-
胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨1天前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
KAT5/miR-210/TET2通路在甲状腺未分化癌细胞放射抵抗中作用
编辑人员丨1天前
目的:探究乙酰转移酶KAT5对甲状腺未分化癌(ATC)细胞放射敏感性的影响及机制。方法:检测人ATC细胞及正常人甲状腺细胞中内源性KAT5表达水平,使用克隆形成实验探讨KAT5特异性抑制剂NU9056对人ATC细胞及正常甲状腺细胞放射敏感性影响。借助蛋白质印迹、miRNA测序、qRT-PCR、双荧光素酶报告基因等手段,并检索JASPAR、TCGA等数据库,探讨KAT5调控ATC放射敏感性的机制。结果:人ATC细胞中内源性KAT5蛋白及基因水平均显著高于正常人甲状腺细胞,而NU9056能显著提高人ATC细胞8505C和CAL-62的放射敏感性,但对正常人甲状腺细胞Nthy-ori 3-1却无增敏作用。下调KAT5和NU9056均可降低ATC细胞中miR-210水平,而NU9056可降低细胞中转录因子c-Myc表达。miR-210启动子核心区域存在转录因子c-Myc的结合位点,而c-Myc可提高miR-210启动子荧光素酶活性。miR-210高表达是甲状腺癌患者的不良预后因素。上调miR-210能降低ATC细胞中TET2基因表达,而下调miR-210则起相反作用。结论:过度激活的KAT5/miR-210/TET2通路可能造成ATC的放射抵抗,成为临床ATC放射增敏的潜在靶点。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
β-酮硫解酶缺乏症3例患儿的临床及遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨3例β-酮硫解酶缺乏症(BKTD)患儿的临床特征和基因变异。方法:回顾性分析河南省儿童医院2018年1月至2022年10月诊治的3例BKTD患儿的临床表现、实验室检查及基因检测资料,分析其临床和基因变异特点。结果:3例患儿均为男性,年龄为7 ~ 11个月,表现为外伤应激、感染后出现精神差、气促、呕吐、抽搐等,均存在重度代谢性酸中毒、血和尿中酮体升高、低血糖、血异戊烯酰肉碱和3-羟基异戊酰肉碱升高、尿2-甲基-3-羟基丁酸和甲基巴豆酰甘氨酸增多。基因检测提示患儿1的 ACAT1基因存在c.1183G>T杂合变异与1个涉及 ACAT1基因的大片段缺失(chr11:102980303_110501515),患儿2的 ACAT1基因存在c.121-3C>G与c.826+5_826+9delGTGTT复合杂合变异,患儿3的 ACAT1基因存在c.928G>C与c.1142T>C复合杂合变异。患儿2与患儿3的4种变异均为已知的致病性或可能致病性变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南,患儿1的c.1183G>T被评级为意义不明变异(PM2_Supporting+PP3+PP4),11q22.3-11q23.1大片段缺失查询DGV正常人群拷贝数变异数据库未见收录,被评级为致病性拷贝数变异。 结论:ACAT1基因的变异考虑为3例BKTD患儿的遗传学病因。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
A糖基转移酶基因变异所致A 3表型1例的遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨1例A 3表型个体的血清学特性和分子机制。 方法:选取2022年5月12日就诊于中国医科大学附属第四医院的1名27岁汉族女性作为研究对象。使用标准血清学方法检测其ABO血型,通过PCR扩增产物直接测序法鉴定 ABO基因及第6~7外显子的单链序列,并使用生物信息学软件对变异位点进行分析。 结果:检测结果提示该个体为A 3表型,其第6、7外显子存在c.261delG、c.467C>T和c.745C>T杂合变异。单链测序结果提示样本存在 ABO* A3. 07和 ABO* O. 01. 