)明显低于实验组(626.75±44.25、369.2±40.2),差异有统计学意义( t=28.09、17.16, P<0.01)。将novel-miR-23转入人雌激素阳性乳腺癌细胞MCF-7中,CCK-8实验显示,对照组在0、24、48、72 h的细胞活力(1.01±0.03、1.02±0.08、1.05±0.09、1.03±0.07)明显高于实验组(0.99±0.05、0.97±0.08、1.22±0.14、1.72±0.06),差异有统计学意义( F=114.8, P<0.01);EdU实验同样显示对照组的增殖率(32.84%)明显高于实验组(26.37%),差异有统计学意义( t=4.215, P<0.01)。对照组的迁移量和侵袭量(505.25±25.25、353±16)明显高于实验组(141.75±12.75、255±23),差异有统计学意义( t=21.78、27.07, P<0.01)。结果显示,novel-miR-23可抑制雌激素受体阳性乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力,促进三阴性乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力;通过生物信息学相关方法预测到novel-miR-23的靶基因中,有4个基因与雌激素受体相关,其中ADCY1与ADCY2或为其关键靶点。 结论:novel-miR-23可能通过调控雌激素受体通路来影响乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。
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编辑人员丨6天前
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miR-765通过Wnt/ β-catenin信号通路调控甲状腺乳头状癌细胞生物学行为的研究
编辑人员丨6天前
目的:探究miR-765在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)细胞中的作用及相关信号通路机制。方法:利用qPCR检测miR-765在正常人甲状腺细胞系Nthy-ori 3-1及人PTC细胞系B-CPAP和TPC-1中的表达。将PTC细胞分成空白对照组(blank control,BC)、阴性对照组(negative control,NC)和miR-mimic组,BC组不做特殊处理,NC组转染阴性对照序列,miRNA模拟物(miR-mimic)组转染miR-765模拟物上调其表达。分别利用CCK-8实验、平板克隆形成实验、划痕实验和Transwell侵袭实验检测转染miR-mimic后PTC细胞的增殖、迁移及侵袭能力。利用Western blot实验检测转染miR-mimic后PTC细胞中Wnt/ β-catenin信号通路关键蛋白 β-catenin的核内表达。 结果:与Nthy-ori 3-1细胞相比,PTC细胞中的miR-765表达显著下降(B-CPAP, P=0.0003;TPC-1, P=0.0003)。转染miR-mimic可显著上调PTC细胞中miR-765的表达(B-CPAP, P<0.0001;TPC-1, P<0.0001)。CCK-8实验(B-CPAP, P<0.05;TPC-1, P<0.05)、平板克隆形成实验(B-CPAP, P=0.0001;TPC-1, P<0.0001)、划痕实验(B-CPAP, P=0.0006;TPC-1, P<0.0001)及Transwell侵袭实验(B-CPAP, P=0.001;TPC-1, P=0.0014)结果显示,上调miR-765的表达可显著抑制PTC细胞的增殖、迁移和侵袭能力。Western实验结果显示上调miR-765的表达可显著抑制PTC细胞中Wnt/ β-catenin信号通路的水平(B-CPAP, P=0.0039;TPC-1, P=0.0004)。 结论:上调miR-765可抑制Wnt/ β-catenin信号通路并抑制PTC细胞的增殖、迁移和侵袭能力,这不仅说明miR-765是PTC治疗的潜在新靶点,还进一步揭示了其发挥调控作用的机制。
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编辑人员丨6天前
