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基于网络药理学、分子对接和实验验证探究清金益气颗粒抗疲劳作用机制
编辑人员丨1周前
目的 探究清金益气颗粒抗疲劳的作用及潜在作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、高通量中药实验和参考指南数据库(HERB)、PubChem、Swiss Target Prediction等数据库获取药物活性成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库收集疲劳的作用靶点;利用VENNY 2.1获取药物与疾病交集靶点,再联合Cytoscape 3.9.1软件构建药物-活性成分-疲劳交集靶点相互关系网络;将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测清金益气颗粒抗疲劳的作用机制;选取关键活性成分和核心靶点进行分子对接.通过负重力竭游泳实验观察小鼠负重力竭游泳时间;非负重游泳实验测定小鼠血清乳酸(BLA)、尿素氮(BUN)、乳酸脱氢酶(LDH)、丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)、肝糖原(LG)、肌糖原(MG)、葡萄糖(GLU)等指标评价清金益气颗粒抗疲劳药效.结果 网络药理学和分子对接结果显示清金益气颗粒抗疲劳的210个潜在作用靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、缺氧诱导因子1(HIF-1)、叉头框蛋白O(FoxO)等信号通路上,其主要活性成分和关键靶点蛋白结合能力较好.动物实验结果表明,清金益气颗粒可通过延长小鼠负重5%力竭游泳时间,降低非负重游泳小鼠血清中BLA、BUN、MDA水平,增加机体LG、MG、GLU水平储存和LDH、SOD、GSH-Px活性发挥抗疲劳作用.结论 清金益气颗粒可能通过调节PI3K-AKT、MAPK、HIF-1、FoxO等信号通路影响机体能量代谢和氧化应激发挥抗疲劳的作用.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学、分子对接和动物实验探究黄芪桂枝五物汤预防运动性疲劳的作用
编辑人员丨2024/8/31
目的:采用网络药理学-分子对接的方法,探讨黄芪桂枝五物汤预防运动性疲劳(Exercise-induced fatigue,EF)的作用机制,并进行动物实验验证分析.方法:通过网络药理学工具获得黄芪桂枝五物汤预防EF的有效成分、核心靶点和信号通路.构建EF大鼠模型,进行HE染色、ELISA、PCR法验证网络药理学预测的主要靶点及预防效果.结果:筛选出黄芪桂枝五物汤中43个活性成分和242个潜在靶点,运动性疲劳潜在靶点1 002个;药物和疾病交集靶点104个,包括AKT1、IL6、TNF、IL1B、PPARG、PTGS2等.KEGG富集分析结果包括AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示豆甾醇、刺芒柄花素及原阿片碱等活性成分与PTGS2、PTGS1、CHRM1等关键靶点表现出良好的对接活性,黄芪桂枝五物汤可能通过影响AKT1、IL-6、TNF、IL-1B、PPARG、PTGS2等靶蛋白的表达进而调控炎症反应和细胞凋亡.黄芪桂枝五物汤可以使大鼠肌纤维排列更紧密,增强大鼠四肢肌力、运动耐力、心脏供血能力,且缓解心脏过度代偿.与正常对照组比较,模型对照组游泳力竭时间与四肢抓力显著减少,血清中肌酸激酶(CK)、血乳酸(BLA)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF-α)、缺氧诱导因子(HIF-1α)的含量显著升高,血管内皮生长因子(VEGF)与促红细胞生成素(EPO)的含量显著降低(P<0.01),雌激素受体1(Esr1)表达下调,前列腺素内过氧化物合酶2(Ptgs2)、蛋白激酶1(Akt1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Pparg)和果寡糖(Fos)mRNA表达上调(P<0.05);与模型对照组比较,黄芪桂枝五物汤组游泳力竭时间与四肢抓力显著增加,血清中CK、BLA、IL-6、TNF-α、HIF-1α的含量显著减少;VEGF、EPO的含量显著增加(P<0.01);Esr1 mRNA表达上调,Ptgs2、Akt1、Pparg、Fos mRNA表达下调(P<0.05).结论:黄芪桂枝五物汤中槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等化合物发挥核心作用,通过影响PTGS2、PTGS1、ADRB2等靶蛋白的表达并参与AGE-RAGE、TNF、IL-17信号传导途径,发挥预防运动性疲劳的作用.
