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一起诺如病毒感染引起的校园突发公共卫生事件的调查
编辑人员丨1天前
目的 对百色市某高中一起诺如病毒(norovirus)感染暴发疫情的流行特征及流行因素进行调查,为学校诺如病毒感染疫情提供防控依据.方法 根据病例定义开展搜索,采用描述性流行病学方法对病例特征进行三间分布描述,收集病例的临床数据,采集可疑环境样本及具有代表性病例的生物标本进行实验室检测,结合现场卫生学调查分析暴发原因.结果 2021 年1 月20-28 日,本次疫情共累计报告病例205 例,其中疑似病例189 例,确诊病例11 例,隐性感染者 5 例.临床症状主要以腹泻(90.50%)、呕吐(35.50%)为主,无重症及死亡病例.男性罹患率5.85%(116/1 984)高于女性罹患率 3.74%(89/2 381).高中 3 个年级学生均有病例报告,但高三罹患率最高,为10.39%,发病风险是高一、高二学生的 5.90 倍(95%CI:4.473~7.778).对 72 份肛拭子、外环境涂抹标本进行诺如病毒GI型、GII型实验室检测,检出 16 份肛拭子呈GⅡ型诺如病毒核酸阳性.流行曲线显示人传人模式,1 月 29日学生放假全部离校后无病例报告.结论 本事件为一起GⅡ型诺如病毒感染导致的学校暴发疫情,学校未及时采取有效控制措施,最终导致学校暴发疫情的暴发.应加强病例排查及管理,规范吐泻物消毒处理,避免类似事件再次发生.
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编辑人员丨1天前
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北京市市售结球生菜诺如病毒和轮状病毒污染状况调查
编辑人员丨1天前
目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus,NoV)和轮状病毒(rotavirus,RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月,在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法,分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩,用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因,PCR产物直接测序,用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对,用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜,未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54),其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功,为GⅡ.3基因型,该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染,生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。
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编辑人员丨1天前
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诺如病毒混合基因型致沈阳市某高校胃肠炎暴发的分子流行病学分析
编辑人员丨1天前
目的:明确2020年11月沈阳市一起由混合基因型诺如病毒引起的某高校胃肠炎暴发的分子流行病学特征。方法:收集该起暴发的流行病学和病例临床信息,采集病例粪便或肛拭子样本、相关餐具等样本,采用实时荧光RT-PCR对胃肠炎主要病毒(诺如病毒等)进行检测,诺如病毒阳性样本进行RT-PCR扩增,PCR产物测序,采用Mega 7.0软件进行序列分析。结果:2020年11月16~30日该高校共报告疑似病例229例,罹患率2.8%(229/8 270)。临床症状中腹泻占比最高(92.7%),不同症状之间差异有统计学意义( χ2=46.683, P<0.001)。在229名感染患者中,男女比为1 : 79(82 : 147);各年龄段均有发病,<20岁的人群罹患率最高53.3%(122/229);校内不同职业的罹患率差异有统计学意义( χ2=433.049, P<0.001)。229份病例和90份环境样本的检出率分别为34.1%(78/229)和8.9%(8/90)。采用分型RT-PCR对86份诺如病毒阳性样本进行扩增及测序,其中19份样本测序成功,共分为4个基因型,分别为GII.4 Sydney [P16](1份,5.3%)、GII.6a[P7](11份,57.9%)、GII.2[P16](5份,26.3%)和GI.7b[P7](3份,15.8%),其中有1份为GII.6a[P7]和GI.7b[P7]混合感染,每个基因型的标本序列同源性均在99.6%~100%之间。 结论:该起暴发由4种诺如病毒基因型共同感染引起,存在GI和GII组混合感染病例,为今后高校诺如病毒胃肠炎暴发的预防控制提供了科学依据。
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编辑人员丨1天前