01等位基因,其中 ABO* A3. 07等位基因在 ABO* A1. 02等位基因的背景下存在c.745C>T(p.R249W)变异。生物信息学分析预测c.745C>T(p.R249W)为可能有害变异,自由能变化(ΔΔG)值预测其可能影响蛋白稳定性。蛋白模拟模型提示p.R249W可造成α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶局部氢键网格的改变。 结论:α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因的c.745C>T(p.R249W)变异可能造成酶蛋白结构和功能的失稳,进而导致A抗原表达减弱。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
维A酸衍生物ECPIRM对皮肤T细胞淋巴瘤HH细胞增殖、凋亡的影响及其机制初探
编辑人员丨1天前
目的:探讨维A酸衍生物ECPIRM对人皮肤T细胞淋巴瘤HH细胞的增殖抑制作用及潜在机制。方法:以0(对照组)、5、10、20 μmol/L ECPIRM处理HH细胞72 h,采用CCK8法检测ECPIRM对HH细胞增殖活力的影响,采用流式细胞仪检测ECPIRM对HH细胞凋亡的影响。以10 μmol/L ECPIRM处理HH细胞72 h,采用转录组学测序分析ECPIRM对HH细胞基因表达的调控作用,结合KEGG通路分析和GO功能富集分析比较ECPIRM诱导的差异表达的相关基因。采用反转录qPCR验证相关通路中关键基因的表达变化。组间差异采用单因素方差分析,采用LSD- t检验进行两两比较。 结果:CCK8结果显示,ECPIRM对HH细胞IC50为(4.91 ± 2.48)μmol/L,对照组与5、10、20 μmol/L ECPIRM组HH细胞活力分别为100.00% ± 2.87%、49.58% ± 4.53%、48.36% ± 2.88%、31.44% ± 2.46%,4组细胞活力差异有统计学意义( F=162.86, P < 0.001),5、10、20 μmol/L组细胞活力均低于对照组( t值分别为15.36、15.73和20.89,均 P < 0.001)。流式细胞仪检测结果显示,4组细胞凋亡率差异有统计学意义(11.51% ± 1.84%、23.83% ± 5.72%、36.19% ± 8.33%、49.75% ± 4.10%, F=17.62, P < 0.001),10、20 μmol/L组细胞凋亡率均高于对照组( t值分别为4.46、6.92,均 P < 0.01)。转录组学分析发现,ECPIRM诱导的增殖抑制作用可能与类固醇的代谢调控有关。反转录qPCR验证发现,10 μmol/L ECPIRM组L-氨基酸氧化酶(IL4I1)、乙酰辅酶A乙酰转移酶2(ACAT2)、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶1(HMGCS1)、甲羟戊酸二磷酸脱羧酶(MVD)、3-β-羟基类固醇-8,7-异构酶(EBP)、极低密度脂蛋白受体(VLDLR)、3-羟基3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)mRNA相对表达与对照组比较明显受到抑制(均 P < 0.05)。 结论:维A酸衍生物ECPIRM对HH细胞可发挥显著的抗增殖及凋亡诱导作用,其机制可能与类固醇代谢关键基因的表达抑制有关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
OGT在甲烷减轻大鼠脊髓神经元氧糖缺失-复氧复糖损伤中的作用:与Nrf2表达的关系
编辑人员丨1天前
