目的:通过回顾性研究观察不稳定型心绞痛围术期应用调脾护心法治疗的临床疗效,运用数据挖掘、网络药理学分析用药规律及作用机制.方法:选取2020年9月—2022年9月安徽中医药大学第一附属医院收治的不稳定型心绞痛围术期病人400例,分为中药组(372例)和非中药组(28例),非中药组采用西医常规治疗,中药组在非中药组基础上加用调脾护心法中药汤剂治疗,手术前后均每天服用2次,每次200 mL.比较两组中医证候积分和心绞痛症状改善情况;运用数据挖掘总结中药组处方用药规律,网络药理学分析核心处方作用靶点.结果:治疗后,中药组中医证候积分低于非中药组(P＜0.05),心绞痛症状疗效优于非中药组(P＜0.05).数据挖掘共筛选出调脾护心法医案372例,核心药物83味,药性以温热为主,温性药物最多,药味酸、苦、甘为主,共占73.40％;聚类分析发现以"白术、陈皮、茯苓、广木香、蒲公英、酸枣仁、炙甘草、炙远志"为核心处方;网络药理学分析:生物利用度(OB)≥30％、类药性(DL)≥0.18核心中药成分185个;对19个交集基因进行基因本体(GO)分析,发现在细胞组分方面主要与胞质部分、细胞外围、质膜、内膜系统等相关;在分子功能方面与酶结合、信号受体结合等密切联系;在生物学过程方面主要与细胞对化学刺激的反应、定位调控等有关;京都基因与基因组百科全书(KEGG)发现其与晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等密切相关.结论:在常规治疗基础上,运用调脾护心法干预不稳定型心绞痛围术期病人可以提高临床疗效,处方核心药物是白术、陈皮、茯苓、广木香、蒲公英、酸枣仁、炙甘草、炙远志,其作用机制可能与AGE-RAGE、MAPK、IL-17、TNF信号通路相关.

目的:运用生物信息学方法挖掘农药慢性暴露诱导的差异表达基因（DEGs）及其富集的信号通路，探索其潜在致病机制和关键基因。方法:于2021年7月，从基因表达综合数据库（GEO）中下载与农药毒效应相关的高通量基因表达谱数据，样本来源为长期接触农药的美洲男性农场工人和其他行业工人，获取DEGs；利用R软件clusterProfiler包对所选择的DEGs进行GO、KEGG及基因集富集分析（GSEA）；采用STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白质相互作用网络的构建及可视化分析；借助MCODE及Cytohubba等分析得到基因功能模块，从而筛选出核心基因。结果:共筛选出GSE30335数据集的DEGs 189个，其中上调基因101个，下调基因88个。GO、KEGG及GSEA结果显示，DEGs主要富集于神经元投射发育调控、运动调节、核糖体蛋白合成等生物学功能及以帕金森病为代表的复杂神经系统疾病相关的通路上。综合筛选发现，KLF1为农药暴露的核心基因，其差异表达倍数为0.456（ t=-3.82， P=0.021）。 结论:长期农药暴露可造成接触人群多个基因的差异表达，可能通过下调KLF1并经由其介导的一系列生物学途径参与神经系统的病理学改变。

目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤（VILI）小鼠的差异表达基因（DEG），并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1（生物信息学分析）：从基因表达数据库（GEO）下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662，通过统计分析获得DEG，运用韦恩图获得两个数据的共同DEG，然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科（KEGG）通路富集分析，最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库（STRING）对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用（PPI）分析，并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件（MCODE），以及CytoHubba插件中最大团中心性（MCC）、最大邻居连通度（MNC）与度（degree）算法进行拓扑分析，筛选出关键基因。②实验2（相关基因编码蛋白验证）：构建C57BL/6小鼠大潮气量（20 mL/kg）VILI模型，并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红（HE）染色，观察肺组织病理学改变；并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果：GSE9368数据中筛选出114个DEG，其中上调99个，下调15个；GSE11662数据中筛选出258个DEG，其中上调188个，下调70个；获得共同DEG 66个，其中上调61个，下调5个。GO功能注释结果表明，共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程；KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块，并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因，分别为细胞因子信号转导抑制因子3（SOCS3）、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2（CXCL2）、CXC型趋化因子受体2（CXCR2）、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1（CCR1）。②实验2结果：构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示，与自主呼吸对照组相比，机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤；通气结束后6 h肺组织结构受损明显，肺泡腔可见不同程度出血和塌陷，肺泡壁明显增厚，肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色，结果显示，随通气时间延长，小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调，6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β（积分 A值）：8.40±2.67比5.10±0.94，SOCS3（积分 A值）：9.74±1.80比5.95±1.31，MMP-9（积分 A值）：11.45±6.20比5.36±1.28，均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现，VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关；IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。