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编辑人员丨2024/8/31
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基于网络药理学及实验验证探讨敦煌医方小补肝汤抗运动性疲劳的作用机制
编辑人员丨2024/8/31
目的:运用网络药理学及实验验证的方法探讨小补肝汤干预运动性疲劳的有效成分及可能作用机制.方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索小补肝汤的活性成分;通过人类基因组数据库(Genecards)、药物数据库(Drugbank)、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、遗传药理学与药物基因组学数据库(PharmGkb),获取疾病的靶标基因;利用Venny2.1.0在线工具绘制药物与疾病靶点的韦恩图,获得交集靶点,将其导入STRING数据库,构建蛋白相互作用(PPI)网络图,通过Bioconductor等在线软件进行基因组数据的高通量分析,得到基因本体(GO)生物功能注释图和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路图,预测作用通路,并采用动物实验验证网络药理学预测结果.结果:通过筛选得到小补肝汤36种活性成分,药物-疾病共同靶点244个;通过构建药物-成分-靶点-疾病调控网络,筛选出豆甾醇(Stigmasterol)、海风藤酮(Kadsurenone)、β-谷固醇(Beta-sitosterol)、山蒟酮C(Hancinone C)及黄杉素(Taxifolin)等核心成分;通过蛋白互作网络的构建,筛选出AKT1、GNAQ及PTGS2等11个关键靶点;GO富集分析得出生物学过程BP 3 675个,包括对药物的反应、对氧含量的反应、对缺氧的反应等;细胞组分379个,包括膜筏、膜微区、线粒体外膜等;分子功能624个,包括DNA-结合转录因子结合、泛素蛋白连接酶结合及G蛋白偶联胺受体活性等;KEGG富集分析得出涉及的信号通路主要有钙信号通路(GNAQ-PLCB2-IP3R1-CAM)、cAMP信号通路和甲状腺激素信号等通路.动物实验结果显示,与正常对照组比较,模型对照组负重游泳力竭时间显著减少,血清中乳酸(LD)、尿素氮(BUN)的含量显著升高,肝糖原与肌糖原的含量显著降低(P<0.01),骨骼肌组织病理可见骨骼肌细胞排列紊乱不均,有较多炎症细胞弥漫浸润,骨骼肌组织GNAQ、PLCB2、IP3RI、CAM蛋白表达显著上调(P<0.01);与模型对照组比较,各给药组小鼠负重游泳力竭时间显著增加(P<0.01),血清中LD、BUN的含量明显降低(P<0.05),肝糖原与肌糖原的含量明显升高(P<0.05),各给药组小鼠骨骼肌纤维排列有所改善,炎性细胞浸润明显减少,骨骼肌组织GNAQ、PLCB2、IP3RI、CAM蛋白表达明显下调(P<0.05).结论:小补肝汤能下调运动性疲劳小鼠骨骼肌组织中GNAQ、PL-CB2、IP3RI、CAM蛋白表达,从而调节胞内钙离子浓度,减轻因钙超载导致的细胞线粒体、肌浆网功能破坏而引起的疲劳.