目的:评价氧连氮-乙酰葡萄糖胺(O-GlcNAc)转移酶(OGT)在甲烷减轻大鼠脊髓神经元氧糖缺失-复氧复糖损伤中的作用及其与Nrf2表达的关系。方法:原代培养的大鼠脊髓神经元,以1×10 5个/ml密度接种于6孔板,采用随机数字表法分为4组( n=60):对照组(C组)、氧糖缺失-复氧复糖组(OGD/R组)、甲烷组(M组)和甲烷+OGT抑制剂四氧嘧啶组(MA组)。采用无糖-无血清Earle平衡盐液,在37 ℃、5%CO 2-95%N 2缺氧培养箱中孵育2 h,然后正常培养的方法制备脊髓神经元氧糖缺失-复氧复糖损伤模型。M组于复氧复糖时在培养液中加入200 μl甲烷饱和生理盐水(甲烷终浓度1.8 mmol/L);MA组于M组复氧复糖后10 min在培养液中加入8 mmol/L四氧嘧啶。复氧复糖12 h时,测定神经元存活率、LDH漏出率和凋亡率;采用染色质免疫沉淀和实时荧光定量PCR(qPCR)法检测Nrf2基因启动子区OGT和H3K4me3表达水平;提取核蛋白,采用免疫沉淀和Western blot法测定H3K4甲基转移酶复合物调节亚基RBBP5的O-GlcNAc糖基化水平;采用邻位连接法检测H3K4甲基转移酶复合物催化亚基MLL1与组蛋白H3空间邻近水平;采用Western blot和qPCR法测定Nrf2及其mRNA的表达;采用ELISA法测定上清液SOD、过氧化氢酶(CAT)活性和MDA浓度。 结果:与C组比较,OGD/R组和M组神经元存活率降低,LDH漏出率、凋亡率和上清液MDA浓度升高( P<0.01);与OGD/R组比较,M组神经元存活率升高,LDH漏出率、凋亡率和上清液MDA浓度降低,Nrf2启动子区OGT和H3K4me3表达上调,RBBP5亚基O-GlcNAc糖基化、MLL1亚基与组蛋白H3空间邻近水平增高,Nrf2及其mRNA表达上调,上清液SOD和CAT活性升高( P<0.01);与M组比较,MA组神经元存活率降低,LDH漏出率、凋亡率和上清液MDA浓度升高,Nrf2启动子区OGT和H3K4me3表达下调,RBBP5亚基O-GlcNAc糖基化、MLL1亚基与组蛋白H3空间邻近水平降低,Nrf2及其mRNA表达下调,SOD和CAT活性下降( P<0.05或0.01)。 结论:OGT参与了甲烷减轻大鼠脊髓神经元氧糖缺失-复氧复糖损伤的过程,与上调Nrf2表达有关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
β1,3-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶5靶向调控膜联蛋白A2促进神经母细胞瘤细胞侵袭迁移
编辑人员丨1天前
目的:探讨β1,3-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶5(B3GNT5)对神经母细胞瘤(NB)细胞侵袭迁移的影响及作用机制。方法:利用公共数据库分析B3GNT5与NB患者高/低风险、MYCN扩增及预后的关系。收集武汉儿童医院普外科7例NB和2例节神经细胞瘤组织标本,采用免疫组织化学、实时定量荧光聚合酶链反应(RT-qPCR)和蛋白印迹法(Western blot)检测组织和NB细胞系中B3GNT5的表达。构建B3GNT5干扰和过表达的SK-N-BE和SH-SY-5Y细胞系,Transwell检测对细胞迁移侵袭的影响,Western blot检测转移相关蛋白。应用质谱技术、免疫共沉淀、靶基因干扰实验探讨潜在分子机制。两组间比较采用 t检验。 结果:数据库分析显示B3GNT5表达与NB患儿总体生存率和无事件生存率呈负相关[风险比( HR)=13.480、3.900, P<0.01];高危组和MYCN扩增组中的表达显著高于低危组和MYCN非扩增组(10.040±1.206比9.206±0.893、10.960±0.705比9.166±0.933, t=8.816、14.900, P<0.01)。B3GNT5干扰组SK-N-BE细胞迁移(78.980±6.591)和侵袭(39.830±7.310)的数量低于对照组(131.000±6.607、72.000±6.117, t=23.720、14.320, P<0.01)。B3GNT5与膜联蛋白A2结合,B3GNT5干扰组膜联蛋白A2糖基化水平低于对照组(0.217±0.076比0.470±0.071, t=4.192, P<0.05)。干扰膜联蛋白A2,B3GNT5过表达的SK-N-BE细胞迁移(91.780±6.873)和侵袭(99.110±7.435)的数量低于对照组(188.900±7.727、197.200±8.363, t=39.860、36.730, P<0.01)。 结论:B3GNT5靶向促进膜联蛋白A2糖基化修饰介导NB细胞侵袭迁移。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