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人源诺如病毒的受体和配体
编辑人员丨1天前
人源诺如病毒(human norovirus,HuNoV)是重要的食源性病毒,可导致全球范围内非细菌性肠胃炎的暴发;每年全球约6.84亿例患者感染,经济损失超600亿美元 [1]。HuNoV隶属于杯状病毒科( Caliciviridae)诺如病毒属,病毒颗粒直径约35 nm,无囊膜,二十面体对称 [2]。病毒基因组由单股正链RNA编码,约7.5 kb,由3个开放阅读框(open reading frame,ORF)组成 [3]。ORF 2编码主要结构蛋白(VP1);VP1又被分为壳区(shell domain,S)蛋白和突出区(protruding domian,P)蛋白,后者负责结合中和抗体及识别病毒受体/配体 [4]。根据VP1的序列差异,HuNoV至少被分为39种基因型 [3],全球范围内的主要流行毒株是GII.4型,是HuNoV研究领域的典型代表。不同基因型病毒的生物学特性具有一定的差别,导致HuNoV研究难度陡增。
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编辑人员丨1天前
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新型冠状病毒跨种感染机制及抗病毒药物研究概况
编辑人员丨1天前
新型冠状病毒(2019-nCoV)与一种蝙蝠中的冠状病毒基因序列的同源性高达96%,通过对其保守的7个非结构蛋白进行对比,发现2019-nCoV属于SARS相关冠状病毒(SARSr-CoV)。2019-nCoV进入细胞的受体与SARSr-CoV一样,血管紧张素转换酶2(ACE2)为其共用跨属受体。本文主要从种间传播和遗传变异着手,简要讨论了人类细胞表面的受体(如ACE2和APP4),这些受体是造成人类感染和流行的因素,并在病毒基因组中编码5种蛋白,其被认为是开发抗病毒药物的重要靶标。笔者对8种较有希望的抗2019-nCoV药物作了介绍,包括3种抗-HIV药物(洛匹那韦/利托那韦、达诺瑞韦/利托那韦及达芦那韦),正在研究的抗埃博拉病毒药物(瑞德西韦),抗流感病毒药物(阿比朵尔,法维拉韦)及1种抗疟疾药(磷酸氯喹);其中瑞德西韦、阿比朵尔及法维拉韦对2019-nCoV具有较强的抑制作用,或许可能是最有希望的药物。
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编辑人员丨1天前
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2006-2020年国际邮轮传染病暴发的流行病学分析
编辑人员丨1天前
目的:了解2006-2020年国际邮轮传染性疾病流行情况及其发病特征,并探讨船舶传染病的预防及控制措施。方法:对美国疾病预防控制中心国家环境卫生中心船舶卫生项目网站公布的2006-2020年符合定义的223起国际邮轮传染病暴发的疫情资料进行流行病学统计与分析。结果:2006-2020年国际邮轮传染病暴发疫情总体呈下降趋势,但伴随小幅波动。在明确病原体的192起传染病中,病毒性传染病181起(81.17%),细菌性传染病10起(4.48%),其他传染病1起(0.45%);不明原因和未获得样本的共31起(13.90%)。诺如病毒、肠道毒素型大肠杆菌(ETEC)志贺氏菌和沙门氏菌是国际邮轮传染性疾病暴发的主要病原体。1-4月为国际邮轮传染性疾病发病的高峰期,其他月份发生率较低。常见船舶传染病船员患病率(2.01%)低于乘客患病率(7.20%)。结论:海上航行船舶传染病暴发流行具有其特殊的特征和规律,乘客是主要的易感人群,食物和水源是常见船舶传染病传播的主要途径。
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编辑人员丨1天前
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高通量测序在南京地区一起诺如病毒暴发中的应用
编辑人员丨1天前
目的:对南京地区某高校一起GII.2[P16]引起的急性胃肠炎暴发疫情进行分子流行病学研究,为本地疫情控制和处置提供科学依据。方法:对暴发中采集到的样本进行荧光定量PCR鉴定诺如病毒,一步法RT-PCR扩增和一代测序,对部分阳性样本用通用引物进行高通量测序。结果:96份样本共检出13份GII阳性,其中8份一代测序结果为GII.2[P16],同源性达99.6%~100%,与2016—2020年参考株在同一分支上,推断此次疫情传染源为同一来源,且与2016年以后全球流行株同源性较高。取6份阳性样本用通用引物进行高通量测序,获得4株GII.2[P16]全基因组序列(2株学生患者A、E和2株无症状厨师G)。进化树显示厨师G第三次采样结果与厨师G第一次采样和学生患者结果存在一定距离。厨师G两条全基因组序列共有4处发生碱基替换,其中在6 221 bp处发生非同义突变,其余位置均为同义突变。VP1区381氨基酸残基处,即主要HBGA位点II旁,发生氨基酸改变(D381N)。结论:鉴于此次研究在一起暴发的无症状厨师中检出诺如病毒,且宿主体内持续排毒会导致碱基突变,建议在诺如病毒流行期间(10月至次年3月),加强对无症状食品处理人员诺如病毒监测。
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编辑人员丨1天前
