目的:采用焦磷酸测序定量检测人体γ珠蛋白基因(HBG)启动子区甲基化.方法:收集30例经基因检测确诊为轻型β-地中海贫血(简称地贫)患者的全血DNA样本,查找γ珠蛋白基因的启动子区CpG位点,设计PCR扩增引物及焦磷酸测序引物;DNA样本经亚硫酸氢盐转化后进行PCR扩增,对PCR产物作单链处理,在测序引物的引导下进行焦磷酸测序,对CpG位点的甲基化程度进行定量分析.结果:30例轻型β-地贫患者的HBG启动子区共150个CpG位点均得到了甲基化程度的定量结果,其中-53、-50、+5、+16及+49位点高甲基化分别有28例、24例、13例、0例及7例,中甲基化分别有2例、6例、17例、30例及23例,未检测到低甲基化.结论:焦磷酸测序可对HBG启动子CpG位点的甲基化程度进行定量检测.

背景与目的表观遗传学调节在鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)的发生和发展中发挥着重要作用.然而,目前对调控NPC转移的表观遗传学机制尚知之甚少.本研究旨在发现可调节NPC转移的功能基因,并鉴定NPC的治疗靶点.方法 采用亚硫酸氢盐处理的焦磷酸测序法分析NPC组织和细胞系中锌指蛋白582(zinc finger protein 582,ZNF582)的甲基化状态.用实时定量逆转录多聚酶链式反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)和Western blotting检测ZNF582的表达.通过体外和体内实验探讨NPC中ZNF582的生物学功能.用染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)法筛选ZNF582的靶基因,用ChIP-qPCR和荧光素酶分析进行验证.结果 NPC中ZNF582启动子发生了高甲基化,NPC组织和细胞系中ZNF582的mRNA和蛋白表达水平下调.在体外和体内实验中,恢复ZNF582可抑制NPC的迁移、侵袭和转移,而敲减ZNF582可促进NPC的迁移、侵袭和转移.ZNF582直接调节黏附分子Nectin-3和NRXN3的转录和表达.Nectin-3和NRXN3是ZNF582的功能靶分子,恢复或阻断这些基因可逆转ZNF582在NPC转移中的抑癌活性.结论 ZNF582通过调控黏附分子Nectin-3和NRXN3的转录和表达在NPC中发挥抑癌基因活性,为NPC的治疗提供了新靶点.

目的 检验阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)、遗忘型轻度认知功能障碍(amnestic mild cognitive impairment,aMCI)、主观认知下降(subjective cognitive decline,SCD)患者和正常对照组多个基因的启动子DNA甲基化水平,并探讨是否可以作为SCD患者诊断的生物标志物.方法 使用亚硫酸氢盐焦磷酸测序检验31例AD患者,41例aMCI患者,57例SCD患者和57例健康对照外周血白细胞中脂肪酸酰胺水解酶(fatty acid amide hydrolase,FAAH),花生四烯酸5-脂氧合酶(arachidonate 5-lipoxygenase,ALOX5),CBFA2/RUNX1伴侣转录共抑制因子3(CBFA2/RUNX1 partner transcriptional co-repressor 3,CBFA2T3)和碱性螺旋-环-螺旋转录因子家族成员E23(basic helix-loop-helix family member e23,BHLHE23)基因启动子的DNA甲基化水平.结果 FAAH、ALOX5、CBFA2T3、BHLHE23基因在AD、aMCI、SCD患者外周血中的DNA甲基化水平与对照组相比,差异均无统计学意义(P>0.05).根据性别及载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)基因型分层分析,各组间外周血中的DNA甲基化水平差异亦无统计学意义(P>0.05).结论 4个基因的异甲基化水平与AD、aMCI、SCD无关联.

目的 观察颞叶癫痫患者外周血非离子通道基因甲基化水平.方法 选择颞叶癫痫患者38例纳入病例组,体检正常人群38例纳入对照组.采用亚硫酸氢盐转化结合焦磷酸测序技术检测外周血8个非离子通道基因,即锚蛋白重复结构域蛋白11、动力蛋白、类动力蛋白1、人成纤维生长因子12(FGF12)、G蛋白α亚基O1、血影蛋白α链非红细胞1、突触融合蛋白结合蛋白1和突触RasGTP酶激活蛋白1的甲基化水平,计算基因甲基化率.分析颞叶癫痫发病相关因素,及FGF12基因甲基化率与颞叶癫痫临床参数的关系.结果 病例组外周血FGF12基因甲基化率低于对照组(P<0.05).Logistic回归分析显示,校正性别和年龄后,FGF12基因甲基化率仍与颞叶癫痫显著相关(P<0.05).低龄(<26岁)颞叶癫痫患者FGF12基因甲基化率低于高龄(≥26岁)患者,P<0.05.结论 颞叶癫痫患者外周血FGF12基因甲基化水平显著下调,且低龄患者甲基化水平更低.FGF12基因在颞叶癫痫发病过程中很可能受到表观遗传调控.

目的 探讨食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中长散布核元件-1(LINE-1)甲基化水平与免疫状态之间的关系.方法 收集107例经术后病理证实为ESCC的肿瘤组织样本,采用亚硫酸氢盐焦磷酸测序法检测ESCC组织中LINE-1甲基化水平.根据HE染色法和免疫组织化学染色法检测4种组织学淋巴细胞反应[克罗恩样淋巴样反应、瘤周淋巴细胞反应、间质淋巴细胞反应、肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)反应],并进一步分析ESCC组织中LINE-1甲基化水平与组织学淋巴细胞反应及患者临床病理特征的关系.结果 ESCC组织中LINE-1平均甲基化率为(64.27±9.72)％,中位值为63.51％(43.81％ ～85.10％).ESCC组织中LINE-1甲基化水平与患者年龄、淋巴结转移、TNM分期、瘤周淋巴细胞反应有关(P<0.05).缺失/低瘤周淋巴细胞反应的肿瘤组织中LINE-1基因甲基化率低于中、高瘤周淋巴细胞反应的肿瘤组织(P<0.05).经单因素和多因素Logistic回归模型分析,ESCC组织中LINE-1低甲基化水平是缺失/低瘤周淋巴细胞反应的独立危险因素(Ptrend<0.001).结论 ESCC组织中LINE-1甲基化水平与患者临床病理、分子特征有关,此外LINE-1低甲基化水平是ESCC组织中缺失/低瘤周淋巴细胞反应的独立危险因素.