mHS缺乏症1例并文献复习
编辑人员丨1天前
目的:总结HMGCS2基因突变导致3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症(mHS缺乏症)患儿的临床表型及遗传学特点。方法:2020年4月10日重庆大学附属三峡医院收治mHS缺乏症患儿1例,患儿因咳嗽、气促及深昏迷入院,入院后完善血尿气相色谱分析,对患儿行全外显子组高通量测序,并对突变基因的家系分布进行验证,诊断为mHS缺乏症。以“3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症”“HMGCS2”“mHS缺乏症”为检索词,分别在万方数据知识服务平台、中国期刊全文数据库、PubMed以及HGMD数据库检索截至2020年6月的相关文献,共检索到43例mHS缺乏症。总结HMGCS2基因突变患儿的临床表型和基因型。结果:截至2020年6月,加上该例患儿,共有44例mHS缺乏症患儿,其中男性15例,女性11例,未知性别18例;年龄范围:0~24个月龄29例,> 24个月龄4例,未发病6例,未知发病年龄5例;大多数患儿以发热、咳嗽、急性胃肠炎、昏迷等为首发症状,其中低血糖27例、代谢性酸中毒21例、肝肿大15例、FFA/D-3-HB升高16例、尿液4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮(4HMP)(+)10例。该例患儿有肝大、丙氨酸氨基转移酶升高、代谢性酸中毒;尿气相色谱检测到多种代谢产物升高,血串联质谱检测C40升高,多种长链肉碱升高。全外显子组高通量测序显示HMGCS2基因有2个杂合突变,(NM_0055)c.559+1G > A;c.758 T > C杂合突变。使用Sanger测序进行验证及父母来源分析,发现突变分别来源于父母亲。该例患儿2个基因突变均属新发突变,在国内外均未见报道。根据ACMG序列变异解读标准与指南判定该变异为致病变异。结论:当患儿有低酮症性低血糖和(或)代谢性酸中毒,FFA/D-3-HB和乙酰肉碱水平升高时,应考虑mHS缺乏症。HMGCS2基因检查可协助诊断。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
糖基转移酶Colgalt2基因缺失对于对乙酰氨基酚导致的肝损伤的保护作用初探
编辑人员丨1天前
目的:探讨糖基转移酶Colgalt2基因缺失对于对乙酰氨基酚(APAP)导致的小鼠急性肝损伤的保护作用。方法:选择Colgalt2 +/+野生型小鼠20只和Colgalt2 -/-小鼠20只(均为C57BL/6J品系)为研究对象,腹腔注射APAP溶液建立小鼠急性肝损伤模型,将小鼠分为4组,Colgalt2 +/+野生型对照组、Colgalt2 +/+野生型给药组(APAP 500 mg/kg)、Colgalt2 -/-小鼠对照组、Colgalt2 -/-小鼠给药组(APAP 500 mg/kg),测定生存率,绘制生存曲线,通过检测血清丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶水平评价肝脏功能,HE染色观察肝脏组织病理变化评价肝脏损伤情况,采用Western blot对肝损伤相关蛋白c-JNK氨基末端激酶(JNK)进行检测。多组样本均数的比较用方差分析,进一步两两比较方差齐者用LSD- t检验,方差不齐者用Games-Howel法。 结果:与Colgalt2 +/+小鼠相比,Colgalt2 -/-小鼠给予APAP后,小鼠生存率明显升高(86.7%比40.0%),小鼠肝细胞死亡及炎性细胞浸润轻于Colgalt2 +/+小鼠,血清丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶水平明显降低[丙氨酸转氨酶:(5 291.90± 1 016.34)U/L比(1 616.90±330.65)U/L, P = 0.000;天冬氨酸转氨酶:(4 978.00±1 028.43)U/L比(1 851.00±437.55)U/L, P = 0.000],肝组织中JNK表达水平降低。 结论:在APAP诱导的小鼠肝损伤中,Colgalt2基因缺失对于APAP诱导的急性肝损伤发挥保护作用,Colgalt2可能成为APAP诱导的肝毒性的潜在治疗选择。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