目的:通过生物信息挖掘技术对前列腺癌基因表达谱进行分析后得到差异基因及所涉及生物学信号通路。方法:使用生物信息挖掘技术对GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因(DEGs)，后使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及生物信号通路(KEGG)富集分析，使用STRING数据库及Cytoscape的cytoHubba应用程序得到蛋白互作(PPI)网络及关键基因并进行排序，最后将所得关键基因在TCGA数据库中进行验证。结果:通过对GEO数据库前列腺癌的3个数据集使用R软件等工具进行分析，总共发现了225个DEGs，其中55个表达上调、170个表达下调。通过GO功能富集分析及KEGG通路分析发现这些基因富集在细胞迁移调节和血管生成等功能中，以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶(PI3K/Akt)和p53等信号上。构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA数据库数据进行对比，发现碱性螺旋环螺旋转录因子1(TWIST1)、Snail家族转录抑制因子2(SNAI2)、血管内皮生长因子受体2(KDR)等在前列腺癌发生发展中起重要作用的关键基因。结论:通过深层次的生物信息挖掘或许可以让人们进一步了解前列腺癌的发生发展，为将来前列腺癌的诊断及治疗提供新的靶点。

目的:采用网络药理学方法分析虎力散胶囊治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用靶点及机制。方法:检索TCMSP筛选虎力散胶囊的有效活性成分，结合UniProt数据库挖掘化合物对应的靶点。利用GeneCards数据库挖掘RA靶点，采用Cytoscape软件构建药物-靶点和疾病-靶点的可视化网络图。通过对关键靶点基因进行分析后，建立蛋白相互作用网络图，以关键靶点蛋白为基础，实现KEGG通路富集分析。结果:共获得虎力散胶囊34个有效活性成分和530个药物靶点蛋白，RA相关基因1 071个，药物和疾病共同靶点44个。蛋白相互作用网络发现IL6、VEGFA、EGFR、CASP3、MAPK8等可能是虎力散胶囊治疗RA的关键靶点。KEGG通路富集分析确定了100条相关信号通路，包括AGE-RAGE、IL-17、TNF等经典信号通路。结论:虎力散胶囊药对治疗RA具有多途径、多靶点作用的特点，其关键作用靶点及涉及的生物学过程和信号通路可为后续研究提供思路。

目的:使用计算机工具和公开数据库挖掘与皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关的基因和信号通路，并通过深度学习模型探索治疗cSCC的靶点及药物。方法:通过文本挖掘和GeneCodis找出与cSCC高度相关的基因；使用STRING和Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用分析；通过DGIdb数据库基于药物-基因相互作用分析，得到候选药物；利用药物-靶点相互作用深度学习模型DeepPurpose，采用深度学习算法，在药靶相关性的基础上进一步对药物-靶点亲和力进行预测，并给出与目标靶点亲和力较高的部分药物推荐。结果:通过文本挖掘识别出与cSCC相关的121个基因；基因富集分析中产生了与10个信号通路有关的11个基因和54个靶向药物。其中，主要通路包括"pathways in cancer"(癌症相关信号通路)、"MAPK signaling pathway"(MAPK信号通路)、"ErbB signaling pathway"(ErbB信号通路)；主要基因包括TP53、MDM2、CCND1、CDKN2A、HRAS、EGFR、MYC、ERBB2、AKT1、STAT3和SRC。通过DeepPurpose得到34个最终药物，包括11个化疗药物、17个酪氨酸激酶抑制剂、4个PI3K/AKT/mTOR抑制剂、1个丝裂原活化蛋白激酶抑制剂和维生素A酸。结论:使用计算机工具和深度学习模型有望成为一种新的探索靶向cSCC基因药物的有效方法。

[目的]基于数据挖掘、网络药理学及分子对接技术,探究中药治疗慢性乙型病毒性肝炎的组方用药规律及作用机制.[方法]检索建库至2022年9月12日中国知网(China National Knowledge Internet,CNKI)、万方数据库、维普数据库收录的有关中药治疗慢性乙型病毒性肝炎的临床研究文献,并进行数据规范与分类,同时使用Excel 2019、Cytoscape 3.8.0及Qrigin 2021软件对符合纳入标准的中药复方进行频次、关联规则及系统聚类等分析,获取用药规律及核心组方.进一步通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库分别获取核心组方活性成分、治疗靶点、疾病相关靶点,利用STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.8.0软件进行网络可视化,运用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,应用AutoDock Vina 1.2.3软件进行分子对接.[结果]共纳入方剂192首,包含药物225味,药性以寒、温、平者最为多见,药味以苦、甘、辛为主,多归肝、肺、胃及脾经.功效类型主要为补虚药、清热药、利水渗湿药.关联分析显示常见配伍为白术-郁金-茯苓-丹参、白术-郁金-茯苓、黄芪-珍珠草-丹参等.聚类分析分为4类,聚类效果较好.网络药理学及分子对接提示,核心组方有效成分201种,作用靶点4 208个,疾病靶点2 920个,药物疾病共有交集靶点104个,GO功能富集分析得到生物过程(biological process,BP)1 369条,细胞组分(celluar component,CC)87条,分子功能(molecular function,MF)120条,KEGG通路富集分析获得通路190条,核心成分和核心靶点分子对接结果构象趋于稳定.[结论]运用文献数据挖掘、网络药理学及分子对接技术,总结出中药治疗慢性乙型病毒性肝炎的用药规律及核心组方,进一步探究到核心组方干预慢性乙型病毒性肝炎潜在的治疗靶点及信号通路,并且分子对接结果良好,能够为今后慢性乙型病毒性肝炎的研究提供思路与方法.

