目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

目的:评估季节性流感疫苗免疫血清对欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。方法:9株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株来自江苏、河北、山东、云南、湖南、福建和天津等省份的国家级流感监测网络实验室，通过深度测序分析其血凝素特性。于2019年10月在云南省安宁市接种2019-2020年度季节性流感疫苗的儿童（2~5岁）、成人（24~57岁）和老年人（60~84岁）中各招募30名志愿者，采集其接种疫苗前和接种1个月后血清。通过血凝抑制试验评估免疫前后血清对2015年以来分离的4株人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的交叉反应。结果:9株欧亚类禽H1N1猪流感病毒的血凝素基因同源性较一致，但与甲型流感病毒［A（H1N1）pdm09］（以下简称“疫苗株”）的血凝素重链和轻链氨基酸基因的差异分别为90~101个和24~30个氨基酸。疫苗株抗血清对疫苗株的抗体滴度为2 560，欧亚类禽H1N1猪流感病毒以及欧亚类禽H1N1猪流感病毒抗血清对疫苗株的抗体滴度均为640。接种季节性流感疫苗的儿童、成人和老年组人群针对疫苗株的抗体滴度≥40者占比分别为90.0%、70.0%和73.3%；而对4株欧亚类禽H1N1猪流感病毒仅为46.7%、36.7%和33.3%~43.3%。结论:接种季节性流感疫苗不能对欧亚类禽H1N1猪流感病毒产生有效的交叉保护作用。

目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus，NoV)和轮状病毒(rotavirus，RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月，在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法，分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩，用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因，PCR产物直接测序，用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对，用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜，未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54)，其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功，为GⅡ.3基因型，该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染，生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。

目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

目的:分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库中，选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列，以菌株N16961的基因组序列为参照，使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息，利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析，比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异，以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。结果:292株霍乱弧菌菌株中，发生基因重组163株（55.8%）；其中，归一化处理的小染色体重组片段数目 M（ P 25， P 75）为4.7×10 -6（9.3×10 -7，2.0×10 -5），大于大染色体[2.4×10 -6（3.4×10 -7，5.7×10 -6）]（ P<0.001）；小染色体重组区域占小染色体长度的比例 M（ P 25， P 75）7.1%×10 -5（3.7%×10 -6，4.8%×10 -4），大于大染色体[2.2%×10 -5（2.4%×10 -6，8.4%×10 -5）]（ P<0.001）。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目 M（ P25， P75）分别为23（1.0，33.0）、1.0（0.0，34.0）、6.0（2.0，13.0）、0.0（0.0，1.0）和29.5（6.8，56.8）（ P<0.001）；分离自各大洲的菌株重组区域总长度 M（ P25， P75）分别为233.0（4.0，461.0）、11.0（0.0，695.5）、56.0（4.0，111.0）、0.0（0.0，9.0）和347.5（132.8，1 323.5）bp（ P<0.001）。富集分析结果显示，62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。 结论:霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别，不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。

目的:通过对三个非复制型痘苗病毒修饰株的细胞生物学特性及小鼠体内毒力对比研究，为天花/猴痘疫苗替代产品的研制提供参考依据。方法:在BHK-21/CEF中对复制型痘苗病毒天坛株(Vaccinia virus Tiantan strain，VTT)和复制缺陷型痘苗天坛株(non-replicating Tiantan Vaccinia virus strain, NTV)及其修饰株NTV-C7L、NTV-△F1L-C7L、NTV-K1L进行扩增纯化及Western blot鉴定后，采用免疫噬斑实验对各病毒株在细胞中的毒力和扩散能力进行评价；通过复制动力学曲线比较各毒株之间的复制差异，采用小鼠滴鼻实验进行体重变化观察，比较病毒的毒力水平。结果:Western blot结果证明扩增纯化的痘苗病毒各毒株均正确。免疫噬斑及复制动力学曲线表明三株NTV基因修饰株在CEF中的复制能力与NTV相近；在Vero细胞间的扩散能力和复制能力均有所提高，但复制倍数都小于100倍；在MRC-5中复制水平与NTV相比得到明显增强，其中NTV-C7L的复制倍数达20 000倍以上；小鼠体内毒力结果显示三个NTV基因修饰株与NTV相比体重变化无统计学意义。结论:三个NTV基因修饰株在人源性细胞MRC-5中恢复了复制能力，但在小鼠中的毒力与NTV相近，具备了作为天花/猴痘疫苗换代产品候选株的初步条件。