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编辑人员丨2024/8/31
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基于网络药理学的舒心安神汤抗抑郁实验研究
编辑人员丨2024/8/10
目的:采用网络药理学、分子对接和动物实验探讨舒心安神汤治疗抑郁症的作用及机制.方法:通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Uniprot数据库筛选舒心安神汤中的活性成分及作用靶点,采用Gene Cards、OMIM、Drug Bank数据库获得抑郁症疾病靶点;用Cytoscape软件构建可视化网络,利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾病的共同靶点输入String数据库,获得蛋白质相互作用(PPI)网络图,进一步筛选出核心靶点.于DAVID数据库中对交集基因进行GO富集和KEGG通路分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示,将核心靶点与相关活性成分在CB-Dock在线平台进行分子对接验证,并采用LC-MS对舒心安神汤主要化学成分进行分析鉴定.构建皮质酮诱导抑郁小鼠模型,利用行为学实验、尼氏染色、Western blotting法进行舒心安神汤药效评估并对脑源性神经营养因子(BDNF)、酪氨酸激酶受体B(TRKB)、环磷腺苷效应元件结合蛋白(CREB)反映突触可塑性相关蛋白的表达进行考察.结果:网络药理学预测得到舒心安神汤治疗抑郁症的潜在活性成分141个,主要为槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、莫诺苷、斯皮诺素及姜辣素等活性成分,关键靶点包括IL6、ESR1、AKT1和EGFR等,GO富集分析结果发现抑郁反应与蛋白磷酸化调控、细胞外基质激酶结合及蛋白激酶活性等相关.KEGG通路富集结果显示,舒心安神汤治疗抑郁可能通过调节PI3K-AKT、HIF-1及MAPK等信号通路发挥作用.分子对接发现芍药苷、莫诺苷、斯皮诺素、姜辣素与ESR、AKT1和BDNF结合能力较强.LC-MS鉴定出舒心安神汤中含有15种高响应化学成分,与网络药理学核心成分预测基本一致.动物实验结果表明,与模型对照组比较,舒心安神汤20.5 g/kg组的小鼠体质量、蔗糖偏好明显增加,强迫游泳时间和新奇抑制摄食试验潜伏期明显减少(P<0.05);尼氏染色显示模型对照组小鼠海马CA3区神经元排列欠规则,细胞周围间隙增宽,胞质内尼氏小体明显减少,而舒心安神汤20.5 g/kg组小鼠海马CA3区神经元排列较为规则,细胞周围间隙缩短,尼氏体较为丰富;舒心安神汤20.5 g/kg组能明显上调小鼠海马组织TRKb、p-AKT、BDNF、CREB的蛋白表达(P<0.05).结论:舒心安神汤可能通过其含有的槲皮素、β-谷甾醇、芍药苷、姜辣素和斯皮诺素等主要成分作用于ESR1、AKT1等靶基因,并影响BDNF/TRKB信号通路及下游相关蛋白等,发挥改善抑郁症的作用,其机制可能与上调BDNF、TRKB、p-AKT及CREB蛋白表达,改善海马神经元可塑性有关.
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编辑人员丨2024/8/10
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基于虚拟筛选-分子对接-活性评价技术探讨四逆汤抗抑郁的药效物质基础
编辑人员丨2024/4/27
目的:基于虚拟筛选-分子对接-活性评价技术探讨四逆汤治疗抑郁症的药效物质基础.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索四逆汤(甘草、干姜、附子)的活性成分,并根据类药五原则及相关条件进行二次筛选.通过RCSB PDB数据库检索抑郁症的作用靶点.借助Discovery StudioTM 2016 软件对四逆汤活性成分与抑郁症靶点进行分子对接,探索两者的亲和力和结合方式,进而筛选关键活性成分.HT22 细胞分为空白组、模型组、(R)-去甲乌头碱组、甘草素组及山柰酚组.除空白组外,其余各组细胞加入皮质酮(1 mol·L-1,200 μL)培养24h建立体外抑郁模型.然后,加入相应药物(1 mol·L-1,100 μL)干预24 h,光镜下观察细胞形态,TUNEL染色观察细胞凋亡情况.C57BL/6J小鼠随机分为空白组、模型组、(R)-去甲乌头碱组(10 mg·kg-1)、甘草素组(15 mg·kg-1)、山柰酚组(20 mg·kg-1).除空白组外,其余小鼠采用慢性不可预见性温和应激(chronic unpredictable mild stress,CUMS)结合孤养的方式建立抑郁模型.造模首日开始给药,每日1 次,连续28 d.末次灌胃后,通过糖水偏爱实验(sucrose preference test,SPT)、强迫游泳实验(forced swimming test,FST)与悬尾实验(tail suspension test,TST)检测各组小鼠的抑郁情绪和绝望情绪.结果:四逆汤活性成分 493 个,二次筛选得到 91 个化合物.抑郁症作用靶点 4 个,即单胺氧化酶A(monoamine oxidase A,MAO-A)、多巴胺转运体(dopamine transporter,DAT)、5-羟色胺转运体(serotonin transporter,SERT)、组胺H1 受体(histamine receptor H1,H1R).通过分子对接得到15 个四逆汤抗抑郁的关键活性成分,进一步筛选得到 3 个核心成分,即(R)-去甲乌头碱、甘草素、山柰酚.细胞实验显示,空白组细胞光泽度好,突起交错分布且相互连接;模型组细胞光泽度较差,突起连接部分断裂消失,可见细胞变圆皱缩;与模型组比较,(R)-去甲乌头碱组、甘草素组、山柰酚组细胞形态有所改善,突起连接更紧密.空白组基本无细胞凋亡;与空白组比较,模型组细胞凋亡增加;与模型组比较,(R)-去甲乌头碱组、甘草素组、山柰酚组细胞凋亡减少.动物实验显示,与空白组比较,模型组小鼠糖水偏爱度降低(P<0.05);与模型组比较,(R)-去甲乌头碱组小鼠糖水偏爱度升高(P<0.05).与空白组比较,模型组小鼠不动时间(TST 和 FST)增加(P<0.05);与模型组比较,甘草素组小鼠TST不动时间减少(P<0.05),(R)-去甲乌头碱组、甘草素组小鼠FST不动时间减少(P<0.05).结论:本研究采用中药新药发现与评价的新模式"虚拟筛选-分子对接-活性评价",深入挖掘四逆汤抗抑郁的物质基础主要为(R)-去甲乌头碱、甘草素及山柰酚.