目的:挖掘血小板生成素受体激动剂（TPO-RA）的血栓栓塞和肝毒性风险信号，为临床安全使用该类药物提供参考。方法:检索美国FDA不良事件报告系统数据库，收集2008年10月至2023年9月收到的艾曲泊帕、罗普司亭、阿伐曲泊帕不良事件（AE）报告，根据《国际医学用语词典》25.0版系统器官分类（SOC）和首选术语（PT）对AE进行分类和标准化。采用报告比值比（ROR）法检测3种TPO-RA相关血栓栓塞和肝毒性AE风险信号。AE报告数≥3、 ROR值95%置信区间（ CI）下限>1的PT被定义为风险信号。 结果:以艾曲泊帕、罗普司亭和阿伐曲泊帕为首要怀疑药物的AE报告分别为25 215、18 762和1 204例，挖掘出艾曲泊帕、罗普司亭和阿伐曲泊帕相关血栓栓塞事件（TEE）PT 52、51和9个。艾曲泊帕信号强度居前5位的PT依次为肾动脉栓塞、门静脉血栓、脾栓塞、脾静脉血栓、肝动脉血栓；罗普司亭依次为动脉栓塞、脑血管闭塞、椎动脉闭塞、门静脉血栓、肠系膜血管血栓；阿伐曲泊帕依次为肾静脉血栓、门静脉血栓、脑静脉窦血栓、栓塞、深静脉血栓。分别挖掘出艾曲泊帕、罗普司亭、阿伐曲泊帕肝毒性风险信号（PT）25、14和4个，艾曲泊帕信号强度前5位的PT为门静脉扩张、门静脉血栓、肝动脉血栓、间接胆红素升高、慢性肝衰竭；罗普司亭为门静脉血栓、慢性肝衰竭、酒精性肝病、肝血肿、肝硬化；阿伐曲泊帕为门静脉血栓、肝功能检查异常、肝功能异常、肝酶升高。共挖掘出3种TPO-RA药品说明书中未记载的肝毒性相关PT 24个，信号强度居前5位者为门静脉扩张、慢性肝衰竭、肝功能检查异常、酒精性肝病、眼黄疸。结论:TEE和肝毒性是3种TPO-RA共有的不良反应，临床应用TPO-RA前后应监测患者的凝血功能和肝功能，警惕药品说明书未记载的不良反应。

目的:了解brexucabtagene autoleucel（brexu-cel）相关的神经系统不良事件（AE）及其发生风险。方法:收集美国食品药品管理局不良事件报告系统（FAERS）数据库中2020年7月1日至2022年9月31日报告的有关brexu-cel的神经系统AE报告，采用国际医学用语词典（MedDRA）24.1版的系统器官分类（SOC）和首选术语（PT）对AE进行分类统计，采用信息成分（ IC）法及报告比值比（ ROR）法进行信号挖掘。报告数≥3， IC的95%置信区间（ CI）下限>0或 ROR的95% CI下限>1的AE被定义为阳性风险信号。统计分析发生brexu-cel相关神经系统AE后出现死亡不良结局的患者比例。 结果:共收集到1 960例brexu-cel相关神经系统AE报告，涉及559例患者，22个PT。采用 IC法和 ROR法进行信号挖掘，共检测出15个阳性信号（PT）。AE报告数排前5位的PT为免疫效应细胞相关性神经毒性综合征（153例）、意识模糊状态（32例）、脑病（29例）、震颤（27例）、失语（25例）；信号强度居前5位的为免疫效应细胞相关性神经毒性综合征（ IC=7.81， ROR=235.74）、脑病（ IC=4.74， ROR=26.96）、失语（ IC=4.28， ROR=19.58）、脑水肿（ IC=3.35， ROR=10.24）、失禁（ IC=3.04， ROR=8.22）。失禁（报告数6， IC=3.04， ROR=8.22）在说明书中未见记载。22个PT中有17个PT所涉及的患者出现死亡不良结局，其中，免疫效应细胞相关性神经毒性综合征的死亡比例为18%（28/153）；死亡结局患者比例>50%的PT为刺激反应消失（80%，4/5）、脑水肿（75%，6/8）、脑血管意外（67%，2/3）、困倦（60%，3/5）、惊厥发作（57%，4/7）。 结论:CAR-T细胞疗法brexu-cel相关的神经系统AE较常见，其中失禁尚未被说明书记载；部分AE（刺激反应消失，脑水肿，困倦）临床结局较差，应提高警惕，并采取早期干预措施。