目的:了解不同亚型禽流感病毒与不同动物来源红细胞的凝集特性，为流感环境样本监测工作选择更适宜的检测用红细胞。方法:选取2009-2016年我国禽流感环境监测中分离到的不同亚型的禽流感毒株，采用红细胞凝集试验，选用5种动物红细胞(鸡、火鸡、豚鼠、马和绵羊)进行检测；应用流式细胞仪检测不同动物红细胞表面唾液酸受体的表达及类型，通过氨基酸序列分析病毒血凝素蛋白受体结合区(receptor binding domain, RBD)的特征。结果:本研究共检测了14种亚型的28株禽流感病毒。结果显示所有毒株均能与火鸡和豚鼠红细胞发生凝集，其余红细胞均出现不能与某些毒株产生凝集的现象；其中1株H9N2(A/环境/安徽/43762/2015)毒株与鸡红细胞不产生凝集反应；1株H1N1(A/环境/山东/76972/2014)和2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)毒株与马红细胞不产生凝集反应；2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)和2株H13N8(A/环境/青海湖/166/2012和A/环境/青海湖/13/2012)毒株与绵羊红细胞不产生凝集反应。流式检测结果显示在火鸡、鸡和豚鼠红细胞表面可检测到两种类型唾液酸受体α2，3和α2，6，但两种受体表达比例不同；马和绵羊红细胞表面唾液酸受体只检测到表达α2，3。序列分析提示病毒RBD关键区域的氨基酸替换可能是影响病毒红细胞结合特性的重要因素。结论:在禽流感病毒检测中，火鸡和豚鼠红细胞在红细胞凝集试验中敏感性最好。不同来源的红细胞其受体表达及类型会显著影响不同亚型禽流感病毒的凝集反应，同时RBD关键区域的氨基酸变化也会影响病毒与不同红细胞的结合。

目的:了解国内人乳头瘤病毒(human papillomavirus, HPV)30型(HPV30)的感染情况及型下系(lineage)分类。方法:收集就诊于中国人民解放军总医院妇产科，并在30 d内进行新柏氏薄层液基细胞学检测女性患者宫颈脱落细胞样品，从中提取DNA并进行HPV30型特异性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)检测；对HPV30阳性样本进行病毒基因组全长PCR扩增和序列分析。结果:1 600例受试者中，共获得HPV30阳性样品9例(0.56%, 9/1 600)，其中6例HPV30基因组全长PCR扩增成功；9例HPV30毒株在型下系分类上都属于A，其中A1占66.7%(6/9)、A4占22.2%(2/9)、A5占11.1%(1/9)。结论:国内女性中存在HPV30感染，型下系分类上全部HPV30毒株都属于A。

目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本，进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR)，对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析，并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份，其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例，占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例，占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例，占36.13%，4年间不同基因型别间存在差异，具有统计学意义(EV-A71， χ2＝245.315, P<0.001; CV-A16， χ2＝27.680, P<0.001; CV-A6， χ2＝702.713, P<0.001)，用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物，测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析，全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间，19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间，20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间，6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看，青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上；CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别，18株为B1b，2株为1D基因型；CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型，1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变，青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型，CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别，不同基因型间核酸序列差异性较大，同一基因间序列变异较小。

目的:用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化，了解耐药相关突变发生特征。方法:对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行 pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS)，分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。 结果:NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR，M184//G190A突变型)，在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR，但是CD4细胞计数均低于200个/μl，在治疗4～6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受，2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条 pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%～2.9%)，但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异，进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1～2个，另2个病例分别有4和13个突变型，>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后，维持较好的病毒抑制效果。 结论:单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下，感染者体内病毒发生适应性进化，产生复杂的耐药相关突变模式，尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。