加味天王补心丹对模拟高原暴露模型大鼠睡眠的改善作用及其机制
编辑人员丨2024/7/20
目的 探讨加味天王补心丹(JWBXD)对模拟高原暴露大鼠失眠的改善作用及其机制.方法 ①将30只SD大鼠随机分为正常对照组、模型组、模型+JWBXD(9.6 mg·kg-1)组、模型+天王补心丹(TWBXD,9.6 mg·kg-1)组和模型+地西泮(DZP,3 mg·kg-1)组.大鼠进行植入子手术,除正常对照组外,其余大鼠置入模拟5000 m海拔高原的低压低氧动物实验舱内,连续7d.每天9∶00 ig给予相应药物,采用无线生理信号遥测系统进行信号采集和睡眠分析,观察药物对模拟高原暴露模型大鼠睡眠时间和睡眠结构的影响.②将40只SD大鼠随机分为5组,分组、造模和给药同①,实验过程中每天观察大鼠一般状态并监测体重,造模第7天测试前肢抓力.采用ELISA检测血清促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)、促肾上腺皮质激素(ACTH)、皮质酮(CORT)和褪黑素(MLT)水平.Western印迹法检测大鼠下丘脑组织中昼夜节律基因节律周期调节蛋白2(Per2)、时钟节律调节蛋白(Clock)、隐花色素节律调节蛋白2(Cry2)、脑-肌肉Arnt样蛋白(Bmal1)、孤核受体REV-ERBα(NR1D1)和糖原合成酶激酶3(GSK-3β)以及松果体组织中褪黑素合成酶乙酰5-羟色胺O-甲基转移酶(ASMT)蛋白表达水平.结果 ①与正常对照组比较,模型组大鼠睡眠总时间减少(P<0.01),觉醒时间增加(P<0.01),慢波睡眠显著减少(P<0.05),片段平均持续时间缩短(P<0.01).与模型组比较,DZP,TWBXD和JWBXD均能延长低氧环境中大鼠睡眠时间(P<0.01),有效抑制觉醒(P<0.01);DZP和JWBXD能够延长慢波睡眠时间(P<0.05,P<0.01),TWBXD无明显作用;JWBXD能够延长模型大鼠慢波睡眠片段平均持续时间(P<0.01),而DZP和TWBXD无此作用.②与正常对照组比较,模型组大鼠前肢抓力显著下降(P<0.01);血清ACTH,CRH和CORT水平升高(P<0.05,P<0.01),MLT水平降低(P<0.05);下丘脑Per2,Cry2,GSK-3β和NR1D1表达水平均降低(P<0.05,P<0.01),Bmal1和Clock表达水平升高(P<0.05,P<0.01);松果体内ASMT表达水平降低(P<0.05).与模型组相比较,模型+JWBXD和模型+TWBXD组大鼠前肢抓力增加(P<0.01),模型+DZP组前肢抓力无显著变化;模型+JWBXD组血清CORT和ACTH含量减少(P<0.05),模型+JWBXD、模型+TWBXD和模型+DZP组血清CRH含量降低(P<0.01)而MLT水平升高(P<0.01);模型+JWBXD组大鼠下丘脑Per2,Cry2,GSK-3β和NR1D1表达水平均升高(P<0.05,P<0.01)而Bmal1和Clock表达水平降低(P<0.05,P<0.01),模型+TWBXD组下丘脑Bmal1表达水平降低(P<0.01)而NR1D1表达水平增加(P<0.05),模型+DZP组下丘脑Per2,Cry2和NR1D1表达均显著增加(P<0.01);模型+JWBXD组、模型+TWBXD组和模型+DZP组大鼠松果体内ASMT表达水平增加(P<0.05).结论 JWBXD可改善模拟高原暴露模型大鼠睡眠结构,增加大鼠慢波睡眠持续时间,其机制可能与调节下丘脑核心时钟蛋白表达、促进MLT分泌及抑制下丘脑-垂体-肾上腺轴功能亢进相关.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/7/20