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编辑人员丨2024/4/27
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基于网络药理学及实验验证探究参芪解郁方治疗产后抑郁症的作用机制
编辑人员丨2024/3/30
目的:基于网络药理学及动物实验分析参芪解郁方治疗产后抑郁症(PPD)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Uniprot数据库对参芪解郁方药物进行成分和靶点的处理收集,再借助GeneCards数据库对疾病靶点进行收集,与药物靶点取"药物-疾病"交集,获得核心靶点,使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.运用Metascape平台进行基因本体(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.最后通过造模和药物对大鼠进行干预后,予以旷场实验、强迫游泳实验和蔗糖水消耗实验进行行为学评估,再利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组大鼠血清白细胞介素-1β(IL-1 β)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平.结果:筛选到57个参芪解郁方相关活性成分,对应产后抑郁症的潜在作用靶点103个,关键成分有槲皮素、β-谷甾醇、植物甾醇等,核心靶点涉及IL-6、TNF、IL-1β等,主要通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、雌激素、T细胞抗原受体等通路发挥药效.动物实验显示参芪解郁方可以提高大鼠旷场实验水平得分、垂直得分及蔗糖水消耗量,减少强迫游泳不动时间,降低大鼠血清中IL-1β、IL-6、TNF-α水平.结论:参芪解郁方治疗产后抑郁症具有多通路-多靶点的特性,其机制与参芪解郁方的免疫调节作用有关.
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编辑人员丨2024/3/30
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基于数据挖掘与德尔菲法的脾气虚证动物模型评价及用药特征分析
编辑人员丨2023/9/2
目的 全面分析脾气虚证动物模型并明确模型评价指标,为该动物模型的规范化研究提供参考.方法 在中国知网数据库中检索脾气虚证动物模型相关实验性研究文献,分别对动物品系、造模方法、取材部位、评价指标和用药特征进行数据提取及分析.以此为基础聚焦高频评价指标进行德尔菲专家问卷调查,通过均数和变异系数等明确高效能的脾气虚证动物模型评价指标.同时,基于用药特征分析结果,通过以方测证进一步探讨脾气虚证动物模型的客观性和科学性.结果 共纳入146篇文献,动物模型以SD大鼠和雄性占比最高,取材部位依次为小肠、胃和脾脏,饮食失宜和游泳力竭双因素复合法是最常用的造模方法.德尔菲专家问卷调查表明,高效能的脾气虚证动物模型评价指标主要包括表观指标(大便溏泄、神疲乏力、皮毛枯槁无华等)、生化指标[胃动素、线粒体三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)水平、D-木糖吸收率等]和其他指标(食量减少、体质量下降、抓力下降等).其中75篇文献报道了有效的治疗方药,最常用的方剂为四君子汤,高频药物为白术、甘草、茯苓、黄芪、党参和人参等,用药特征以性温、味甘、归脾经为主.结论 脾气虚证动物模型的构建主要为SD大鼠,多采用饮食失宜与游泳力竭的双因素复合法.综合表观指标、生化指标和其他指标的系统性模型评价方法具有科学性和合理性,将为脾气虚证动物模型的规范化提供参考.