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河北省保定市一起水源性诺如病毒暴发疫情的流行特征及病原学研究
编辑人员丨1天前
目的:对河北省保定市一起水源性诺如病毒感染性腹泻暴发疫情进行调查分析,了解其流行特征,确定致病原。方法:开展现场流行病学调查,采集患者呕吐物、肛拭子或粪便标本,居民末梢水以及污水井井水标本,采用荧光定量PCR(real-time PCR)检测诺如病毒核酸,对阳性标本进行扩增并测序分析。结果:该小区发现病例70例,罹患率为2.33%。17份患者样本和6份水样经荧光定量PCR法检测均出现GI和/或GII核酸阳性。测序分析显示患者样本和污水井井水的诺如病毒都为GI.6和GII.2这两种基因型,序列同源性均高于98.8%。结论:本次疫情为一起由水源水污染导致的诺如病毒感染性胃肠炎暴发疫情,需加强对水源水的日常管理,定期消毒,广泛宣传,预防此类事件的发生。
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编辑人员丨1天前
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我国重组型GII.2[P16]诺如病毒进化动力学和传播模式
编辑人员丨1天前
目的:2016年冬季出现了一种重组型GII.2[P16]诺如病毒(norovirus,NoV),并造成了我国急性胃肠炎大规模暴发,本研究旨在探究2016—2017年该病毒在我国的进化动力学和时空传播模式。方法:利用MEGA 7.0和BEAST等软件对先前获得的暴发标本中GII.2[P16] NoV全基因组、主要结构蛋白(viral protein 1,VP1)和RNA依赖RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)基因全编码区序列进行分析。结果:序列分析显示此次重组型病毒VP1相比于RdRp基因的进化速度更快,在暴发中期,VP1蛋白的第256位出现了特异性氨基酸突变,即Val256Ile突变,且该突变位点形成的新型变异株在暴发后期成为优势流行株。基于该毒株P二聚体晶体结构的分析,发现该病毒VP1蛋白中第256位残基位点可能参与了B细胞抗原表位的组成,提示Val256Ile突变可能导致了新型变异株的抗原性发生改变,这可能是该病毒在暴发后期优势流行的原因之一,但需要进一步血清学实验的验证。基于贝叶斯地理推演结果显示,广东省可能为我国此次病毒流行的起源地,对该病毒在我国的暴发流行起了重要的作用。结论:鉴于出现功能性改变的GII.2[P16]新型变异株和广东省为我国该型病毒的暴发中心,提示有必要在珠江三角洲地区对GII.2[P16] NoV开展持续的监测和研究。
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编辑人员丨1天前
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上海单中心急性胃肠炎患儿感染诺如病毒的基因特征分析
编辑人员丨1天前
目的:了解上海地区急性胃肠炎患儿感染诺如病毒(norovirus, NoV)的基因特征情况。方法:收集2018年10月至2019年9月上海市儿童医院门急诊急性胃肠炎患儿的粪便标本709份,采用实时荧光RT-PCR方法对NoV进行初筛,使用普通RT-PCR方法,分别用VP1、RdRp区和跨RdRp-VP1区引物对部分NoV阳性标本进行分型鉴定。应用SPSS20.0统计学软件进行数据处理,并使用生物信息学软件对NoV基因序列进行同源性、系统进化及重组性分析。结果:经实时荧光RT-PCR检测,709份粪便标本中NoV阳性的标本为265份,阳性率为37.4%(265/709)。基于NoV RdRp和VP1区的测序分析,NoV阳性标本中共检出7种不同的基因型,分别为GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012、GⅡ.P7-GⅡ.6、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P21-GⅡ.13和GⅡ.P17-GⅡ.17型,其中以GⅡ.P16-GⅡ.2型所占比例最高,为30.6%(34/111),其次为GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012型(27.0%,30/111)和GⅡ.P12-GⅡ.3型(24.3%,27/111)。本研究发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13,其重组位点位于ORF1/ORF2的交接区。NoV在每个月份皆有流行,但每个月份的主导基因型不尽相同。男女患儿的NoV阳性检出率差异无统计学意义( P=0.329),而不同年龄组患儿的NoV阳性检出率差异有统计学意义( P=0.011),以>11~12岁和>2~3岁年龄组所占比例最高。 结论:2018年10月至2019年9月,上海地区以GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012和GⅡ.P12-GⅡ.3 NoV重组株流行为主,并发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13散在流行。跨ORF1/ORF2的基因序列测定,有助于更好地了解NoV的基因分型和重组情况。
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编辑人员丨1天前