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编辑人员丨2023/9/2
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舟山长白海域主要游泳动物生态位及其分化研究
编辑人员丨2023/8/6
基于2016年10月(秋季)和2017年4月(春季)舟山长白海域的渔业资源调查数据,运用生态位宽度、生态位重叠及冗余分析等方法,研究了主要游泳动物的生态位,种间生态关系及生态位分化.结果显示:春、秋季主要游泳动物分别11种与8种,两季生态位宽度值差异均较大,其中春季广生态位种、中生态位种均为3种,而秋季均为2种,窄生态位种分别为5种与4种.相对重要性指数(IRI)与生态位宽度值(Bi)之间呈显著正相关.生态位重叠程度不均衡,秋季主要游泳动物的生态位重叠程度较高,Oik>0.6的种对数占总种对数的42.86%;春季的重叠程度较低,仅占总种对数的21.82%.RDA分析得出温度、盐度为影响主要游泳动物分布的直接因素,而溶解氧、悬浮物和pH等则为重要因素,主要游泳动物在这些资源维上存在生态分化现象.综上,分布在毗邻杭州湾口且位于著名的岱衢洋的主要游泳动物种类总体营养级较低却生态宽度值较大,大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)等一些传统的高营养级、典型特色经济种类却沦为生态位宽度极小的一般种或少有种,群落种类显著减少,资源量下降,群落结构与功能退化,稳定性下降.因此,加强游泳动物资源修复、保护与管理十分迫切且具有重要意义.
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编辑人员丨2023/8/6
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二仙汤改善去卵巢大鼠学习记忆能力的海马蛋白质组学研究
编辑人员丨2023/8/6
基于蛋白质组表达的差异性探讨二仙汤改善去卵巢大鼠学习记忆能力的作用机制.实验动物按体质量随机分为3组,即假手术组、模型组、二仙汤组,其中假手术组和模型组灌服生理盐水,二仙汤组则按生药量12 g·kg-1灌服二仙汤,连续给药90d后,采用Morris水迷宫考察大鼠的学习记忆能力,以Nano-LC-LTQ-Orbitrap系统检测海马蛋白,Protein Discovery 软件进行蛋白质鉴定,SIEVE软件对蛋白进行相对定量分析,DIVAD数据库对差异蛋白进行生物学功能分析.结果显示,与模型组相比,二仙汤组逃避潜伏期明显缩短,穿越平台次数、平台象限的停留时间(TP)和TP与总游泳时间(T)的百分比(TP/T)均增加.与模型组相比,二仙汤组共发现216个与假手术组趋势一致的差异蛋白,主要富集于Ca2+信号通路,Rab3A与Rab14为functional classification富集分值最高的基因组中的关键基因.结果表明,二仙汤能提高去卵巢大鼠的学习记忆能力,Ca2+信号通路以及Ras-related protein Rab-3A,Ras-related protein Rab-14等相关差异蛋白质可能与二仙汤的干预效应有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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台州玉环北部沿岸海域主要游泳动物生态位和种间联结性
编辑人员丨2023/8/6
基于2016年11月(秋季)和2017年4月(春季)在玉环北部沿岸海域渔业调查所获的数据资料,运用相对重要性指数(IRI)、生态位宽度、生态位重叠、方差比率法、x2检验、联结系数(AC)、Jaccard指数(JI)、点相关系数(Φ)和Spearman秩相关系数等方法对主要游泳动物物种间的生态位和种间联结性进行研究.结果表明:三疣梭子蟹的生态位宽度值最大,占绝对竞争优势;重要经济种类刀鲚与长蛸的生态位宽度值最小,处于弱势竞争地位.该海域主要游泳动物生态位重叠程度不均匀,可能是由于生活环境多样化所致.总体联结性分析表明,本海域物种之间呈不显著负关联.x2检验、AC、JI结果均与总体联结性的结果一致且物种之间趋于独立.Φ和Spearman秩相关系数的结果显示,正联结的种对多于负联结的种对,可能是由于所捕获的大个体海鳗对其他物种产生空间排斥,使得其余14个物种组成的种对间多呈现正联结所致.根据Spearman秩相关系数计算结果,采用聚类分析方法将15个物种分为5个生态种组:同一生态种组内,各物种对生境具有相似的生态适应性要求;不同生态种组的物种之间则具有不同的生活习性和不同的生态要求.
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编辑人员丨2023/8/6